Pandas: パンダをpipで正常にインストールすると、パンダのインポートが中断します

https://github.com/pandas-dev/pandas/issues/11383#issuecomment-294242777に非常によく似てい

詳細モードで試して、同時に実行したときにpipが取得するnumpyのバージョンを確認できますか？

numpy 1.13.0です：

gcc -fno-strict-aliasing -g -O2 -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -Wstrict-prototypes -fPIC -Ipandas/_libs/src/klib -Ipandas/_libs/src -I/tmp/pip-build-WbJa3a/pandas/.eggs/numpy-1.13.0-py2.7-linux-x86_64.egg/numpy/core/include -I/usr/local/include/python2.7 -c pandas/_libs/testing.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/pandas/_libs/testing.o -Wno-unused-function
  gcc -shared build/temp.linux-x86_64-2.7/pandas/_libs/testing.o -L/usr/local/lib -lpython2.7 -o build/lib.linux-x86_64-2.7/pandas/_libs/testing.so
  building 'pandas._libs.lib' extension
  gcc -fno-strict-aliasing -g -O2 -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -Wstrict-prototypes -fPIC -Ipandas/_libs/src/klib -Ipandas/_libs/src -I/tmp/pip-build-WbJa3a/pandas/.eggs/numpy-1.13.0-py2.7-linux-x86_64.egg/numpy/core/include -I/usr/local/include/python2.7 -c pandas/_libs/lib.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/pandas/_libs/lib.o -Wno-unused-function
  In file included from /tmp/pip-build-WbJa3a/pandas/.eggs/numpy-1.13.0-py2.7-linux-x86_64.egg/numpy/core/include/numpy/ndarraytypes.h:1809:0,
                   from /tmp/pip-build-WbJa3a/pandas/.eggs/numpy-1.13.0-py2.7-linux-x86_64.egg/numpy/core/include/numpy/ndarrayobject.h:18,
                   from /tmp/pip-build-WbJa3a/pandas/.eggs/numpy-1.13.0-py2.7-linux-x86_64.egg/numpy/core/include/numpy/arrayobject.h:4,
                   from pandas/_libs/lib.c:435:
  /tmp/pip-build-WbJa3a/pandas/.eggs/numpy-1.13.0-py2.7-linux-x86_64.egg/numpy/core/include/numpy/npy_1_7_deprecated_api.h:15:2: warning: #warning "Using deprecated NumPy API, disable it by " "#defining NPY_NO_DEPRECATED_API NPY_1_7_API_VERSION" [-Wcpp]

たぶん、pip IssueTrackerについて報告してみてください。 setup.pyに問題がある可能性がありますが、バグpipまたはsetuptoolsの可能性が高いようです。

@rvernicaホイールをダウンロードしてインストールするのではなく、ソースからパンダを構築している特定の理由がありますか？ ホイール付きなので問題なく取り付けられると思います。

ああ、pipバージョンがそんなに古いとは思わなかった。 その時点ですでに修正されている可能性があります。

@jorisvandenbossche私はpip install 、おそらくホイールがないため、 pipはソースからビルドすることを選択します。

最初にpipアップグレードしてみました：

/ # pip install --upgrade pip
Collecting pip
  Downloading pip-9.0.1-py2.py3-none-any.whl (1.3MB)
    100% |████████████████████████████████| 1.3MB 480kB/s 
Installing collected packages: pip
  Found existing installation: pip 8.1.2
    Uninstalling pip-8.1.2:
      Successfully uninstalled pip-8.1.2
Successfully installed pip-9.0.1

しかし、結果は同じで、 pip成功しますが、 import pandas失敗します。

確かにパンダ用のホイールがあるはずです-0.20.2なので、なぜそれがダウンロードされないのかわかりません..

