Numpy: ModuleNotFoundError：没有名为“numpy.core._multiarray_umath”的模块

创建于 2019-01-22 · 9评论 · 资料来源: numpy/numpy

你好，

我遇到了类似于 #11871 的问题。我最近安装了 numpy 1.16.0，但后来我需要降级，现在我不断收到ModuleNotFoundError: No module named 'numpy.core._multiarray_umath' 。
下面的例子在一周前运行良好。

实际上，我最终删除了所有 Python 包（此处的说明）并使用apt-get （Ubuntu 18.04.1 LTS）一个一个地重新安装它们，除了ipyparallel和openbabel ，其中是使用pip （我很确定两者都与问题无关）。下面的示例是在所有这些清理之后运行的。

最近似乎很多人都遇到了这个问题，使用不同的包：

重现代码示例和错误消息：

下面是一个显示错误的 IPython 会话：

% ipython3
Python 3.6.7 (default, Oct 22 2018, 11:32:17) 
Type "copyright", "credits" or "license" for more information.

IPython 5.5.0 -- An enhanced Interactive Python.
?         -> Introduction and overview of IPython's features.
%quickref -> Quick reference.
help      -> Python's own help system.
object?   -> Details about 'object', use 'object??' for extra details.

In [1]: import pandas as pd

In [2]: pd.read_hdf("data.h5")
---------------------------------------------------------------------------
ModuleNotFoundError                       Traceback (most recent call last)
<ipython-input-2-122d644764c1> in <module>()
----> 1 pd.read_hdf("data.h5")

/usr/lib/python3/dist-packages/pandas/io/pytables.py in read_hdf(path_or_buf, key, mode, **kwargs)
    368                                      'contains multiple datasets.')
    369             key = candidate_only_group._v_pathname
--> 370         return store.select(key, auto_close=auto_close, **kwargs)
    371     except:
    372         # if there is an error, close the store

/usr/lib/python3/dist-packages/pandas/io/pytables.py in select(self, key, where, start, stop, columns, iterator, chunksize, auto_close, **kwargs)
    715                            chunksize=chunksize, auto_close=auto_close)
    716 
--> 717         return it.get_result()
    718 
    719     def select_as_coordinates(

/usr/lib/python3/dist-packages/pandas/io/pytables.py in get_result(self, coordinates)
   1455 
   1456         # directly return the result
-> 1457         results = self.func(self.start, self.stop, where)
   1458         self.close()
   1459         return results

/usr/lib/python3/dist-packages/pandas/io/pytables.py in func(_start, _stop, _where)
    708             return s.read(start=_start, stop=_stop,
    709                           where=_where,
--> 710                           columns=columns, **kwargs)
    711 
    712         # create the iterator

/usr/lib/python3/dist-packages/pandas/io/pytables.py in read(self, start, stop, **kwargs)
   2902             blk_items = self.read_index('block%d_items' % i)
   2903             values = self.read_array('block%d_values' % i,
-> 2904                                      start=_start, stop=_stop)
   2905             blk = make_block(values,
   2906                              placement=items.get_indexer(blk_items))

/usr/lib/python3/dist-packages/pandas/io/pytables.py in read_array(self, key, start, stop)
   2457 
   2458         if isinstance(node, tables.VLArray):
-> 2459             ret = node[0][start:stop]
   2460         else:
   2461             dtype = getattr(attrs, 'value_type', None)

/usr/lib/python3/dist-packages/tables/vlarray.py in __getitem__(self, key)
    669                 key += self.nrows
    670             (start, stop, step) = self._process_range(key, key + 1, 1)
--> 671             return self.read(start, stop, step)[0]
    672         elif isinstance(key, slice):
    673             start, stop, step = self._process_range(

/usr/lib/python3/dist-packages/tables/vlarray.py in read(self, start, stop, step)
    813         atom = self.atom
    814         if not hasattr(atom, 'size'):  # it is a pseudo-atom
--> 815             outlistarr = [atom.fromarray(arr) for arr in listarr]
    816         else:
    817             # Convert the list to the right flavor

/usr/lib/python3/dist-packages/tables/vlarray.py in <listcomp>(.0)
    813         atom = self.atom
    814         if not hasattr(atom, 'size'):  # it is a pseudo-atom
--> 815             outlistarr = [atom.fromarray(arr) for arr in listarr]
    816         else:
    817             # Convert the list to the right flavor

/usr/lib/python3/dist-packages/tables/atom.py in fromarray(self, array)
   1226         if array.size == 0:
   1227             return None
-> 1228         return six.moves.cPickle.loads(array.tostring())

