Mimic-code: bagaimana menjalankan file .sh di folder konsep untuk membuat tabel yang relevan?

Sistem operasi apa yang Anda jalankan? File adalah skrip shell, dan hanya akan berfungsi di Mac OS X atau Linux. Jika Anda menggunakan Windows, maka saya tidak yakin dengan pendekatan terbaik. File SQL dapat dijalankan menggunakan program psql (shell) yang disertakan dengan penginstalan PostgreSQL Anda, tetapi ada ekspresi reguler yang diterapkan ke beberapa file untuk menggantikan sintaks BigQuery dengan sintaks PostgreSQL. Mungkin cara paling sederhana untuk meniru itu di Windows adalah dengan melakukannya secara manual.

Sistem operasi apa yang Anda jalankan? File adalah skrip shell, dan hanya akan berfungsi di Mac OS X atau Linux. Jika Anda menggunakan Windows, maka saya tidak yakin dengan pendekatan terbaik. File SQL dapat dijalankan menggunakan program psql (shell) yang disertakan dengan penginstalan PostgreSQL Anda, tetapi ada ekspresi reguler yang diterapkan ke beberapa file untuk menggantikan sintaks BigQuery dengan sintaks PostgreSQL. Mungkin cara paling sederhana untuk meniru itu di Windows adalah dengan melakukannya secara manual.

Terima kasih banyak! Saya menggunakan Win7. Ya, saya dapat menjalankan file .sql individual dengan PostgreSQL. Saya bertanya-tanya apakah ada cara untuk menjalankan postgres_make_concepts.sh di cmd atau psql untuk mengatur semua tabel.
Omong-omong, apakah Anda ingin menyediakan file make_concepts dalam format .sql, seperti file dalam kode sepsis-3-mimic?
ATAU saya berharap seseorang dapat memberikan algoritme bagi saya untuk menjalankan .sh di Windows. Butuh banyak waktu untuk google tetapi tidak mendapatkan apa-apa.
Terima kasih!

Oke, ini cukup menantang karena saya menggunakan utilitas Unix untuk mengubah skrip sebelum meneruskannya ke klien psql. Skrip .sh (1) memodifikasi file SQL menggunakan ekspresi reguler agar kompatibel dengan postgres, (2) membuat tabel dengan nama yang sama dengan file menggunakan konten skrip, dan (3) menjalankan skrip SQL dengan benar memesan. Jadi Anda harus mereproduksi langkah-langkahnya secara manual.

Sayangnya karena saya menggunakan utilitas sed , tidak ada cara untuk membuatnya menjadi file SQL seperti sebelumnya. Anda dapat menginstal sed di Windows menggunakan GNU untuk Windows dan menggunakan program itu untuk mengganti teks. Ini mungkin untuk mendapatkannya berjalan di command prompt jika Anda juga menginstal utils GNU inti untuk Windows .

Atau Anda dapat mencoba menginstal postgres di Windows Subsystem for Linux (WSL) - tutorial di sini . Jika Anda melakukannya maka skrip .sh akan berjalan di lingkungan Linux.

sayang alistair dan smartniko
Saya bertemu dengan masalah serupa.
Saya telah mengikuti instruksi dan menjalankan postgres-functions.sql, namun sekarang saya tidak dapat menjalankan setiap .sql secara manual.... Apakah saya melakukan langkah pertama yang salah? Bagaimana saya bisa membatalkan langkah pertama ...

Terima kasih

Tidak, langkah pertama mutlak diperlukan, dan membuat fungsi pada postgresql yang Anda perlukan. Anda dapat menguji apakah itu berfungsi dengan:

SELECT REGEXP_EXTRACT('test it grabs the number 123', '[0-9]+');

harus mengembalikan 123 . Jika Anda mendapatkan pesan No function matches the given name and argument types. , berarti Anda belum membuat fungsi pada database.

Setelah selesai, Anda perlu melakukan penggantian teks berikut di semua file SQL:

1. Ganti physionet-data.mimiciii_clinical.<table_name> , physionet-data.mimiciii_derived.<table_name> , dan physionet-data.mimiciii_notes.<table_name> hanya dengan <table_name> . Ini dilakukan oleh panggilan REGEX_SCHEMA dalam skrip shell.
2. Ganti DATETIME_DIFF(date1, date2, DATE_PART) dengan DATETIME_DIFF(date1, date2, 'DATE_PART') , yaitu DATE_PART perlu dikutip dengan tanda kutip tunggal. Ini dilakukan oleh panggilan REGEX_DATETIME_DIFF dalam skrip shell.
3. Tambahkan pernyataan create table di bagian atas file, misalnya jika file bernama echo_data.sql , tambahkan CREATE TABLE echo_data AS di bagian atas file. Ini dilakukan oleh panggilan echo dalam skrip shell.

