Shapeworks: 在 MacOS 上使用“femur --groom_images”崩溃

创建于 2021-03-25 · 23评论 · 资料来源: SCIInstitute/ShapeWorks

$ python RunUseCase.py --use_case femur --groom_images

...

##### 居中

输入文件名：Output/femur/groomed/com_aligned/images/m03_L_1x_hip.isores.pad.com.nrrd
输出文件名：输出/股骨/修饰/中心/图像/m03_L_1x_hip.isores.pad.com.center.nrrd
输入文件名：Output/femur/groomed/com_aligned/images/m04_L_1x_hip.isores.pad.com.nrrd
.....
输入文件名：Output/femur/groomed/com_aligned/images/n19_L_1x_hip.isores.pad.com.nrrd
输出文件名：输出/股骨/修饰/中心/图像/n19_L_1x_hip.isores.pad.com.center.nrrd
输入文件名：Output/femur/groomed/com_aligned/images/n19_R_1x_hip.reflect.isores.pad.com.nrrd
输出文件名：输出/股骨/修饰/中心/图像/n19_R_1x_hip.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
zsh：分段错误 python RunUseCase.py --use_case femur --groom_images

这是在带有 RC10 的 MacOS 上。

QA bug

资料来源

akenmorris

所有23条评论

它会与 tiny_test 崩溃吗？

archanasri 于 2021-03-25

tiny_test 不会崩溃。

akenmorris 于 2021-03-25

可能与反射的股骨有关，因为微小的测试只剩下股骨。

jadie1 于 2021-03-25

更新：我仔细检查了一下，它似乎可以在 Linux 上运行。

akenmorris 于 2021-03-25

我尝试用 2 个左股骨和 1 个右股骨运行 tiny_test。那里没有问题。

archanasri 于 2021-03-25

* thread #1, queue = 'com.apple.main-thread', stop reason = EXC_BAD_ACCESS (code=1, address=0x0)
  * frame #0: 0x000000016b8612ad libvnl_algo.dylib`vnl_qr<double>::vnl_qr(this=0x00007ffeefbfd568, M=0x00007ffeefbfd6f0) at vnl_qr.hxx:51:24 [opt]
    frame #1: 0x000000016b85cf1d libvnl_algo.dylib`double vnl_determinant<double>(M=<unavailable>, balance=<unavailable>) at vnl_determinant.hxx:107:14 [opt]
    frame #2: 0x00000003dec807ac _ITKIOImageBasePython.so`___lldb_unnamed_symbol9961$$_ITKIOImageBasePython.so + 252
    frame #3: 0x00000003deba7ff4 _ITKIOImageBasePython.so`___lldb_unnamed_symbol7056$$_ITKIOImageBasePython.so + 132
    frame #4: 0x00000003dec80586 _ITKIOImageBasePython.so`___lldb_unnamed_symbol9956$$_ITKIOImageBasePython.so + 38
    frame #5: 0x00000003dea1d188 _ITKIOImageBasePython.so`___lldb_unnamed_symbol1480$$_ITKIOImageBasePython.so + 1560
    frame #6: 0x00000003ded50753 _ITKIOImageBasePython.so`itk::ProcessObject::UpdateOutputInformation() + 351
    frame #7: 0x00000003dec7fec2 _ITKIOImageBasePython.so`___lldb_unnamed_symbol9945$$_ITKIOImageBasePython.so + 70
    frame #8: 0x00000003ded5b6f4 _ITKIOImageBasePython.so`itk::DataObject::Update() + 18
    frame #9: 0x000000041a65c177 _ITKCommonPython.so`___lldb_unnamed_symbol8759$$_ITKCommonPython.so + 58
    frame #10: 0x000000010002c843 python`_PyMethodDef_RawFastCallKeywords + 131
    frame #11: 0x000000010002c1d6 python`_PyObject_FastCallKeywords + 598
    frame #12: 0x0000000100164bb7 python`call_function + 455
    frame #13: 0x000000010015c604 python`_PyEval_EvalFrameDefault + 20180
    frame #14: 0x0000000100155f04 python`_PyEval_EvalCodeWithName + 532
    frame #15: 0x000000010002c5e3 python`_PyFunction_FastCallKeywords + 403
    frame #16: 0x0000000100164aa7 python`call_function + 183
    frame #17: 0x000000010015c604 python`_PyEval_EvalFrameDefault + 20180
    frame #18: 0x000000010002c535 python`_PyFunction_FastCallKeywords + 229
    frame #19: 0x0000000100164aa7 python`call_function + 183
    frame #20: 0x000000010015cdb0 python`_PyEval_EvalFrameDefault + 22144
    frame #21: 0x0000000100155f04 python`_PyEval_EvalCodeWithName + 532
    frame #22: 0x000000010002c5e3 python`_PyFunction_FastCallKeywords + 403
    frame #23: 0x0000000100164aa7 python`call_function + 183
    frame #24: 0x000000010015c604 python`_PyEval_EvalFrameDefault + 20180
    frame #25: 0x0000000100155f04 python`_PyEval_EvalCodeWithName + 532
    frame #26: 0x00000001001c1afb python`PyRun_FileExFlags + 235
    frame #27: 0x00000001001c14c6 python`PyRun_SimpleFileExFlags + 502
    frame #28: 0x00000001001ede30 python`pymain_run_file + 160
    frame #29: 0x00000001001ed72b python`pymain_run_filename + 123
    frame #30: 0x00000001001ecf11 python`pymain_run_python + 145
    frame #31: 0x00000001001ecb8b python`pymain_main + 27
    frame #32: 0x00000001000018c9 python`main + 89
    frame #33: 0x00007fff6aedfcc9 libdyld.dylib`start + 1
    frame #34: 0x00007fff6aedfcc9 libdyld.dylib`start + 1