しかし、それはどのようなシステムですか？ manylinux要件と互換性がない可能性があります。

しかし、それは確かにhttps://github.com/pandas-dev/pandas/issues/11383と同じ問題pipインストールすると中断します。 その理由は、pipが最新のnumpyを使用する別の環境でパンダを構築しているように見えますが、実際の環境では古いバージョンのnumpyがインストールされているため、エラーが発生するためです。 解決策は2つのステップでそれを行うことです（その後、numpyはすでにインストールされており、パンダをビルドするときにそれを使用し、別のパンダをフェッチしません）。
したがって、このユースケースではpipが壊れているか、setup.pyで何か問題が発生しています（ただし、その専門家はいません）

理にかなっています。 システムはAlpineLinux3.4です。

@rvernicaは、pip --no-binaryオプションでこれを再現できると思いましたが、それは正しいnumpyバージョンをプルダウンしました。

いいえ、報告する機会がありませんでした。

--no-binaryオプションを使用してこれを再現できると思いましたが、正しいnumpyバージョンがプルダウンされました。

@TomAugspurger古いバージョンのnumpyを指定しましたか？ （トリガーするために必要なため、たとえばpip install numpy==1.11 pandas==0.20 ）

ええ、私はpip install numpy==1.11.3 pandas==0.20.2 --no-binary=':all:' --verboseをクリーンな環境に入れました。

https://github.com/pypa/pip/issues/3691（https://github.com/pypa/pip/pull/4144で実装）が正しい解決策であるため、これをアップストリームで報告するつもりはありません。 それを試してみましょう。

ビルドステップでバージョン情報が無視される可能性があります。その場合は、pipに報告する必要があります。 pyproject.toml追加してPRを作成します

PEP518がこれについて何かを変更するかどうかはわかりません。パンダホイールを作成した時点で（最新の1.13をダウンロードするpyproject.tomlからnumpy> 0.17の仕様で）問題が残っているためです。同時にインストールされる正確なnumpyバージョンについて知っているようです（したがって、ホイール構築ステップで使用されるものよりも古い可能性があります）

numpyバージョンをビルドシステムでサポートされている最も古いバージョンに実際に固定する必要がありますか？ （配布するホイールを作成するときに実際に行うことは何ですか？）これは隔離された環境で行われるため、実際の環境に影響を与えることはありません。

まだ問題がありますが、解決策はありますか？

上記のコメントを読みましたか？ numpyとpandasを2つの別々のステップでインストールしてみてください。 そうでなければ、あなたはあなたが持っている特定の問題についてもっと多くの詳細を与える必要があるでしょう。

こんにちは、
「pipinstallnumpy == 1.12.0 pandas == 0.21.0」を使用して、手動でインストールしました（注：すでに同じバージョンのみ）。

その後、python -c "import pandas"を実行しているときに、次のようなエラーが発生します。

「最初にC拡張機能。」。format（module））
ImportError：C拡張子：numpy.core.multiarrayはビルドされていないインポートに失敗しました。 ソースディレクトリからパンダをインポートする場合は、「python setup.py build_ext --inplace --force」を実行して、最初にC拡張機能をビルドする必要があります。

上で述べたように、上のコメントを読んでください。同じ問題である場合は、別々にインストールする必要があるため、 pip install numpy=1.12.0 、次にpip install pandas=0.21.0

@jorisvandenbossche個別にインストールしましたが、それでも同じエラーです。 私は他の方法でやりました。 パンダを別のディレクトリに複製し、パンダをインストールしました。パンダをインポートできますが、外部ディレクトリから同じことを行うと、実行するソースディレクトリパスが常に検索されます。

