Mimic-code: كيفية تحديد الرابع وقت البدء / الانتهاء؟ غموض في الجرعة.

أعتقد أنه كان ارتباكًا من جانبي. يبدو أن IV المستمر في وصف التصنيف يشير إلى متقطع الرابع. ويتم إعطاء الفانكومايسين فقط عن طريق بلعة (المعدل دائمًا 0). نظريًا "يجب إعطاء مسحوق الفانكومايسين لمحلول التسريب عن طريق الوريد. يجب إعطاء كل جرعة بمعدل لا يتجاوز 10 ملغ / دقيقة أو خلال فترة زمنية لا تقل عن 60 دقيقة (أيهما أطول)."

يتضمن الهدف من مشروعي تركيب ملفات تعريف فانكومايسين PK مع نموذج مجزأ ، وبالتالي فإن أي فكرة عن إدارة الفانكومايسين موضع تقدير.

وجدت أيضًا أنه مع itemid = 225798 (فانكومايسين) هناك أحداث إدارة غير IV (row_id = 907304).

لذلك يبقى الغموض:

• كيف من جرعة واحدة معرفة ملغ تدار
• هو حقًا بلعة الإدارة
• يتم تسجيل الإعطاء عن طريق الفم أيضًا في inputevents_mv

شكرا جزيلا.

إل

في الصفحة التي تصف inputevents_mv ، توجد ملاحظة:

سيتم إدراج بلعة على أنها تنتهي بعد دقيقة واحدة من بدئها ، أي ENDTIME = STARTTIME + دقيقة واحدة

هذا ما تراقبه - أعتقد أن vanco يُعطى دائمًا كبلعة لذا سترى دائمًا مدة دقيقة واحدة.

فيما يتعلق بوحدة القياس ، عليك فقط التعامل مع ما تحصل عليه. أظهر العد البسيط للكميات أن حوالي 95٪ من الوقت كانت الكمية == 1 ، من المحتمل أنهم كانوا يوثقون جرعة واحدة. في الحالة التي ذكرتها ، يفترض أنهم وثقوا 500 مما يعني أن 500 ملغ ، ولكن يبدو لنا "500 جرعة" لأن وحدة القياس ثابتة لمعرّف البند.

أحد الاقتراحات هو التحقق من العمود totalamount حيث يبدو أن هذا يتراوح بين 150 مل - 2000 مل. هذا العمود هو إجمالي كمية السائل في الحاوية التي تم إعطاؤها (بالنسبة للتعليق الرابع ، هذا كيس ، وفي هذه الحالة من المحتمل أن يكون قنينة).

عادة لا يتم تسجيل الإعطاء عن طريق الفم في هذا الجدول. أحد الاقتراحات التي أود تقديمها هو الرجوع إلى هذا الجدول مع جدول الوصفات الطبية ، والذي سيحتوي على وصفات طبية للفانكومايسين وربما المزيد من التفاصيل حول التركيبة. سيتطلب الأمر القليل من الترميز الذكي لمطابقتها (نظرًا لأن الوصفات الطبية لها دقة فقط لليوم) ، وكن حذرًا بشأن الانضمام إلى icustay_id (انظر # 345) ، ولكن بخلاف ذلك يجب أن يعمل.

شكرا جزيلا. لقد توصلت إلى إجراء حول كيفية العثور على جرعة كل IV. في بعض الأحيان يستخدمون الأكياس ، وأحيانًا القوارير ، لذلك هناك طريقة لمعرفة الجرعة. يمكنني مشاركة استعلام mysql إذا كان ذا فائدة.

ما زلت قلقًا بشأن البلعة. الطريقة الموصى بها هي إجراء IV لمدة 1+ ساعة لا للإصابة بمتلازمة الرجل الأحمر.

مصدر قلق آخر هو وجود تضارب في مستويات فانكو. على سبيل المثال بالنسبة للمريض 16590 ، تم إعطاء IV من 1000 مجم (كيس مجمد) في 6/6/2181 بناءً على inputevents_mv لكن مستويات vanco كانت 16.1 ميكروغرام / مل في 6/7/2181 5:35 (بناءً على الأحداث) و 21.1 ميكروغرام / مل في 6/8/2181 4:33 - يبدو أن مستويات فانكو تنمو بالرغم من عدم وجود IV. هناك المزيد من الحالات مثل هذه. للتأكد من أنني لا أفوت إدارة الجرعة ، قمت باختيار جميع الأحداث من أحداث المخطط ، والمدخلات_mv ، و inputevents_cv ، و labevents للمريض 16590 ، لكنني لم أتمكن من شرح الزيادة الواضحة في مستويات vanco على مدار 24 ساعة بدون IV. أعطت البيانات الملائمة حجم توزيع 3 لتر / كجم (تقارير الأدبيات 1 لتر / كجم بالإضافة إلى الخبرة على البيانات من بعض المستشفيات الأخرى) وإزالة صغيرة جدًا. هل من الممكن أن تكون بعض بيانات IV مفقودة؟

شكرا على أي فكرة ،
إل

بالتأكيد نحن مهتمون جدًا بالاستفسارات الخاصة بالمفاهيم الجديدة. يمكننا المساعدة في جعله متوافقًا مع MySQL / postgres إذا قمت بتقديم طلب سحب.

فيما يتعلق بـ IV ، لا يمكنني التفكير في سبب فقدان أي بيانات بشكل منهجي. هناك بعض إعادة التنظيم للبيانات التي تنتقل من الخام إلى MIMIC ، تحاول بشكل أساسي تنسيق عناصر ITEMID معًا ، ولكن هذا تحويل غير مدمر. إذا حدث هذا النوع من المشكلات في عدد كبير من الحالات ، فسأكون بالتأكيد مهتمًا باستعلام يستخرج المرضى الذين يعانون من فقدان IV حتى أتمكن من التحقيق في البيانات الأولية وربما مناقشة حالة أو حالتين مع الأطباء في BI.

