Shapeworks: MacOS에서 "femur --groom_images"와 충돌

tiny_test와 충돌합니까?

tiny_test는 충돌하지 않습니다.

작은 테스트에서 대퇴골만 남았기 때문에 반사된 대퇴골과 관련이 있을 수 있습니다.

업데이트: 두 번 확인했는데 Linux에서 작동하는 것 같습니다.

왼쪽 대퇴골 2개와 오른쪽 대퇴골 1개로 tiny_test를 실행해 보았습니다. 문제가 없습니다.

* thread #1, queue = 'com.apple.main-thread', stop reason = EXC_BAD_ACCESS (code=1, address=0x0)
  * frame #0: 0x000000016b8612ad libvnl_algo.dylib`vnl_qr<double>::vnl_qr(this=0x00007ffeefbfd568, M=0x00007ffeefbfd6f0) at vnl_qr.hxx:51:24 [opt]
    frame #1: 0x000000016b85cf1d libvnl_algo.dylib`double vnl_determinant<double>(M=<unavailable>, balance=<unavailable>) at vnl_determinant.hxx:107:14 [opt]
    frame #2: 0x00000003dec807ac _ITKIOImageBasePython.so`___lldb_unnamed_symbol9961$$_ITKIOImageBasePython.so + 252
    frame #3: 0x00000003deba7ff4 _ITKIOImageBasePython.so`___lldb_unnamed_symbol7056$$_ITKIOImageBasePython.so + 132
    frame #4: 0x00000003dec80586 _ITKIOImageBasePython.so`___lldb_unnamed_symbol9956$$_ITKIOImageBasePython.so + 38
    frame #5: 0x00000003dea1d188 _ITKIOImageBasePython.so`___lldb_unnamed_symbol1480$$_ITKIOImageBasePython.so + 1560
    frame #6: 0x00000003ded50753 _ITKIOImageBasePython.so`itk::ProcessObject::UpdateOutputInformation() + 351
    frame #7: 0x00000003dec7fec2 _ITKIOImageBasePython.so`___lldb_unnamed_symbol9945$$_ITKIOImageBasePython.so + 70
    frame #8: 0x00000003ded5b6f4 _ITKIOImageBasePython.so`itk::DataObject::Update() + 18
    frame #9: 0x000000041a65c177 _ITKCommonPython.so`___lldb_unnamed_symbol8759$$_ITKCommonPython.so + 58
    frame #10: 0x000000010002c843 python`_PyMethodDef_RawFastCallKeywords + 131
    frame #11: 0x000000010002c1d6 python`_PyObject_FastCallKeywords + 598
    frame #12: 0x0000000100164bb7 python`call_function + 455
    frame #13: 0x000000010015c604 python`_PyEval_EvalFrameDefault + 20180
    frame #14: 0x0000000100155f04 python`_PyEval_EvalCodeWithName + 532
    frame #15: 0x000000010002c5e3 python`_PyFunction_FastCallKeywords + 403
    frame #16: 0x0000000100164aa7 python`call_function + 183
    frame #17: 0x000000010015c604 python`_PyEval_EvalFrameDefault + 20180
    frame #18: 0x000000010002c535 python`_PyFunction_FastCallKeywords + 229
    frame #19: 0x0000000100164aa7 python`call_function + 183
    frame #20: 0x000000010015cdb0 python`_PyEval_EvalFrameDefault + 22144
    frame #21: 0x0000000100155f04 python`_PyEval_EvalCodeWithName + 532
    frame #22: 0x000000010002c5e3 python`_PyFunction_FastCallKeywords + 403
    frame #23: 0x0000000100164aa7 python`call_function + 183
    frame #24: 0x000000010015c604 python`_PyEval_EvalFrameDefault + 20180
    frame #25: 0x0000000100155f04 python`_PyEval_EvalCodeWithName + 532
    frame #26: 0x00000001001c1afb python`PyRun_FileExFlags + 235
    frame #27: 0x00000001001c14c6 python`PyRun_SimpleFileExFlags + 502
    frame #28: 0x00000001001ede30 python`pymain_run_file + 160
    frame #29: 0x00000001001ed72b python`pymain_run_filename + 123
    frame #30: 0x00000001001ecf11 python`pymain_run_python + 145
    frame #31: 0x00000001001ecb8b python`pymain_main + 27
    frame #32: 0x00000001000018c9 python`main + 89
    frame #33: 0x00007fff6aedfcc9 libdyld.dylib`start + 1
    frame #34: 0x00007fff6aedfcc9 libdyld.dylib`start + 1

#1168과 관련이 있습니까?

