Mimic-code: MIMIC 파형

일치하는 데이터베이스를 업데이트할 계획이 있습니다. 매칭 프로세스는 여전히 진행 중입니다.

파형 테이블과 관련하여 나는 그것이 성냥을 배포하는 가장 간단한 방법이라고 확신하지 못합니다. 어떤 형태의 지도를 공개할 것이지만 상대 데이터베이스 테이블 형태가 아닐 수도 있습니다.

지금은 이 문제를 열어두고 파형에 대한 업데이트가 있을 때 다시 해결하겠습니다.

여기 에 MIMIC-III 환자를 위한 일치하는 헤더 샘플을 첨부했습니다. 시간이 있다면 이것이 유용한 형식인지, 추가 정보( HADM_ID , ICUSTAY_ID ) 일을 더 쉽게 만듭니다. 일치하는 파형 헤더를 사용하는 방법은 여기를 참조하십시오. http://physionet.org/physiobank/database/mimic2wdb/matched/

파형과 일치시키기 위해 현재 MIMIC-III 임상 데이터베이스에 테이블을 추가할 계획은 없지만 위 파일에 있는 것과 같은 헤더를 릴리스할 계획입니다.

Alistair에게 감사드립니다. 헤더에서 가장 중요한 것은 ICUSTAY_ID일 것입니다. ICUSTAY_ID는 환자가 언제 병원에 입원했는지를 나타냅니다. 헤더에 나열된 현재 날짜는 ICU 입원 날짜와 반대로 실제 녹음이 시작되는 날짜입니다. 따라서 ICUSTAY_ID가 있으면 나머지 환자 데이터를 거기에서 연결할 수 있어야 합니다.

녹음은 있지만 연결된 ICUSTAY_ID가 없는 경우가 있습니까?

네, 있습니다. ICUSTAY_ID 및 파형 레코드는 독립적으로 수집됩니다. 우리는 그것들을 다시 매핑해야 하고 그것이 항상 사소한 것은 아닙니다. 발생할 수 있는 많은 문제가 있습니다(다른 클럭, 잘못된 의료 기록 번호가 있는 파형 기록, 정렬 문제 등). 또한 약간의 수정, ICUSTAY_ID는 환자가 병원이 아닌 ICU에 들어갈 때 시작됩니다. HADM_ID는 병원과 연결됩니다.

내 계산에 따르면 레코드의 약 73%에는 ICUSTAY_ID가 있고 87%에는 HADM_ID가 있습니다.

ICUSTAY_ID/ HADM_ID 에 대한 위 헤더 의 맵은 다음과 같습니다.

안녕,

MIMIC3 데이터에 대해 APHP 에서 @parisni와 함께 작업합니다.
방금 이 csv 파일을 찾았습니다: https://physionet.org/physiobank/database/mimic3wdb/matched/matched_waveform_info.csv 그리고 이것이 파형과 HADM_ID/ICUSTAY_ID 간의 일치의 최종 버전인지 알고 싶습니다. 또한 'hadm_overlap', 'icustay_overlap', 'rih' 및 'rii' 열이 무엇인지 설명할 수 있습니까?

https://mimic.physionet.org/mimicdata/waveforms/ 페이지는 작업이 아직 끝나지 않았지만 완료된 것으로 보입니다.

문제 #166에서 @tompollard 는 "MIMIC-III용 파형 데이터베이스가 아직 출시되지 않았지만 작업 중입니다."라고 명시하고 있지만 /mimic3wdb에서 사용할 수 있는 것 같습니다.

감사 해요! :)

@Dubrzr을 강조해 주셔서 감사합니다. 본질적으로 @alistairewj 는 이전에 출시된 파형을 MIMIC-III 임상 데이터와 일치시키는 헤더 파일을 생성했지만 아직 추가 파형은 출시되지 않았습니다. 이 점을 명확히 하기 위해 문서 등을 업데이트하겠습니다.

귀하의 답변과 귀하의 작업에 감사드립니다! :디

저는 .hea 헤더 파일의 모든 데이터를 가져와서 데이터베이스에 저장하는 작업을 하고 있으며 이 작업을 이 저장소에 병합하는 것이 흥미로운지 알고 싶습니다.

다음과 같이 작동합니다.

1. Physionet에서 모든 .hea 파일을 로컬 디렉토리로 다운로드:

mimic3wdb/
  s00020/
    3544749_0001.hea
    3544749_0002.hea
    3544749_0003.hea
    3544749_0004.hea
    3544749_0005.hea
    3544749_0006.hea
    3544749_0007.hea
    3544749_0008.hea
    3544749_layout.hea
    s00020-2183-04-28-17-47.hea
    s00020-2183-04-28-17-47n.hea
  s00033/
    ....
  ....

