Pandas: 使用pip成功安装pandas后导入pandas中断

看起来很像https://github.com/pandas-dev/pandas/issues/11383#issuecomment -294242777

您可以尝试使用详细模式来查看同时执行它们时 pip 抓取的 numpy 版本吗？

看起来它正在接收numpy 1.13.0 ：

gcc -fno-strict-aliasing -g -O2 -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -Wstrict-prototypes -fPIC -Ipandas/_libs/src/klib -Ipandas/_libs/src -I/tmp/pip-build-WbJa3a/pandas/.eggs/numpy-1.13.0-py2.7-linux-x86_64.egg/numpy/core/include -I/usr/local/include/python2.7 -c pandas/_libs/testing.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/pandas/_libs/testing.o -Wno-unused-function
  gcc -shared build/temp.linux-x86_64-2.7/pandas/_libs/testing.o -L/usr/local/lib -lpython2.7 -o build/lib.linux-x86_64-2.7/pandas/_libs/testing.so
  building 'pandas._libs.lib' extension
  gcc -fno-strict-aliasing -g -O2 -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -Wstrict-prototypes -fPIC -Ipandas/_libs/src/klib -Ipandas/_libs/src -I/tmp/pip-build-WbJa3a/pandas/.eggs/numpy-1.13.0-py2.7-linux-x86_64.egg/numpy/core/include -I/usr/local/include/python2.7 -c pandas/_libs/lib.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/pandas/_libs/lib.o -Wno-unused-function
  In file included from /tmp/pip-build-WbJa3a/pandas/.eggs/numpy-1.13.0-py2.7-linux-x86_64.egg/numpy/core/include/numpy/ndarraytypes.h:1809:0,
                   from /tmp/pip-build-WbJa3a/pandas/.eggs/numpy-1.13.0-py2.7-linux-x86_64.egg/numpy/core/include/numpy/ndarrayobject.h:18,
                   from /tmp/pip-build-WbJa3a/pandas/.eggs/numpy-1.13.0-py2.7-linux-x86_64.egg/numpy/core/include/numpy/arrayobject.h:4,
                   from pandas/_libs/lib.c:435:
  /tmp/pip-build-WbJa3a/pandas/.eggs/numpy-1.13.0-py2.7-linux-x86_64.egg/numpy/core/include/numpy/npy_1_7_deprecated_api.h:15:2: warning: #warning "Using deprecated NumPy API, disable it by " "#defining NPY_NO_DEPRECATED_API NPY_1_7_API_VERSION" [-Wcpp]

也许然后尝试报告 pip 问题跟踪器。 我们的 setup.py 可能有问题，但错误 pip 或 setuptools 似乎更有可能。

@rvernica从源代码构建熊猫，而不是下载和安装轮子，是否有特定原因？ 因为有了轮子，我认为它应该安装没有问题。

啊，我没有看到 pip 版本那么旧。 到时候可能已经修好了。

@jorisvandenbossche我只是在做pip install ， pip选择从源代码构建它可能是因为没有轮子。

我先尝试升级pip ：

/ # pip install --upgrade pip
Collecting pip
  Downloading pip-9.0.1-py2.py3-none-any.whl (1.3MB)
    100% |████████████████████████████████| 1.3MB 480kB/s 
Installing collected packages: pip
  Found existing installation: pip 8.1.2
    Uninstalling pip-8.1.2:
      Successfully uninstalled pip-8.1.2
Successfully installed pip-9.0.1

但结果是一样的， pip成功但import pandas失败。

pandas-0.20.2当然应该有一个轮子，所以不知道为什么不下载它..

然而，它是什么系统？ 它可能与manylinux要求不兼容。

但这确实与https://github.com/pandas-dev/pandas/issues/11383 中的问题相同pip安装会中断。 原因是 pip 似乎在一个单独的 env 中构建了熊猫，它使用最新的 numpy，但在实际的 env 中安装了旧版本的 numpy，因此会出现错误。 解决方案是分两步完成（然后 numpy 已经安装，并且在构建 Pandas 时它将使用它而不是获取另一个）。
因此，对于这个用例，要么 pip 坏了，要么我们在 setup.py 中做错了（但不是这方面的专家）

说得通。 系统为Alpine Linux 3.4。

@rvernica您是否在 pip 问题跟踪器上报告过这个问题？ 我以为我可以用--no-binary选项重现这个，但这拉低了正确的 numpy 版本。

不，我没有机会举报。

我以为我可以使用 --no-binary 选项重现它，但这会降低正确的 numpy 版本。

@TomAugspurger您是否指定了旧版本的 numpy？ （因为需要触发它，例如pip install numpy==1.11 pandas==0.20 ）

