Mimic-code: 관련 테이블을 작성하기 위해 개념 폴더에서 .sh 파일을 실행하는 방법은 무엇입니까?

어떤 운영 체제를 실행하고 있습니까? 파일은 셸 스크립트이므로 Mac OS X 또는 Linux에서만 작동합니다. Windows를 사용하는 경우 가장 좋은 방법이 무엇인지 잘 모르겠습니다. SQL 파일은 PostgreSQL 설치와 함께 제공된 psql(셸) 프로그램을 사용하여 실행할 수 있지만 BigQuery 구문을 PostgreSQL 구문으로 대체하기 위해 일부 파일에 정규식이 적용됩니다. 아마도 Windows에서 이를 에뮬레이트하는 가장 간단한 방법은 수동으로 수행하는 것입니다.

어떤 운영 체제를 실행하고 있습니까? 파일은 셸 스크립트이므로 Mac OS X 또는 Linux에서만 작동합니다. Windows를 사용하는 경우 가장 좋은 방법이 무엇인지 잘 모르겠습니다. SQL 파일은 PostgreSQL 설치와 함께 제공된 psql(셸) 프로그램을 사용하여 실행할 수 있지만 BigQuery 구문을 PostgreSQL 구문으로 대체하기 위해 일부 파일에 정규식이 적용됩니다. 아마도 Windows에서 이를 에뮬레이트하는 가장 간단한 방법은 수동으로 수행하는 것입니다.

정말 고맙습니다! 저는 Win7을 사용하고 있습니다. 예, PostgreSQL로 개별 .sql 파일을 실행할 수 있습니다. 모든 테이블을 설정하기 위해 cmd 또는 psql에서 postgres_make_concepts.sh를 실행하는 방법이 있는지 궁금합니다.
그건 그렇고, sepsis-3-mimic 코드의 파일처럼 make_concepts 파일을 .sql 형식으로 제공하시겠습니까?
또는 누군가 Windows에서 .sh를 실행할 수 있는 알고리즘을 제공할 수 있기를 바랍니다. 구글링하는데 많은 시간이 걸렸지만 아무것도 얻지 못했습니다.
감사합니다!

좋습니다. 저는 Unix 유틸리티를 사용하여 스크립트를 psql 클라이언트에 전달하기 전에 변경하기 때문에 상당히 어렵습니다. .sh 스크립트는 (1) 포스트그레스와 호환되도록 정규식을 사용하여 SQL 파일을 수정하고, (2) 스크립트의 내용을 사용하여 파일과 동일한 이름의 테이블을 생성하고, (3) 올바른 위치에서 SQL 스크립트를 실행합니다. 주문하다. 따라서 단계를 수동으로 재현해야 합니다.

불행히도 sed 유틸리티를 사용하기 때문에 이전처럼 SQL 파일로 만들 방법이 없습니다. Windows용 GNU를 사용하여 Windows에 sed 를 설치하고 해당 프로그램을 사용하여 텍스트를 바꿀 수 있습니다. 당신이 또한 설치하는 경우 명령 프롬프트에서 실행 얻을 수있을 Windows 용 GNU 핵심 유틸을 .

또는 Linux용 Windows 하위 시스템(WSL)에서 postgres를 설치해 볼 수 있습니다 . 그렇게 하면 .sh 스크립트가 Linux 환경에서 실행됩니다.

친애하는 알리스테어와 스마트니코
비슷한 문제를 만났습니다.
지침을 따르고 postgres-funtions.sql을 실행했지만 이제 각 .sql을 수동으로 실행할 수 없습니다.... 첫 번째 단계를 잘못 했습니까? 첫 번째 단계를 어떻게 취소할 수 있습니까?

감사 해요

첫 번째 단계는 절대적으로 필요하지 않으며 필요한 postgresql에 함수를 생성합니다. 다음과 함께 작동하는지 테스트할 수 있습니다.

SELECT REGEXP_EXTRACT('test it grabs the number 123', '[0-9]+');

123 반환해야 합니다. No function matches the given name and argument types. 메시지가 표시되면 데이터베이스에 함수를 생성하지 않은 것입니다.

완료되면 모든 SQL 파일에서 다음 텍스트 교체를 수행해야 합니다.

