我突然想到椭球数据集已经改变。 有人可以解释“v0”和“v1”之间的区别吗？ ShapeWorks 5.5 在当前的椭球数据集/参数上没有表现得更好。 @sheryjoe @jadie1 @iyerkrithika21

@akenmorris "v1" 是使用 ShapeCohortGenPackage 生成的未经修饰的椭球数据集。 它包括以下所有变化模式和世代选项：

1. 随机半径
2. 随机取向
3. 一些触及边界的细分
4. 随机中心
5. 随机化图像的大小以包含更多背景

而旧数据集只有一种变化模式，我想。 @jadie1 ，如果我对 v0 有错误，请纠正我。

@jadie1我们之前同意我们将提供两个椭球数据集，一个对齐（类似于 v0）和一个未对齐（以演示修饰）。 我认为 v1 是后者。

是的 ellipsoid-v1 就像@iyerkrithika21所描述的那样，所以它应该有不止一种变化模式。 ellipsoid-v0 是未修饰版本与修饰版本相同的原始数据。
我们还添加了 ellipsoid_aligned-v1，它是使用群组生成代码生成的，就像 ellipsoid-v1 一样，但它已经对齐（中心、方向和图像大小相同）。 ellipsoid-v0 和 ellipsoid_aligned-v1 之间的区别在于 ellipsoid-v0 只有一种变化模式，而 ellipsoid_aligned-v1 沿所有半径变化。

是的 ellipsoid-v1 就像@iyerkrithika21所描述的那样，所以它应该有不止一种变化模式。 ellipsoid-v0 是未修饰版本与修饰版本相同的原始数据。

为什么 v1 应该有更多的模式？ 此数据的用例应排除与未对齐相关的模式。

我们还添加了 ellipsoid_aligned-v1，它是使用群组生成代码生成的，就像 ellipsoid-v1 一样，但它已经对齐（中心、方向和图像大小相同）。 ellipsoid-v0 和 ellipsoid_aligned-v1 之间的区别在于 ellipsoid-v0 只有一种变化模式，而 ellipsoid_aligned-v1 沿所有半径变化。

这变得有点令人困惑。 我们是否需要保留两个对齐的椭球数据，一个具有一种模式，另一种具有三种模式？ 我认为对齐应该只有一种模式（选择一个半径进行变化），因为这应该是最简单的优化玩具示例。

无论变异模式的对齐方式或数量如何，这组参数都显示出较差的对应性和采样性：

是的 ellipsoid-v1 就像@iyerkrithika21所描述的那样，所以它应该有不止一种变化模式。 ellipsoid-v0 是未修饰版本与修饰版本相同的原始数据。

为什么 v1 应该有更多的模式？ 此数据的用例应排除与未对齐相关的模式。

因为半径沿所有三个轴都不同，所以应该有更多的变化模式，对吗？

我们还添加了 ellipsoid_aligned-v1，它是使用群组生成代码生成的，就像 ellipsoid-v1 一样，但它已经对齐（中心、方向和图像大小相同）。 ellipsoid-v0 和 ellipsoid_aligned-v1 之间的区别在于 ellipsoid-v0 只有一种变化模式，而 ellipsoid_aligned-v1 沿所有半径变化。

这变得有点令人困惑。 我们是否需要保留两个对齐的椭球数据，一个具有一种模式，另一种具有三种模式？ 我认为对齐应该只有一种模式（选择一个半径进行变化），因为这应该是最简单的优化玩具示例。

我可以删除 ellipsoid_aligned-v1 或 ellipsoid-v0。 我们没有同时使用两者的用例，我只是为使用旧版 ShapeWorks 的用户留下了 ellpsoid-v0。 这是创建 ellpsoid_aligned-v1 的最初要求：“我们可以通过禁用所有转换，使用与 v1 相同的代码重新生成 v0？这样我们就能保持一致性，并同时拥有分割和漂亮的网格来测试固定域和切割平面。”

我不确定为什么模型的对应关系很差。 我猜参数需要重新调整？ 我应该尝试使用仅沿一个半径变化的新椭球吗？

装修也有问题：

请注意，椭球 9 甚至不与其他椭球居中。

这是椭圆体示例或图像库中的问题吗？ @cchriste @archanasri @jadie1 @iyerkrithika21

这就是经过修饰的椭球在 Windows 和 Linux 中寻找我的方式。
Ellipsoid 9 似乎以我为中心。

看起来也以我为中心 - 只需在 release_v6.0 分支上再次运行它

不过，对应点对我来说也不是很好，也许它需要更多平滑？ 对我来说，它看起来有四种变化模式——第一种是尺寸，接下来的三种是 x、y 和 z 方向的半径。

@jadie1 ， @iyerkrithika21 ，我只是在不同的 Mac 上尝试过，全新安装的 shape 工作 6.0 RC5，新的 conda 安装，一切。 查看样本的对齐方式（甚至不需要查看 DT）：

https://user-images.githubusercontent.com/1693349/110035220-9c3e6300-7cf8-11eb-9cd0-9162212dd61c.mp4