sudo pip install numpy == 1.12.0
要件はすでに満たされています：/usr/local/lib/python2.7/dist-packagesのnumpy == 1.12.0
ubuntu @ocata ：〜/ devstack $ sudo pip install pandas == 0.21.0
要件はすでに満たされています：/usr/local/lib/python2.7/dist-packagesのpandas == 0.21.0
要件はすでに満たされています：/usr/local/lib/python2.7/dist-packagesのpytz> = 2011k（pandas == 0.21.0から）
要件はすでに満たされています：/usr/local/lib/python2.7/dist-packagesのnumpy> = 1.9.0（pandas == 0.21.0から）
要件はすでに満たされています：/usr/local/lib/python2.7/dist-packagesのpython-dateutil（pandas == 0.21.0から）
要件はすでに満たされています：/usr/local/lib/python2.7/dist-packagesのsix> = 1.5（python-dateutil-> pandas == 0.21.0から）
ubuntu @ ocata ：〜/ devstack $ python -c "import pandas"
RuntimeError：APIバージョン0xbに対してコンパイルされたモジュールですが、このバージョンのnumpyは0xaです
トレースバック（最後の最後の呼び出し）：
ファイル ""、1行目、
ファイル "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pandas/__init__.py"、35行目
「最初にC拡張機能。」。format（module））
ImportError：C拡張子：numpy.core.multiarrayはビルドされていないインポートに失敗しました。 ソースディレクトリからパンダをインポートする場合は、「python setup.py build_ext --inplace --force」を実行して、最初にC拡張機能をビルドする必要があります。

あなたはもっと詳細な情報を与える必要があります。 たとえば、実行したさまざまな手順の完全なコンソール出力、理想的にはいくつかの詳細なオプション、環境に関する情報（OS、Pythonバージョンなど）、ホイールではなくソースからインストールする理由、...

Python 2.7.12
OS：ubuntu 16.04 xenial

http://gnocchi.xyz/install.html#installation -using-devstackに従って、gnocchiをインストールする必要があります。プラグインを追加した後、。/ stack.shを実行しました。ここで、gnocchiのインストールはhttps://github.com/gnocchixyz/です

ここでは、パンダのgnocchiファイルの依存関係https://github.com/gnocchixyz/gnocchi/blob/ffbb446f3f12d637a6ff45b3eb522191638e8be0/tools/duration_perf_analyse.py#L37

別の方法では、パンダをインストールする必要があると仮定します。別のディレクトリにクローンを作成してモジュールを使用する必要があります。1つのディレクトリにインストールして外部ディレクトリからインポートしようとすると、識別されません。ソースディレクトリに関係のない場所ですべて/ python / dist-packages /の下にあるモジュールをインポートします

sudo pip install pandas
要件はすでに満たされています：/usr/local/lib/python2.7/dist-packagesのパンダ
要件はすでに満たされています：/usr/local/lib/python2.7/dist-packagesのpytz> = 2011k（パンダから）
要件はすでに満たされています：/usr/local/lib/python2.7/dist-packagesのnumpy> = 1.9.0（パンダから）
要件はすでに満たされています：/usr/local/lib/python2.7/dist-packagesのpython-dateutil（パンダから）
要件はすでに満たされています：/usr/local/lib/python2.7/dist-packagesのsix> = 1.5（python-dateutil-> pandasから）
ubuntu @ ocata ：/usr/local/lib/python2.7/dist-packages$ python -c "import
RuntimeError：APIバージョン0xbに対してコンパイルされたモジュールですが、このバージョンのnumpyは0xaです
トレースバック（最後の最後の呼び出し）：
ファイル ""、1行目、
ファイル "pandas / __ init __。py"、35行目
「最初にC拡張機能。」。format（module））
ImportError：C拡張子：numpy.core.multiarrayはビルドされていないインポートに失敗しました。 ソースディレクトリからパンダをインポートする場合は、「python setup.py build_ext --inplace --force」を実行して、最初にC拡張機能をビルドする必要があります。

@jorisvandenbossche必要な詳細があれば教えてください

最後のログ出力には「要件はすでに満たされています：パンダ」と表示されているため、実際にはインストールしていません。
さらに、pipが同じPythonを参照していることを確認してください（たとえば、 python -m pipを実行してください）。なぜdist-packagesからパンダをインポートするのですか？

@jorisvandenbossche s「要件はすでに満たされています：パンダ」-あなたが言ったように私は別々にインストールしたので、

なぜdist-packagesからパンダをインポートするのですか？ ->>どこからでも試してみましたが、実行されていません。

Pythonが2.7であるubuntu16.04にパンダをインストールする方法を教えてください。

今のところ、私がインストールした新しいマシンに

pip install numpy == 1.12.0、次にpip install pandas == 0.21.0、

インストール後、同じエラーが発生する

pip install numpy == 1.12.0、次にpip install pandas == 0.21.0、インストール後、同じエラーが発生する

次に、その完全なログを表示します（実際には何もインストールされていないログではなく、numpyとpandasがまだインストールされていない新しい環境からこれを行う必要があります）

