Mimic-code: أشكال موجية ميميك

هناك خطط لتحديث قاعدة البيانات المتطابقة. عملية المطابقة لا تزال جارية.

فيما يتعلق بجداول الشكل الموجي ، لست مقتنعًا بأنها كانت أبسط طريقة لتوزيع التطابقات. بينما سنقوم بإصدار خريطة بشكل ما ، فقد لا تكون في شكل جداول قاعدة بيانات نسبية.

سأترك هذه المشكلة مفتوحة الآن وأعيد معالجتها عندما يكون هناك تحديث حول أشكال الموجة.

لقد أرفقت هنا عينة من الرؤوس المتطابقة لمرضى MIMIC-III: إذا كان لديك وقت ، فهل يمكنك التعليق على ما إذا كان هذا تنسيقًا مفيدًا ، وما إذا كنت تعتقد أن هناك معلومات إضافية ( HADM_ID ، ICUSTAY_ID ) سيجعل الأمور أسهل. انظر هنا لمعرفة كيفية استخدام رؤوس الموجات المتطابقة: http://physionet.org/physiobank/database/mimic2wdb/matched/

لا نخطط حاليًا لإضافة جداول إلى قاعدة البيانات السريرية MIMIC-III لمطابقة أشكال الموجة ، لكننا نخطط لإصدار رؤوس ، مثل تلك الموجودة في الملف أعلاه.

شكرًا أليستر ، أعتقد أن أهم شيء في العنوان سيكون ICUSTAY_ID ، حيث يشير ذلك إلى وقت دخول المريض إلى المستشفى. التاريخ الحالي المدرج في الرؤوس هو عندما يبدأ التسجيل الفعلي بدلاً من تاريخ قبول وحدة العناية المركزة. لذلك إذا كان لدينا ICUSTAY_ID ، فسأكون قادرًا على ربط بقية بيانات المريض من هناك.

هل يمكن أن تكون هناك أي حالات يوجد فيها تسجيل ولكن لا يوجد ICUSTAY_ID مقترنًا به؟

نعم هناك. يتم جمع ICUSTAY_ID وسجلات شكل الموجة بشكل مستقل. علينا أن نعيدهم إلى الخريطة وهذا ليس بالأمر السهل دائمًا. هناك مجموعة من المشكلات التي يمكن أن تحدث (ساعات مختلفة ، وسجلات شكل موجي بأرقام سجلات طبية خاطئة ، ومشكلات محاذاة ، ...). أيضًا ، التصحيح البسيط ، يبدأ ICUSTAY_ID عندما يدخل المريض وحدة العناية المركزة ، وليس المستشفى. يرتبط HADM_ID بالمستشفى.

من حساباتي ، تحتوي حوالي 73٪ من السجلات على ICUSTAY_ID ، و 87٪ لها HADM_ID.

إليك خريطة بالرؤوس أعلاه لـ ICUSTAY_ID / HADM_ID: mimic -iii-matched-waveforms-sample.xlsx

مرحبا،

أعمل مع parisni في APHP على بيانات MIMIC3.
لقد وجدت للتو ملف csv هذا: https://physionet.org/physiobank/database/mimic3wdb/matched/matched_waveform_info.csv وأود أن أعرف ما إذا كان هذا هو الإصدار النهائي للمطابقات بين الأشكال الموجية و HADM_ID / ICUSTAY_ID؟ أيضًا ، هل يمكنك شرح ما هي أعمدة "hadm_overlap" و "icustay_overlap" و "rih" و "rii"؟

تشير الصفحة https://mimic.physionet.org/mimicdata/waveforms/ إلى أن العمل لم ينته بعد ولكن يبدو أنه قد اكتمل.

في الإصدار رقم 166 ، ينص tompollard على أن "قاعدة بيانات الموجي لـ MIMIC-III لم يتم إصدارها بعد ، لكننا نعمل على حلها." ، ومع ذلك ، يبدو أنها متاحة على / mimic3wdb.

شكرا! :)

شكرا لتسليط الضوء على هذا @ Dubrzr. بشكل أساسي ، أنشأ alistairewj ملفًا رئيسيًا لمطابقة أشكال الموجة التي تم إصدارها مسبقًا مع البيانات السريرية MIMIC-III ، ولكن لم يتم إصدار أي أشكال موجية إضافية حتى الآن. سنقوم بتحديث الوثائق وما إلى ذلك لتوضيح هذه النقطة.

شكرا لإجابتك وكذلك لعملك! :د

أنا أعمل على الحصول على جميع البيانات في ملفات رأس .hea لوضعها في قاعدة بيانات وأود أن أعرف ما إذا كان من المثير للاهتمام دمج هذا العمل في هذا المستودع.