是的，我在一个干净的环境中做了pip install numpy==1.11.3 pandas==0.20.2 --no-binary=':all:' --verbose 。

好的，我不会在上游报告这个，因为https://github.com/pypa/pip/issues/3691 （在 https://github.com/pypa/pip/pull/4144 中实现）是正确的解决方案。 让我们试一试。

对于构建步骤，版本信息可能仍会被忽略，在这种情况下，我们应该将其报告给 pip。 我会做一个 PR 添加pyproject.toml

我不确定 PEP518 是否会对此进行任何更改，因为问题仍然存在，即在您构建 Pandas 轮时（pyproject.toml 中的 numpy>0.17 规范，它将下载最新的 1.13）它不会似乎知道同时安装的确切 numpy 版本（因此可能比造轮步骤中使用的版本旧）

我们真的应该将 numpy 版本固定到构建系统需要的最旧的支持版本吗？ （我们在构建轮子分发时在实践中做了什么？）由于这是在孤立的环境中完成的，它不应该影响您的实际环境

还是有问题，有什么解决办法吗？

你读过上面的评论吗？ 尝试分两个单独的步骤安装 numpy 和 pandas。 否则，您将需要提供有关您遇到的特定问题的更多详细信息。

你好，
我也手动安装了（注意：只有已经相同的版本），使用“pip install numpy==1.12.0 pandas==0.21.0”

虽然之后，在执行 python -c "import pandas" 时出现错误

“首先是 C 扩展。”.format(module))
导入错误：C 扩展名：numpy.core.multiarray 未能导入未构建。 如果您想从源目录导入熊猫，您可能需要先运行“python setup.py build_ext --inplace --force”来构建 C 扩展。

正如我上面所说，请阅读上面的评论，如果是同样的问题，你需要单独安装它们，所以pip install numpy=1.12.0然后pip install pandas=0.21.0

@jorisvandenbossche我已经单独安装了，还是同样的错误。 我做了其他方式。 我在单独的目录中克隆了熊猫并安装了熊猫，我可以在其中导入熊猫，但是当我从外部目录执行相同操作时，它一直在寻找要运行的源目录路径

须藤 pip 安装 numpy==1.12.0
需求已经满足：numpy==1.12.0 in /usr/local/lib/python2.7/dist-packages
ubuntu @ocata :~/
要求已经满足：pandas==0.21.0 in /usr/local/lib/python2.7/dist-packages
已经满足要求：pytz>=2011k in /usr/local/lib/python2.7/dist-packages（来自pandas==0.21.0）
已经满足要求：numpy>=1.9.0 in /usr/local/lib/python2.7/dist-packages（来自pandas==0.21.0）
要求已经满足：/usr/local/lib/python2.7/dist-packages中的python-dateutil（来自pandas==0.21.0）
要求已经满足：6>=1.5 in /usr/local/lib/python2.7/dist-packages（来自python-dateutil->pandas==0.21.0）
ubuntu@ocata :~/
运行时错误：针对 API 版本 0xb 编译的模块，但此版本的 numpy 是 0xa
回溯（最近一次调用最后一次）：
文件 ”"，第 1 行，在
文件“/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pandas/__init__.py”，第35行，在
“首先是 C 扩展。”.format(module))
导入错误：C 扩展名：numpy.core.multiarray 未能导入未构建。 如果您想从源目录导入熊猫，您可能需要先运行“python setup.py build_ext --inplace --force”来构建 C 扩展。

您需要提供更详细的信息。 例如，您执行的不同步骤的完整控制台输出，理想情况下带有一些详细选项，有关环境的一些信息（哪个操作系统，python 版本，...），为什么要从源代码安装而不是从轮子安装，...

蟒蛇 2.7.12
操作系统：ubuntu 16.04 xenial

我需要按照http://gnocchi.xyz/install.html#installation -using-devstack 安装 gnocchi，在添加插件后，运行 ./stack.sh，其中 gnocchi 安装https://github.com/gnocchixyz/ gnocchi有 Pandas 依赖项，当它尝试安装/导入 Pandas 时出现错误

这里是pandas的gnocchi文件依赖https://github.com/gnocchixyz/gnocchi/blob/ffbb446f3f12d637a6ff45b3eb522191638e8be0/tools/duration_perf_analysis.py#L37

换一种方式，假设我需要安装熊猫，我必须在单独的目录中克隆并使用它们的模块，如果我安装在一个目录中并尝试从外部目录导入，它不会被识别，我可以导入所有在 /python/dist-packages/ 下与源目录无关的模块

