Olá,

Estou com problemas para entender algo ou está bugado.

Vamos começar. Aqui está a documentação sobre DBRefs:
http://docs.mongodb.org/manual/reference/database-references/#dbrefs

Eles escrevem que a estrutura do documento com referência deve ser:

{
  "_id" : ObjectId("5126bbf64aed4daf9e2ab771"),
  // .. application fields
  "creator" : {
                  "$ref" : "creators",
                  "$id" : ObjectId("5126bc054aed4daf9e2ab772"),
                  "$db" : "users"
               }
}

Agora vamos dar uma olhada neste exemplo (exemplo1):
https://gist.github.com/hastebrot/1170907

Quando executo este código, tenho algo assim:
História:

    "title": "A man who cooked Nintendo",
    "_creator": {
        "$oid": "52e7dcea3d9cd59c13702e3d"
    },
    "_id": {
        "$oid": "52e7dceb3d9cd59c13702e3e"
    },
    "fans": [],
    "__v": 0

Pessoas:

    "name": "Aaron",
    "age": 100,
    "_id": {
        "$oid": "52e7dcea3d9cd59c13702e3d"
    },
    "stories": [],
    "__v": 0

O problema

Em nossa equipe, temos pequenos aplicativos escritos em Java que usam biblioteca para MongoDB, mas esta biblioteca salva dados como na documentação do MongoDB:

....//other fields
"user": {
        "$ref": "users",
        "$id": {
            "$oid": "52c6c497c08e6fcf37000001"
        }
    }

e não consigo preencher dados porque parece que funciona apenas para implementação de mangusto.

Corrija-me se estiver errado, mas para mim é como se você não salvasse o DBRef como descrito na documentação.