1. physionet-data.mimiciii_clinical.<table_name> , physionet-data.mimiciii_derived.<table_name> 및 physionet-data.mimiciii_notes.<table_name> 를 <table_name> 바꿉니다. 이것은 쉘 스크립트의 REGEX_SCHEMA 호출에 의해 수행됩니다.
2. DATETIME_DIFF(date1, date2, DATE_PART) 를 DATETIME_DIFF(date1, date2, 'DATE_PART') 로 바꾸십시오. 즉, DATE_PART 는 작은 따옴표로 묶어야 합니다. 이것은 쉘 스크립트에서 REGEX_DATETIME_DIFF 호출에 의해 수행됩니다.
3. 파일의 맨 위에, 예를 들어, 파일의 이름은 경우에 생성 테이블 문을 추가 echo_data.sql 추가, CREATE TABLE echo_data AS 파일의 맨 위에. 이것은 쉘 스크립트의 echo 호출에 의해 수행됩니다.

위의 세 단계는 쉘 스크립트(postgres_make_concepts.sh)에서 수행되는 작업을 복제합니다. 물론 자동화하는 것이 가장 좋으므로 Windows에서 이 작업을 수행하는 방법을 알고 있다면 시도해 보십시오(여기에 솔루션을 게시하십시오!).

친애하는 알리스테어와 스마트니코
저는 의대생이고 SQL/psql에 능숙하지 않습니다. make_concepts.sh를 수동으로 실행하기 위해 열심히 노력했지만 실패했습니다. 그리고 내 시스템도 Windows입니다.
나는 postgresql에 함수를 생성했고 그것들이 나타났지만 uesd가 될 수 없었다. (SELECT REGEXP_EXTRACT('test it grabs the number 123', '[0-9]+');) 다음에 '주어진 이름 및 인수 유형과 일치하는 함수가 없습니다'가 표시됩니다.)
SQL을 복사하여 환기 보기를 생성하려고 하면 '주어진 이름 및 인수 유형과 일치하는 함수가 없습니다'라고 표시되지만 SQL의 함수를 유사한 단어로 교체한 후 성공적으로 생성되었습니다.
그리고 내 질문은 기능을 처리하는 방법?

나는 postgresql에 함수를 생성했고 그것들이 나타났지만 uesd가 될 수 없었다. (SELECT REGEXP_EXTRACT('test it grabs the number 123', '[0-9]+');) 다음에 '주어진 이름 및 인수 유형과 일치하는 함수가 없습니다'가 표시됩니다.)
SQL을 복사하여 환기 보기를 생성하려고 하면 '주어진 이름 및 인수 유형과 일치하는 함수가 없습니다'라고 표시되지만 SQL의 함수를 유사한 단어로 교체한 후 성공적으로 생성되었습니다.
그리고 내 질문은 기능을 처리하는 방법?

함수는 특정 스키마에서 생성됩니다. 따라서 나열된 스키마에서 함수가 생성될 수 있지만 함수를 사용하려고 하면 더 이상 검색 경로에 없습니다. 어떤 프로그램을 사용하고 있는지 모르겠지만 set search_path to mimiciii,public; 를 실행하여 검색 경로를 구성합니다.

좋아, Windows에서 개념을 생성하기 위해 .bat 파일을 작성했습니다. WSL이 필요하지만 개념을 생성하는 가장 손이 자유로운 방법일 것입니다. CCS 진단을 제외한 모든 경우에 작동합니다. README에 튜토리얼이 있습니다: https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/tree/master/concepts

그것이 당신 모두에게 효과가 있는지 알려주세요!

좋아, Windows에서 개념을 생성하기 위해 .bat 파일을 작성했습니다. WSL이 필요하지만 개념을 생성하는 가장 손이 자유로운 방법일 것입니다. CCS 진단을 제외한 모든 경우에 작동합니다. README에 튜토리얼이 있습니다: https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/tree/master/concepts

그것이 당신 모두에게 효과가 있는지 알려주세요!

안내해주셔서 감사합니다! 이제 'set search_path to mimiciii,public'을 사용하여 함수를 만들고 다음까지 일부 보기를 성공적으로 만들었습니다.

좋아, Windows에서 개념을 생성하기 위해 .bat 파일을 작성했습니다. WSL이 필요하지만 개념을 생성하는 가장 손이 자유로운 방법일 것입니다. CCS 진단을 제외한 모든 경우에 작동합니다. README에 튜토리얼이 있습니다: https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/tree/master/concepts

그것이 당신 모두에게 효과가 있는지 알려주세요!

안내해주셔서 감사합니다! 함수의 경로를 변경한 다음 사용할 수 있습니다. 그 후 make_concepts.sh의 순서에 따라 수동으로 뷰를 구축했고 대부분 성공했습니다. 그러나 여기에 내가 만난 두 가지 문제가 있습니다.

