Mimic-code: Wie bestimme ich die Start-/Endzeit der IV? Mehrdeutigkeit in der Dosis.

Ich vermute, es war Verwirrung meinerseits. Es scheint, dass eine kontinuierliche IV in der Reihenfolge der Kategoriebeschreibung eine intermittierende IV impliziert. Und Vancomycin wird nur per Bolus verabreicht (Rate ist immer 0). Theoretisch „muss Vancomycin-Pulver zur Herstellung einer Infusionslösung intravenös verabreicht werden. Jede Dosis sollte mit einer Geschwindigkeit von nicht mehr als 10 mg/min oder über einen Zeitraum von mindestens 60 Minuten (je nachdem, welcher Zeitraum länger ist) verabreicht werden.“

Das Ziel meines Projekts umfasst die Anpassung von Vancomycin-PK-Profilen an das Kompartimentmodell, und daher ist jeder Einblick in die Vancomycin-Verabreichung willkommen.

Außerdem habe ich festgestellt, dass es bei itemid=225798 (Vancomycin) keine IV-Verabreichungsereignisse gibt (row_id=907304).

Es bleibt also ein Rätsel:

• wie aus 1 Dosis herausfinden, mg verabreicht
• ist die Verabreichung wirklich Bolus
• ist die orale Verabreichung auch in inputevents_mv erfasst

Vielen Dank.

L

Auf der Seite, die inputevents_mv beschreibt, gibt es einen Hinweis:

Ein Bolus wird eine Minute nach seinem Start als beendet aufgeführt, dh ENDZEIT = STARTZEIT + 1 Minute

Dies ist, was Sie beobachten - ich denke, Vanco wird immer als Bolus verabreicht, sodass Sie immer eine Dauer von 1 Minute sehen.

Bei der Maßeinheit muss man sich einfach damit auseinandersetzen, was man bekommt. Eine einfache Zählung der Mengen zeigte, dass in ca. 95 % der Fälle die Menge == 1 war, was wahrscheinlich 1 Dosis dokumentierte. In dem von Ihnen erwähnten Fall haben sie vermutlich 500 dokumentiert, was 500 mg impliziert, aber es erscheint uns als "500 Dosen", weil die Maßeinheit für die Artikel-ID festgelegt ist.

Ein Vorschlag ist, sich die Spalte totalamount anzusehen, da diese anscheinend zwischen 150 ml und 2000 ml variiert. Diese Spalte ist die Gesamtmenge an Flüssigkeit in dem verabreichten Behälter (für hängende IV ist dies ein Beutel, in diesem Fall ist es wahrscheinlich ein Fläschchen).

Die orale Verabreichung wird in dieser Tabelle normalerweise nicht aufgezeichnet. Ein Vorschlag, den ich machen würde, ist, diese Tabelle mit der Verschreibungstabelle abzugleichen, die Verschreibungen von Vancomycin und vielleicht mehr Details über die Formulierung enthalten wird. Es erfordert ein wenig cleveres Programmieren, um sie abzugleichen (da Rezepte nur eine tagesgenaue Auflösung haben), und seien Sie vorsichtig, wenn Sie sich icustay_id anschließen (siehe #345), aber ansonsten sollte es funktionieren.

Vielen Dank. Ich dachte mir ein Verfahren aus, wie man die Dosis für jede IV findet. Manchmal verwenden sie Beutel, manchmal Fläschchen, damit es eine Möglichkeit gibt, die Dosis herauszufinden. Ich kann die MySQL-Abfrage teilen, wenn es von Interesse ist.

Ich mache mir immer noch Sorgen um den Bolus. Der empfohlene Weg ist IV für 1+ Stunde, um kein Red-Mans-Syndrom zu bekommen.