这可能与#1168有关吗？

akenmorris 于 2021-03-25

为什么 ITKIOImageBasePython.so 出现在此堆栈跟踪中？我以为我们正在使用 shapeworks python 绑定（例如 Image 类）？

akenmorris 于 2021-03-25

此外，lldb 在崩溃之前发出了一些警告：

2021-03-25 11:57:01.360622-0600 python[22532:5953417] dynamic_cast error 1: Both of the following type_info's should have public visibility. At least one of them is hidden. N3itk10DataObjectE, N3itk5ImageIfLj3EEE.
2021-03-25 11:57:01.360667-0600 python[22532:5953417] dynamic_cast error 2: One or more of the following type_info's has hidden visibility or is defined in more than one translation unit. They should all have public visibility. N3itk10DataObjectE, N3itk5ImageIfLj3EEE, N3itk9ImageBaseILj3EEE.
2021-03-25 11:57:01.905525-0600 python[22532:5953417] dynamic_cast error 1: Both of the following type_info's should have public visibility. At least one of them is hidden. N3itk10DataObjectE, N3itk5ImageIfLj3EEE.
2021-03-25 11:57:01.905556-0600 python[22532:5953417] dynamic_cast error 2: One or more of the following type_info's has hidden visibility or is defined in more than one translation unit. They should all have public visibility. N3itk10DataObjectE, N3itk5ImageIfLj3EEE, N3itk9ImageBaseILj3EEE.
2021-03-25 11:57:02.113545-0600 python[22532:5953417] dynamic_cast error 1: Both of the following type_info's should have public visibility. At least one of them is hidden. N3itk10DataObjectE, N3itk5ImageIfLj3EEE.
2021-03-25 11:57:02.113577-0600 python[22532:5953417] dynamic_cast error 2: One or more of the following type_info's has hidden visibility or is defined in more than one translation unit. They should all have public visibility. N3itk10DataObjectE, N3itk5ImageIfLj3EEE, N3itk9ImageBaseILj3EEE.
2021-03-25 11:57:02.646500-0600 python[22532:5953417] dynamic_cast error 1: Both of the following type_info's should have public visibility. At least one of them is hidden. N3itk10DataObjectE, N3itk5ImageIfLj3EEE.
2021-03-25 11:57:02.646531-0600 python[22532:5953417] dynamic_cast error 2: One or more of the following type_info's has hidden visibility or is defined in more than one translation unit. They should all have public visibility. N3itk10DataObjectE, N3itk5ImageIfLj3EEE, N3itk9ImageBaseILj3EEE.
2021-03-25 11:57:03.535838-0600 python[22532:5953417] dynamic_cast error 1: Both of the following type_info's should have public visibility. At least one of them is hidden. N3itk10DataObjectE, N3itk5ImageIfLj3EEE.
2021-03-25 11:57:03.535870-0600 python[22532:5953417] dynamic_cast error 2: One or more of the following type_info's has hidden visibility or is defined in more than one translation unit. They should all have public visibility. N3itk10DataObjectE, N3itk5ImageIfLj3EEE, N3itk9ImageBaseILj3EEE.
2021-03-25 11:57:05.224328-0600 python[22532:5953417] dynamic_cast error 1: Both of the following type_info's should have public visibility. At least one of them is hidden. N3itk10DataObjectE, N3itk5ImageIfLj3EEE.
2021-03-25 11:57:05.224362-0600 python[22532:5953417] dynamic_cast error 2: One or more of the following type_info's has hidden visibility or is defined in more than one translation unit. They should all have public visibility. N3itk10DataObjectE, N3itk5ImageIfLj3EEE, N3itk9ImageBaseILj3EEE.