ITKIOImageBasePython.so가 이 스택 추적에 표시되는 이유는 무엇입니까? 나는 우리가 shapeworks python 바인딩(예: Image 클래스)을 사용하고 있다고 생각했습니까?

또한 일부 경고 lldb는 충돌 직전에 뱉었습니다.

2021-03-25 11:57:01.360622-0600 python[22532:5953417] dynamic_cast error 1: Both of the following type_info's should have public visibility. At least one of them is hidden. N3itk10DataObjectE, N3itk5ImageIfLj3EEE.
2021-03-25 11:57:01.360667-0600 python[22532:5953417] dynamic_cast error 2: One or more of the following type_info's has hidden visibility or is defined in more than one translation unit. They should all have public visibility. N3itk10DataObjectE, N3itk5ImageIfLj3EEE, N3itk9ImageBaseILj3EEE.
2021-03-25 11:57:01.905525-0600 python[22532:5953417] dynamic_cast error 1: Both of the following type_info's should have public visibility. At least one of them is hidden. N3itk10DataObjectE, N3itk5ImageIfLj3EEE.
2021-03-25 11:57:01.905556-0600 python[22532:5953417] dynamic_cast error 2: One or more of the following type_info's has hidden visibility or is defined in more than one translation unit. They should all have public visibility. N3itk10DataObjectE, N3itk5ImageIfLj3EEE, N3itk9ImageBaseILj3EEE.
2021-03-25 11:57:02.113545-0600 python[22532:5953417] dynamic_cast error 1: Both of the following type_info's should have public visibility. At least one of them is hidden. N3itk10DataObjectE, N3itk5ImageIfLj3EEE.
2021-03-25 11:57:02.113577-0600 python[22532:5953417] dynamic_cast error 2: One or more of the following type_info's has hidden visibility or is defined in more than one translation unit. They should all have public visibility. N3itk10DataObjectE, N3itk5ImageIfLj3EEE, N3itk9ImageBaseILj3EEE.
2021-03-25 11:57:02.646500-0600 python[22532:5953417] dynamic_cast error 1: Both of the following type_info's should have public visibility. At least one of them is hidden. N3itk10DataObjectE, N3itk5ImageIfLj3EEE.
2021-03-25 11:57:02.646531-0600 python[22532:5953417] dynamic_cast error 2: One or more of the following type_info's has hidden visibility or is defined in more than one translation unit. They should all have public visibility. N3itk10DataObjectE, N3itk5ImageIfLj3EEE, N3itk9ImageBaseILj3EEE.
2021-03-25 11:57:03.535838-0600 python[22532:5953417] dynamic_cast error 1: Both of the following type_info's should have public visibility. At least one of them is hidden. N3itk10DataObjectE, N3itk5ImageIfLj3EEE.
2021-03-25 11:57:03.535870-0600 python[22532:5953417] dynamic_cast error 2: One or more of the following type_info's has hidden visibility or is defined in more than one translation unit. They should all have public visibility. N3itk10DataObjectE, N3itk5ImageIfLj3EEE, N3itk9ImageBaseILj3EEE.
2021-03-25 11:57:05.224328-0600 python[22532:5953417] dynamic_cast error 1: Both of the following type_info's should have public visibility. At least one of them is hidden. N3itk10DataObjectE, N3itk5ImageIfLj3EEE.
2021-03-25 11:57:05.224362-0600 python[22532:5953417] dynamic_cast error 2: One or more of the following type_info's has hidden visibility or is defined in more than one translation unit. They should all have public visibility. N3itk10DataObjectE, N3itk5ImageIfLj3EEE, N3itk9ImageBaseILj3EEE.

좌심방 유스 케이스의 센터링 단계에서도 이런 일이 발생합니까?

디버그에서도 충돌이 발생합니까? 전체 스택 추적을 공개할 수 있습니다. 부터
이미지는 itk::Image ShapeWorks 이미지 함수에 대한 일부 호출을 중심으로 구축됩니다.
단순히 최적화 될 수 있습니다.

오래전에 멀리 (가지가 없을 수도 있음) 내가 만들려고 했던
build_dependencies에서 itk와 함께 itk의 Python 바인딩, 하지만
성공적인. 특히 conda/pip가
특히 itk python 전체가 아닌 일부 버전의 다른 버전 설치
구성 요소(5.0 및 5.1), 문제에 대한 노골적인 방법.