@jorisvandenbosscheここに新しいマシンのインストール

sudo pip install pandas
パンダを集める
キャッシュされたパンダの使用-0.21.0-cp27-cp27mu-manylinux1_x86_64.whl
要件はすでに満たされています：/usr/local/lib/python2.7/dist-packagesのpytz> = 2011k（パンダから）
要件はすでに満たされています：/usr/lib/python2.7/dist-packagesのnumpy> = 1.9.0（パンダから）
要件はすでに満たされています：/usr/local/lib/python2.7/dist-packagesのpython-dateutil（パンダから）
要件はすでに満たされています：/usr/local/lib/python2.7/dist-packagesのsix> = 1.5（python-dateutil-> pandasから）
収集したパッケージのインストール：パンダ
パンダが正常にインストールされました-0.21.0

ubuntu @ ocata ：〜$ sudo pip install numpy
要件はすでに満たされています：/usr/lib/python2.7/dist-packagesのnumpy

ubuntu @ ocata ：〜$ python -c "import
RuntimeError：APIバージョン0xbに対してコンパイルされたモジュールですが、このバージョンのnumpyは0xaです
トレースバック（最後の最後の呼び出し）：
ファイル ""、1行目、
ファイル "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pandas/__init__.py"、35行目
「最初にC拡張機能。」。format（module））
ImportError：C拡張子：numpy.core.multiarrayはビルドされていないインポートに失敗しました。 ソースディレクトリからパンダをインポートする場合は、「python setup.py build_ext --inplace --force」を実行して、最初にC拡張機能をビルドする必要があります。

numpyはpandasの前にインストールする必要があります（ただし、この場合、numpyは既にインストールされているため、それ自体はインストールされなかったため、問題にはなりませんでした）。 同じことを表示できますが、numpyとpandasの両方を新しくインストールします（そしてnumpyを最初にインストールします）？
ところで、numpyのインポートは機能しますか？

@jorisvandenbosscheは最初にnumpyをインストールし、インポートは正常に機能し、pandasをインストールしてインポートは正常ですが、gnocchiに従って./stack.shを実行している間、パンダのインポートはエラーになります。

sudo pythonはpythonとは異なる場合があります。 python -m pip install ...使用し、必要な場合にのみsudo使用します。

@TomAugspurger両方を組み合わせていません

ここに私の質問があります。 numpy = 1.12.0がpandas = 0.21.0と互換性があるかどうか

または互換性のあるものは何ですか？

numpylatestとpandaslatestを試しました。 まだ機能していませんが、互換性の問題はありますか？ または最高の互換性のあるnumpy＆pandasバージョン？

@maestropandyはあなたの道を見てください：

sudo pip install pandas
Collecting pandas
Using cached pandas-0.21.0-cp27-cp27mu-manylinux1_x86_64.whl
Requirement already satisfied: pytz>=2011k in /usr/local/lib/python2.7/dist-packages (from pandas)

ubuntu<strong i="9">@ocata</strong>:~$ sudo pip install numpy
Requirement already satisfied: numpy in /usr/lib/python2.7/dist-packages

1つ目は/usr/local/lib 、2つ目は/usr/libなので、何かがそこにあります。 例外はusr/local/libのPythonから来ています。

@TomAugspurger 「 installnumpy 」は/ usr / local / lib /にインストールされますか？ 試してみます。

また、numpy> = 1.9.0＆pandas> = 0.18.0をインストールしたので、numpyとpandasに互換性の問題があることを知らせてください。これは、numpyとpandasの両方の最新バージョンを意味しますが、互換性があるようです。