须藤 pip 安装熊猫
需求已经满足：/usr/local/lib/python2.7/dist-packages中的pandas
已经满足要求：pytz>=2011k in /usr/local/lib/python2.7/dist-packages（来自pandas）
要求已经满足：numpy>=1.9.0 in /usr/local/lib/python2.7/dist-packages（来自熊猫）
要求已经满足：/usr/local/lib/python2.7/dist-packages中的python-dateutil（来自pandas）
要求已经满足：6>=1.5 in /usr/local/lib/python2.7/dist-packages（来自python-dateutil->pandas）
ubuntu@ocata :/usr/local/lib/python2.7/dist-packages$ python -c "import pandas"
运行时错误：针对 API 版本 0xb 编译的模块，但此版本的 numpy 是 0xa
回溯（最近一次调用最后一次）：
文件 ”"，第 1 行，在
文件“pandas/__init__.py”，第 35 行，在
“首先是 C 扩展。”.format(module))
导入错误：C 扩展名：numpy.core.multiarray 未能导入未构建。 如果您想从源目录导入熊猫，您可能需要先运行“python setup.py build_ext --inplace --force”来构建 C 扩展。

@jorisvandenbossche让我知道所需的详细信息（如果有）

最后一个日志输出显示“需求已经满足：pandas”，因此您实际上并未安装它。
此外，请确保 pip 引用相同的 python（例如执行python -m pip ），以及为什么要从 dist-packages 导入 Pandas？

@jorisvandenbossche的“要求已经满足：pandas” - 因为我已经按照你说的单独安装了，当我再次尝试时，它肯定会显示这样。

你为什么要从 dist-packages 导入熊猫？ -->> 我到处都试过了，它没有运行。

让我知道如何在 ubuntu 16.04 中安装 Pandas，其中 python 是 2.7。

到目前为止，我已经安装了新机器

pip install numpy==1.12.0 然后pip install pandas==0.21.0，

安装后，同样的错误

pip install numpy==1.12.0 然后pip install pandas==0.21.0，安装后，得到同样的错误

然后显示该日志的完整日志（而不是实际未安装任何内容的日志，您需要在尚未安装 numpy 和 pandas 的新环境中执行此操作）

@jorisvandenbossche在新机器安装中

须藤 pip 安装熊猫
收集大熊猫
使用缓存的 pandas-0.21.0-cp27-cp27mu-manylinux1_x86_64.whl
已经满足要求：pytz>=2011k in /usr/local/lib/python2.7/dist-packages（来自pandas）
要求已经满足：numpy>=1.9.0 in /usr/lib/python2.7/dist-packages (from pandas)
要求已经满足：/usr/local/lib/python2.7/dist-packages中的python-dateutil（来自pandas）
要求已经满足：6>=1.5 in /usr/local/lib/python2.7/dist-packages（来自python-dateutil->pandas）
安装收集的包：pandas
成功安装pandas-0.21.0

ubuntu@ocata :~$ sudo pip install numpy
要求已经满足：/usr/lib/python2.7/dist-packages中的numpy

ubuntu@ocata :~$ python -c "导入熊猫"
运行时错误：针对 API 版本 0xb 编译的模块，但此版本的 numpy 是 0xa
回溯（最近一次调用最后一次）：
文件 ”"，第 1 行，在
文件“/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pandas/__init__.py”，第35行，在
“首先是 C 扩展。”.format(module))
导入错误：C 扩展名：numpy.core.multiarray 未能导入未构建。 如果您想从源目录导入熊猫，您可能需要先运行“python setup.py build_ext --inplace --force”来构建 C 扩展。

您应该在 Pandas 之前安装 numpy（尽管在这种情况下它无关紧要，因为 numpy 没有安装自己，因为它已经安装了）。 您可以显示相同的但新安装 numpy 和 pandas（首先安装 numpy）吗？
顺便说一句，导入 numpy 是否有效？

@jorisvandenbossche 首先安装了 numpy，它可以正常导入，安装了 Pandas 并且导入很好，但是在按照 gnocchi 执行 ./stack.sh 时，pandas 导入是错误的，而 import numpy 很好

