Pyradiomics: 使用 int 参数调用 sitk 函数不适用于 Python 3

创建于 2017-02-17 · 10评论 · 资料来源: AIM-Harvard/pyradiomics

@jcfr使用 Python 3.5 时，在imageoperations.py#L187中实现的重新采样不起作用。

sitk.ResampleImageFilter接受 uint32_t 参数。在 Python 2.7 中，通过np.int可以正常工作。但是，在 Python 3 中，这不再有效。

例子：

rif = sitk.ResampleImageFilter()
rif.SetSize(np.array([1, 2, 3], dtype='int'))

TypeError: in method 'ResampleImageFilter_SetSize', argument 2 of type 'std::vector< uint32_t,std::allocator< uint32_t > > const &'

python 2和3的哪个numpy类型会导致uint32_t？使用np.uint32我得到同样的错误。

使用arr = [int(x) for x in arr]将数组转换为 python int $ 可以解决问题，但很难看......

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haarburger

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np.array([1, 2, 3], dtype='int').tolist()可以解决问题。我很快就会创建一个 PR。

haarburger 于 2017-02-17

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所有10条评论

@haarburger ，感谢您的提醒！这种转换之前给我们带来了麻烦（并通过强制转换为'int'来修复它，但显然不适用于python 3）。我们将对其进行研究以使其与 python 3 兼容。如果您在此期间找到解决方案，我们欢迎您的贡献。

JoostJM 于 2017-02-17

np.array([1, 2, 3], dtype='int').tolist()可以解决问题。我很快就会创建一个 PR。

haarburger 于 2017-02-17

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rif = sitk.ResampleImageFilter()
rif.SetSize(np.array([1, 2, 3], dtype='int'))
TypeError：在“ResampleImageFilter_SetSize”方法中，“std::vector< uint32_t,std::allocator<uint32_t >> const &”类型的参数 2

np.array([1, 2, 3], dtype='int').tolist() 可以解决问题。我很快就会创建一个 PR。

@blowekamp改进包装层以直接将 numpy 数组理解为参数是否有意义？

jcfr 于 2017-02-17

我会尝试对 numpy 数组使用无符号整数类型。
np.array([1, 2, 3], dtype='uint32')

Swig 包装层确实理解 numpy 数组。它不会将 numpy 有符号整数数组隐式转换为无符号数组类型。

2017 年 2 月 17 日下午 5:40，Jean-Christophe Fillion-Robin [email protected]写道：
rif = sitk.ResampleImageFilter()
rif.SetSize(np.array([1, 2, 3], dtype='int'))
TypeError：在“ResampleImageFilter_SetSize”方法中，“std::vector< uint32_t,std::allocator<uint32_t >> const &”类型的参数 2
np.array([1, 2, 3], dtype='int').tolist() 可以解决问题。我很快就会创建一个 PR。
@blowekamp改进包装层以直接将 numpy 数组理解为参数是否有意义？
—
你收到这个是因为你被提到了。
直接回复此电子邮件，在 GitHub 上查看它，或将线程静音。

blowekamp 于 2017-02-18

@blowekamp实际上， np.array([1, 2, 3], dtype='uint32')是我尝试的第一件事，但它不起作用。

haarburger 于 2017-02-18

@haarburger ，你也试过'uint'吗？

JoostJM 于 2017-02-18

是的，也不起作用。

haarburger 于 2017-02-18

我将不得不进一步研究。您能否创建一个SimpleITK 问题，并包括 SimpleITK 版本、操作系统、Python 分发等。问题发生在哪里？

你检查过 SimpleITK 1.0rc1 是否有同样的问题吗？

blowekamp 于 2017-02-18

@blowekamp 1.0rc1也会出现问题。

haarburger 于 2017-02-19

由 #205 解决

JoostJM 于 2017-02-21

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