こんにちは、

何かを理解するのに問題があるか、バグがあります。

はじめましょう。 DBRefに関するドキュメントは次のとおりです。
http://docs.mongodb.org/manual/reference/database-references/#dbrefs

彼らは、参照付きのドキュメントの構造を次のように記述します。

{
  "_id" : ObjectId("5126bbf64aed4daf9e2ab771"),
  // .. application fields
  "creator" : {
                  "$ref" : "creators",
                  "$id" : ObjectId("5126bc054aed4daf9e2ab772"),
                  "$db" : "users"
               }
}

次に、この例（example1）を見てみましょう。
https://gist.github.com/hastebrot/1170907

このコードを実行すると、次のようなものがあります。
話：

    "title": "A man who cooked Nintendo",
    "_creator": {
        "$oid": "52e7dcea3d9cd59c13702e3d"
    },
    "_id": {
        "$oid": "52e7dceb3d9cd59c13702e3e"
    },
    "fans": [],
    "__v": 0

人々：

    "name": "Aaron",
    "age": 100,
    "_id": {
        "$oid": "52e7dcea3d9cd59c13702e3d"
    },
    "stories": [],
    "__v": 0

問題

私たちのチームには、MongoDB用のライブラリを使用するJavaで記述された小さなアプリケーションがありますが、このライブラリはMongoDBドキュメントのようにデータを保存します。

....//other fields
"user": {
        "$ref": "users",
        "$id": {
            "$oid": "52c6c497c08e6fcf37000001"
        }
    }

マングースの実装でのみ機能するように見えるため、データを入力できません。

私が間違っている場合は訂正してください。しかし、私にとっては、ドキュメントに記載されているようにDBRefを保存しないようなものです。