您的sudo python可能与您的python 。 使用python -m pip install ... ，并且仅在必要时使用sudo 。

@TomAugspurger我没有将两者结合起来，我已经使用 pip install 安装了熊猫，安装没有问题，

这是我的问题； numpy=1.12.0 是否兼容pandas=0.21.0

或者什么是兼容的？

我尝试过 numpy latest 和 pandas latest 之一。 还是不行，是不是有兼容性问题？ 还是最兼容的 numpy 和 pandas 版本？

@maestropandy看看你的路径：

sudo pip install pandas
Collecting pandas
Using cached pandas-0.21.0-cp27-cp27mu-manylinux1_x86_64.whl
Requirement already satisfied: pytz>=2011k in /usr/local/lib/python2.7/dist-packages (from pandas)

ubuntu<strong i="9">@ocata</strong>:~$ sudo pip install numpy
Requirement already satisfied: numpy in /usr/lib/python2.7/dist-packages

第一个是/usr/local/lib ，第二个是/usr/lib ，所以有些东西不在那里。 您的异常来自usr/local/lib的 python。

@TomAugspurger "sudo python -m pip install numpy" 会安装在 /usr/local/lib/ 中吗？ 会尝试。

另外让我知道 numpy & pandas 是否存在任何兼容性问题，因为我已经安装了 numpy>=1.9.0 & pandas>=0.18.0 这意味着 numpy 和 pandas 的最新版本，但似乎兼容？

另外让我知道 numpy 和 pandas 是否存在任何兼容性问题，

您通常提到的这些版本之间没有不兼容性。 问题是您如何安装两者。

新的熊猫版本有问题..所以直到问题得到解决，使用pip install pandas==0.20.2

@abhishekg2389你能提供更多信息吗？ 如果我们的构建文件有问题，我们想知道。

我在 Fedora 25 下看到了类似（相同？）的问题。

$ python --version
Python 2.7.13

$ which python
/usr/bin/python



md5-c7b975f7c1ac4eb89f5fe68ce1d09cd7



$ sudo pip install pandas
[sudo] password for .....:
Requirement already satisfied: pandas in /usr/lib64/python2.7/site-packages
Requirement already satisfied: pytz>=2011k in /usr/lib/python2.7/site-packages (from pandas)
Requirement already satisfied: python-dateutil in /usr/lib/python2.7/site-packages (from pandas)
Requirement already satisfied: numpy>=1.9.0 in /usr/lib64/python2.7/site-packages (from pandas)
Requirement already satisfied: six>=1.5 in /usr/lib/python2.7/site-packages (from python-dateutil->pandas)

$ sudo pip install numpy
Requirement already satisfied: numpy in /usr/lib64/python2.7/site-packages



md5-79f115fb1bb7ca0fecb38162c5f341da



$ python testPandas.py 
RuntimeError: module compiled against API version 0xb but this version of numpy is 0xa
Traceback (most recent call last):
  File "runProphet.py", line 1, in <module>
    import pandas as pd
  File "/usr/lib64/python2.7/site-packages/pandas/__init__.py", line 35, in <module>
    "the C extensions first.".format(module))
ImportError: C extension: numpy.core.multiarray failed to import not built. If you want to import pandas from the source directory, you may need to run 'python setup.py build_ext --inplace --force' to build the C extensions first.



md5-fca2a04366ebb14ff185882c94092f99



$ sudo pip install pandas==0.20.2
[sudo] password for jbooker: 
Collecting pandas==0.20.2
  Downloading pandas-0.20.2-cp27-cp27mu-manylinux1_x86_64.whl (22.4MB)
    100% |████████████████████████████████| 22.4MB 79kB/s 
Requirement already satisfied: pytz>=2011k in /usr/lib/python2.7/site-packages (from pandas==0.20.2)
Requirement already satisfied: numpy>=1.7.0 in /usr/lib64/python2.7/site-packages (from pandas==0.20.2)
Requirement already satisfied: python-dateutil in /usr/lib/python2.7/site-packages (from pandas==0.20.2)
Requirement already satisfied: six>=1.5 in /usr/lib/python2.7/site-packages (from python-dateutil->pandas==0.20.2)
Installing collected packages: pandas
  Found existing installation: pandas 0.21.0
    Uninstalling pandas-0.21.0:
      Successfully uninstalled pandas-0.21.0
Successfully installed pandas-0.20.2

安装了什么版本的numpy？ 你能显示安装pandas 0.21.0的输出吗？ （你展示的那个实际上并没有安装，因为它当时已经安装了）

$ pip show numpy
Name: numpy
Version: 1.11.2
Summary: NumPy: array processing for numbers, strings, records, and objects.
Home-page: http://www.numpy.org
Author: NumPy Developers
Author-email: [email protected]
License: BSD
Location: /usr/lib64/python2.7/site-packages

