Mimic-code: MIMIC-III κ°œμš”

에 λ§Œλ“  2020λ…„ 01μ›” 27일  Β·  4μ½”λ©˜νŠΈ  Β·  좜처: MIT-LCP/mimic-code

μ €λŠ” μ •μ‹ κ³Ό ν™˜μž(특히 정신뢄열증 ν™˜μž)의 EHR 데이터 μž‘μ—…μ— 관심이 μžˆμŠ΅λ‹ˆλ‹€. MIMIC-III λ°μ΄ν„°λ² μ΄μŠ€λŠ” λ‚˜μ—κ²Œ 맀우 μœ λ§ν•΄ λ³΄μ΄μ§€λ§Œ 이 데이터 μ„ΈνŠΈμ— λŒ€ν•œ λŒ€λž΅μ μΈ κ°œμš”λ₯Ό μ–»λŠ” 방법과 λ‚΄ μš”κ΅¬ 사항에 λ§žλŠ”μ§€ λͺ…ν™•ν•˜μ§€ μ•ŠμŠ΅λ‹ˆλ‹€. 이 μž‘μ—…μ„ μˆ˜ν–‰ν•˜λŠ” 'κ°œμš”' κΈ°λŠ₯이 μžˆμŠ΅λ‹ˆκΉŒ? μ •μ‹ κ³Ό ν™˜μžμ˜ μˆ˜μ— λŒ€ν•œ 직관을 μ œκ³΅ν•˜κΈ° μœ„ν•΄ μ •μ‹ κ³Ό ICD-10 진단을 μœ„ν•œ λΉˆλ„ 차트 같은 것이 κ·Έλ¦¬μ›Œμš”.

κ°€μž₯ μœ μš©ν•œ λŒ“κΈ€

λ‚΄κ°€ μ•„λŠ” ν•œ MIMIC의 μ •μ‹ κ³Ό ICD(-9) 진단에 λŒ€ν•΄ 곡개적으둜 μ‚¬μš© κ°€λŠ₯ν•œ λΉˆλ„ μ°¨νŠΈκ°€ μ—†μŠ΅λ‹ˆλ‹€. MIMIC-III 데λͺ¨λ₯Ό νƒμƒ‰ν•˜μ—¬ 관심 μžˆλŠ” 정보λ₯Ό 찾을 수 μžˆλŠ”μ§€ 확인할 수 μžˆμ§€λ§Œ(https://physionet.org/content/mimiciii-demo/1.4/), ν™˜μž μˆ˜κ°€ 적으면 톡찰λ ₯이 μ œν•œλ  수 μžˆμŠ΅λ‹ˆλ‹€. . 여기에 ICD-9 μ½”λ“œλ₯Ό λ‚˜μ—΄ν•˜λ©΄ 문제λ₯Ό μ½λŠ” λˆ„κ΅°κ°€κ°€ μ‹œκ°„μ„ λ‚΄μ„œ μ‚΄νŽ΄λ³Ό 수 μžˆμŠ΅λ‹ˆλ‹€.

λͺ¨λ“  4 λŒ“κΈ€

λ‚΄κ°€ μ•„λŠ” ν•œ MIMIC의 μ •μ‹ κ³Ό ICD(-9) 진단에 λŒ€ν•΄ 곡개적으둜 μ‚¬μš© κ°€λŠ₯ν•œ λΉˆλ„ μ°¨νŠΈκ°€ μ—†μŠ΅λ‹ˆλ‹€. MIMIC-III 데λͺ¨λ₯Ό νƒμƒ‰ν•˜μ—¬ 관심 μžˆλŠ” 정보λ₯Ό 찾을 수 μžˆλŠ”μ§€ 확인할 수 μžˆμ§€λ§Œ(https://physionet.org/content/mimiciii-demo/1.4/), ν™˜μž μˆ˜κ°€ 적으면 톡찰λ ₯이 μ œν•œλ  수 μžˆμŠ΅λ‹ˆλ‹€. . 여기에 ICD-9 μ½”λ“œλ₯Ό λ‚˜μ—΄ν•˜λ©΄ 문제λ₯Ό μ½λŠ” λˆ„κ΅°κ°€κ°€ μ‹œκ°„μ„ λ‚΄μ„œ μ‚΄νŽ΄λ³Ό 수 μžˆμŠ΅λ‹ˆλ‹€.