Tiga langkah di atas meniru apa yang dilakukan dalam skrip shell (postgres_make_concepts.sh). Tentu saja mengotomatiskannya adalah yang terbaik, jadi jika Anda tahu cara melakukannya di Windows, lakukanlah (dan posting solusi Anda di sini!).

sayang alistair dan smartniko
Saya seorang mahasiswa kedokteran dan tidak pandai SQL/psql. Saya berusaha keras untuk menjalankan make_concepts.sh secara manual tetapi gagal. Dan sistem saya adalah windows juga.
Saya telah membuat fungsi di postgresql dan mereka telah muncul tetapi tidak dapat uesd. (Saya mendapat 'Tidak ada fungsi yang cocok dengan nama dan tipe argumen yang diberikan' setelah SELECT REGEXP_EXTRACT('test it grab the number 123', '[0-9]+');)
Ketika saya menyalin sql dan mencoba membuat tampilan ventilasi dikatakan 'Tidak ada fungsi yang cocok dengan nama dan tipe argumen yang diberikan', tetapi berhasil dibuat setelah saya mengganti fungsi dalam SQL dengan kata-kata yang serupa.
Dan pertanyaan saya bagaimana menangani fungsi?

Saya telah membuat fungsi di postgresql dan mereka telah muncul tetapi tidak dapat uesd. (Saya mendapat 'Tidak ada fungsi yang cocok dengan nama dan tipe argumen yang diberikan' setelah SELECT REGEXP_EXTRACT('test it grab the number 123', '[0-9]+');)
Ketika saya menyalin sql dan mencoba membuat tampilan ventilasi dikatakan 'Tidak ada fungsi yang cocok dengan nama dan tipe argumen yang diberikan', tetapi berhasil dibuat setelah saya mengganti fungsi dalam SQL dengan kata-kata yang serupa.
Dan pertanyaan saya bagaimana menangani fungsi?

Fungsi dibuat pada skema tertentu. Jadi mungkin fungsi dibuat pada skema yang terdaftar, tetapi ketika Anda mencoba menggunakan fungsi itu tidak lagi berada di jalur pencarian. Saya tidak yakin program apa yang Anda gunakan tetapi saya mengonfigurasi jalur pencarian saya dengan menjalankan set search_path to mimiciii,public; .

Oke, saya berhasil menulis file .bat untuk menghasilkan konsep di Windows. Ini membutuhkan WSL tetapi mungkin cara yang paling hands-free untuk menghasilkan konsep. Ini berfungsi untuk semua kecuali diagnosis CCS. Ada tutorial di README: https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/tree/master/concepts

Beri tahu saya jika itu berhasil untuk Anda semua!

Oke, saya berhasil menulis file .bat untuk menghasilkan konsep di Windows. Ini membutuhkan WSL tetapi mungkin cara yang paling hands-free untuk menghasilkan konsep. Ini berfungsi untuk semua kecuali diagnosis CCS. Ada tutorial di README: https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/tree/master/concepts

Beri tahu saya jika itu berhasil untuk Anda semua!

Terima kasih atas bimbingan Anda! Sekarang saya telah membuat fungsi dengan menggunakan 'set search_path to mimikiii,public' dan berhasil membuat beberapa tampilan sampai

Oke, saya berhasil menulis file .bat untuk menghasilkan konsep di Windows. Ini membutuhkan WSL tetapi mungkin cara yang paling hands-free untuk menghasilkan konsep. Ini berfungsi untuk semua kecuali diagnosis CCS. Ada tutorial di README: https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/tree/master/concepts

Beri tahu saya jika itu berhasil untuk Anda semua!

Terima kasih atas bimbingan Anda! Saya mengubah jalur fungsi dan kemudian dapat menjadi uesd. Setelah itu, saya membuat tampilan secara manual mengikuti perintah dari make_concepts.sh dan sebagian besar berhasil. Namun di sini ada dua masalah yang saya temui.