また、numpyとpandasとの互換性の問題があることを知らせてください。

あなたが一般的に言及するそれらのバージョンの間に非互換性はありません。 問題は、両方をどのようにインストールするかです。

新しいパンダバージョンに問題があります。問題が修正されるまで、 pip install pandas==0.20.2

@ abhishekg2389詳細を

Fedora 25でも同様の（同じ？）問題が発生しています。

$ python --version
Python 2.7.13

$ which python
/usr/bin/python



md5-c7b975f7c1ac4eb89f5fe68ce1d09cd7



$ sudo pip install pandas
[sudo] password for .....:
Requirement already satisfied: pandas in /usr/lib64/python2.7/site-packages
Requirement already satisfied: pytz>=2011k in /usr/lib/python2.7/site-packages (from pandas)
Requirement already satisfied: python-dateutil in /usr/lib/python2.7/site-packages (from pandas)
Requirement already satisfied: numpy>=1.9.0 in /usr/lib64/python2.7/site-packages (from pandas)
Requirement already satisfied: six>=1.5 in /usr/lib/python2.7/site-packages (from python-dateutil->pandas)

$ sudo pip install numpy
Requirement already satisfied: numpy in /usr/lib64/python2.7/site-packages



md5-79f115fb1bb7ca0fecb38162c5f341da



$ python testPandas.py 
RuntimeError: module compiled against API version 0xb but this version of numpy is 0xa
Traceback (most recent call last):
  File "runProphet.py", line 1, in <module>
    import pandas as pd
  File "/usr/lib64/python2.7/site-packages/pandas/__init__.py", line 35, in <module>
    "the C extensions first.".format(module))
ImportError: C extension: numpy.core.multiarray failed to import not built. If you want to import pandas from the source directory, you may need to run 'python setup.py build_ext --inplace --force' to build the C extensions first.



md5-fca2a04366ebb14ff185882c94092f99



$ sudo pip install pandas==0.20.2
[sudo] password for jbooker: 
Collecting pandas==0.20.2
  Downloading pandas-0.20.2-cp27-cp27mu-manylinux1_x86_64.whl (22.4MB)
    100% |████████████████████████████████| 22.4MB 79kB/s 
Requirement already satisfied: pytz>=2011k in /usr/lib/python2.7/site-packages (from pandas==0.20.2)
Requirement already satisfied: numpy>=1.7.0 in /usr/lib64/python2.7/site-packages (from pandas==0.20.2)
Requirement already satisfied: python-dateutil in /usr/lib/python2.7/site-packages (from pandas==0.20.2)
Requirement already satisfied: six>=1.5 in /usr/lib/python2.7/site-packages (from python-dateutil->pandas==0.20.2)
Installing collected packages: pandas
  Found existing installation: pandas 0.21.0
    Uninstalling pandas-0.21.0:
      Successfully uninstalled pandas-0.21.0
Successfully installed pandas-0.20.2

どのバージョンのnumpyがインストールされていますか？ そして、パンダ0.21.0をインストールした結果を表示できますか？ （表示されているものは、その時点ですでにインストールされているため、実際にはインストールされません）

$ pip show numpy
Name: numpy
Version: 1.11.2
Summary: NumPy: array processing for numbers, strings, records, and objects.
Home-page: http://www.numpy.org
Author: NumPy Developers
Author-email: [email protected]
License: BSD
Location: /usr/lib64/python2.7/site-packages

pandas0.21.0をインストールしたときの出力がないようです。 すでに私のシステムにインストールされているようです（??）。 RPMパッケージが表示されないため、yum / dnfシステムパッケージを介してインストールされませんでした。

FacebookのProphetパッケージ（PandasとNumpyに依存しています）をインストールしようとしましたが、pandas0.18.1がすでにインストールされていることがわかりました。 0.21.0ではなく0.18.1であるのは興味深いことです。