2021년 3월 25일 목요일 오전 11:59 Alan Morris @ . * >
썼다:

• 스레드 #1, 대기열 = 'com.apple.main-thread', 중지 이유 = EXC_BAD_ACCESS(코드=1, 주소=0x0)
  
  
  
  • 프레임 #0: 0x000000016b8612ad libvnl_algo.dylib vnl_qr<double>::vnl_qr(this=0x00007ffeefbfd568, M=0x00007ffeefbfd6f0) at vnl_qr.hxx:51:24 [opt] frame #1: 0x000000016b85cf1d libvnl_algo.dylib 이중 vnl_determinant(M=, 균형=) vnl_determinant에서. hxx:107 :14 [선택]
    
    프레임 #2: 0x00000003dec807ac _ITKIOImageBasePython.so ___lldb_unnamed_symbol9961$$_ITKIOImageBasePython.so + 252 frame #3: 0x00000003deba7ff4 _ITKIOImageBasePython.so ___lldb_unnamed_symbol7056$$_ITKIOImageBasePython.so + 132
    
    프레임 #4: 0x00000003dec80586 _ITKIOImageBasePython.so ___lldb_unnamed_symbol9956$$_ITKIOImageBasePython.so + 38 frame #5: 0x00000003dea1d188 _ITKIOImageBasePython.so ___lldb_unnamed_symbol1480$$_ITKIOImageBasePython.so + 1560
    
    프레임 #6: 0x00000003ded50753 _ITKIOImageBasePython.so itk::ProcessObject::UpdateOutputInformation() + 351 frame #7: 0x00000003dec7fec2 _ITKIOImageBasePython.so ___lldb_unnamed_symbol9945$$_ITKIOImageBasePython.so + 70
    
    프레임 #8: 0x00000003ded5b6f4 _ITKIOImageBasePython.so itk::DataObject::Update() + 18 frame #9: 0x000000041a65c177 _ITKCommonPython.so ___lldb_unnamed_symbol8759$$_ITKCommonPython.so + 58
    
    프레임 #10: 0x000000010002c843 파이썬 _PyMethodDef_RawFastCallKeywords + 131 frame #11: 0x000000010002c1d6 python _PyObject_FastCallKeywords + 598
    
    프레임 #12: 0x0000000100164bb7 파이썬 call_function + 455 frame #13: 0x000000010015c604 python _PyEval_EvalFrameDefault + 20180
    
    프레임 #14: 0x0000000100155f04 파이썬 _PyEval_EvalCodeWithName + 532 frame #15: 0x000000010002c5e3 python _PyFunction_FastCallKeywords + 403
    
    프레임 #16: 0x0000000100164aa7 파이썬 call_function + 183 frame #17: 0x000000010015c604 python _PyEval_EvalFrameDefault + 20180
    
    프레임 #18: 0x000000010002c535 파이썬 _PyFunction_FastCallKeywords + 229 frame #19: 0x0000000100164aa7 python call_function + 183
    
    프레임 #20: 0x000000010015cdb0 파이썬 _PyEval_EvalFrameDefault + 22144 frame #21: 0x0000000100155f04 python _PyEval_EvalCodeWithName + 532
    
    프레임 #22: 0x000000010002c5e3 파이썬 _PyFunction_FastCallKeywords + 403 frame #23: 0x0000000100164aa7 python call_function + 183
    
    프레임 #24: 0x000000010015c604 파이썬 _PyEval_EvalFrameDefault + 20180 frame #25: 0x0000000100155f04 python _PyEval_EvalCodeWithName + 532
    
    프레임 #26: 0x00000001001c1afb 파이썬 PyRun_FileExFlags + 235 frame #27: 0x00000001001c14c6 python PyRun_SimpleFileExFlags + 502
    
    프레임 #28: 0x00000001001ede30 파이썬 pymain_run_file + 160 frame #29: 0x00000001001ed72b python pymain_run_filename + 123
    
    프레임 #30: 0x00000001001ecf11 파이썬 pymain_run_python + 145 frame #31: 0x00000001001ecb8b python pymain_main + 27
    
    프레임 #32: 0x00000001000018c9 파이썬 main + 89 frame #33: 0x00007fff6aedfcc9 libdyld.dylib 시작 + 1
    
    프레임 #34: 0x00007fff6aedfcc9 libdyld.dylib`start + 1
  
  

#1168과 관련이 있습니까?
https://github.com/SCIInstitute/ShapeWorks/issues/1168

—
당신이 지정되었기 때문에 이것을 받는 것입니다.
이 이메일에 직접 답장하고 GitHub에서 확인하세요.
https://github.com/SCIInstitute/ShapeWorks/issues/1179#issuecomment-807193351 ,
또는 구독 취소
https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AAJT3EKCRFSERHDJ5XDPHCDTFN2ZPANCNFSM4ZZUXDBQ
.