哦，哈，@ jadie1，@ iyerkrithika21，你必须关闭center在Studio复选框，否则将自动居中他们为你进行显示。 请在偏心的情况下再次检查。

哦，是的，我现在明白了。 我刚刚运行了使用相同数据的 Getting-started-with-grooming-segmentations.ipynb，在我看来它有同样的问题，但还不错。 在此处查看最后一个视频： http :

我想我们可以逐行浏览用例和笔记本，看看修饰的不同之处......

从头开始，笔记本和用例距离变换具有相同的中心/对齐问题。 与笔记本的距离变换更平滑。
@akenmorris您是否认为偏离中心可能只是因为数据集（大小、方向、半径等）存在大量变化？

他们正在与ICP保持一致？

是的，参考是 ellipsoid_14

那么你认为它最终只会沿着一侧对齐椭圆体 9 吗？

我不确定我们应该如何解决这个问题。 ICP之后，应该申请重心运算吗？

@sheryjoe 有什么想法吗？ 将此转换作为形状模型的一部分来捕获似乎是错误的。

@akenmorris哪个翻译？ 我在视频中看不到这一点。 您是否对质心对齐步骤进行了质量控制？ 此外，在某些情况下，ICP 迭代次数可能很重要。

椭球不居中，因此形状模型必须捕获平移。

椭球不居中，因此形状模型必须捕获平移。

COM 应该将它们居中。

COM 应该将它们居中。

我同意，但是 ICP 是不是将它们偏心以匹配一侧？

COM 应该将它们居中。

我同意，但是 ICP 是不是将它们偏心以匹配一侧？

ICP 的影响在 COM 之后应该是最小的，除非参考不是真正的中间形状。

这里是什么状态？ 有人在做这方面的工作吗？ 我认为有两个独立的问题，修饰和优化参数。

@jadie1 @iyerkrithika21 有什么更新吗？

当我在 Studio 中整理分段时，DT 看起来像这样：

所以看起来ICP可能会在梳理过程中引起一些问题。

正确的。 Ellipsoid 9 居中之前：

       """ Apply rigid alignment """
        ref = FindReferenceImage(comFiles)
        alignedFiles = applyRigidAlignment(groomDir + "aligned/segmentations", ref, comFiles)

之后，它是去中心化的：

@akenmorris当我尝试在没有 ICP 的情况下优化 Studio 中的椭球时，我收到此消息。

我尝试了 3 种不同级别的填充 - 10、30、50。 但这些都没有帮助。
而且在 python 用例中，我尝试跳过rigidAlignment步骤，但出现了这个边界框错误。

############## Cropping ##############
Traceback (most recent call last):
  File "RunUseCase.py", line 94, in <module>
    module.Run_Pipeline(args)
  File "/home/sci/iyerkrithika/ShapeWorks/Examples/Python/ellipsoid.py", line 96, in Run_Pipeline
    croppedFiles = applyCropping(groomDir + "cropped/segmentations", comFiles, comFiles)
  File "/home/sci/iyerkrithika/ShapeWorks/Examples/Python/GroomUtils.py", line 216, in applyCropping
    region = ImageUtils.boundingBox(bbDataList)
ValueError: Image sizes do not match (Output/ellipsoid/groomed/com_aligned/segmentations/ellipsoid_01.isores.center.com.nrrd)

这个错误没有意义，因为ImageUtils.boundingBox()应该能够给出最大的边界框。
@jadie1您认为这可能与我们在股骨用例中看到的问题有关吗？

@iyerkrithika21 ，你能告诉我更多关于你如何在工作室运行这些吗？ 如果我必须根据角落中的文件名进行猜测，您可能导入了二进制分段，跳过了修饰并单击了运行？ 它们需要是距离变换。

@iyerkrithika21 ，你能告诉我更多关于你如何在工作室运行这些吗？ 如果我必须根据角落中的文件名进行猜测，您可能导入了二进制分段，跳过了修饰并单击了运行？ 它们需要是距离变换。

我导入了分段，在工作室里跑了新郎。 然后点击优化。

将通过问题 #1133 修复发布

@iyerkrithika21 ，我为您所看到的内容添加了一个问题：

1134