akenmorris 于 2021-03-25

这是否也发生在左心房用例的居中步骤中？

jadie1 于 2021-03-25

它在调试中也会崩溃吗？它可能会泄露更完整的堆栈跟踪。自从
图像是围绕 itk::Image 构建的，一些对 ShapeWorks Image 函数的调用
可能只是优化了。

很久以前很远（分支可能不再存在）我试图建立
itk 的 Python 绑定以及 build_dependencies 中的 itk，但我没有
成功的。我怀疑值得再试一次，尤其是因为 conda/pip 是
尤其是安装一些（但不是全部）itk python 的不同版本
组件（5.0 和 5.1），一个公然的麻烦配方。

2021 年 3 月 25 日星期四上午 11:59 艾伦·莫里斯@ 。 * >
写道：

线程 #1，队列 = 'com.apple.main-thread'，停止原因 = EXC_BAD_ACCESS（代码 = 1，地址 = 0x0）

帧 #0：0x000000016b8612ad libvnl_algo.dylib vnl_qr<double>::vnl_qr(this=0x00007ffeefbfd568, M=0x00007ffeefbfd6f0) at vnl_qr.hxx:51:24 [opt] frame #1: 0x000000016b85cf1d libvnl_algo.dylib双 vnl_determinant(M=, 余额=) 在 vnl_determinant。 hxx:107 :14 [选择]

帧 #2：0x00000003dec807ac _ITKIOImageBasePython.so ___lldb_unnamed_symbol9961$$_ITKIOImageBasePython.so + 252 frame #3: 0x00000003deba7ff4 _ITKIOImageBasePython.so ___lldb_unnamed_symbol7056$$_ITKIOImageBasePython.so + 132

第 4 帧：0x00000003dec80586 _ITKIOImageBasePython.so ___lldb_unnamed_symbol9956$$_ITKIOImageBasePython.so + 38 frame #5: 0x00000003dea1d188 _ITKIOImageBasePython.so ___lldb_unnamed_symbol1480$$_ITKIOImageBasePython.so + 1560

第 6 帧：0x00000003ded50753 _ITKIOImageBasePython.so itk::ProcessObject::UpdateOutputInformation() + 351 frame #7: 0x00000003dec7fec2 _ITKIOImageBasePython.so ___lldb_unnamed_symbol9945$$_ITKIOImageBasePython.so + 70

帧 #8：0x00000003ded5b6f4 _ITKIOImageBasePython.so itk::DataObject::Update() + 18 frame #9: 0x000000041a65c177 _ITKCommonPython.so ___lldb_unnamed_symbol8759$$_ITKCommonPython.so + 58

第 10 帧：0x000000010002c843 python _PyMethodDef_RawFastCallKeywords + 131 frame #11: 0x000000010002c1d6 python _PyObject_FastCallKeywords + 598

第 12 帧：0x0000000100164bb7 蟒蛇call_function + 455 frame #13: 0x000000010015c604 python _PyEval_EvalFrameDefault + 20180

第 14 帧：0x0000000100155f04 python _PyEval_EvalCodeWithName + 532 frame #15: 0x000000010002c5e3 python _PyFunction_FastCallKeywords + 403

第 16 帧：0x0000000100164aa7 python call_function + 183 frame #17: 0x000000010015c604 python _PyEval_EvalFrameDefault + 20180

第 18 帧：0x000000010002c535 python _PyFunction_FastCallKeywords + 229 frame #19: 0x0000000100164aa7 python call_function + 183

第 20 帧：0x000000010015cdb0 python _PyEval_EvalFrameDefault + 22144 frame #21: 0x0000000100155f04 python _PyEval_EvalCodeWithName + 532

第 22 帧：0x000000010002c5e3 python _PyFunction_FastCallKeywords + 403 frame #23: 0x0000000100164aa7 python call_function + 183

第 24 帧：0x000000010015c604 python _PyEval_EvalFrameDefault + 20180 frame #25: 0x0000000100155f04 python _PyEval_EvalCodeWithName + 532

