Mimic-code: コンセプトフォルダで.shファイルを実行して関連するテーブルを作成する方法は？

どのオペレーティングシステムを実行していますか？ このファイルはシェルスクリプトであるため、Mac OSXまたはLinuxでのみ機能します。 Windowsを使用している場合、最善のアプローチはわかりません。 SQLファイルはPostgreSQLインストールに付属のpsql（シェル）プログラムを使用して実行できますが、BigQuery構文をPostgreSQL構文に置き換えるために一部のファイルに正規表現が適用されています。 おそらく、Windowsでそれをエミュレートする最も簡単な方法は、手動で行うことです。

どのオペレーティングシステムを実行していますか？ このファイルはシェルスクリプトであるため、Mac OSXまたはLinuxでのみ機能します。 Windowsを使用している場合、最善のアプローチはわかりません。 SQLファイルはPostgreSQLインストールに付属のpsql（シェル）プログラムを使用して実行できますが、BigQuery構文をPostgreSQL構文に置き換えるために一部のファイルに正規表現が適用されています。 おそらく、Windowsでそれをエミュレートする最も簡単な方法は、手動で行うことです。

どうもありがとう！ 私はWin7を使用しています。 はい、PostgreSQLで個々の.sqlファイルを実行できます。 cmdまたはpsqlでpostgres_make_concepts.shを実行して、すべてのテーブルを設定する方法があるかどうか疑問に思っています。
ちなみに、sepsis-3-mimicコードのファイルと同じように、make_conceptsファイルを.sql形式で提供しますか？
または、誰かがWindowsで.shを実行するためのアルゴリズムを提供してくれることを望みます。 グーグルするのにかなりの時間がかかりましたが、何も得られませんでした。
ありがとうございました！

OK、私はUnixユーティリティを使用してスクリプトをpsqlクライアントに渡す前に変更するので、かなり難しいです。 .shスクリプトは、（1）正規表現を使用してSQLファイルを変更し、postgresと互換性を持たせます。（2）スクリプトの内容を使用してファイルと同じ名前のテーブルを作成し、（3）SQLスクリプトを正しい方法で実行します。注文。 したがって、手順を手動で再現する必要があります。

残念ながら、私はsedユーティリティを使用しているため、以前のようにSQLファイルにする方法はありません。 GNU for Windowsを使用してsedをインストールし、そのプログラムを使用してテキストを置き換えることができます。 Windows用のGNUコアユーティリティもインストールすると、コマンドプロンプトで実行できる可能性があります。

または、Windows Subsystem for Linux（WSL）にpostgresをインストールしてみることもできます-チュートリアルはこちら。 これを行うと、.shスクリプトはLinux環境で実行されます。

親愛なるアリステアとsmartniko
私は同様の問題に遭遇しました。
指示に従ってpostgres-funtions.sqlを実行しましたが、各.sqlを手動で実行できませんでした。最初の手順を間違って実行しましたか？ どうすれば最初のステップを元に戻すことができますか...

ありがとう

最初のステップは絶対に必要ではなく、必要なpostgresqlで関数を作成します。 次のもので動作するかどうかをテストできます。

SELECT REGEXP_EXTRACT('test it grabs the number 123', '[0-9]+');

123を返す必要があります。 No function matches the given name and argument types.というメッセージが表示された場合は、データベースに関数が作成されていません。

それが完了したら、すべてのSQLファイルで次のテキスト置換を行う必要があります。

1. physionet-data.mimiciii_clinical.<table_name> 、 physionet-data.mimiciii_derived.<table_name> 、およびphysionet-data.mimiciii_notes.<table_name>を<table_name>だけに置き換えます。 これは、シェルスクリプトのREGEX_SCHEMA呼び出しによって行われます。
2. DATETIME_DIFF(date1, date2, DATE_PART)をDATETIME_DIFF(date1, date2, 'DATE_PART')に置き換えます。つまり、 DATE_PARTは一重引用符で囲む必要があります。 これは、シェルスクリプトのREGEX_DATETIME_DIFF呼び出しによって行われます。
3. ファイルの先頭にcreatetableステートメントを追加します。たとえば、ファイルの名前がecho_data.sql場合は、ファイルの先頭にCREATE TABLE echo_data ASを追加します。 これは、シェルスクリプトのecho呼び出しによって行われます。

上記の3つの手順は、シェルスクリプト（postgres_make_concepts.sh）で行われることを複製します。 もちろん、それらを自動化するのが最善です。したがって、Windowsでそれを行う方法を知っている場合は、それを実行してください（そして、ここにソリューションを投稿してください！）。

親愛なるアリステアとsmartniko
私は医学生で、SQL / psqlはあまり得意ではありません。 make_concepts.shを手動で実行しようとしましたが、失敗しました。 そして私のシステムもウィンドウズです。
postgresqlで関数を作成しましたが、表示されましたが、使用できませんでした。 （SELECT REGEXP_EXTRACT（ 'test it grabs the number 123'、 '[0-9] +'）;）の後に、 '指定された名前と引数の型に一致する関数がありません'を取得しました。
SQLをコピーして換気ビューを作成しようとすると、「指定された名前と引数のタイプに一致する関数はありません」と表示されましたが、SQLの関数を同様の単語に置き換えた後、正常に作成されました。
そして、私の質問はどのように関数を扱うのですか？

postgresqlで関数を作成しましたが、表示されましたが、使用できませんでした。 （SELECT REGEXP_EXTRACT（ 'test it grabs the number 123'、 '[0-9] +'）;）の後に、 '指定された名前と引数の型に一致する関数がありません'を取得しました。
SQLをコピーして換気ビューを作成しようとすると、「指定された名前と引数のタイプに一致する関数はありません」と表示されましたが、SQLの関数を同様の単語に置き換えた後、正常に作成されました。
そして、私の質問はどのように関数を扱うのですか？