أخيرًا ، هل يمكنني اقتراح الرجوع إلى جدول الوصفات الطبية؟ هذا الجدول مأخوذ من نظام إدخال أوامر مزود المستشفى ويجب أن يحتوي على جميع الأدوية المطلوبة. الوصفات الطبية ليست مضمونة ، ولكن قد يكون لديها بعض الضوء على الموقف الذي واجهته.

شكرا جزيلا لردك. آسف لتعليقي الطويل.

نظرًا لأنني لم أحقق نجاحًا مع postgres ، فقد أعدت كتابة جميع الاستعلامات في MySQL. الإجراء لتحديد الجرعة التي أتحدث عنها هو:

إذا كان (VI.AMOUNTUOM = 'mg' ،
سادسا المبلغ ،
إذا (VI.AMOUNTUOM = 'جرعة' ،
إذا كان (VI.FORM_UNIT_DISP = 'VIAL' ،
سادسا ، المبلغ السادس ، FORM_VAL_DISP
substring_index (VI.PROD_STRENGTH، 'mg'، 1) ،
إذا كان (VI.FORM_UNIT_DISP = 'BAG' ،
سادسا ، المبلغ السادس ، FORM_VAL_DISP
substring_index (VI.PROD_STRENGTH، 'g'، 1) * 1000،0)
) ، 0)
حيث VI عبارة عن مجموعة من المدخلات والمدخلات والوصفات الطبية. قبل الانضمام إليهم لا بد لي من "تنظيف" الوصفات الطبية عن طريق إزالة الإدخالات الغامضة. بعبارة أخرى ، قمت بمطابقة وقت البدء مع تاريخ البدء وتاريخ الانتهاء. ومع ذلك ، هناك وصفات طبية لكل من تاريخ البدء = تاريخ الانتهاء. لا أعرف كيف أتعامل مع هؤلاء. كنت أرغب في مطابقة inputevents_mv على 2116-06-12 08:35:00 للمريض 99836 مع الوصفات الطبية وأحب الحصول على مدخلاتك.

سأعلمك بالمزيد من بيانات IV "المفقودة". لقد قمت بتأكيد ذلك في المنشور السابق حتى الآن.

إل

هذه هي الوصفات المحتملة التي تم تصميمها للإعطاء
ذاك التاريخ.

في 21 كانون الأول (ديسمبر) 2017 ، 6:38 مساءً ، كتب "lmockus" [email protected] :

شكرا جزيلا لردك. آسف لتعليقي الطويل.

نظرًا لأنني لم أحقق نجاحًا مع postgres ، فقد أعدت كتابة جميع الاستعلامات في MySQL.
الإجراء لتحديد الجرعة التي أتحدث عنها هو:

إذا كان (VI.AMOUNTUOM = 'mg' ،
سادسا المبلغ ،
إذا (VI.AMOUNTUOM = 'جرعة' ،
إذا كان (VI.FORM_UNIT_DISP = 'VIAL' ،
سادسا ، المبلغ السادس ، FORM_VAL_DISP
substring_index (VI.PROD_STRENGTH، 'mg'، 1) ،
إذا كان (VI.FORM_UNIT_DISP = 'BAG' ،
سادسا ، المبلغ السادس ، FORM_VAL_DISP
substring_index (VI.PROD_STRENGTH، 'g'، 1) * 1000،0)
) ، 0)
حيث VI عبارة عن مجموعة من المدخلات والمدخلات والوصفات الطبية. قبل الانضمام
عليهم "تنظيف" الوصفات الطبية عن طريق إزالة الإدخالات الغامضة. في
كلمات أخرى قمت بمطابقة startime مع تاريخ البدء وتاريخ الانتهاء. مهما يكن هنا
هي الوصفات التي تاريخ البدء = تاريخ الانتهاء. لا اعرف كيف اتعامل
مع هؤلاء. كنت أرغب في مطابقة inputevents_mv بتاريخ 2116-06-12 08:35:00 لـ
المريض 99836 مع الوصفات الطبية وأحب الحصول على مدخلاتك.

سأعلمك بالمزيد من بيانات IV "المفقودة". لقد أكدت حتى الآن
واحد في المنشور السابق.

إل

-
أنت تتلقى هذا لأنك علقت.
قم بالرد على هذا البريد الإلكتروني مباشرة ، وقم بعرضه على GitHub
https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/347#issuecomment-353484943 ،
أو كتم الخيط
https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ABOSdASPDZnYg4hdy5dULbPNGWObhbxJks5tCuv5gaJpZM4Q1laJ
.

بارد.
لقد وجدت المزيد من المرضى الذين يرتفع مستوى فانكو من الأحداث المعملية بينما لا يوجد IV في المنتصف.

للمريض 97920 Labevents إظهار:

ROW_ID, SUBJECT_ID, HADM_ID, ITEMID, CHARTTIME, VALUE, VALUENUM, VALUEUOM, FLAG
27612422, 97920, 192787, 51009, 2168-06-22 18:30:00, 10.6, 10.6, ug/mL, 
27612481, 97920, 192787, 51009, 2168-06-24 04:58:00, 57.4, 57.4, ug/mL, abnormal

لكن الإدخال الأخير من inputevents_mv هو:

ROW_ID, SUBJECT_ID, STARTTIME
3400380, 97920, 2168-06-19 16:24:00
````

This is a substantial increase in vanco level which can be explained by "missing" IV, entry error...

Based on your comments for prescription dates (end date implies that prescription is valid for all day) the queries to build the dose amount/time are:
- Remove the patients with ambiguous doses (in vanco_ambig1)
- determine the amount (see my previous comment)
As you see I build some intermediate tables (still not an expert) to find patients which are prescribed unambiguous doses. vanco_inputs corresponds to inputevents_mv with patients that have vanco prescriptions.

