타원체 데이터 세트가 변경된 것 같습니다. 누군가 "v0"과 "v1"의 차이점을 설명할 수 있습니까? ShapeWorks 5.5는 현재 타원체 데이터 세트/매개변수에서 더 나은 성능을 제공하지 않습니다. @sheryjoe @ jadie1 @ iyerkrithika21

@akenmorris "v1"은 ShapeCohortGenPackage를 사용하여 생성된 정리되지 않은 타원체 데이터 세트입니다. 여기에는 다음과 같은 모든 변형 모드와 세대 옵션이 포함됩니다.

1. 임의의 반지름
2. 무작위 방향
3. 경계에 닿는 일부 세분화
4. 무작위 센터
5. 더 많은 배경을 포함하도록 이미지 크기를 무작위로 지정

이전 데이터 세트에는 단 하나의 변형 모드만 있었습니다. @jadie1 , v0에 관해 내가 틀렸다면 정정해 주세요.

@jadie1 우리는 정렬된(v0과 유사) 하나와 정렬되지 않은(그루밍을 보여주기 위해) 두 개의 타원체 데이터 세트를 제공하기로 이전에 동의했습니다. 저는 v1이 후자라고 생각합니다.

예 ellipsoid-v1은 @iyerkrithika21이 설명한 대로이므로 둘 이상의 변형 모드가 있어야 합니다. ellipsoid-v0은 정리되지 않은 버전이 정리된 버전과 동일한 원본 데이터입니다.
또한 ellipsoid-v1과 동일하게 코호트 생성 코드를 사용하여 생성된 ellipsoid_aligned-v1을 추가했지만 이미 정렬되어 있습니다(중앙, 방향 및 이미지 크기가 동일함). ellipsoid-v0과 ellipsoid_aligned-v1의 차이점은 ellipsoid-v0에는 하나의 변형 모드만 있는 반면 ellipsoid_aligned-v1은 모든 반경을 따라 변한다는 것입니다.

예 ellipsoid-v1은 @iyerkrithika21이 설명한 대로이므로 둘 이상의 변형 모드가 있어야 합니다. ellipsoid-v0은 정리되지 않은 버전이 정리된 버전과 동일한 원본 데이터입니다.

v1에 더 많은 모드가 있어야 하는 이유는 무엇입니까? 이 데이터의 사용 사례는 정렬 불량과 관련된 모드를 제외해야 합니다.

또한 ellipsoid-v1과 동일하게 코호트 생성 코드를 사용하여 생성된 ellipsoid_aligned-v1을 추가했지만 이미 정렬되어 있습니다(중앙, 방향 및 이미지 크기가 동일함). ellipsoid-v0과 ellipsoid_aligned-v1의 차이점은 ellipsoid-v0에는 하나의 변형 모드만 있는 반면 ellipsoid_aligned-v1은 모든 반경을 따라 변한다는 것입니다.

이것은 약간 혼란스러워지고 있습니다. 두 개의 정렬된 타원체 데이터를 유지해야 합니까? 하나는 하나의 모드이고 다른 하나는 세 개의 모드입니다. 정렬은 최적화를 위한 가장 간단한 장난감 예제로 간주되기 때문에 하나의 모드(변형에 대해 하나의 반경 선택)만 있어야 한다고 생각합니다.

정렬 또는 변형 모드의 수에 관계없이 이 매개변수 집합은 일치성과 샘플링이 좋지 않음을 보여줍니다.

예 ellipsoid-v1은 @iyerkrithika21이 설명한 대로이므로 둘 이상의 변형 모드가 있어야 합니다. ellipsoid-v0은 정리되지 않은 버전이 정리된 버전과 동일한 원본 데이터입니다.

v1에 더 많은 모드가 있어야 하는 이유는 무엇입니까? 이 데이터의 사용 사례는 정렬 불량과 관련된 모드를 제외해야 합니다.

반경은 세 축 모두를 따라 변하기 때문에 더 많은 변형 모드가 있어야 합니다. 맞습니까?

