こんにちは、
#11871と同様の問題が発生しました。 最近numpy1.16.0をインストールしましたが、ダウングレードする必要があり、今ではModuleNotFoundError: No module named 'numpy.core._multiarray_umath'
取得し続けています。
以下の例は、1週間ほど前に正常に機能していました。
私は実際にすべてのPythonパッケージ(ここでの手順)を削除し、 ipyparallel
とopenbabel
を除いて、 apt-get
(Ubuntu 18.04.1 LTS)を使用してそれらを1つずつ再インストールすることになりました。 pip
を使用してインストールされました(どちらも問題とは無関係であると確信しています)。 以下の例は、このすべてのクリーンアップの_後に_実行されました。
最近、さまざまなパッケージで多くの人がこの問題を抱えているようです。
以下は、エラーを示すIPythonセッションです。
% ipython3
Python 3.6.7 (default, Oct 22 2018, 11:32:17)
Type "copyright", "credits" or "license" for more information.
IPython 5.5.0 -- An enhanced Interactive Python.
? -> Introduction and overview of IPython's features.
%quickref -> Quick reference.
help -> Python's own help system.
object? -> Details about 'object', use 'object??' for extra details.
In [1]: import pandas as pd
In [2]: pd.read_hdf("data.h5")
---------------------------------------------------------------------------
ModuleNotFoundError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-2-122d644764c1> in <module>()
----> 1 pd.read_hdf("data.h5")
/usr/lib/python3/dist-packages/pandas/io/pytables.py in read_hdf(path_or_buf, key, mode, **kwargs)
368 'contains multiple datasets.')
369 key = candidate_only_group._v_pathname
--> 370 return store.select(key, auto_close=auto_close, **kwargs)
371 except:
372 # if there is an error, close the store
/usr/lib/python3/dist-packages/pandas/io/pytables.py in select(self, key, where, start, stop, columns, iterator, chunksize, auto_close, **kwargs)
715 chunksize=chunksize, auto_close=auto_close)
716
--> 717 return it.get_result()
718
719 def select_as_coordinates(
/usr/lib/python3/dist-packages/pandas/io/pytables.py in get_result(self, coordinates)
1455
1456 # directly return the result
-> 1457 results = self.func(self.start, self.stop, where)
1458 self.close()
1459 return results
/usr/lib/python3/dist-packages/pandas/io/pytables.py in func(_start, _stop, _where)
708 return s.read(start=_start, stop=_stop,
709 where=_where,
--> 710 columns=columns, **kwargs)
711
712 # create the iterator
/usr/lib/python3/dist-packages/pandas/io/pytables.py in read(self, start, stop, **kwargs)
2902 blk_items = self.read_index('block%d_items' % i)
2903 values = self.read_array('block%d_values' % i,
-> 2904 start=_start, stop=_stop)
2905 blk = make_block(values,
2906 placement=items.get_indexer(blk_items))
/usr/lib/python3/dist-packages/pandas/io/pytables.py in read_array(self, key, start, stop)
2457
2458 if isinstance(node, tables.VLArray):
-> 2459 ret = node[0][start:stop]
2460 else:
2461 dtype = getattr(attrs, 'value_type', None)
/usr/lib/python3/dist-packages/tables/vlarray.py in __getitem__(self, key)
669 key += self.nrows
670 (start, stop, step) = self._process_range(key, key + 1, 1)
--> 671 return self.read(start, stop, step)[0]
672 elif isinstance(key, slice):
673 start, stop, step = self._process_range(
/usr/lib/python3/dist-packages/tables/vlarray.py in read(self, start, stop, step)
813 atom = self.atom
814 if not hasattr(atom, 'size'): # it is a pseudo-atom
--> 815 outlistarr = [atom.fromarray(arr) for arr in listarr]
816 else:
817 # Convert the list to the right flavor
/usr/lib/python3/dist-packages/tables/vlarray.py in <listcomp>(.0)
813 atom = self.atom
814 if not hasattr(atom, 'size'): # it is a pseudo-atom
--> 815 outlistarr = [atom.fromarray(arr) for arr in listarr]
816 else:
817 # Convert the list to the right flavor
/usr/lib/python3/dist-packages/tables/atom.py in fromarray(self, array)