```sql
# VANCO_AMBIG_INIT=rows in VANCO_INPUTS 
# match to 1) multiple precriptions with 
# different doses but are for the same window 
# or to 2) multiple prescriptions that have the 
# same dose but are for different windows or
# to 3) single prescription
# also there are rows which doesn't match 
# 1) implies ambiguous dose

DROP TABLE IF EXISTS VANCO_AMBIG_INIT CASCADE;
CREATE TABLE VANCO_AMBIG_INIT
(
    ROW_ID INT NOT NULL,
#    TIME DATETIME NOT NULL,
#   STARTDATE DATETIME,
#   ENDDATE DATETIME,
    PROD_STRENGTH VARCHAR(120),
    DOSE_VAL_RX VARCHAR(120),
    DOSE_UNIT_RX VARCHAR(120),
    FORM_VAL_DISP VARCHAR(120),
    FORM_UNIT_DISP VARCHAR(120)
) ;
# joining by hadm_id & icustay_id doesn't work
# since prescriptions may use different 
# icustay_id than inputevents_mv
# transfer table shows how patient is
# being transfered and prescription written
# before patient is transferred may be valid
# after patient is transferred
# an example is patient 16590 who changed
# wards while staying in the same care unit
# TSICU
insert into VANCO_AMBIG_INIT
select distinct IE.ROW_ID,
P.PROD_STRENGTH,
P.DOSE_VAL_RX,P.DOSE_UNIT_RX,
P.FORM_VAL_DISP,P.FORM_UNIT_DISP
from VANCO_INPUTS as IE
left join VANCO_PRESCRIPTIONS as P on 
(P.SUBJECT_ID=IE.SUBJECT_ID)
where 
P.STARTDATE<=IE.STARTTIME
and ADDDATE(P.ENDDATE,INTERVAL 1 DAY)>=
IE.STARTTIME; 
# some prescriptions
# were administered on the end date
# row_id corresponds to vanco_inputs

# VANCO_AMBIG=rows in VANCO_AMBIG_INIT
# that correspond to 1) 

DROP TABLE IF EXISTS VANCO_AMBIG CASCADE;
CREATE TABLE VANCO_AMBIG (
    ROW_ID INT NOT NULL,
    primary key (ROW_ID)
) ;

insert into VANCO_AMBIG
select T.ROW_ID from
(select ROW_ID,COUNT(ROW_ID) as c
from VANCO_AMBIG_INIT
group by ROW_ID having c>1) as T;

# VANCO_UNAMBIG=rows in VANCO_AMBIG_INIT
# that corresponds to 2) and 3) 

DROP TABLE IF EXISTS VANCO_UNAMBIG CASCADE;
CREATE TABLE VANCO_UNAMBIG like VANCO_AMBIG_INIT;
alter table VANCO_UNAMBIG
add primary key (ROW_ID);

insert into VANCO_UNAMBIG
select VAI.ROW_ID,VAI.PROD_STRENGTH,
VAI.DOSE_VAL_RX,VAI.DOSE_UNIT_RX,
VAI.FORM_VAL_DISP,VAI.FORM_UNIT_DISP  
from VANCO_AMBIG_INIT as VAI
left join VANCO_AMBIG as VA on
(VA.ROW_ID=VAI.ROW_ID)
where VA.ROW_ID is null;

# VANCO_AMBIG1=patients with ambiguous vanco doses

DROP TABLE IF EXISTS VANCO_AMBIG1 CASCADE;
CREATE TABLE VANCO_AMBIG1
(
    SUBJECT_ID INT NOT NULL,
    primary key (SUBJECT_ID)
);

insert into VANCO_AMBIG1    
select distinct SUBJECT_ID 
from VANCO_INPUTS as VI
inner join VANCO_AMBIG as VA on
(VA.ROW_ID=VI.ROW_ID);

إل

الاستعلام لعرض محفوظات IV والمختبرات هو:

set @subj=94864;
SELECT STARTTIME as time,AMOUNT as val,AMOUNTUOM as uom FROM INPUTEVENTS_MV
where subject_id=<strong i="6">@subj</strong> and ITEMID=225798
union
SELECT CHARTTIME as time,VALUENUM as val,VALUEUOM as uom FROM LABEVENTS
where subject_id=<strong i="7">@subj</strong> and ITEMID=51009
order by time;

بالنسبة لهذا المريض بالذات ، يبدو أن مستويات الفانكو آخذة في الارتفاع بينما لا يوجد وريدي لدعمه:

الوقت | فال | أوم
--- | --- | -
2179-12-14 08:30:00 | 1 | جرعة
2179-12-15 05:54:00 | 15.7 | ميكروغرام / مل
2179-12-16 06:07:00 | 16.8 | ميكروغرام / مل
2179-12-16 08:00:00 | 1 | جرعة
2179-12-17 06:01:00 | 24.7 | ميكروغرام / مل
2179-12-18 05:43:00 | 7.4 | ميكروغرام / مل
2179-12-20 11:00:00 | 27.3 | ميكروغرام / مل

هناك الكثير من هؤلاء المرضى - لقد كتبت نصًا بلغة R لاستخراج هؤلاء:

1709 1709 4962 4966 16590 19412 22788 29328 29959 30659 40526 42473
42694 44589 47758 48340 48677 48996 49623 50148 50494 50939 51203 53070
53273 53766 54537 54894 55337 55597 56304 57599 58732 58774 58947 59039
59156 60775 61068 62795 62980 63240 63686 64904 64904 65936 66157 66899
66899 67050 67651 68591 68890 68937 69020 70717 72851 73873 76541 79294
79294 82296 86782 87158 87416 91855 92644 92644 93321 94008 94864 96920
97920

إل

لقد وجدت أيضًا مجموعة من المرضى الذين لديهم مستويات فانكو قبل إعطاء الجرعة الأولى. واحد منهم هو 357. تم تسجيل أول قياس فانكو في أحداث ومناسبات بيانية في 12/12/2197 7:31. لم يكن هناك إدارة فانكو واضحة من قبل. أول وصفة طبية لـ Vanco بعد ذلك بعامين:

# ROW_ID, SUBJECT_ID, HADM_ID, ICUSTAY_ID, STARTDATE, ENDDATE, DRUG_TYPE, DRUG, DRUG_NAME_POE, DRUG_NAME_GENERIC, FORMULARY_DRUG_CD, GSN, NDC, PROD_STRENGTH, DOSE_VAL_RX, DOSE_UNIT_RX, FORM_VAL_DISP, FORM_UNIT_DISP, ROUTE
2846668, 357, 117876, 0, 2199-12-22 00:00:00, 2199-12-23 00:00:00, MAIN, Vancomycin, , , VANC1F, 043952, 00338355248, 1g Frozen Bag, 1000, mg, 1, BAG, IV