1. Ketika saya mencoba membangun 'weight_durations', gagal dan mengatakan 'gagal menemukan konversi dari tidak diketahui ke teks', yang memengaruhi pembuatan 'heightweight', 'kdigo_uo', dan beberapa tampilan lainnya.
2. Ketika saya mencoba membangun 'ccs_dx', gagal dan mengatakan 'Hubungan "mimiciii.ccs_multi_dx" tidak ada'. Haruskah saya membuat tabel ini terlebih dahulu?
   Kecuali dua bagian ini, semua tampilan telah berhasil dibuat.

1. Ketika saya mencoba membangun 'weight_durations', gagal dan mengatakan 'gagal menemukan konversi dari tidak diketahui ke teks', yang memengaruhi pembuatan 'heightweight', 'kdigo_uo', dan beberapa tampilan lainnya.

Itu aneh - saya membangun weight_durations sangat baik. Versi PostgreSQL apa yang Anda gunakan?

1. Ketika saya mencoba membangun 'ccs_dx', gagal dan mengatakan 'Hubungan "mimiciii.ccs_multi_dx" tidak ada'. Haruskah saya membuat tabel ini terlebih dahulu?

Ya - yang saya harapkan. Ia mencoba untuk membuka kompresi file .gz dengan gzip, tetapi Windows tidak datang dengan gzip secara default sehingga pembuatan tabel ini gagal. Itu hanya membutuhkan dekompresi tabel ini secara manual dan mengimpornya ke dalam tabel dengan perintah \COPY .

Kecuali dua bagian ini, semua tampilan telah berhasil dibuat.

Besar!

1. Ketika saya mencoba membangun 'weight_durations', gagal dan mengatakan 'gagal menemukan konversi dari tidak diketahui ke teks', yang memengaruhi pembuatan 'heightweight', 'kdigo_uo', dan beberapa tampilan lainnya.

Itu aneh - saya membangun weight_durations sangat baik. Versi PostgreSQL apa yang Anda gunakan?

Saya menggunakan PostgreSQL 9.6 dan pgAdmin4. Tampilan berhasil dibuat setelah saya mengubah LINE69: 'echo' AS weight_type, menjadi 'echo'::text AS weight_type,. Pada awalnya, saya pikir itu masalah dengan tampilan 'echo_data' saya, karena itu dibuat secara otomatis sebelum saya mencoba membuat tampilan secara manual. Dan ketika saya mencoba menggunakan kode terbaru untuk membuat yang baru untuk mengetahui apakah mereka berbeda, yang baru saya buat menunjukkan 'null' di kolom tinggi, berat, bsa, dan sebagainya. Jadi saya simpan yang pertama.

1. Ketika saya mencoba membangun 'ccs_dx', gagal dan mengatakan 'Hubungan "mimiciii.ccs_multi_dx" tidak ada'. Haruskah saya membuat tabel ini terlebih dahulu?

Ya - yang saya harapkan. Ia mencoba untuk membuka kompresi file .gz dengan gzip, tetapi Windows tidak datang dengan gzip secara default sehingga pembuatan tabel ini gagal. Itu hanya membutuhkan dekompresi tabel ini secara manual dan mengimpornya ke dalam tabel dengan perintah \COPY .

Saya telah membuat tabel ccs_multi_dx, dan kemudian membuat tampilan ccs_dx, tetapi dikatakan 'Kesalahan: Kesalahan: ekspresi reguler tidak valid: tanda kurung () tidak seimbang Konteks: Fungsi PL/pgSQL regexp_contains(teks, teks) pada baris 3 RETURN' ?

Kecuali dua bagian ini, semua tampilan telah berhasil dibuat.

Besar!

Alistaire yang terhormat:
Terima kasih semua atas bantuan Anda! Saya perhatikan bahwa ada file "make-concepts.sql" di kode mimik v1.4.2. Saya menjalankannya dan itu bekerja dengan baik.
Bisakah Anda memberi tahu saya apakah ada perbedaan antara dua file "make-concepts.sh" dan "make-concepts.sql"? Saya melampirkan file .sql dengan pesan ini.
make-concepts.zip
Saya benar-benar orang luar untuk sql. coding dan maaf untuk semua mengganggu.
Terima kasih lagi.

Bisakah Anda memberi tahu saya apakah ada perbedaan antara dua file "make-concepts.sh" dan "make-concepts.sql"? Saya melampirkan file .sql dengan pesan ini.

file xxx.sh adalah untuk sistem mirip-unix dan MacOS dan tidak akan berjalan di bawah Windows. file xxx.sql adalah skrip PostgreSQL dan berfungsi selama Anda menjalankannya di PostgreSQL, sistem yang Anda gunakan tidak masalah di sini.