1. Matched_waveform_info.csv를 다운로드하여 각 레코드에 대한 정보를 얻으십시오.
2. 모든 .hea 파일에서 모든 정보 추출(각 sxxxxx-yyyy-mm-dd-hh-mm{n}.hea 파일은 하나의 레코드에 해당하고 이 헤더에 나열된 각 파일은 하나의 항목에 해당)
3. csv 파일과 .hea 파일의 메타데이터를 두 개의 분리된 새 csv 파일에 씁니다.
   
   
   
   • 레코드별로 한 행을 포함하는 wfr.csv
   
   
   • 항목별로 하나의 행을 포함하는 wfe.csv
   
   

> wfr.csv: record_id, subject_id, starttime, endtime, starting_hadm, ending_hadm, starting_icustay, ending_icustay, hadmmatch, icumatch, rih, rii, hadm_overlap, icustay_overlap, comments
> wfe.csv: record_id, type, segment_index, start_datedatetime, end_datedatetime, nsamp, nsig, fs, fmt, sampsperframe, skew, byteoffset, gain, units, baseline, initvalue, signame, comments

내 스크립트는 https://github.com/Dubrzr/mimic3-scripts 에서 사용할 수 있습니다.

결과 파일에 관심이 있으면 저에게 물어보십시오.

안녕,

내 스크립트로 수집한 데이터를 탐색하는 동안 헤더 파일에서 잘못된 날짜를 발견했습니다.

숫자 헤더(s*n.hea)에만 이 문제가 있습니다(예: https://physionet.org/physiobank/database/mimic3wdb/matched/s00052/s00052-2191-01-10-02-). 21n.hea , 날짜는 14/03/3036이고 파일 이름은 날짜가 10/01/2191임을 나타냅니다.

이 문제가 있는 888개의 숫자 헤더가 있습니다.
해당 파일의 경우 파일 이름의 날짜가 올바른 날짜라고 가정할 수 있습니까? 입장 표와 일치하는 것 같습니다.

완전히 잘못된 헤더 파일도 있습니다.

• https://physionet.org/physiobank/database/mimic3wdb/matched/s29799/s29799-8921-03-11-17-16n.hea (연도=8921)
• https://physionet.org/physiobank/database/mimic2wdb/matched/s27446/s *.hea

여기에서 해당 문제가 있는 모든 파일을 볼 수 있습니다. https://gist.github.com/Dubrzr/6a22ae48980a549cc5883f3750ec0578

이 출력을 생성한 스크립트는 다음과 같습니다. https://github.com/Dubrzr/mimic3-scripts/blob/master/headers_checker.py

감사 해요!

버그 신고 감사합니다. 나는 오늘 나중에 데이터를 고칠 것입니다 - 그것은 조잡한 정규식이었습니다! 파일 이름의 날짜가 올바른 날짜입니다. PhysioNet에 데이터가 업데이트되면 다시 게시하겠습니다.

미친 년과 관련하여 내가 아는 한 그 중 네 가지가 있습니다.

• s27446/s27446-8838-01-26-18-03
• s27446/s27446-8838-01-26-18-03n
• s29799/s29799-8921-03-11-17-16
• s29799/s29799-8921-03-11-17-16n

왜 세월이 우스꽝스러운지 모르겠다. 아마도 모니터의 잘못된 설정일 것입니다. 나는 당신이하는 것처럼 그들을 제외 할 것입니다.

PhysioNet에서 일치하는 헤더 파일을 업데이트해야 합니다. 특히 s#####*.hea 파일만 다시 다운로드하면 됩니다. 다음 스크립트 반복에 성공하면 알려주세요!

귀하의 스크립트와 관련하여 커뮤니티에서 관심을 가질 것이라고 생각하지만 어디에 두는 것이 가장 좋은지 생각해야 합니다. 지금은 mimic-iii 및 physionet 로 저장소에 태그를 지정하면 도움이 될 것입니다.

빠른 업데이트: 일치하는 파형의 새로운 배치가 지금 PhysioNet에 업로드되고 있습니다(총 10,000명의 환자). 파형이 업로드되고 확인되면 분석에 사용할 수 있습니다.

이것은 매우 흥미로운 발표입니다! 두 분의 노고에 감사드립니다!

@bemoody 와 @cx1111 이 감사 인사를 전합니다. 칭찬을 전달하겠습니다!