إل

لقد وجدت أخيرًا بعض الوقت للنظر في هذا. أضفت دفتر ملاحظات مع عملي إلى الريبو - انظر الالتزام أعلاه أو انقر هنا: https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/blob/9e7f6aea2ff17086cac51101860d5a70ed5942ef/notebooks/vancomycin-dosing.ipynb

هذا هو رأيي.

subject_id 97920 دولار

هذا تمامًا كما كنا نتوقع:

• وصفة طبية على 18
• تم قبوله في وحدة العناية المركزة يوم 18 (1 صباحًا)
• التسريب الرابع في الثامن عشر (9 صباحًا ، 8 مساءً)
• وصفة طبية في 19-21
• يقاس فانكو في التاسع عشر
• الرابع في التاسع عشر (8 صباحًا ، 4 مساءً)
• خرج من وحدة العناية المركزة
• تستمر قياسات POE / lab من 20 فصاعدًا ، ولكن لا توجد بيانات IV لأنها خارج وحدة العناية المركزة

subject_id 94864

التناقض الوحيد هو الارتفاع من 15.7 إلى 16.8 بين المعامل الصباحية 15/16.

• اعترف في العاشر
• حددت فانكو 11-15 مع ارتفاع / هبوط معقول للقيم المقاسة
• يرتفع المستوى بين 15/16 بدون تفسير
• تم تفريغ وحدة العناية المركزة 18

تشير ملاحظاتها إلى دورة تدريبية مدتها 8 أيام ، ومن المحتمل أنها تلقت vanco بين 15/16 ، غير متأكد من سبب عدم توثيقها في الرسم البياني.

subject_id 357 دولارًا

قضيتان تلعبان هنا. (1) لم يكن لدى المرضى الذين تم قبولهم بموجب نظام قاعدة بيانات CareVue مخطط المضادات الحيوية الخاصة بهم في جدول التدفق - ونتيجة لذلك لا ترى أي شيء في inputevents_cv ، (2) أعتقد أنك فاتتك وصفة طبية. لدي وصفة طبية لفانكومايسين لهذا المريض 2198-08-07 إلى 2198-08-10 والذي يتطابق مع بيانات المختبر.

نأمل أن يفسر هذا معظم المرضى. لست متأكدًا مما حدث مع subject_id 94864 ولكن ربما كانت حالة نادرة.

الكثير من الدبابات لمساهمتك. لقد قمت أيضًا بعمل تاريخ مشابه لكل مريض. هو - هي
يبدو أنك تلمح إلى أنه قد لا توجد مختبرات فانكو خارج وحدة العناية المركزة. هل هذا صحيح؟
أيضًا ، لتحليل PK ، هناك حاجة إلى جميع أحداث مستوى الجرعات / vanco / Scr.
من الناحية الفنية يجب أن "أنسى" المرضى الذين لسنا متأكدين من ذلك
البيانات صحيحة. أود أن أدعوكم للمشاركة في تأليف برنامج فانكو بي كي
التحليل باستخدام بيانات MIMIC لأنني لم أر ذلك.

إل

في يوم الإثنين 8 كانون الثاني (يناير) 2018 الساعة 1:06 مساءً ، Alistair Johnson [email protected]
كتب:

لقد وجدت أخيرًا بعض الوقت للنظر في هذا. أضفت مفكرة مع
العمل على الريبو - انظر الالتزام أعلاه أو انقر هنا:
https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/blob/9e7f6aea2ff17086cac51101860d5a
70ed5942ef / أجهزة الكمبيوتر المحمولة / فانكومايسين-جرعات

هذا هو رأيي.
معرف الموضوع 97920

هذا تمامًا كما كنا نتوقع:

• وصفة طبية على 18
• تم قبوله في وحدة العناية المركزة يوم 18 (1 صباحًا)
• التسريب الرابع في الثامن عشر (9 صباحًا ، 8 مساءً)
• وصفة طبية في 19-21
• يقاس فانكو في التاسع عشر
• الرابع في التاسع عشر (8 صباحًا ، 4 مساءً)
• خرج من وحدة العناية المركزة
• تستمر قياسات POE / معمل من 20 فصاعدًا ، ولكن لا توجد بيانات IV منذ ذلك الحين
  هم خارج وحدة العناية المركزة

معرف الموضوع 94864

التناقض الوحيد هو الارتفاع من 15.7 إلى 16.8 بين الخامس عشر / السادس عشر
مختبرات الصباح.

• اعترف في العاشر
• وصفت فانكو 11-15 مع صعود / هبوط معقول بمقدار
  القيم المقاسة
• يرتفع المستوى بين 15/16 بدون تفسير
• تم تفريغ وحدة العناية المركزة 18

تشير ملاحظاتها إلى دورة تدريبية مدتها 8 أيام ، لذا من المحتمل أنها تلقت vanco بينهما
15/16 ، لست متأكدًا من سبب عدم توثيقها في الرسم البياني.
357

قضيتان تلعبان هنا. (1) المرضى الذين تم قبولهم بموجب قاعدة بيانات CareVue
لم يكن النظام يحتوي على المضادات الحيوية مخططة في مخطط التدفق - نتيجة لذلك
لا ترى أي شيء في inputevents_cv ، (2) أعتقد أنك فاتتك ملف
وصفة طبية. لدي وصفة طبية لفانكومايسين لهذا المريض
2198-08-07 إلى 2198-08-10 والتي تتطابق مع البيانات المعملية الخاصة بهم.

نأمل أن يفسر هذا معظم المرضى. لست متأكدا ما حدث مع
subject_id 94864 ولكن ربما تكون حالة نادرة.