데λͺ¨ 데이터 μ„ΈνŠΈμ—λŠ” _"100λͺ…μ˜ ν™˜μžλ₯Ό μœ„ν•œ λͺ¨λ“  μ€‘ν™˜μžμ‹€(ICU) μž…μ›"_에 λŒ€ν•œ λ°μ΄ν„°λ§Œ ν¬ν•¨λ˜μ–΄ μžˆμŠ΅λ‹ˆλ‹€. λ”°λΌμ„œ 제 κ²½μš°μ—λŠ” μœ μš©ν•˜μ§€ μ•ŠμŠ΅λ‹ˆλ‹€(즉, μ •μ‹ κ³Ό ν™˜μžμ˜ μˆ˜μ™€ ICD-9 μ½”λ“œ: 290-319 에 λŒ€ν•œ κ°œμš”λ₯Ό μ–»μœΌμ‹­μ‹œμ˜€). 등둝 과정을 μˆ˜κ°•ν•˜λŠ” 것이 νƒ€λ‹Ήν•œμ§€ 미리 κ²°μ •ν•  수 μžˆλ„λ‘ ICD 진단에 λŒ€ν•œ κ°œμš”λ₯Ό νŒŒμ•…ν•˜λŠ” 것이 μ €μ—κ²ŒλŠ” 맀우 도움이 될 κ²ƒμž…λ‹ˆλ‹€.

예λ₯Ό λ“€μ–΄ μ„œλͺ… 데이터뱅크 λŠ” μ΄λŸ¬ν•œ κ°œμš”λ₯Ό μ œκ³΅ν•©λ‹ˆλ‹€.

μš°μ„ , λ‹€μŒμ€ ICD-9 μ½”λ“œ λ²”μœ„κ°€ μžˆλŠ” ν™˜μžλ₯Ό μΆ”μΆœν•˜λŠ” λΉ λ₯Έ μΏΌλ¦¬μž…λ‹ˆλ‹€(κ³ μœ ν•œ ν™˜μž 수둜 μ •λ ¬).

SELECT a.icd9_code, b.long_title, count(distinct a.subject_id) as n_patient, 
FROM `physionet-data.mimiciii_clinical.diagnoses_icd` a
LEFT JOIN `physionet-data.mimiciii_clinical.d_icd_diagnoses` b
ON a.icd9_code = b.icd9_code
WHERE a.ICD9_CODE BETWEEN '290%' and '319%'
GROUP BY a.icd9_code, b.long_title
ORDER BY count(distinct a.subject_id) DESC
LIMIT 40;