1226 if array.size == 0:
1227 return None
-> 1228 return six.moves.cPickle.loads(array.tostring())
ModuleNotFoundError: No module named 'numpy.core._multiarray_umath'
いくつかの関連するファイルとバージョン:
In [4]: import pandas as pd
In [5]: pd.__file__
Out[5]: '/usr/lib/python3/dist-packages/pandas/__init__.py'
In [6]: pd.__version__
Out[6]: '0.22.0'
In [7]: pd.__path__
Out[7]: ['/usr/lib/python3/dist-packages/pandas']
In [8]: import tables
In [9]: tables.__file__
Out[9]: '/usr/lib/python3/dist-packages/tables/__init__.py'
In [10]: tables.__version__
Out[10]: '3.4.2'
In [11]: tables.__path__
Out[11]: ['/usr/lib/python3/dist-packages/tables']
In [12]: import six
In [13]: six.__file__
Out[13]: '/usr/lib/python3/dist-packages/six.py'
In [14]: six.__version__
Out[14]: '1.11.0'
In [15]: six.__path__
Out[15]: []
In [1]: import sys, numpy; print(numpy.__version__, sys.version)
1.13.3 3.6.7 (default, Oct 22 2018, 11:32:17)
[GCC 8.2.0]
In [2]: import pandas; pandas.show_versions()
INSTALLED VERSIONS
------------------
commit: None
python: 3.6.7.final.0
python-bits: 64
OS: Linux
OS-release: 4.15.0-43-generic
machine: x86_64
processor: x86_64
byteorder: little
LC_ALL: None
LANG: en_GB.UTF-8
LOCALE: pt_BR.UTF-8
pandas: 0.22.0
pytest: None
pip: 9.0.1
setuptools: 40.6.3
Cython: None
numpy: 1.13.3
scipy: 0.19.1
pyarrow: None
xarray: None
IPython: 5.5.0
sphinx: None
patsy: 0.4.1+dev
dateutil: 2.6.1
pytz: 2018.3
blosc: None
bottleneck: None
tables: 3.4.2
numexpr: 2.6.4
feather: None
matplotlib: 2.1.1
openpyxl: None
xlrd: None
xlwt: None
xlsxwriter: None
lxml: None
bs4: 4.6.0
html5lib: 0.999999999
sqlalchemy: None
pymysql: None
psycopg2: None
jinja2: 2.10
s3fs: None
fastparquet: None
pandas_gbq: None
pandas_datareader: None
Ubuntu 18.04.1LTSを使用しています。
% uname -a
Linux mothership 4.15.0-43-generic #46-Ubuntu SMP Thu Dec 6 14:45:28 UTC 2018 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
#11871で、 @ mattipはように述べています
c-extensionモジュール
_multiarray_umath
はnumpy 1.16.0の新機能であり、バージョンの組み合わせ、またはバージョンの期待値をどこかに示している可能性があります。 この問題はクローズされていることに注意してください。numpyに問題があると思われる場合は、何をしているかを正確に説明した新しい問題を開いてください。
numpy 1.13.3を使用しているのに、どうしてこのエラーが発生するのですか? すべての助けをありがとう!
numpy1.13.3のnumpy1.16に保存された配列の選択を解除しているようです
これは本当のバグのように見えます。 下位互換性を持たせるには、 ndarray.__module__
をオーバーライドする必要があると思います。
@tzickelは正しいとdata.h5
を最初から再生成し(スクリプトを使用しますが、今回は間違いなくnumpy 1.13.3を使用します)、上記のコードは機能しました。
% ipython3
Python 3.6.7 (default, Oct 22 2018, 11:32:17)
Type "copyright", "credits" or "license" for more information.
IPython 5.5.0 -- An enhanced Interactive Python.
? -> Introduction and overview of IPython's features.
%quickref -> Quick reference.
help -> Python's own help system.
object? -> Details about 'object', use 'object??' for extra details.
In [1]: import pandas as pd
In [2]: df = pd.read_hdf("data.h5")
In [3]: df.columns
Out[3]:
Index(['aonames', 'atombasis', 'atomcharges', 'atomcoords', 'atommasses',
'atomnos', 'charge', 'coreelectrons', 'enthalpy', 'entropy',
'freeenergy', 'gbasis', 'geotargets', 'geovalues', 'grads', 'homos',
'jobfilename', 'metadata', 'mocoeffs', 'moenergies', 'moments',
'mosyms', 'mult', 'natom', 'nbasis', 'nmo', 'optdone', 'optstatus',
'polarizabilities', 'pressure', 'scfenergies', 'scftargets',
'scfvalues', 'temperature', 'vibdisps', 'vibfreqs', 'vibirs',
'vibsyms'],
dtype='object')
In [4]: df["freeenergy"].head()
Out[4]:
0 -228.614123
1 -229.062884
2 -552.464074
3 -552.010916
4 -552.006776
Name: freeenergy, dtype: float64
私はそれが解決されたと信じているので、これを閉じます。 ありがとう@tzickel!