-
أنت تتلقى هذا لأنك قمت بتأليف الموضوع.
قم بالرد على هذا البريد الإلكتروني مباشرة ، وقم بعرضه على GitHub
https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/347#issuecomment-356045670 ،
أو كتم الخيط
https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/Af_3JpmlaoOjqykT5z_df4mCSdphW2pnks5tIlkLgaJpZM4Q1laJ
.

يسعدني دعم البحث!

في الحقيقة العكس هو الصحيح. تتوفر مختبرات فانكو خارج وحدة العناية المركزة. إن التوصيل الرابع غير متوفر خارج وحدة العناية المركزة. لقد لاحظت أيضًا أنه في حين أن القيمة الرقمية الفعلية المخزنة في بيانات أحداث المخطط هي نسخة مكررة من بيانات الأحداث (التي نتوقعها ، لأن المخططات تصادر بيانات المختبر من قاعدة بيانات المختبر ، وهي أحداث مخبرية) ، فإن التسمية في أحداث المخطط تعطي مزيدًا من المعلومات ( "Trough" و "Peak" و "Random"). قد تكون مفيدة لعملك.

إذن للتلخيص:

1. تتوفر بيانات المختبر خارج وحدة العناية المركزة
2. الوصفات الطبية متوفرة خارج وحدة العناية المركزة ، ولكن لها حل زمني محدود (في اليوم)
3. تتوفر إدارة IV فقط داخل وحدة العناية المركزة ، ولكن لها دقة زمنية جيدة

شكرا. هل من العدل أن نفترض أن فانكو IV لم يتم إعطاؤه خارج وحدة العناية المركزة؟

إل

يوم الإثنين 8 يناير 2018 الساعة 3:11 مساءً ، Alistair Johnson [email protected]
كتب:

يسعدني دعم البحث!

في الحقيقة العكس هو الصحيح. تتوفر مختبرات فانكو خارج وحدة العناية المركزة. هو - هي
هو التسليم الرابع غير المتاح خارج وحدة العناية المركزة. أنا أيضا لاحظت
ذلك ، في حين أن القيمة الرقمية الفعلية المخزنة في بيانات أحداث المخطط هي ملف
نسخة مكررة من بيانات labevents (التي نتوقعها ، لأن أحداث المخطط
مصادر بيانات المختبر من قاعدة بيانات المختبر ، وهي أحداث مختبرية) ، التسمية في
يعطي chartevents مزيدًا من المعلومات ("Trough" و "Peak" و "Random"). ربما
تكون مفيدة لعملك.

إذن للتلخيص:

1. تتوفر بيانات المختبر خارج وحدة العناية المركزة
2. الوصفات الطبية متوفرة خارج وحدة العناية المركزة ، لكن لها وقت محدود
   القرار (في اليوم)
3. الإدارة الوريدية متاحة فقط داخل وحدة العناية المركزة ، لكنها جيدة
   قرار الوقت

-
أنت تتلقى هذا لأنك قمت بتأليف الموضوع.
قم بالرد على هذا البريد الإلكتروني مباشرة ، وقم بعرضه على GitHub
https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/347#issuecomment-356081899 ،
أو كتم الخيط
https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/Af_3JiTEBDgHyYJDv7v2e1rBoCKGY1tXks5tInZdgaJpZM4Q1laJ
.

لا للأسف لا ، أنا متأكد من أنهم أداروها في قسم الطوارئ من بين أمور أخرى
أماكن.

في 8 كانون الثاني (يناير) 2018 5:10 مساءً ، كتب "lmockus" [email protected] :

شكرا. هل من العدل أن نفترض أن فانكو الرابع لم يتم تناوله في الخارج
العناية المركزة؟

إل

يوم الإثنين 8 كانون الثاني (يناير) 2018 الساعة 3:11 مساءً ، أليستير جونسون >
كتب:

يسعدني دعم البحث!

في الحقيقة العكس هو الصحيح. تتوفر مختبرات فانكو خارج وحدة العناية المركزة.
هو - هي
هو التسليم الرابع غير المتاح خارج وحدة العناية المركزة. أنا أيضا لاحظت
ذلك ، في حين أن القيمة الرقمية الفعلية المخزنة في بيانات أحداث المخطط هي ملف
نسخة مكررة من بيانات labevents (التي نتوقعها ، لأن أحداث المخطط
مصادر بيانات المختبر من قاعدة بيانات المختبر ، وهي أحداث مختبرية) ، التسمية في
يعطي chartevents مزيدًا من المعلومات ("Trough" و "Peak" و "Random").
ربما
تكون مفيدة لعملك.

إذن للتلخيص:

1. تتوفر بيانات المختبر خارج وحدة العناية المركزة
2. الوصفات الطبية متوفرة خارج وحدة العناية المركزة ، لكن لها وقت محدود
   القرار (في اليوم)
3. الإدارة الوريدية متاحة فقط داخل وحدة العناية المركزة ، لكنها جيدة
   قرار الوقت

-
أنت تتلقى هذا لأنك قمت بتأليف الموضوع.
قم بالرد على هذا البريد الإلكتروني مباشرة ، وقم بعرضه على GitHub
< https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/347#issuecomment -356081899
و
أو كتم الخيط
3JiTEBDgHyYJDv7v2e1rBoCKGY1tXks5tInZdgaJpZM4Q1laJ>
.

-
أنت تتلقى هذا لأنك علقت.
قم بالرد على هذا البريد الإلكتروني مباشرة ، وقم بعرضه على GitHub
https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/347#issuecomment-356112909 ،
أو كتم الخيط
https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ABOSdK1EcdrctCiaCaw0ZgDbyv0LtYGQks5tIpJjgaJpZM4Q1laJ
.

جميل. فقط للتكرار - لم يتم تسجيل IV خارج وحدة العناية المركزة في
inpupevents_mv. حق؟

رأيت أنك استخدمت أحداث المخطط. من الناحية الفنية كل مستوى فانكو
القياسات في المختبرات. هل تضيف أحداث المخطط أي شيء؟

إل

يوم الإثنين 8 يناير 2018 الساعة 5:13 مساءً ، Alistair Johnson [email protected]
كتب:

لا للأسف لا ، أنا متأكد من أنهم أداروها في قسم الطوارئ من بين أمور أخرى
أماكن.