$ sudo pip install fbprophet
Collecting fbprophet
  Using cached fbprophet-0.2.1.tar.gz
Requirement already satisfied: matplotlib in /usr/lib64/python2.7/site-packages (from fbprophet)
Requirement already satisfied: pandas>=0.18.1 in /usr/lib64/python2.7/site-packages (from fbprophet)
Requirement already satisfied: pystan>=2.14 in /usr/lib64/python2.7/site-packages (from fbprophet)
Requirement already satisfied: cycler>=0.10 in /usr/lib/python2.7/site-packages (from matplotlib->fbprophet)
Requirement already satisfied: subprocess32 in /usr/lib64/python2.7/site-packages (from matplotlib->fbprophet)
Requirement already satisfied: pytz in /usr/lib/python2.7/site-packages (from matplotlib->fbprophet)
Requirement already satisfied: six>=1.10 in /usr/lib/python2.7/site-packages (from matplotlib->fbprophet)
Requirement already satisfied: backports.functools-lru-cache in /usr/lib/python2.7/site-packages (from matplotlib->fbprophet)
Requirement already satisfied: pyparsing!=2.0.4,!=2.1.2,!=2.1.6,>=2.0.1 in /usr/lib/python2.7/site-packages (from matplotlib->fbprophet)
Requirement already satisfied: numpy>=1.7.1 in /usr/lib64/python2.7/site-packages (from matplotlib->fbprophet)
Requirement already satisfied: python-dateutil>=2.0 in /usr/lib/python2.7/site-packages (from matplotlib->fbprophet)
Requirement already satisfied: Cython!=0.25.1,>=0.22 in /usr/lib64/python2.7/site-packages (from pystan>=2.14->fbprophet)
Installing collected packages: fbprophet
  Running setup.py install for fbprophet ... done
Successfully installed fbprophet-0.2.1

パンダがどのようにインストールされたかを知らなければ、助けるのは難しいです。 パンダを再度0.21.0にアップグレードして、それが機能するかどうかを確認し、出力をログに記録しますか？

0.21.0ではなく0.18.1であるのは興味深いことです。

0.18.1以上であるとだけ書かれているので、0.21.0になる可能性があります

ああそうだね。 「> =」を見逃しました。特定のバージョンではなく、要件を満たしているだけです。

0.21.0に再度アップグレードしようとしましたが、インポート時にエラーが再現されました（ただし、インストールは正常に機能します）。

$ sudo pip install pandas==0.21.0
[sudo] password for jbooker: 
Collecting pandas==0.21.0
  Using cached pandas-0.21.0-cp27-cp27mu-manylinux1_x86_64.whl
Requirement already satisfied: pytz>=2011k in /usr/lib/python2.7/site-packages (from pandas==0.21.0)
Requirement already satisfied: python-dateutil in /usr/lib/python2.7/site-packages (from pandas==0.21.0)
Requirement already satisfied: numpy>=1.9.0 in /usr/lib64/python2.7/site-packages (from pandas==0.21.0)
Requirement already satisfied: six>=1.5 in /usr/lib/python2.7/site-packages (from python-dateutil->pandas==0.21.0)
Installing collected packages: pandas
  Found existing installation: pandas 0.20.2
    Uninstalling pandas-0.20.2:
      Successfully uninstalled pandas-0.20.2
Successfully installed pandas-0.21.0

テストスクリプト：

import pandas as pd
import numpy as np

print "Hello, world."

エラーを再度出力します。

$ python testPandas.py 
RuntimeError: module compiled against API version 0xb but this version of numpy is 0xa
Traceback (most recent call last):
  File "runProphet.py", line 1, in <module>
    import pandas as pd
  File "/usr/lib64/python2.7/site-packages/pandas/__init__.py", line 35, in <module>
    "the C extensions first.".format(module))
ImportError: C extension: numpy.core.multiarray failed to import not built. If you want to import pandas from the source directory, you may need to run 'python setup.py build_ext --inplace --force' to build the C extensions first.

0.20.2へのダウングレードは正常に機能し、テストスクリプトは正常に実行されます。

これを絞り込むために他にできることはありますか？

はい、実際に再現できます。 報告ありがとうございます！
この問題を再開しますが、新しい問題として（ここでの元の問題は別のものであり、ソースから構築されたため）

@jlbookerは、これを追跡するための問題をここで開きました： https ：
うまくいけば、これをすばやく修正できます

私にとってこの問題は、パンダを単独でアンインストールして再インストールすることで解決されました