يعمل مثل هذا:

1. قم بتنزيل جميع ملفات .hea من Physionet إلى دليل محلي:

mimic3wdb/
  s00020/
    3544749_0001.hea
    3544749_0002.hea
    3544749_0003.hea
    3544749_0004.hea
    3544749_0005.hea
    3544749_0006.hea
    3544749_0007.hea
    3544749_0008.hea
    3544749_layout.hea
    s00020-2183-04-28-17-47.hea
    s00020-2183-04-28-17-47n.hea
  s00033/
    ....
  ....

1. قم بتنزيل matched_waveform_info.csv للحصول على معلومات حول كل سجل
2. استخراج جميع المعلومات من جميع ملفات .hea (يتوافق كل ملف sxxxxx-yyyy-mm-dd-hh-mm {n}.
3. اكتب البيانات الوصفية من ملف csv وملفات .hea إلى ملفي csv جديدين منفصلين:
   
   
   
   • wfr.csv الذي يحتوي على صف واحد بالسجل
   
   
   • wfe.csv الذي يحتوي على صف واحد عن طريق الإدخال
   
   

> wfr.csv: record_id, subject_id, starttime, endtime, starting_hadm, ending_hadm, starting_icustay, ending_icustay, hadmmatch, icumatch, rih, rii, hadm_overlap, icustay_overlap, comments
> wfe.csv: record_id, type, segment_index, start_datedatetime, end_datedatetime, nsamp, nsig, fs, fmt, sampsperframe, skew, byteoffset, gain, units, baseline, initvalue, signame, comments

البرامج النصية الخاصة بي متاحة هنا: https://github.com/Dubrzr/mimic3-scripts

إذا كنت مهتمًا بالملفات الناتجة ، اسألني.

مرحبا،

أثناء استكشاف البيانات التي تم جمعها باستخدام البرنامج النصي الخاص بي ، وجدت تواريخ خاطئة في ملفات الرأس.

فقط رؤوس الأعداد (s * n.hea) بها هذه المشكلة ، على سبيل المثال ، في الملف التالي https://physionet.org/physiobank/database/mimic3wdb/matched/s00052/s00052-2191-01-10-02- 21n.hea ، التاريخ هو 14/03/3036 بينما يشير اسم الملف إلى أن التاريخ هو 10/01/2191.

هناك 888 رأسًا رقميًا مع هذه المشكلة.
بالنسبة للملفات المعنية ، هل يمكنني افتراض أن التاريخ الموجود في اسم الملف هو الصحيح؟ يبدو أنه متوافق مع جدول القبول.

هناك أيضًا ملفات رأس خاطئة تمامًا:

• https://physionet.org/physiobank/database/mimic3wdb/matched/s29799/s29799-8921-03-11-17-16n.hea (السنة = 8921)
• https://physionet.org/physiobank/database/mimic2wdb/matched/s27446/s * .hea

يمكنك رؤية جميع الملفات التي بها هذه المشكلات هنا: https://gist.github.com/Dubrzr/6a22ae48980a549cc5883f3750ec0578

البرنامج النصي الذي أنشأ هذا الناتج هنا: https://github.com/Dubrzr/mimic3-scripts/blob/master/headers_checker.py

شكرا!

شكرا لتقرير الشوائب. سأقوم بإصلاح البيانات في وقت لاحق اليوم - لقد كان تعبيرًا عاديًا قذرًا! التاريخ في اسم الملف هو الصحيح. سأقوم بالنشر مرة أخرى عندما يتم تحديث البيانات على PhysioNet.

فيما يتعلق بالسنوات المجنونة ، هناك أربعة منها على حد علمي:

• s27446 / s27446-8838-01-26-18-03
• s27446 / s27446-8838-01-26-18-03n
• s29799 / s29799-8921-03-11-17-16
• s29799 / s29799-8921-03-11-17-16n

لا فكرة لماذا السنوات سخيفة. ربما يكون إعدادًا سيئًا على الشاشة. أود فقط استبعادهم كما تفعل.

يجب تحديث ملفات الرأس المتطابقة على شبكة PhysioNet. على وجه التحديد ، ما عليك سوى إعادة تنزيل ملفات s ##### *. hea. اسمحوا لي أن أعرف إذا نجحت في التكرار التالي للنص!

فيما يتعلق بالنصوص الخاصة بك ، أعتقد أنها ستكون ذات فائدة للمجتمع ، ولكن علينا التفكير في أفضل مكان لوضعها. في الوقت الحالي ، أود وضع علامة على المستودع الخاص بك بـ mimic-iii و physionet مما يساعد البعض.

مجرد تحديث سريع: يسعدنا أن نقول إنه يتم تحميل مجموعة جديدة من الأشكال الموجية المتطابقة على PhysioNet في الوقت الحالي (حوالي 10 آلاف مريض في المجموع). بمجرد تحميل الأشكال الموجية والتحقق منها ، ستكون متاحة للتحليل.

هذا إعلان مثير للغاية! شكرا جزيلا لكلا عملك!

bemoody و @ cx1111 هم الأشخاص الذين يجب أن نشكرهم على هذا - سننقل مديحك!