또한 ellipsoid-v1과 동일하게 코호트 생성 코드를 사용하여 생성된 ellipsoid_aligned-v1을 추가했지만 이미 정렬되어 있습니다(중앙, 방향 및 이미지 크기가 동일함). ellipsoid-v0과 ellipsoid_aligned-v1의 차이점은 ellipsoid-v0에는 하나의 변형 모드만 있는 반면 ellipsoid_aligned-v1은 모든 반경을 따라 변한다는 것입니다.

이것은 약간 혼란스러워지고 있습니다. 두 개의 정렬된 타원체 데이터를 유지해야 합니까? 하나는 하나의 모드이고 다른 하나는 세 개의 모드입니다. 정렬은 최적화를 위한 가장 간단한 장난감 예제로 간주되기 때문에 하나의 모드(변형에 대해 하나의 반경 선택)만 있어야 한다고 생각합니다.

ellipsoid_aligned-v1 또는 ellipsoid-v0을 제거할 수 있습니다. 둘 다 사용하는 사용 사례가 없으며 이전 버전의 ShapeWorks를 사용하는 사용자를 위해 ellpsoid-v0을 남겼습니다. 이것은 ellpsoid_aligned-v1 생성에 대한 원래 요청이었습니다. "모든 변환을 비활성화하여 v1과 동일한 코드를 사용하여 v0을 재생성할 수 있습니까? 이렇게 하면 일관성을 유지하고 고정 도메인과 절단 평면 모두에 대해 테스트할 분할과 멋진 메쉬가 모두 생깁니다."

모델의 대응이 좋지 않은 이유를 모르겠습니다. 매개변수를 다시 조정해야 합니까? 하나의 반경을 따라 변하는 새로운 타원체로 시도해야 합니까?

그루밍에도 다음과 같은 문제가 있습니다.

타원체 9는 다른 것들의 중심에 있지도 않습니다.

이것은 타원체 예제 또는 이미지 라이브러리의 문제입니까? @cchriste @archanasri @jadie1 @iyerkrithika21

이것이 Windows와 Linux에서 정리된 타원체가 나를 찾는 방식입니다.
타원체 9는 나를 중심으로 보입니다.

나에게도 중심이 된 것처럼 보입니다. 방금 release_v6.0 분기에서 다시 실행했습니다.

서신 포인트도 나에게 잘 보이지 않습니다. 아마도 더 매끄럽게 해야 합니까? 내가 보기에는 네 가지 변형 모드가 있는 것 같습니다. 첫 번째는 크기이고 다음 세 가지는 x, y 및 z 방향의 반경입니다.

@jadie1 , @iyerkrithika21 , 방금 다른 Mac에서 시도했습니다. 모양의 새로 설치는 6.0 RC5, 새 conda 설치, 모든 것 작동합니다. 샘플의 정렬을 확인합니다(DT를 볼 필요도 없음).

https://user-images.githubusercontent.com/1693349/110035220-9c3e6300-7cf8-11eb-9cd0-9162212dd61c.mp4

오, 하하, @jadie1 , @iyerkrithika21 , Studio에서 center 확인란을 꺼야 합니다. 그렇지 않으면 표시를 위해 자동으로 가운데 정렬 됩니다. 중심을 뺀 상태에서 다시 확인하십시오.

아, 이제 알겠습니다. 방금 같은 데이터를 사용하는 Getting-started-with-grooming-segmentations.ipynb를 실행했는데 동일한 문제가 있지만 그렇게 나쁘지는 않은 것 같습니다. 여기에서 마지막 비디오를 보십시오: http://sciinstitute.github.io/ShapeWorks/notebooks/getting-started-with-grooming-segmentations.html (이 비디오는 제가 릴리스 브랜치에서 실행한 것과 일치합니다).

유스 케이스와 노트북을 한 줄씩 살펴보고 정리가 다른 부분을 볼 수 있을 것 같습니다...

노트북과 유스 케이스 거리 변환에 동일한 중심/정렬 문제가 있음을 긁습니다. 노트북에서 거리 변환이 더 부드럽습니다.
@akenmorris 데이터 세트(크기, 방향, 반지름 등)에 엄청난 양의 변동이 있기 때문에 중심에서 벗어나는 현상이 발생할 수 있다고 생각하십니까?

ICP와 일치하고 있습니까?