第 26 帧：0x00000001001c1afb python PyRun_FileExFlags + 235 frame #27: 0x00000001001c14c6 python PyRun_SimpleFileExFlags + 502

第 28 帧：0x00000001001ede30 python pymain_run_file + 160 frame #29: 0x00000001001ed72b python pymain_run_filename + 123

第 30 帧：0x00000001001ecf11 python pymain_run_python + 145 frame #31: 0x00000001001ecb8b python pymain_main + 27

第 32 帧：0x00000001000018c9 python main + 89 frame #33: 0x00007fff6aedfcc9 libdyld.dylib start + 1

第 34 帧：0x00007fff6aedfcc9 libdyld.dylib`start + 1

这可能与#1168有关吗
https://github.com/SCIInstitute/ShapeWorks/issues/1168
—
你收到这个是因为你被分配了。
直接回复本邮件，在GitHub上查看
https://github.com/SCIInstitute/ShapeWorks/issues/1179#issuecomment-807193351 ，
或取消订阅
https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AAJT3EKCRFSERHDJ5XDPHCDTFN2ZPANCNFSM4ZZUXDBQ
.

cchriste 于 2021-03-25

更新。好吧，我对 Python 输出感到困惑，我认为它仍然处于中心步骤，因为没有进一步的输出。它在 FindReferenceImage 中崩溃：

    dim = itk.GetArrayFromImage(itk.imread(inDataList[i])).shape

我的猜测是问题在于我们在内存中加载了两个不同的 ITK 库。 👎

akenmorris 于 2021-03-25

很久以前（分支可能不再存在）我试图在 build_dependencies 中与 itk 一起构建 itk 的 Python 绑定，但我没有成功。我怀疑它值得再试一次，特别是因为 conda/pip 特别安装了一些（但不是全部）itk python 组件（5.0 和 5.1）的不同版本，这是一个公然的麻烦秘诀。

我同意这可能会解决这个问题，但是 #1168 呢。那么我们是否需要从头开始构建 itkwidgets 并提供它，以便它使用我们的 ITK 构建？

akenmorris 于 2021-03-25

😕1

我同意这可能会解决这个问题，但是 #1168 呢。那么我们是否需要从头开始构建 itkwidgets 并提供它，以便它使用我们的 ITK 构建？

如果这是共享库问题，也许我们可以在运行笔记本之前设置 LD_LIBRARY_PATH。
更新：我试过了，结果是一样的
更新 2：我只尝试了 #1168 用例，而不是这个用例。

cchriste 于 2021-03-26

它在 FindReferenceImage 中崩溃：
    dim = itk.GetArrayFromImage(itk.imread(inDataList[i])).shape

ShapeWorks 不参与此调用。我想知道通过pdb运行它是否可以清除更多信息：
python -m pub RunUseCase.py --use_case femur --groom_images （然后按'r'运行）

（我现在正在运行它。崩溃需要多长时间？有没有人能够减少这种情况？）
更新：它需要这么长时间（~一个小时），但不太有用的是它只报告一个段错误，甚至不会让你留在调试器中。我没有看到对外部脚本的调用，所以我对此感到困惑。

cchriste 于 2021-03-26

问题似乎是 python ITK 库正在解析和调用我们的 VXL 库，而不是它构建的库：

  * frame #0: 0x000000016b8612ad libvnl_algo.dylib`vnl_qr<double>::vnl_qr(this=0x00007ffeefbfd568, M=0x00007ffeefbfd6f0) at vnl_qr.hxx:51:24 [opt]
    frame #1: 0x000000016b85cf1d libvnl_algo.dylib`double vnl_determinant<double>(M=<unavailable>, balance=<unavailable>) at vnl_determinant.hxx:107:14 [opt]
    frame #2: 0x00000003dec807ac _ITKIOImageBasePython.so`___lldb_unnamed_symbol9961$$_ITKIOImageBasePython.so + 252
    frame #3: 0x00000003deba7ff4 _ITKIOImageBasePython.so`___lldb_unnamed_symbol7056$$_ITKIOImageBasePython.so + 132

回想一下，我们使用备用 VXL/VNL 构建我们的 ITK，而不是 ITK。 libvnl_algo.dylib是我们的， _ITKIOImageBasePython.so来自 conda。