このエラーが解決されたとは思いません。 ピクルスファイルを使用していませんが、まったく同じエラーが発生します。
MACにいくつかの変更が加えられたため、最近このエラーが発生しました。 私はすべてのベストプラクティスに従いましたが、このエラーを解決できないようです。
MAC High Sierra(10.13.6)にアップグレード
python3.6とpython3.7の両方をインストールして、自作を使用して並べて実行し、ここに示すガイドラインに従いました。
https://stackoverflow.com/questions/51726203/installing-python3-6-alongside-python3-7-on-mac
Python3.6.5と他のモジュールの束を使用するように新しい仮想環境をセットアップします。
このエラーは仮想環境で発生します。 ノートブックとコマンドラインPythonコードの両方でエラーが発生します。 Pythonコードは、このメッセージ以外のエラーなしで100%正しく実行されます。
python my_py_file.py
ModuleNotFoundError:「numpy.core._multiarray_umath」という名前のモジュールがありません
ModuleNotFoundError:「numpy.core._multiarray_umath」という名前のモジュールがありません
ModuleNotFoundError:「numpy.core._multiarray_umath」という名前のモジュールがありません
ModuleNotFoundError:「numpy.core._multiarray_umath」という名前のモジュールがありません
venvを削除して再作成しましたが、エラーが解決しません。 おそらく、すべてのコードは他のエラーなしで実行を続けます。
次に何をすべきかわかりません。 解決策がある場合は、私に知らせてください。そうでない場合は、この問題を解決しないでください。
同様の問題がここで追跡されています:
https://github.com/alpacahq/pylivetrader/issues/73
参考までに、次のようにnumpyとpandasを強制的に再インストールすることで、この問題を解決しました。
pip install --upgrade --force-reinstall numpy == 1.14.5
pip install --upgrade --force-reinstall pandas == 0.22.0
これ以上のエラーメッセージはありません。
この問題を解決しました!
トレースバック(最後の最後の呼び出し):
ファイル "
ファイル "/home/vivek/anaconda3/envs/Voiceattn/lib/python3.6/site-packages/numpy/lib/npyio.py"、行421、ロード中
pickle_kwargs = pickle_kwargs)
ファイル "/home/vivek/anaconda3/envs/Voiceattn/lib/python3.6/site-packages/numpy/lib/format.py"、行650、read_array
配列= pickle.load(fp、** pickle_kwargs)
ModuleNotFoundError:「numpy.core._multiarray_umath」という名前のモジュールがありません
numpy 1.16.0
パンダ0.22.0
pip 18.1 py36_0
python 3.6.8 h0371630_0
お役に立てれば!
この問題を解決しました!
1. I was getting the same issue in numpy.load('myfile.py'):
トレースバック(最後の最後の呼び出し):
ファイル ""、1行目、
ファイル "/home/vivek/anaconda3/envs/Voiceattn/lib/python3.6/site-packages/numpy/lib/npyio.py"、行421、ロード中
pickle_kwargs = pickle_kwargs)
ファイル "/home/vivek/anaconda3/envs/Voiceattn/lib/python3.6/site-packages/numpy/lib/format.py"、行650、read_array
配列= pickle.load(fp、** pickle_kwargs)
ModuleNotFoundError:「numpy.core._multiarray_umath」という名前のモジュールがありません1. Inside an Anaconda virtual env, the following config solved this issue in my case.
numpy 1.16.0
パンダ0.22.0
pip 18.1 py36_0
python 3.6.8 h0371630_01. OS X version: macOS High Sierra v10.13.6
お役に立てれば!
この問題を抱えていて、これで私も問題を解決しました。 ありがとう!
numpyをpipで更新すると、機能します。
pip install --upgrade numpy
@mlsmallありがとう。 それは魔法です。
最も参考になるコメント
参考までに、次のようにnumpyとpandasを強制的に再インストールすることで、この問題を解決しました。
pip install --upgrade --force-reinstall numpy == 1.14.5
pip install --upgrade --force-reinstall pandas == 0.22.0
これ以上のエラーメッセージはありません。