Ein weiteres Problem besteht darin, dass es Inkonsistenzen bei den Vanco-Pegeln gibt. Zum Beispiel wurde für Patient 16590 die IV von 1000 mg (gefrorener Beutel) am 6.6.2181 basierend auf inputevents_mv verabreicht, aber die Vanco-Spiegel waren 16,1 ug/ml am 6.7.2181 5:35 (basierend auf labevents) und 21,1 ug /mL am 08.06.2181 4:33 - es sieht so aus, als würden die Vanco-Spiegel steigen, obwohl es keine IV gibt. Es gibt noch mehr solcher Fälle. Um sicherzustellen, dass ich die Dosisverabreichung nicht verpasse, habe ich alle Ereignisse aus chartevents, inputevents_mv, inputevents_cv, labevents für Patient 16590 ausgewählt, konnte aber den offensichtlichen Anstieg der Vanco-Spiegel über 24 Stunden ohne IV nicht erklären. Die Anpassung der Daten ergab ein Verteilungsvolumen von 3 l/kg (Literaturberichte 1 l/kg sowie Erfahrungen mit Daten aus anderen Krankenhäusern) und eine sehr geringe Clearance. Ist es möglich, dass einige IV-Daten FEHLEN?

Danke für jeden Einblick,
L

Auf jeden Fall sind wir sehr an Anfragen für neue Konzepte interessiert. Wir können Ihnen helfen, es sowohl MySQL- als auch postgres-konform zu machen, wenn Sie eine Pull-Anfrage stellen.

In Bezug auf die IV kann ich mir keinen Grund vorstellen, warum systematisch Daten fehlen würden. Es gibt eine gewisse Reorganisation der Daten, die von Rohdaten zu MIMIC gehen, wobei hauptsächlich versucht wird, ITEMIDs miteinander zu harmonisieren, aber dies ist eine nicht destruktive Transformation. Wenn diese Art von Problem in einer großen Anzahl von Fällen auftritt, wäre ich definitiv an einer Abfrage interessiert, bei der Patienten mit „fehlender“ IV extrahiert werden, damit ich die Rohdaten untersuchen und vielleicht ein oder zwei Fälle mit Klinikern am BI besprechen könnte.

Darf ich zum Schluss einen Querverweis mit der Verschreibungstabelle vorschlagen? Diese Tabelle stammt aus dem Bestellerfassungssystem des Krankenhausanbieters und sollte alle bestellten Medikamente enthalten. Es ist nicht garantiert, dass Rezepte verabreicht werden, aber sie könnte etwas Licht in die Situation bringen, in der Sie sich befunden haben.

Vielen Dank für Ihre Antwort. Sorry für meinen langen Kommentar.

Da ich mit Postgres keinen Erfolg hatte, habe ich alle Abfragen in MySQL umgeschrieben. Das Verfahren zur Bestimmung der Dosis, von dem ich spreche, ist:

if(VI.AMOUNTUOM='mg',
VI. BETRAG,
if(VI.AMOUNTUOM='Dosis',
if(VI.FORM_UNIT_DISP='VIAL',
VI.BETRAG VI.FORM_VAL_DISP
substring_index(VI.PROD_STRENGTH,'mg',1),
if(VI.FORM_UNIT_DISP='TASCHE',
VI.BETRAG VI.FORM_VAL_DISP
substring_index(VI.PROD_STRENGTH,'g',1)*1000,0)
),0)
wobei VI eine Verbindung von inputevents_mv und den Vorschriften ist. Bevor ich mich ihnen anschließe, muss ich Rezepte "reinigen", indem ich zweideutige Einträge entferne. Mit anderen Worten, ich habe die Startzeit mit Startdatum und Enddatum abgeglichen. Es gibt jedoch Rezepte, bei denen Startdatum=Enddatum ist. Ich weiß nicht, wie ich mit denen umgehen soll. Ich wollte inputevents_mv am 2116-06-12 08:35:00 für Patient 99836 mit Rezepten abgleichen und würde gerne Ihre Eingabe erhalten.

Ich werde Sie über weitere "fehlende" IV-Daten informieren. Bisher habe ich die im vorherigen Post bestätigt.