我们正在混合不同的版本，所以它崩溃也就不足为奇了。

akenmorris 于 2021-03-26

@archanasri和我只是尝试颠倒包含的顺序（再次测试＃1168），但失败了。
我认为 #1168 问题的解决方案是让我们简单地构建 itkwidgets（我们现在正在尝试）。
对于这个问题，我们可以像将它指向我们的eigen一样将 itk 指向我们的vnl eigen吗？

cchriste 于 2021-03-26

我们已经拥有使用 VXL 的 ITK。

-DITK_USE_SYSTEM_VXL=on -DVXL_DIR=${INSTALL_DIR}

akenmorris 于 2021-03-26

更新。好吧，我对 Python 输出感到困惑，我认为它仍然处于中心步骤，因为没有进一步的输出。它在 FindReferenceImage 中崩溃：
    dim = itk.GetArrayFromImage(itk.imread(inDataList[i])).shape
我的猜测是问题在于我们在内存中加载了两个不同的 ITK 库。 👎

我们可以使用 shapeworks.Image.toArray() 而不是使用 python itk。所以我换了

dim = itk.GetArrayFromImage(itk.imread(inDataList[i])).shape

和

img = Image(inDataList[i])
tmp = img.toArray()
dim = tmp.shape

它现在不会崩溃。

archanasri 于 2021-03-26

🎉1

不错的@archanasri。是的，我想我们可以通过这种方式绕过它。我们基本上需要确保我们不会同时使用 python itk + 我们的 itk。我认为 itkwidgets 问题是更大的问题，因为我认为它在内部使用 ITK python 接口。

akenmorris 于 2021-03-26

是的，我们无法构建 itkwidgets。
我们需要找到一种方式让 itkwidgets 使用我们的 itk。

archanasri 于 2021-03-26

是的，我们无法构建 itkwidgets。
我们需要找到一种方式让 itkwidgets 使用我们的 itk。

在 itkwidgets 0.32.0（最新标记版本）setup.py 中，它指定了以下要求：

    'install_requires': [
        'colorcet>=2.0.0',
        'itk-core>=5.1.0.post2',
        'itk-filtering>=5.1.0.post2',
        'itk-meshtopolydata>=0.6.2',
        'ipydatawidgets>=4.0.1',
        'ipywidgets>=7.5.1',
        'ipympl>=0.4.1',
        'matplotlib',
        'numpy',
        'six',
        'zstandard',
    ],

对于 itk，我认为这让我们重新开始构建 Python。
解决此问题的另一种方法是确保这些版本是 pip（主要是）和 conda 安装的版本。
我系统上所有这些的版本都是较新的。

这是我所拥有的：

(shapeworks) cam<strong i="15">@ananda</strong>:~/code/ShapeWorks/ShapeWorks/Examples/Python$ conda list | grep itk
itk                       5.0.1                    pypi_0    pypi
itk-core                  5.1.2                    pypi_0    pypi
itk-filtering             5.1.2                    pypi_0    pypi
itk-io                    5.0.1                    pypi_0    pypi
itk-meshtopolydata        0.6.3                    pypi_0    pypi
itk-numerics              5.1.2                    pypi_0    pypi
itk-registration          5.0.1                    pypi_0    pypi
itk-segmentation          5.0.1                    pypi_0    pypi
itkwidgets                0.32.0                   pypi_0    pypi
(shapeworks) cam<strong i="16">@ananda</strong>:~/code/ShapeWorks/ShapeWorks/Examples/Python$ conda list | grep ipy
brotlipy                  0.7.0           py37hf967b71_1001    conda-forge
ipycanvas                 0.8.2                    pypi_0    pypi
ipydatawidgets            4.2.0                    pypi_0    pypi
ipyevents                 0.8.2                    pypi_0    pypi
ipykernel                 5.5.0            py37he01cfaa_1    conda-forge
ipympl                    0.7.0                    pypi_0    pypi
ipython                   7.21.0           py37he01cfaa_0    conda-forge
ipython_genutils          0.2.0                      py_1    conda-forge
ipyvtk-simple             0.1.4                    pypi_0    pypi
ipywidgets                7.6.3                    pypi_0    pypi

一个危险信号是 itk-io、-registration、-segmentation 的 5.0.1 版本，最重要的是，itk 本身。

cchriste 于 2021-03-26

我将 pip 安装更新为最新（有一些原因我们不能这样做，但现在把它放在一边）并重建所有依赖项。 #1168 仍然以其中描述的所有相同方式崩溃。

cchriste 于 2021-03-26

固定的。

akenmorris 于 2021-03-31

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Shapeworks: 在 MacOS 上使用“femur --groom_images”崩溃

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