我似乎没有安装熊猫 0.21.0 的输出。 它似乎已经安装在我的系统上（??）。 我没有看到 RPM 包，所以它不是通过 yum/dnf 系统包安装的。

我试图安装 Facebook 的 Prophet 包（依赖于 Pandas 和 Numpy），它指出已经安装了 Pandas 0.18.1。 有趣的是它是 0.18.1 而不是 0.21.0。

$ sudo pip install fbprophet
Collecting fbprophet
  Using cached fbprophet-0.2.1.tar.gz
Requirement already satisfied: matplotlib in /usr/lib64/python2.7/site-packages (from fbprophet)
Requirement already satisfied: pandas>=0.18.1 in /usr/lib64/python2.7/site-packages (from fbprophet)
Requirement already satisfied: pystan>=2.14 in /usr/lib64/python2.7/site-packages (from fbprophet)
Requirement already satisfied: cycler>=0.10 in /usr/lib/python2.7/site-packages (from matplotlib->fbprophet)
Requirement already satisfied: subprocess32 in /usr/lib64/python2.7/site-packages (from matplotlib->fbprophet)
Requirement already satisfied: pytz in /usr/lib/python2.7/site-packages (from matplotlib->fbprophet)
Requirement already satisfied: six>=1.10 in /usr/lib/python2.7/site-packages (from matplotlib->fbprophet)
Requirement already satisfied: backports.functools-lru-cache in /usr/lib/python2.7/site-packages (from matplotlib->fbprophet)
Requirement already satisfied: pyparsing!=2.0.4,!=2.1.2,!=2.1.6,>=2.0.1 in /usr/lib/python2.7/site-packages (from matplotlib->fbprophet)
Requirement already satisfied: numpy>=1.7.1 in /usr/lib64/python2.7/site-packages (from matplotlib->fbprophet)
Requirement already satisfied: python-dateutil>=2.0 in /usr/lib/python2.7/site-packages (from matplotlib->fbprophet)
Requirement already satisfied: Cython!=0.25.1,>=0.22 in /usr/lib64/python2.7/site-packages (from pystan>=2.14->fbprophet)
Installing collected packages: fbprophet
  Running setup.py install for fbprophet ... done
Successfully installed fbprophet-0.2.1

不知道如何安装 pandas 很难提供帮助。 您是否想再次将 pandas 升级到 0.21.0 以查看是否有效并记录输出？

有趣的是它是 0.18.1 而不是 0.21.0。

它只说 >=0.18.1，所以它可以是 0.21.0

啊对了。 我错过了 '>='.. 只是因为它满足要求，而不是特定版本。

再次尝试升级到 0.21.0，这在导入时重新创建了错误（但安装工作正常）：

$ sudo pip install pandas==0.21.0
[sudo] password for jbooker: 
Collecting pandas==0.21.0
  Using cached pandas-0.21.0-cp27-cp27mu-manylinux1_x86_64.whl
Requirement already satisfied: pytz>=2011k in /usr/lib/python2.7/site-packages (from pandas==0.21.0)
Requirement already satisfied: python-dateutil in /usr/lib/python2.7/site-packages (from pandas==0.21.0)
Requirement already satisfied: numpy>=1.9.0 in /usr/lib64/python2.7/site-packages (from pandas==0.21.0)
Requirement already satisfied: six>=1.5 in /usr/lib/python2.7/site-packages (from python-dateutil->pandas==0.21.0)
Installing collected packages: pandas
  Found existing installation: pandas 0.20.2
    Uninstalling pandas-0.20.2:
      Successfully uninstalled pandas-0.20.2
Successfully installed pandas-0.21.0

测试脚本：

import pandas as pd
import numpy as np

print "Hello, world."

再次输出错误：

$ python testPandas.py 
RuntimeError: module compiled against API version 0xb but this version of numpy is 0xa
Traceback (most recent call last):
  File "runProphet.py", line 1, in <module>
    import pandas as pd
  File "/usr/lib64/python2.7/site-packages/pandas/__init__.py", line 35, in <module>
    "the C extensions first.".format(module))
ImportError: C extension: numpy.core.multiarray failed to import not built. If you want to import pandas from the source directory, you may need to run 'python setup.py build_ext --inplace --force' to build the C extensions first.

降级到 0.20.2 工作正常，这样做后测试脚本成功运行。

我还能做些什么来帮助缩小范围？

好的，我实际上可以重现这一点。 感谢报告！
重新打开这个问题，但作为一个新问题（因为这里的原始问题是其他问题，从源代码构建）

@jlbooker在这里开了一个问题来跟踪这个： https :
希望我们能快速解决这个问题

对我来说，这个问题是通过自行卸载和重新安装熊猫来解决的