Привет,

У меня проблемы с пониманием чего-то или он глючит.

Давайте начнем. Вот документация по DBRefs:
http://docs.mongodb.org/manual/reference/database-references/#dbrefs

Пишут, что структура для документа со ссылкой должна быть:

{
  "_id" : ObjectId("5126bbf64aed4daf9e2ab771"),
  // .. application fields
  "creator" : {
                  "$ref" : "creators",
                  "$id" : ObjectId("5126bc054aed4daf9e2ab772"),
                  "$db" : "users"
               }
}

Теперь давайте посмотрим на этот пример (example1):
https://gist.github.com/hastebrot/1170907

Когда я запускаю этот код, у меня есть что-то вроде этого:
История:

    "title": "A man who cooked Nintendo",
    "_creator": {
        "$oid": "52e7dcea3d9cd59c13702e3d"
    },
    "_id": {
        "$oid": "52e7dceb3d9cd59c13702e3e"
    },
    "fans": [],
    "__v": 0

Люди:

    "name": "Aaron",
    "age": 100,
    "_id": {
        "$oid": "52e7dcea3d9cd59c13702e3d"
    },
    "stories": [],
    "__v": 0

Эта проблема

В нашей команде есть небольшое приложение, написанное на Java, которое использует библиотеку для MongoDB, но эта библиотека сохраняет данные, как в документации MongoDB:

....//other fields
"user": {
        "$ref": "users",
        "$id": {
            "$oid": "52c6c497c08e6fcf37000001"
        }
    }

и я не могу заполнить данные, потому что кажется, что это работает только для реализации мангуста.

Поправьте меня, если я ошибаюсь, но для меня это похоже на то, что вы не сохраняете DBRef, как это описано в документации.