ModuleNotFoundError: No module named 'numpy.core._multiarray_umath'

一些相关文件和版本：

In [4]: import pandas as pd

In [5]: pd.__file__
Out[5]: '/usr/lib/python3/dist-packages/pandas/__init__.py'

In [6]: pd.__version__
Out[6]: '0.22.0'

In [7]: pd.__path__
Out[7]: ['/usr/lib/python3/dist-packages/pandas']

In [8]: import tables

In [9]: tables.__file__
Out[9]: '/usr/lib/python3/dist-packages/tables/__init__.py'

In [10]: tables.__version__
Out[10]: '3.4.2'

In [11]: tables.__path__
Out[11]: ['/usr/lib/python3/dist-packages/tables']

In [12]: import six

In [13]: six.__file__
Out[13]: '/usr/lib/python3/dist-packages/six.py'

In [14]: six.__version__
Out[14]: '1.11.0'

In [15]: six.__path__
Out[15]: []

Numpy/Python 版本信息：

In [1]: import sys, numpy; print(numpy.__version__, sys.version)
1.13.3 3.6.7 (default, Oct 22 2018, 11:32:17) 
[GCC 8.2.0]

In [2]: import pandas; pandas.show_versions()

INSTALLED VERSIONS
------------------
commit: None
python: 3.6.7.final.0
python-bits: 64
OS: Linux
OS-release: 4.15.0-43-generic
machine: x86_64
processor: x86_64
byteorder: little
LC_ALL: None
LANG: en_GB.UTF-8
LOCALE: pt_BR.UTF-8

pandas: 0.22.0
pytest: None
pip: 9.0.1
setuptools: 40.6.3
Cython: None
numpy: 1.13.3
scipy: 0.19.1
pyarrow: None
xarray: None
IPython: 5.5.0
sphinx: None
patsy: 0.4.1+dev
dateutil: 2.6.1
pytz: 2018.3
blosc: None
bottleneck: None
tables: 3.4.2
numexpr: 2.6.4
feather: None
matplotlib: 2.1.1
openpyxl: None
xlrd: None
xlwt: None
xlsxwriter: None
lxml: None
bs4: 4.6.0
html5lib: 0.999999999
sqlalchemy: None
pymysql: None
psycopg2: None
jinja2: 2.10
s3fs: None
fastparquet: None
pandas_gbq: None
pandas_datareader: None

我正在使用 Ubuntu 18.04.1 LTS：

% uname -a
Linux mothership 4.15.0-43-generic #46-Ubuntu SMP Thu Dec 6 14:45:28 UTC 2018 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

在 #11871 @mattip 中提到

c 扩展模块_multiarray_umath是 numpy 1.16.0 的新功能，可能在某处指示版本的混合或版本期望。请注意，此问题已关闭，如果您认为 numpy 存在问题，请打开一个新问题，详细说明您在做什么。

即使我有 numpy 1.13.3，我怎么会收到这个错误？感谢所有的帮助！

资料来源

schneiderfelipe

最有用的评论

仅供参考，我刚刚通过强制重新安装 numpy 和 pandas 解决了这个问题，如下所示：

pip install --upgrade --force-reinstall numpy==1.14.5
pip install --upgrade --force-reinstall pandas==0.22.0

没有更多的错误信息。

jainraje 于 2019-02-02

👍5 🚀2 ❤2

所有9条评论

似乎您正在解压保存在 numpy 1.13.3 中的 numpy 1.16 中的数组

tzickel 于 2019-01-22

👍1

这个看起来像一个真正的错误。我认为我们可能需要覆盖ndarray.__module__才能向后兼容。

eric-wieser 于 2019-01-22

我相信@tzickel是正确的。我刚刚从头开始重新生成了data.h5 （它使用了一个脚本，这次绝对使用 numpy 1.13.3）并且上面的代码有效。

% ipython3
Python 3.6.7 (default, Oct 22 2018, 11:32:17) 
Type "copyright", "credits" or "license" for more information.

IPython 5.5.0 -- An enhanced Interactive Python.
?         -> Introduction and overview of IPython's features.
%quickref -> Quick reference.
help      -> Python's own help system.
object?   -> Details about 'object', use 'object??' for extra details.