في 8 كانون الثاني (يناير) 2018 5:10 مساءً ، كتب "lmockus" [email protected] :

شكرا. هل من العدل أن نفترض أن فانكو الرابع لم يتم تناوله في الخارج
العناية المركزة؟

إل

يوم الإثنين 8 كانون الثاني (يناير) 2018 الساعة 3:11 مساءً ، أليستير جونسون <
[email protected]
>
كتب:

يسعدني دعم البحث!

في الحقيقة العكس هو الصحيح. تتوفر مختبرات فانكو خارج وحدة العناية المركزة.
هو - هي
هو التسليم الرابع غير المتاح خارج وحدة العناية المركزة. أنا أيضا لاحظت
ذلك ، في حين أن القيمة الرقمية الفعلية المخزنة في بيانات أحداث المخطط هي
أ
نسخة مكررة من بيانات labevents (التي نتوقعها ، لأن أحداث المخطط
مصادر بيانات المختبر من قاعدة بيانات المختبر ، والتي هي Labevents) ، التسمية
في
يعطي chartevents مزيدًا من المعلومات ("Trough" و "Peak" و "Random").
ربما
تكون مفيدة لعملك.

إذن للتلخيص:

1. تتوفر بيانات المختبر خارج وحدة العناية المركزة
2. الوصفات الطبية متوفرة خارج وحدة العناية المركزة ، لكن لها وقت محدود
   القرار (في اليوم)
3. الإدارة الوريدية متاحة فقط داخل وحدة العناية المركزة ، لكنها جيدة
   قرار الوقت

-
أنت تتلقى هذا لأنك قمت بتأليف الموضوع.
قم بالرد على هذا البريد الإلكتروني مباشرة ، وقم بعرضه على GitHub
< https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/347#
اصدار كومنت - 356081899
و
أو كتم الخيط
3JiTEBDgHyYJDv7v2e1rBoCKGY1tXks5tInZdgaJpZM4Q1laJ>
.

-
أنت تتلقى هذا لأنك علقت.
قم بالرد على هذا البريد الإلكتروني مباشرة ، وقم بعرضه على GitHub
< https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/347#issuecomment -356112909
و
أو كتم الخيط
ABOSdK1EcdrctCiaCaw0ZgDbyv0LtYGQks5tIpJjgaJpZM4Q1laJ>
.

>

-
أنت تتلقى هذا لأنك قمت بتأليف الموضوع.
قم بالرد على هذا البريد الإلكتروني مباشرة ، وقم بعرضه على GitHub
https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/347#issuecomment-356113574 ،
أو كتم الخيط
https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/Af_3JqVwsrcjhasWE8aBbpZ_-ZtsV7D7ks5tIpMHgaJpZM4Q1laJ
.

نعم ، أنت محق بشأن IV.

لقد تحققت من أحداث المخطط فقط في حالة - أنت على حق ، جميع قياسات فانكو في أحداث مختبرية. الإضافة الوحيدة التي تضيفها الرسوم البيانية هي التسمية التي تشير أحيانًا إلى "حوض" أو "عشوائي" أو "ذروة" ، والتي يمكن أن تساعدك على استنتاج بعض الأشياء حول وقت تناول المريض للجرعة. وإلا فهو نسخة مستقيمة من الأحداث.

شكرا جزيلا.

هناك مجموعة من الألغاز. واحد منهم هو # من قبول icu <> # من
تصريف من وحدة العناية المركزة. على سبيل المثال المريض 5738 ، 23829. هناك الكثير من
مثل هؤلاء المرضى. هل لديك فكرة عما يحدث؟

إل

في الثلاثاء 9 كانون الثاني (يناير) 2018 الساعة 10:47 صباحًا ، Alistair Johnson [email protected]
كتب:

نعم ، أنت محق بشأن IV.

لقد تحققت من أحداث المخطط فقط في حالة - كنت على حق ، جميع قياسات فانكو
في المختبرات. الإضافة الوحيدة التي تضيفها أحداث المخطط هي التسمية
تنص أحيانًا على "Trough" أو "Random" أو "Peak" ، والتي يمكن أن تساعدك على الاستنتاج
بعض الأشياء عن وقت تناول المريض للجرعة. وإلا فهو مستقيم
نسخة مكررة من labevents.

-
أنت تتلقى هذا لأنك قمت بتأليف الموضوع.
قم بالرد على هذا البريد الإلكتروني مباشرة ، وقم بعرضه على GitHub
https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/347#issuecomment-356322970 ،
أو كتم الخيط
https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/Af_3JooC5ixx_m3ycdLTWKcFG-1msgGbks5tI4oXgaJpZM4Q1laJ
.

هل يمكنك تقديم مزيد من التفاصيل حول ما تتساءل عنه؟ هل لا يزال هذا متعلقًا بالفانكومايسين؟ إذا لم يكن الأمر كذلك ، فإن الأمر يستحق إثارة قضية جديدة.

إنه مرتبط بـ vanco. أعدت صياغة استفساراتك إلى mysql ولدي الآن ملف
طاولة ضخمة لجميع المرضى. على سبيل المثال أنا أحصل على أدناه. يبدو
تم قبول المريض من MICU ولكن لم يتم تسريحه. أيضا نفس الشيء
زيادة مستويات الفانكو مع عدم وجود IV ظاهر ، انظر
23829 ، 149357 ، معمل ، فانكومايسين ، 2173-07-21 17:48:00 ، 17.5 ، 17.5 ،
23829 ، 149357 ، معمل ، فانكومايسين ، 2173-07-30 07:45:00 ، 24.5 ، 24.5 ،
من المحتمل أن يكون الصف الثاني قد حدث بعد الخروج من المستشفى.