L

Dies sind wahrscheinlich Rezepte, die zur Verabreichung bestimmt sind
dieses Datum.

Am 21. Dezember 2017 um 18:38 Uhr schrieb „lmockus“ [email protected] :

Vielen Dank für Ihre Antwort. Sorry für meinen langen Kommentar.

Da ich mit Postgres keinen Erfolg hatte, habe ich alle Abfragen in MySQL umgeschrieben.
Das Verfahren zur Bestimmung der Dosis, von dem ich spreche, ist:

if(VI.AMOUNTUOM='mg',
VI. BETRAG,
if(VI.AMOUNTUOM='Dosis',
if(VI.FORM_UNIT_DISP='VIAL',
VI.BETRAG VI.FORM_VAL_DISP
substring_index(VI.PROD_STRENGTH,'mg',1),
if(VI.FORM_UNIT_DISP='TASCHE',
VI.BETRAG VI.FORM_VAL_DISP
substring_index(VI.PROD_STRENGTH,'g',1)*1000,0)
),0)
wobei VI eine Verbindung von inputevents_mv und den Vorschriften ist. Vor dem Beitritt
sie muss ich Rezepte "reinigen", indem ich zweideutige Einträge entferne. Im
Mit anderen Worten, ich habe die Startzeit mit dem Startdatum und dem Enddatum abgeglichen. Allerdings da
sind Rezepte mit Startdatum=Enddatum. Ich weiß nicht, wie ich damit umgehen soll
mit diesen. Ich wollte inputevents_mv am 2116-06-12 08:35:00 für abgleichen
Patient 99836 mit Rezepten und würde gerne Ihre Meinung dazu bekommen.

Ich werde Sie über weitere "fehlende" IV-Daten informieren. Bisher habe ich bestätigt
die im vorigen Beitrag.

L

—
Sie erhalten dies, weil Sie kommentiert haben.
Antworten Sie direkt auf diese E-Mail und zeigen Sie sie auf GitHub an
https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/347#issuecomment-353484943 ,
oder den Thread stumm schalten
https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ABOSdASPDZnYg4hdy5dULbPNGWObhbxJks5tCuv5gaJpZM4Q1laJ
.

Cool.
Ich habe mehr Patienten gefunden, bei denen der Vanco-Spiegel aus Laborereignissen ansteigt, obwohl es keine IV in der Mitte gibt.

Für Patient 97920 zeigen labevents:

ROW_ID, SUBJECT_ID, HADM_ID, ITEMID, CHARTTIME, VALUE, VALUENUM, VALUEUOM, FLAG
27612422, 97920, 192787, 51009, 2168-06-22 18:30:00, 10.6, 10.6, ug/mL, 
27612481, 97920, 192787, 51009, 2168-06-24 04:58:00, 57.4, 57.4, ug/mL, abnormal

aber der neueste Eintrag von inputevents_mv ist:

ROW_ID, SUBJECT_ID, STARTTIME
3400380, 97920, 2168-06-19 16:24:00
````

This is a substantial increase in vanco level which can be explained by "missing" IV, entry error...

Based on your comments for prescription dates (end date implies that prescription is valid for all day) the queries to build the dose amount/time are:
- Remove the patients with ambiguous doses (in vanco_ambig1)
- determine the amount (see my previous comment)
As you see I build some intermediate tables (still not an expert) to find patients which are prescribed unambiguous doses. vanco_inputs corresponds to inputevents_mv with patients that have vanco prescriptions.