In [1]: import pandas as pd

In [2]: df = pd.read_hdf("data.h5")

In [3]: df.columns
Out[3]: 
Index(['aonames', 'atombasis', 'atomcharges', 'atomcoords', 'atommasses',
       'atomnos', 'charge', 'coreelectrons', 'enthalpy', 'entropy',
       'freeenergy', 'gbasis', 'geotargets', 'geovalues', 'grads', 'homos',
       'jobfilename', 'metadata', 'mocoeffs', 'moenergies', 'moments',
       'mosyms', 'mult', 'natom', 'nbasis', 'nmo', 'optdone', 'optstatus',
       'polarizabilities', 'pressure', 'scfenergies', 'scftargets',
       'scfvalues', 'temperature', 'vibdisps', 'vibfreqs', 'vibirs',
       'vibsyms'],
      dtype='object')

In [4]: df["freeenergy"].head()
Out[4]: 
0   -228.614123
1   -229.062884
2   -552.464074
3   -552.010916
4   -552.006776
Name: freeenergy, dtype: float64

我正在关闭它，因为我相信它已经解决了。谢谢@tzickel！

schneiderfelipe 于 2019-01-23

我不相信这个错误已经解决。我没有使用任何泡菜文件，我收到了完全相同的错误。

由于我的 MAC 发生了一些变化，我最近遇到了这个错误。我遵循了所有最佳实践，但似乎无法解决此错误。

升级到 MAC High Sierra (10.13.6)

安装了 python 3.6 和 python 3.7 以使用 home-brew 并排运行，并遵循此处提供的指南：
https://stackoverflow.com/questions/51726203/installing-python3-6-alongside-python3-7-on-mac

设置新的虚拟环境以使用 python 3.6.5 和一堆其他模块。

这个错误发生在虚拟环境中。笔记本和命令行 python 代码都会生成错误。 python 代码 100% 正确运行，除此消息外没有其他错误。

python my_py_file.py
ModuleNotFoundError：没有名为“numpy.core._multiarray_umath”的模块
ModuleNotFoundError：没有名为“numpy.core._multiarray_umath”的模块
ModuleNotFoundError：没有名为“numpy.core._multiarray_umath”的模块
ModuleNotFoundError：没有名为“numpy.core._multiarray_umath”的模块

我删除并重新创建了 venv，但错误仍然存在。可能所有代码都会继续运行而没有任何其他错误。

我不知道接下来要做什么。如果有解决方案，请告诉我，否则恕我直言，不应关闭此问题。

这里正在跟踪一个类似的问题：
https://github.com/alpacahq/pylivetrader/issues/73

jainraje 于 2019-02-02

👍2

仅供参考，我刚刚通过强制重新安装 numpy 和 pandas 解决了这个问题，如下所示：

pip install --upgrade --force-reinstall numpy==1.14.5
pip install --upgrade --force-reinstall pandas==0.22.0

没有更多的错误信息。

jainraje 于 2019-02-02

👍5 🚀2 ❤2

解决了这个问题！

我在 numpy.load('myfile.py') 中遇到了同样的问题：

回溯（最近一次调用最后一次）：
文件 ”"，第 1 行，在
文件“/home/vivek/anaconda3/envs/Voiceattn/lib/python3.6/site-packages/numpy/lib/npyio.py”，第421行，加载中
pickle_kwargs=pickle_kwargs)
文件“/home/vivek/anaconda3/envs/Voiceattn/lib/python3.6/site-packages/numpy/lib/format.py”，第650行，在read_array中
数组 = pickle.load(fp, **pickle_kwargs)
ModuleNotFoundError：没有名为“numpy.core._multiarray_umath”的模块

在 Anaconda 虚拟环境中，以下配置解决了我的问题。

麻木 1.16.0
熊猫 0.22.0
点 18.1 py36_0
蟒蛇 3.6.8 h0371630_0

OS X 版本：macOS High Sierra v10.13.6

希望这可以帮助！

wishvivek 于 2019-02-04

👍1

解决了这个问题！
1. I was getting the same issue in numpy.load('myfile.py'):
回溯（最近一次调用最后一次）：
文件“”，第 1 行，在
文件“/home/vivek/anaconda3/envs/Voiceattn/lib/python3.6/site-packages/numpy/lib/npyio.py”，第421行，加载中
pickle_kwargs=pickle_kwargs)
文件“/home/vivek/anaconda3/envs/Voiceattn/lib/python3.6/site-packages/numpy/lib/format.py”，第650行，在read_array中
数组 = pickle.load(fp, **pickle_kwargs)
ModuleNotFoundError：没有名为“numpy.core._multiarray_umath”的模块
1. Inside an Anaconda virtual env, the following config solved this issue in my case.
麻木 1.16.0
熊猫 0.22.0
点 18.1 py36_0
蟒蛇 3.6.8 h0371630_0
1. OS X version: macOS High Sierra v10.13.6
希望这可以帮助！