SUBJECT_ID ، HADM_ID ، SOURCE ، LABEL ، CHARTTIME ، ENDTIME ، VALUE ، VALUEUOM ،
وزن المريض
23829، 158842، poe، فانكوميسين هيدروكلورايد، 2173-01-01 00:00:00، 2173-01-02
00:00:00 رابعا 1000
23829 ، 158842 ، معمل ، فانكومايسين ، 2173-01-01 14:00:00 ، 5.7 ، 5.7 ،
23829 ، 158842 ، معمل ، فانكومايسين ، 2173-01-03 06:00:00 ، 17.0 ، 17 ،
23829، 158842، poe، فانكوميسين هيدروكلورايد، 2173-01-04 00:00:00، 2173-01-05
00:00:00 رابعا 1000
23829، 158842، poe، فانكوميسين هيدروكلورايد، 2173-01-04 00:00:00، 2173-01-04
00:00:00 رابعا 1000
23829 ، 158842 ، معمل ، فانكومايسين ، 2173-01-04 08:00:00 ، 14.2 ، 14.2 ،
23829 ، 158842 ، معمل ، فانكومايسين ، 2173-01-05 09:25:00 ، 30.8 ، 30.8 ،
23829 ، 158842 ، معمل ، فانكومايسين ، 2173-01-06 06:10:00 ، 25.6 ، 25.6 ،
23829 ، 158842 ، معمل ، فانكومايسين ، 2173-01-07 06:00:00 ، 17.1 ، 17.1 ،
23829 ، 158842 ، معمل ، فانكومايسين ، 2173-01-08 03:30:00 ، 16.5 ، 16.5 ،
23829 ، 158842 ، معمل ، فانكومايسين ، 2173-01-09 03:30:00 ، 15.5 ، 15.5 ،
23829، 158842، poe، فانكوميسين هيدروكلورايد، 2173-01-10 00:00:00، 2173-01-11
00:00:00 رابعا 1000
23829 ، 158842 ، معمل ، فانكومايسين ، 2173-01-10 03:00:00 ، 12.5 ، 12.5 ،
23829 ، 158842 ، معمل ، فانكومايسين ، 2173-01-11 05:22:00 ، 27.1 ، 27.1 ،
23829 ، 158842 ، معمل ، فانكومايسين ، 2173-01-12 03:30:00 ، 20.2 ، 20.2 ،
23829 ، 158842 ، معمل ، فانكومايسين ، 2173-01-13 06:30:00 ، 19.0 ، 19 ،
23829 ، 158842 ، معمل ، فانكومايسين ، 2173-01-13 15:25:00 ، 17.2 ، 17.2 ،
23829، 158842، poe، فانكوميسين هيدروكلورايد، 2173-01-14 00:00:00، 2173-01-15
00:00:00 رابعا 1000
23829 ، 158842 ، معمل ، فانكومايسين ، 2173-01-14 11:30:00 ، 10.4 ، 10.4 ،
23829 ، 158842 ، معمل ، فانكومايسين ، 2173-01-15 12:15:00 ، 27.2 ، 27.2 ،
23829 ، 158842 ، معمل ، فانكومايسين ، 2173-01-17 04:00:00 ، 20.6 ، 20.6 ،
23829 ، 158842 ، معمل ، فانكومايسين ، 2173-01-18 08:00:00 ، 19.9 ، 19.9 ،
23829 ، 158842 ، معمل ، فانكومايسين ، 2173-01-19 06:15:00 ، 15.3 ، 15.3 ،
23829 ، 149357 ، بو ، فانكومايسين هيدروكلورايد ، 2173-07-18 00:00:00 ، 2173-07-21
00:00:00 رابعا 1000
23829، 149357، icu قبول، 244994، 2173-07-19 00:25:56`` MICU،،
23829 ، 149357 ، معمل ، فانكومايسين ، 2173-07-19 18:57:00 ، 8.7 ، 8.7 ،
23829 ، 149357 ، بو ، فانكومايسين هيدروكلورايد ، 2173-07-21 00:00:00 ، 2173-07-31
00:00:00 رابعا 1000
23829 ، 149357 ، معمل ، فانكومايسين ، 2173-07-21 17:48:00 ، 17.5 ، 17.5 ،
23829 ، 149357 ، معمل ، فانكومايسين ، 2173-07-30 07:45:00 ، 24.5 ، 24.5 ،
23829، 0، معمل، فانكومايسين، 2173-10-08 09:30:00، 2.5، 2.5،
23829، 0، معمل، فانكومايسين، 2173-10-11 18:45:00، 15.6، 15.6،
23829 ، 0 ، معمل ، فانكومايسين ، 2173-10-12 20:25:00 ، 27.4 ، 27.4 ،
23829، 0، معمل، فانكومايسين، 2173-10-13 06:45:00، 27.6، 27.6،
23829 ، 0 ، معمل ، فانكومايسين ، 2173-10-15 17:35:00 ، 18.5 ، 18.5 ،
23829، 0، معمل، فانكومايسين، 2173-10-19 00:04:00، 15.4، 15.4،
23829، 151928، icu قبول، 274504، 2174-12-22 23:58:05`` MICU،،
23829 ، 151928 ، قرص icu ، 0 ، 2174-12-23 18:50:10 ، ، ، ،
23829 ، 151928 ، قبول icu ، 274504 ، 2174-12-24 10:38:16 ، CSRU ، ،
23829 ، 151928 ، قرص icu ، 0 ، 2174-12-24 12:59:49`` ، ،
23829، 133755، icu قبول، 275132، 2175-03-07 18:57:04`` SICU``
23829، 133755، icu disch، 0، 2175-03-12 22:39:35``،،،
23829، 196691، icu admit، 256728، 2175-06-07 01:15:15`` MICU``
23829 ، 196691 ، معمل ، فانكومايسين ، 2175-06-07 01:55:00 ، 5.7 ، 5.7 ،
23829، 196691، icu disch، 0، 2175-06-08 17:11:55``،،
23829، 185247، icu قبول، 287191، 2175-07-07 23:52:56`` MICU،،
23829 ، 185247 ، معمل ، فانكومايسين ، 2175-07-09 16:29:00 ، 12.3 ، 12.3 ،
23829 ، 185247 ، معمل ، فانكومايسين ، 2175-07-10 01:42:00 ، 11.7 ، 11.7 ،
23829 ، 185247 ، قرص icu ، 0 ، 2175-07-12 17:02:15`` ، ،

في الثلاثاء 9 يناير 2018 الساعة 8:26 مساءً ، أليستر جونسون [email protected]
كتب:

هل يمكنك تقديم مزيد من التفاصيل حول ما تتساءل عنه؟ هل هذا لا يزال
المتعلقة بالفانكومايسين؟ إذا لم يكن الأمر كذلك ، فإن الأمر يستحق إثارة قضية جديدة.