업데이트. 좋아, 나는 파이썬 출력에 혼란스러웠다. 더 이상의 출력이 없었기 때문에 그것이 여전히 중앙 단계에 있다고 가정했다. FindReferenceImage에서 충돌이 발생합니다.

    dim = itk.GetArrayFromImage(itk.imread(inDataList[i])).shape

내 생각에 문제는 메모리에 로드된 두 개의 다른 ITK 라이브러리가 있다는 것입니다. 👎

아주 오래전에 (분기가 더 이상 존재하지 않을 수 있음) build_dependencies에서 itk와 함께 itk의 Python 바인딩을 빌드하려고 시도했지만 성공하지 못했습니다. 특히 conda/pip가 문제의 노골적인 레시피인 itk python 구성 요소(5.0 및 5.1)의 일부(전부는 아니지만 일부)의 다른 버전을 설치하고 있기 때문에 한 번 더 시도해 볼 가치가 있다고 생각합니다.

이 문제를 해결할 수 있다는 데 동의하지만 #1168은 어떻습니까? 그런 다음 처음부터 itkwidgets를 빌드하고 ITK로 빌드되도록 제공해야 합니까?

이 문제를 해결할 수 있다는 데 동의하지만 #1168은 어떻습니까? 그런 다음 처음부터 itkwidgets를 빌드하고 ITK로 빌드되도록 제공해야 합니까?

이것이 공유 라이브러리 문제인 경우 노트북을 실행하기 전에 LD_LIBRARY_PATH를 설정할 수 있습니다.
업데이트: 나는 이것을 시도했고 결과는 동일했습니다
update2: 저는 #1168 사용 사례만 시도했고 이번 사례는 시도하지 않았습니다.

FindReferenceImage에서 충돌이 발생합니다.

    dim = itk.GetArrayFromImage(itk.imread(inDataList[i])).shape

ShapeWorks는 이 호출에 관여하지 않습니다. pdb 통해 이것을 실행하여 더 많은 정보를 정리할 수 있는지 궁금합니다.
python -m pub RunUseCase.py --use_case femur --groom_images (그런 다음 'r'을 눌러 실행)

(지금 이것을 실행하고 있습니다. 충돌하는 데 얼마나 걸립니까? 이것을 줄일 수 있는 사람이 있습니까?)
업데이트: 시간이 오래 걸리지만(~1시간) 세그 오류만 보고하고 사용자를 디버거에 두지 않는다는 점에서 덜 유용합니다. 외부 스크립트에 대한 호출이 표시되지 않아 혼란스럽습니다.

문제는 python ITK 라이브러리가 빌드된 라이브러리가 아닌 VXL 라이브러리를 해결하고 호출하는 것 같습니다.

  * frame #0: 0x000000016b8612ad libvnl_algo.dylib`vnl_qr<double>::vnl_qr(this=0x00007ffeefbfd568, M=0x00007ffeefbfd6f0) at vnl_qr.hxx:51:24 [opt]
    frame #1: 0x000000016b85cf1d libvnl_algo.dylib`double vnl_determinant<double>(M=<unavailable>, balance=<unavailable>) at vnl_determinant.hxx:107:14 [opt]
    frame #2: 0x00000003dec807ac _ITKIOImageBasePython.so`___lldb_unnamed_symbol9961$$_ITKIOImageBasePython.so + 252
    frame #3: 0x00000003deba7ff4 _ITKIOImageBasePython.so`___lldb_unnamed_symbol7056$$_ITKIOImageBasePython.so + 132

ITK가 아닌 대체 VXL/VNL을 사용하여 ITK를 구축한다는 점을 기억하십시오. libvnl_algo.dylib 는 우리 것이고 _ITKIOImageBasePython.so 는 conda에서 가져온 것입니다.

우리는 다른 버전을 혼합하고 있으므로 충돌이 발생하는 것은 놀라운 일이 아닙니다.

@archanasri 와 방금 포함 순서를 바꾸려고 시도했지만(다시 테스트 #1168) 실패합니다.
#1168 문제에 대한 해결책은 단순히 itkwidgets를 빌드하는 것입니다(지금 시도 중입니다).
이 문제를 위해, 우리는에 ITK를 가리킬 수 있습니다 우리의 vnl 우리가 우리를 가리처럼 eigen ?