関数は特定のスキーマで作成されます。 したがって、関数はリストされたスキーマで作成されている可能性がありますが、関数を使用しようとすると、検索パスに含まれなくなります。 使用しているプログラムがわかりませんが、 set search_path to mimiciii,public;実行して検索パスを構成します。

OK、Windowsでコンセプトを生成するために.batファイルを書くことができました。 WSLが必要ですが、おそらく最もハンズフリーな方法で概念を生成できます。 これは、CCS診断以外のすべてで機能します。 READMEにチュートリアルがあります： https ：

それがあなた全員のために働くかどうか私に知らせてください！

OK、Windowsでコンセプトを生成するために.batファイルを書くことができました。 WSLが必要ですが、おそらく最もハンズフリーな方法で概念を生成できます。 これは、CCS診断以外のすべてで機能します。 READMEにチュートリアルがあります： https ：

それがあなた全員のために働くかどうか私に知らせてください！

ご指導ありがとうございます！ これで、「set search_path to mimiciii、public」を使用して関数を作成し、次のまでビューを正常に作成しました。

OK、Windowsでコンセプトを生成するために.batファイルを書くことができました。 WSLが必要ですが、おそらく最もハンズフリーな方法で概念を生成できます。 これは、CCS診断以外のすべてで機能します。 READMEにチュートリアルがあります： https ：

それがあなた全員のために働くかどうか私に知らせてください！

ご指導ありがとうございます！ 関数のパスを変更すると、それを使用できます。 その後、make_concepts.shからの順序に従って手動でビューを作成しましたが、ほとんどが成功しました。 しかし、ここに私が遭遇した2つの問題があります。

1. 「weight_durations」を作成しようとすると失敗し、「unkonwからtextへの変換が見つかりませんでした」と表示され、「heightweight」、「kdigo_uo」、およびその他のビューの作成に影響しました。
2. 「ccs_dx」をビルドしようとすると失敗し、「関係「mimiciii.ccs_multi_dx」は存在しません」と表示されました。 最初にこのテーブルを作成する必要がありますか？
   これらの2つの部分を除いて、すべてのビューが正常に構築されています。

1. 「weight_durations」を作成しようとすると失敗し、「unkonwからtextへの変換が見つかりませんでした」と表示され、「heightweight」、「kdigo_uo」、およびその他のビューの作成に影響しました。

それは奇妙です-私はweight_durations完全にうまく構築しました。 どのバージョンのPostgreSQLを使用していますか？

1. 「ccs_dx」をビルドしようとすると失敗し、「関係「mimiciii.ccs_multi_dx」は存在しません」と表示されました。 最初にこのテーブルを作成する必要がありますか？

はい-私が期待したこと。 .gzファイルをgzipで解凍しようとしますが、Windowsにはデフォルトでgzipが付属していないため、このテーブルの作成は失敗します。 このテーブルを手動で解凍し、 \COPYコマンドを使用してテーブルにインポートするだけです。

これらの2つの部分を除いて、すべてのビューが正常に構築されています。

素晴らしい！

1. 「weight_durations」を作成しようとすると失敗し、「unkonwからtextへの変換が見つかりませんでした」と表示され、「heightweight」、「kdigo_uo」、およびその他のビューの作成に影響しました。

それは奇妙です-私はweight_durations完全にうまく構築しました。 どのバージョンのPostgreSQLを使用していますか？

PostgreSQL9.6とpgAdmin4を使用しました。 LINE69： 'echo' ASweight_typeを 'echo' :: text AS weight_type、。に変更した後、ビューは正常に作成されました。 ビュー 'echo_data'は、手動でビューを作成する前に自動的に作成されたため、最初は問題があると思いました。 また、最新のコードを使用して別の新しいコードを作成し、それらが異なるかどうかを確認しようとすると、作成した新しいコードでは、高さ、重量、bsaなどの列に「null」が表示されます。 だから私は最初のものを保持します。

1. 「ccs_dx」をビルドしようとすると失敗し、「関係「mimiciii.ccs_multi_dx」は存在しません」と表示されました。 最初にこのテーブルを作成する必要がありますか？

はい-私が期待したこと。 .gzファイルをgzipで解凍しようとしますが、Windowsにはデフォルトでgzipが付属していないため、このテーブルの作成は失敗します。 このテーブルを手動で解凍し、 \COPYコマンドを使用してテーブルにインポートするだけです。

テーブルccs_multi_dxを作成し、ビューccs_dxを作成しましたが、「エラー：エラー：無効な正規表現：括弧（）のバランスが取れていませんコンテキスト：RETURNの3行目のPL / pgSQL関数regexp_contains（text、text）」 ？

これらの2つの部分を除いて、すべてのビューが正常に構築されています。

素晴らしい！

親愛なるアリステア：
よろしくお願いします！ mimic-codev1.4.2に「make-concepts.sql」ファイルがあることに気づきました。 私はそれを実行しました、そしてそれはうまくいきました。
2つの「make-concepts.sh」ファイルと「make-concepts.sql」ファイルに違いはありますか？ このメッセージを.sqlファイルに添付しました。
make-concepts.zip
私は完全にSQLの部外者です。 コーディングしてご迷惑をおかけして申し訳ありません。
再度、感謝します。

2つの「make-concepts.sh」ファイルと「make-concepts.sql」ファイルに違いはありますか？ このメッセージを.sqlファイルに添付しました。

xxx.shファイルはUNIXライクなMacOSシステム用であり、Windowsでは実行されません。 xxx.sqlファイルはPostgreSQLスクリプトであり、PostgreSQLで実行している限り機能します。ここでは、使用するシステムは関係ありません。