-
أنت تتلقى هذا لأنك قمت بتأليف الموضوع.
قم بالرد على هذا البريد الإلكتروني مباشرة ، وقم بعرضه على GitHub
https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/347#issuecomment-356469313 ،
أو كتم الخيط
https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/Af_3JgCOmsPxpFvrWsXZBJKZcD4H-pp-ks5tJBGvgaJpZM4Q1laJ
.

شكرا جزيلا. أعتقد أن النص البرمجي للتحقيق في فانكو ساعد كثيرًا في حل هذه المشكلة.

إل

آه ، سعيد لأنه ساعد! حظا سعيدا في مشروعك!

هل ستكون قادرًا على مساعدتي في معرفة سبب قبول بعض المرضى
إلى وحدة العناية المركزة يختلف عن # من dischs من وحدة العناية المركزة؟ هناك الكثير من المرضى
مثله.

إل

يوم الأربعاء 10 كانون الثاني (يناير) 2018 الساعة 4:58 مساءً ، Alistair Johnson [email protected]
كتب:

آه ، سعيد لأنه ساعد! حظا سعيدا في مشروعك!

-
أنت تتلقى هذا لأنك قمت بتعديل حالة الفتح / الإغلاق.
قم بالرد على هذا البريد الإلكتروني مباشرة ، وقم بعرضه على GitHub
https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/347#issuecomment-356750701 ،
أو كتم الخيط
https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/Af_3JjvTzgIMM2ZUBvu48BLZMMlrI45xks5tJTKUgaJpZM4Q1laJ
.

هل ستكون قادرًا على مساعدتي في معرفة سبب قبول بعض المرضى
إلى وحدة العناية المركزة يختلف عن # من dischs من وحدة العناية المركزة؟ هناك الكثير من المرضى

imockus يبدو أن هذه المشكلة ليست ذات صلة بسؤالك الأصلي. الرجاء طرح مشكلة جديدة وتقديم رمز لإعادة إنتاج قائمة المرضى التي عثرت عليها.

tompollard لم أدرك ذلك على الفور أيضًا ولكن أعتقد أن هذا يتعلق برمز https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/blob/dedd0faed8273748f0db6034088713d62f226305/notebooks/vancomycin-dosing.ipynb

لقد افترضت في هذا الكود أن حدث تفريغ وحدة العناية المركزة في جدول التحويلات سيكون له prev_careunit لوحدة العناية المركزة - لكن يبدو أنك وجدت أن هذا غير صحيح. النظر إلى المريض الذي تبرزه:

select hadm_id, event_type
, prev_careunit, curr_careunit
, prev_wardid, curr_wardid
, intime, outtime
 from transfers
where hadm_id = 149357;

hadm_id | نوع الحدث | prev_careunit | Current_careunit | prev_wardid | Current_wardid | إنتيم | وقت خروج
------- | ----------- | --------------- | --------------- | ------------- | ------------- | --------------------- | ---------------------
149357 | اعترف | | | | 45 | 07-16 19:08:18 | 07-19 00:25:56
149357 | نقل | | MICU | 45 | 52 | 07-19 00:25:56 | 07-22 13:28:58
149357 | نقل | | | 36 | 36 | 07-22 13:28:58 | 07-31 16:44:24
149357 | التفريغ | | | 36 | | 07-31 16:44:24 |

لذلك أعتقد أن جدول القبول / الخروج / التحويل لا يتضمن بعض عمليات النقل (إما ذلك أو نقل المريض آنيًا بطريقة سحرية من الجناح 52 إلى الجناح 36).

فقط راجع الكود لعدم القيام بهذا الافتراض. يجب أن تكون الأمور أكثر منطقية الآن.

مدهش. سأختبرها

هل تريدني أن أفتح عددًا آخر حتى يكون لديك تاريخ جيد أو مجرد أن تكون غير رسمي؟

إل

لا بأس بذلك - لا حاجة لمشكلة جديدة للمشكلة التي تم حلها - ولكن إذا ظهر شيء آخر ، فمن الجدير طرح مشكلة جديدة.

بارد. سأفتح مشكلة أخرى إذا واجهت مشاكل.

فقط لإغلاق جميع علامات التبويب. لقد قمت بتعديل التعليمات البرمجية الخاصة بك بشكل طفيف لتحديد الاعترافات
والتفريغ على أساس نوع الحدث. الآن لقد فاتني 13 فقط
يعترف / يخرج. من الواضح بعض الاندفاع. لن أقلق بشأن هذا.
حدد subject_id، hadm_id، 'icu admit'، icustay_id، intime، null،
Curr_careunit، null، null
من VANCO_ADMIN_TRANS
حيث eventtype = 'admit'
اتحاد
حدد subject_id، hadm_id، 'icu disch'، icustay_id، intime، null،
Curr_careunit، null، null
من VANCO_ADMIN_TRANS
حيث نوع الحدث = "التفريغ"

إل

يوم الأربعاء 10 كانون الثاني (يناير) 2018 الساعة 6:09 مساءً ، Alistair Johnson [email protected]
كتب:

لا بأس بذلك - لا حاجة لمشكلة جديدة للمشكلة التي تم حلها - ولكن إذا
يأتي شيء آخر يستحق إنشاء واحدة جديدة.

-
أنت تتلقى هذا لأنك قمت بتعديل حالة الفتح / الإغلاق.
قم بالرد على هذا البريد الإلكتروني مباشرة ، وقم بعرضه على GitHub
https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/347#issuecomment-356768591 ،
أو كتم الخيط
https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/Af_3JqGtGFx-SOMIGapfTaMkBkegWdMIks5tJUM7gaJpZM4Q1laJ
.