1. 'weight_durations'를 만들려고 하면 실패하고 'unkonw에서 텍스트로의 변환을 찾지 못했습니다'라고 표시되어 'heightweight', 'kdigo_uo' 및 기타 보기 생성에 영향을 미쳤습니다.
2. 'ccs_dx'를 빌드하려고 하면 실패하고 'mimiciii.ccs_multi_dx' 관계가 존재하지 않습니다'라고 표시됩니다. 이 테이블을 먼저 생성해야 합니까?
   이 두 부분을 제외하고 모든 보기가 성공적으로 빌드되었습니다.

1. 'weight_durations'를 만들려고 하면 실패하고 'unkonw에서 텍스트로의 변환을 찾지 못했습니다'라고 표시되어 'heightweight', 'kdigo_uo' 및 기타 보기 생성에 영향을 미쳤습니다.

이상하네요. weight_durations 완벽하게 구축했습니다. 어떤 버전의 PostgreSQL을 사용하고 있습니까?

1. 'ccs_dx'를 빌드하려고 하면 실패하고 'mimiciii.ccs_multi_dx' 관계가 존재하지 않습니다'라고 표시됩니다. 이 테이블을 먼저 생성해야 합니까?

예 - 예상했던 것입니다. gzip을 사용하여 .gz 파일의 압축을 풀려고 시도하지만 Windows에는 기본적으로 gzip이 제공되지 않으므로 이 테이블의 빌드가 실패합니다. 이 테이블을 수동으로 압축 해제하고 \COPY 명령을 사용하여 테이블로 가져오기만 하면 됩니다.

이 두 부분을 제외하고 모든 보기가 성공적으로 빌드되었습니다.

엄청난!

1. 'weight_durations'를 만들려고 하면 실패하고 'unkonw에서 텍스트로의 변환을 찾지 못했습니다'라고 표시되어 'heightweight', 'kdigo_uo' 및 기타 보기 생성에 영향을 미쳤습니다.

이상하네요. weight_durations 완벽하게 구축했습니다. 어떤 버전의 PostgreSQL을 사용하고 있습니까?

PostgreSQL 9.6 및 pgAdmin4를 사용합니다. LINE69: 'echo' AS weight_type을 'echo'::text AS weight_type으로 변경한 후 뷰가 성공적으로 생성되었습니다. 처음에는 뷰를 수동으로 생성하려고 하기 전에 자동으로 빌드되었기 때문에 'echo_data' 뷰에 문제가 있다고 생각했습니다. 그리고 최신 코드를 사용하여 다른 새 코드를 작성하여 서로 다른지 확인하려고 하면 내가 만든 새 코드가 높이, 체중, bsa 등의 열에 'null'을 표시합니다. 그래서 나는 첫 번째 것을 유지합니다.

1. 'ccs_dx'를 빌드하려고 하면 실패하고 'mimiciii.ccs_multi_dx' 관계가 존재하지 않습니다'라고 표시됩니다. 이 테이블을 먼저 생성해야 합니까?

예 - 예상했던 것입니다. gzip을 사용하여 .gz 파일의 압축을 풀려고 시도하지만 Windows에는 기본적으로 gzip이 제공되지 않으므로 이 테이블의 빌드가 실패합니다. 이 테이블을 수동으로 압축 해제하고 \COPY 명령을 사용하여 테이블로 가져오기만 하면 됩니다.

ccs_multi_dx 테이블을 만든 다음 ccs_dx 뷰를 작성했지만 '오류: 오류: 잘못된 정규식: 괄호()가 균형이 맞지 않습니다. 컨텍스트: PL/pgSQL 함수 regexp_contains(text, text) on line 3 of RETURN' ?

이 두 부분을 제외하고 모든 보기가 성공적으로 빌드되었습니다.

엄청난!

친애하는 알리스테어:
도움을 주셔서 감사합니다! 모방 코드 v1.4.2에 "make-concepts.sql" 파일이 있다는 것을 알았습니다. 나는 그것을 실행했고 잘 작동했습니다.
두 "make-concepts.sh"와 "make-concepts.sql" 파일 사이에 차이점이 있다고 말씀해 주시겠습니까? 이 메시지와 함께 .sql 파일을 첨부했습니다.
make-concepts.zip
나는 SQL에 대한 완전히 외부인입니다. 코딩하고 귀찮게 해서 죄송합니다.
다시 한번 감사합니다.

두 "make-concepts.sh"와 "make-concepts.sql" 파일 사이에 차이점이 있다고 말씀해 주시겠습니까? 이 메시지와 함께 .sql 파일을 첨부했습니다.

xxx.sh 파일은 유닉스 계열 및 MacOS 시스템용이며 Windows에서는 실행되지 않습니다. xxx.sql 파일은 PostgreSQL 스크립트이며 PostgreSQL에서 실행하는 한 작동합니다. 여기서 사용하는 시스템은 중요하지 않습니다.