VXL을 사용하는 ITK가 이미 있습니다.

-DITK_USE_SYSTEM_VXL=on -DVXL_DIR=${INSTALL_DIR}

업데이트. 좋아, 나는 파이썬 출력에 혼란스러웠다. 더 이상의 출력이 없었기 때문에 그것이 여전히 중앙 단계에 있다고 가정했다. FindReferenceImage에서 충돌이 발생합니다.

    dim = itk.GetArrayFromImage(itk.imread(inDataList[i])).shape

내 생각에 문제는 메모리에 로드된 두 개의 다른 ITK 라이브러리가 있다는 것입니다. 👎

python itk를 사용하는 대신 shapeworks.Image.toArray()를 사용할 수 있습니다. 그래서 나는 교체했다

dim = itk.GetArrayFromImage(itk.imread(inDataList[i])).shape

~와 함께

img = Image(inDataList[i])
tmp = img.toArray()
dim = tmp.shape

지금은 충돌하지 않습니다.

좋은 @archanasri. 네, 그렇게 하면 해결될 수 있을 거라 생각했습니다. 우리는 기본적으로 python itk + 우리 itk를 동시에 사용하지 않도록 해야 합니다. ITK 파이썬 인터페이스를 내부적으로 사용한다고 가정하기 때문에 itkwidgets 문제가 더 큰 문제라고 생각합니다.

예, 우리는 itkwidgets를 만들 수 없습니다.
itkwidgets가 우리의 itk를 사용할 방법을 찾아야 합니다.

예, 우리는 itkwidgets를 만들 수 없습니다.
itkwidgets가 우리의 itk를 사용할 방법을 찾아야 합니다.

itkwidgets 0.32.0(최신 태그 버전) setup.py에서 다음 요구 사항을 지정합니다.

    'install_requires': [
        'colorcet>=2.0.0',
        'itk-core>=5.1.0.post2',
        'itk-filtering>=5.1.0.post2',
        'itk-meshtopolydata>=0.6.2',
        'ipydatawidgets>=4.0.1',
        'ipywidgets>=7.5.1',
        'ipympl>=0.4.1',
        'matplotlib',
        'numpy',
        'six',
        'zstandard',
    ],

itk의 경우, 이것이 우리를 파이썬 빌드로 되돌려놓을 수 있다고 생각합니다.
이에 접근하는 또 다른 방법은 pip(대부분) 및 conda에 의해 설치된 버전인지 확인하는 것입니다.
내 시스템에 있는 이 모든 버전은 모두 최신 버전입니다.

내가 가진 것은 다음과 같습니다.

(shapeworks) cam<strong i="15">@ananda</strong>:~/code/ShapeWorks/ShapeWorks/Examples/Python$ conda list | grep itk
itk                       5.0.1                    pypi_0    pypi
itk-core                  5.1.2                    pypi_0    pypi
itk-filtering             5.1.2                    pypi_0    pypi
itk-io                    5.0.1                    pypi_0    pypi
itk-meshtopolydata        0.6.3                    pypi_0    pypi
itk-numerics              5.1.2                    pypi_0    pypi
itk-registration          5.0.1                    pypi_0    pypi
itk-segmentation          5.0.1                    pypi_0    pypi
itkwidgets                0.32.0                   pypi_0    pypi
(shapeworks) cam<strong i="16">@ananda</strong>:~/code/ShapeWorks/ShapeWorks/Examples/Python$ conda list | grep ipy
brotlipy                  0.7.0           py37hf967b71_1001    conda-forge
ipycanvas                 0.8.2                    pypi_0    pypi
ipydatawidgets            4.2.0                    pypi_0    pypi
ipyevents                 0.8.2                    pypi_0    pypi
ipykernel                 5.5.0            py37he01cfaa_1    conda-forge
ipympl                    0.7.0                    pypi_0    pypi
ipython                   7.21.0           py37he01cfaa_0    conda-forge
ipython_genutils          0.2.0                      py_1    conda-forge
ipyvtk-simple             0.1.4                    pypi_0    pypi
ipywidgets                7.6.3                    pypi_0    pypi

하나의 위험 신호는 itk-io, -registration, -segmentation, 그리고 무엇보다도 itk 자체의 5.0.1 버전입니다.

나는 pip 설치를 최신으로 업데이트하고(우리가 이것을 할 수 없는 어떤 이유가 있었지만 지금은 그것을 제쳐두고) 모든 종속성을 재구축했습니다. #1168은 여전히 ​​거기에 설명된 것과 같은 방식으로 충돌합니다.

결정된.