예, 참조는 ellipsoid_14입니다.

그래서 한 쪽만 따라 타원체 9를 정렬한다고 생각하십니까?

이 문제를 어떻게 해결해야 하는지 잘 모르겠습니다. ICP 이후에 Center of Mass Operation을 적용해야 합니까?

@sheryjo 생각이 있으신가요? 이 변환을 모양 모델의 일부로 캡처하는 것은 잘못된 것 같습니다.

@akenmorris 어떤 번역인가요? 이건 영상에서 안보이네요. 질량 중심 정렬 단계를 QC했습니까? 또한 경우에 따라 ICP 반복 횟수가 중요할 수 있습니다.

타원체는 중앙에 있지 않으므로 모양 모델은 반드시 변환을 캡처합니다.

타원체는 중앙에 있지 않으므로 모양 모델은 반드시 변환을 캡처합니다.

COM은 그들을 중앙에 배치해야 합니다.

COM은 그들을 중앙에 배치해야 합니다.

동의합니다. 하지만 ICP가 한쪽 면과 일치하도록 센터링을 해제하고 있습니까?

COM은 그들을 중앙에 배치해야 합니다.

동의합니다. 하지만 ICP가 한쪽 면과 일치하도록 센터링을 해제하고 있습니까?

참조가 실제로 중앙값 모양이 아닌 경우 ICP의 영향은 COM 이후에 최소한의 wrt 변환이어야 합니다.

여기 상태가 어떻습니까? 이 작업을 하는 사람이 있습니까? 그루밍과 최적화 매개변수라는 두 가지 개별 문제가 있다고 생각합니다.

@jadie1 @iyerkrithika21 업데이트가 있습니까?

Studio에서 세분화를 정리했을 때 DT는 다음과 같이 표시됩니다.

따라서 ICP가 그루밍에 몇 가지 문제를 일으킬 수 있는 것 같습니다.

옳은. 타원체 9는 다음의 중심에 위치합니다.

       """ Apply rigid alignment """
        ref = FindReferenceImage(comFiles)
        alignedFiles = applyRigidAlignment(groomDir + "aligned/segmentations", ref, comFiles)

그리고 그 후에는 중심에서 벗어납니다.

@akenmorris ICP 없이 Studio에서 타원체를 최적화하려고 하면 이 메시지가 나타납니다.

나는 3가지 다른 수준의 패딩을 시도했습니다 - 10,30,50. 그러나 이들 중 어느 것도 도움이 되지 않았습니다.
그리고 파이썬 사용 사례에서도 rigidAlignment 단계를 건너뛰려고 시도했는데 이 경계 상자 오류가 발생합니다.

############## Cropping ##############
Traceback (most recent call last):
  File "RunUseCase.py", line 94, in <module>
    module.Run_Pipeline(args)
  File "/home/sci/iyerkrithika/ShapeWorks/Examples/Python/ellipsoid.py", line 96, in Run_Pipeline
    croppedFiles = applyCropping(groomDir + "cropped/segmentations", comFiles, comFiles)
  File "/home/sci/iyerkrithika/ShapeWorks/Examples/Python/GroomUtils.py", line 216, in applyCropping
    region = ImageUtils.boundingBox(bbDataList)
ValueError: Image sizes do not match (Output/ellipsoid/groomed/com_aligned/segmentations/ellipsoid_01.isores.center.com.nrrd)

ImageUtils.boundingBox() 는 가장 큰 경계 상자를 제공할 수 있어야 하기 때문에 이 오류는 의미가 없습니다.
@jadie1 이것이 대퇴골 사용 사례에서 본 문제와 관련이 있다고 생각하십니까?

@iyerkrithika21 , 스튜디오에서 어떻게 실행하고 있는지 자세히 알려

@iyerkrithika21 , 스튜디오에서 어떻게 실행하고 있는지 자세히 알려

세그먼트를 가져와 스튜디오에서 신랑을 실행했습니다. 최적화를 클릭했습니다.

문제 #1133을 통해 릴리스되도록 수정됩니다.

@iyerkrithika21 , 나는 당신이 본 것에 대한 문제를 추가했습니다:

1134