icd9_μ½”λ“œ | κΈ΄ 제λͺ© | n_ν™˜μž
-- | -- | --
3051 | λ‹΄λ°° μ‚¬μš© μž₯μ•  | 3001
311 | 달리 λΆ„λ₯˜λ˜μ§€ μ•Šμ€ 우울 μž₯μ•  | 2926
30000 | λΆˆμ•ˆ μƒνƒœ, μƒμ„ΈλΆˆλͺ… | 1452
2930 | 달리 λΆ„λ₯˜λœ μƒνƒœλ‘œ μΈν•œ 섬망 | 1398
2948 | 달리 λΆ„λ₯˜λœ μƒνƒœλ‘œ μΈν•œ 기타 지속성 μ •μ‹  μž₯μ•  | 1026
30500 | μƒμ„ΈλΆˆλͺ…μ˜ μ•Œμ½”μ˜¬ λ‚¨μš© | 954
3004 | κΈ°λΆ„ λΆ€μ „ μž₯μ•  | 928
29181 | μ•Œμ½”μ˜¬ κΈˆλ‹¨ | 675
30391 | 기타 및 μƒμ„ΈλΆˆλͺ…μ˜ μ•Œμ½”μ˜¬ 의쑴, 지속 | 653
30390 | 기타 및 μƒμ„ΈλΆˆλͺ…μ˜ μ•Œμ½”μ˜¬ 의쑴, μƒμ„ΈλΆˆλͺ… | 568
29410 | 행동 μž₯μ•  없이 달리 λΆ„λ₯˜λœ μƒνƒœμ˜ 치맀 | 551
29680 | μƒμ„ΈλΆˆλͺ…μ˜ μ–‘κ·Ήμ„± μž₯μ•  | 507
30501 | μ•Œμ½”μ˜¬ λ‚¨μš©, 연속 | 388
30560 | μƒμ„ΈλΆˆλͺ…μ˜ 코카인 λ‚¨μš© | 368
29281 | μ•½λ¬Ό 유발 섬망 | 361
30301 | μ•Œμ½”μ˜¬ μ€‘λ…μ˜ κΈ‰μ„± μ•Œμ½”μ˜¬ 쀑독, 연속 | 301
2910 | μ•Œμ½”μ˜¬ κΈˆλ‹¨ 섬망 | 292
30393 | 기타 및 μƒμ„ΈλΆˆλͺ…μ˜ μ•Œμ½”μ˜¬ 의쑴, κ΄€ν•΄ | 281
30401 | μ•„νŽΈμœ μ‚¬μ œ μœ ν˜• μ˜μ‘΄μ„±, 연속 | 251
30981 | 외상 ν›„ 슀트레슀 μž₯μ•  | 229
2967 | Iν˜• μ–‘κ·Ήμ„± μž₯μ• , μƒμ„ΈλΆˆλͺ…μ˜ κ°€μž₯ 졜근 μ—ν”Όμ†Œλ“œ(λ˜λŠ” ν˜„μž¬) | 187
29590 | μƒμ„ΈλΆˆλͺ…μ˜ 정신뢄열병, μƒμ„ΈλΆˆλͺ… | 182
30590 | 기타, ν˜Όν•© λ˜λŠ” μƒμ„ΈλΆˆλͺ…μ˜ μ•½λ¬Ό λ‚¨μš©, μƒμ„ΈλΆˆλͺ… | 177
30550 | μ§€μ •λ˜μ§€ μ•Šμ€ μ˜€ν”Όμ˜€μ΄λ“œ λ‚¨μš© | 174
2920 | λ§ˆμ•½ 철수 | 167
29570 | μƒμ„ΈλΆˆλͺ…μ˜ 뢄열정동μž₯μ•  | 163
29620 | μ£Όμš” 우울 정동 μž₯μ• , 단일 μ—ν”Όμ†Œλ“œ, μƒμ„ΈλΆˆλͺ… | 158
29420 | μƒμ„ΈλΆˆλͺ…μ˜ 치맀, 행동 μž₯μ• κ°€ μ—†λŠ” | 158
3079 | 달리 λΆ„λ₯˜λ˜μ§€ μ•Šμ€ 기타 및 μƒμ„ΈλΆˆλͺ…μ˜ 특수 증상 λ˜λŠ” 증후ꡰ | 153
29040 | ν˜ˆκ΄€μ„± 치맀, λ‹¨μˆœ | 136
2939 | 달리 λΆ„λ₯˜λœ μƒνƒœμ˜ μƒμ„ΈλΆˆλͺ…μ˜ 일과성 μ •μ‹  μž₯μ•  | 130
319 | μƒμ„ΈλΆˆλͺ…μ˜ 지적 μž₯μ•  | 129
31401 | κ³Όμž‰ 행동 주의λ ₯ 결핍 μž₯μ•  | 121
30503 | μ™„ν™”λœ μ•Œμ½”μ˜¬ λ‚¨μš© | 112
2989 | μƒμ„ΈλΆˆλͺ…μ˜ 정신병 | 107
30001 | κ΄‘μž₯곡포증이 μ—†λŠ” 곡황μž₯μ•  | 104
30400 | μ§€μ •λ˜μ§€ μ•Šμ€ μ•„νŽΈμœ μ‚¬μ œ μœ ν˜• μ˜μ‘΄μ„± | 102
30520 | μ§€μ •λ˜μ§€ μ•Šμ€ λŒ€λ§ˆμ΄ˆ λ‚¨μš© | 95
29650 | Iν˜• μ–‘κ·Ήμ„± μž₯μ• , κ°€μž₯ 졜근의 μ—ν”Όμ†Œλ“œ(λ˜λŠ” ν˜„μž¬) 우울, μƒμ„ΈλΆˆλͺ… | 77
30300 | μ•Œμ½”μ˜¬ μ€‘λ…μ˜ κΈ‰μ„± μ•Œμ½”μ˜¬ 쀑독, μƒμ„ΈλΆˆλͺ… | 77

κ°μ‚¬ν•©λ‹ˆλ‹€. 쒋은 μ‹œμž‘μ΄μ—ˆκ³  μ œκ°€ μ›ν–ˆλ˜ κ²ƒμž…λ‹ˆλ‹€. λ¬Όλ‘  이 κ°œμš”κ°€ λ―Έλž˜μ— κΈ°λŠ₯으둜 κ΅¬ν˜„λ  수 μžˆλ‹€λ©΄ μ—¬μ „νžˆ μ‹€μš©μ μΌ κ²ƒμž…λ‹ˆλ‹€.

이 νŽ˜μ΄μ§€κ°€ 도움이 λ˜μ—ˆλ‚˜μš”?
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