Я совершенно уверен, что это ошибка, но, пожалуйста, просветите меня, если это не так. Решение было бы очень признательно.
Я делаю стандартное горячее кодирование через SCKlearn и, очевидно, использую Numpy в процессе. Все в порядке, когда я оставляю параметр печати по умолчанию, но когда я использую функцию numpy.set_printoptions(threshold='nan')
для печати всего одного массива горячего кодирования (вместо сводки Numpy), я получаю сообщение об ошибке в заголовке проблемы. Вот код и соответствующий отчет об ошибке / трассировке:
import numpy
from numpy import array
from numpy import argmax
from sklearn.preprocessing import LabelEncoder
from sklearn.preprocessing import OneHotEncoder
data = "+++++++++QVQLVQSGGGVVQPGRSLRLSCAASGFTFSSHRMHWVRQAPGKGLEWVAAVSNDGSNEYYADSVKGRFTISRDKSTSTLYLQMDSLRPEDTAVYYCARERCVSSSCWARALDYWGQGSLVTVCS++++++++++"
seq_string = list(data)
print(seq_string)
values = array(seq_string)
print(values)
label_encoder = LabelEncoder()
integer_encoded = label_encoder.fit_transform(values)
print(integer_encoded)
onehot_encoder = OneHotEncoder(sparse=False)
integer_encoded = integer_encoded.reshape(len(integer_encoded), 1)
onehot_encoded = onehot_encoder.fit_transform(integer_encoded)
numpy.set_printoptions(threshold='nan')
print(onehot_encoded)
inverted = label_encoder.inverse_transform([argmax(onehot_encoded[1, :])])
print(inverted)
> ---------------------------------------------------------------------------
TypeError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-1-43683b44d2e3> in <module>()
24 onehot_encoded = onehot_encoder.fit_transform(integer_encoded)
25 numpy.set_printoptions(threshold='nan')
---> 26 print(onehot_encoded)
27 # invert first example
28 inverted = label_encoder.inverse_transform([argmax(onehot_encoded[1, :])])
/d/harpy1/s/python/v3-5.1.0/lib/python3.6/site-packages/numpy/core/arrayprint.py in array_str(a, max_line_width, precision, suppress_small)
1400 return str(a[()])
1401
-> 1402 return array2string(a, max_line_width, precision, suppress_small, ' ', "")
1403
1404 def set_string_function(f, repr=True):
/d/harpy1/s/python/v3-5.1.0/lib/python3.6/site-packages/numpy/core/arrayprint.py in array2string(a, max_line_width, precision, suppress_small, separator, prefix, style, formatter, threshold, edgeitems, sign, floatmode, suffix, **kwarg)
620 return "[]"
621
--> 622 return _array2string(a, options, separator, prefix)
623
624
/d/harpy1/s/python/v3-5.1.0/lib/python3.6/site-packages/numpy/core/arrayprint.py in wrapper(self, *args, **kwargs)
420 repr_running.add(key)
421 try:
--> 422 return f(self, *args, **kwargs)
423 finally:
424 repr_running.discard(key)
/d/harpy1/s/python/v3-5.1.0/lib/python3.6/site-packages/numpy/core/arrayprint.py in _array2string(a, options, separator, prefix)
435 data = asarray(a)
436
--> 437 if a.size > options['threshold']:
438 summary_insert = "..."
439 data = _leading_trailing(data, options['edgeitems'])
TypeError: '>' not supported between instances of 'int' and 'str'
Попробуйте вместо этого threshold=sys.maxsize
, threshold
задокументировано как int
.
Возможно, нам следует начать генерировать исключение в 1.16, когда люди передают строку «nan», чтобы подготовить их к Python 3?
К сожалению, stackoverflow рекомендует передавать nan.
Ссылка на дезинформацию SO: https://stackoverflow.com/questions/1987694/how-to-print-the-full-numpy-array
Попробуйте вместо этого
threshold=sys.maxsize
,threshold
задокументировано какint
.
Спасибо! это сработало отлично.
Действительно, проблема возникла при переходе по упомянутой ссылке SO.
Самый полезный комментарий
Попробуйте вместо этого
threshold=sys.maxsize
,threshold
задокументировано какint
.