```sql
# VANCO_AMBIG_INIT=rows in VANCO_INPUTS 
# match to 1) multiple precriptions with 
# different doses but are for the same window 
# or to 2) multiple prescriptions that have the 
# same dose but are for different windows or
# to 3) single prescription
# also there are rows which doesn't match 
# 1) implies ambiguous dose

DROP TABLE IF EXISTS VANCO_AMBIG_INIT CASCADE;
CREATE TABLE VANCO_AMBIG_INIT
(
    ROW_ID INT NOT NULL,
#    TIME DATETIME NOT NULL,
#   STARTDATE DATETIME,
#   ENDDATE DATETIME,
    PROD_STRENGTH VARCHAR(120),
    DOSE_VAL_RX VARCHAR(120),
    DOSE_UNIT_RX VARCHAR(120),
    FORM_VAL_DISP VARCHAR(120),
    FORM_UNIT_DISP VARCHAR(120)
) ;
# joining by hadm_id & icustay_id doesn't work
# since prescriptions may use different 
# icustay_id than inputevents_mv
# transfer table shows how patient is
# being transfered and prescription written
# before patient is transferred may be valid
# after patient is transferred
# an example is patient 16590 who changed
# wards while staying in the same care unit
# TSICU
insert into VANCO_AMBIG_INIT
select distinct IE.ROW_ID,
P.PROD_STRENGTH,
P.DOSE_VAL_RX,P.DOSE_UNIT_RX,
P.FORM_VAL_DISP,P.FORM_UNIT_DISP
from VANCO_INPUTS as IE
left join VANCO_PRESCRIPTIONS as P on 
(P.SUBJECT_ID=IE.SUBJECT_ID)
where 
P.STARTDATE<=IE.STARTTIME
and ADDDATE(P.ENDDATE,INTERVAL 1 DAY)>=
IE.STARTTIME; 
# some prescriptions
# were administered on the end date
# row_id corresponds to vanco_inputs

# VANCO_AMBIG=rows in VANCO_AMBIG_INIT
# that correspond to 1) 

DROP TABLE IF EXISTS VANCO_AMBIG CASCADE;
CREATE TABLE VANCO_AMBIG (
    ROW_ID INT NOT NULL,
    primary key (ROW_ID)
) ;

insert into VANCO_AMBIG
select T.ROW_ID from
(select ROW_ID,COUNT(ROW_ID) as c
from VANCO_AMBIG_INIT
group by ROW_ID having c>1) as T;

# VANCO_UNAMBIG=rows in VANCO_AMBIG_INIT
# that corresponds to 2) and 3) 

DROP TABLE IF EXISTS VANCO_UNAMBIG CASCADE;
CREATE TABLE VANCO_UNAMBIG like VANCO_AMBIG_INIT;
alter table VANCO_UNAMBIG
add primary key (ROW_ID);

insert into VANCO_UNAMBIG
select VAI.ROW_ID,VAI.PROD_STRENGTH,
VAI.DOSE_VAL_RX,VAI.DOSE_UNIT_RX,
VAI.FORM_VAL_DISP,VAI.FORM_UNIT_DISP  
from VANCO_AMBIG_INIT as VAI
left join VANCO_AMBIG as VA on
(VA.ROW_ID=VAI.ROW_ID)
where VA.ROW_ID is null;

# VANCO_AMBIG1=patients with ambiguous vanco doses

DROP TABLE IF EXISTS VANCO_AMBIG1 CASCADE;
CREATE TABLE VANCO_AMBIG1
(
    SUBJECT_ID INT NOT NULL,
    primary key (SUBJECT_ID)
);

insert into VANCO_AMBIG1    
select distinct SUBJECT_ID 
from VANCO_INPUTS as VI
inner join VANCO_AMBIG as VA on
(VA.ROW_ID=VI.ROW_ID);

L

Die Abfrage zum Anzeigen des Verlaufs von IV und Laboren lautet:

set @subj=94864;
SELECT STARTTIME as time,AMOUNT as val,AMOUNTUOM as uom FROM INPUTEVENTS_MV
where subject_id=<strong i="6">@subj</strong> and ITEMID=225798
union
SELECT CHARTTIME as time,VALUENUM as val,VALUEUOM as uom FROM LABEVENTS
where subject_id=<strong i="7">@subj</strong> and ITEMID=51009
order by time;

Für diesen speziellen Patienten sieht es so aus, als würden die Vanco-Spiegel steigen, obwohl es keine unterstützende Infusion gibt:

Zeit | Wert | um
--- | --- | ---
2179-12-14 08:30:00 | 1 | Dosis
2179-12-15 05:54:00 | 15.7 | ug/ml
2179-12-16 06:07:00 | 16.8 | ug/ml
2179-12-16 08:00:00 | 1 | Dosis
2179-12-17 06:01:00 | 24.7 | ug/ml
2179-12-18 05:43:00 | 7.4 | ug/ml
2179-12-20 11:00:00 | 27.3 | ug/ml

Es gibt viele solcher Patienten - ich habe ein Skript in R geschrieben, um diese zu extrahieren:

1709 1709 4962 4966 16590 19412 22788 29328 29959 30659 40526 42473
42694 44589 47758 48340 48677 48996 49623 50148 50494 50939 51203 53070
53273 53766 54537 54894 55337 55597 56304 57599 58732 58774 58947 59039
59156 60775 61068 62795 62980 63240 63686 64904 64904 65936 66157 66899
66899 67050 67651 68591 68890 68937 69020 70717 72851 73873 76541 79294
79294 82296 86782 87158 87416 91855 92644 92644 93321 94008 94864 96920
97920

L

Ich fand auch eine Reihe von Patienten, die Vanco-Werte hatten, bevor die erste Dosis verabreicht wurde. Eine davon ist 357. Die erste Vanco-Messung wird in Chartevents und Labevents am 12.12.2197 7:31 aufgezeichnet. Es gab vorher keine offensichtliche Vanco-Administration. Das erste Vanco-Rezept ist zwei Jahre später:

# ROW_ID, SUBJECT_ID, HADM_ID, ICUSTAY_ID, STARTDATE, ENDDATE, DRUG_TYPE, DRUG, DRUG_NAME_POE, DRUG_NAME_GENERIC, FORMULARY_DRUG_CD, GSN, NDC, PROD_STRENGTH, DOSE_VAL_RX, DOSE_UNIT_RX, FORM_VAL_DISP, FORM_UNIT_DISP, ROUTE
2846668, 357, 117876, 0, 2199-12-22 00:00:00, 2199-12-23 00:00:00, MAIN, Vancomycin, , , VANC1F, 043952, 00338355248, 1g Frozen Bag, 1000, mg, 1, BAG, IV

L

Endlich habe ich Zeit gefunden, mich damit zu beschäftigen. Ich habe ein Notizbuch mit meiner Arbeit zum Repo hinzugefügt - siehe Commit oben oder klicken Sie hier: https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/blob/9e7f6aea2ff17086cac51101860d5a70ed5942ef/notebooks/vancomycin-dosing.ipynb

Hier ist meine Meinung.

subject_id 97920

Dieser ist ganz so, wie wir es erwarten würden:

• Rezept am 18
• Aufnahme auf die Intensivstation am 18. (1 Uhr morgens)
• IV-Infusion am 18. (9:00, 20:00)
• Rezept vom 19.-21
• Vanco gemessen am 19
• IV am 19. (8:00, 16:00)
• Entlassung aus der Intensivstation
• POE/Labormessungen werden ab dem 20. fortgeführt, aber keine IV-Daten, da sie sich außerhalb der Intensivstation befinden

subject_id 94864

Die einzige Ungereimtheit ist ein Anstieg von 15,7 auf 16,8 zwischen dem 15./16. Morgenlabor.

• Zugelassen am 10
• Vorgeschriebener Vanco 11.-15. mit vernünftigem Ansteigen/Abfallen der Messwerte
• Level steigt zwischen 15./16. ohne Erklärung
• Entlassene Intensivstation 18

Ihre Notizen weisen auf einen 8-tägigen Kurs hin, so dass sie Vanco wahrscheinlich zwischen dem 15. und 16. erhalten hat, unsicher, warum es nicht in der Tabelle dokumentiert ist.

subject_id 357

Hier spielen zwei Probleme eine Rolle. (1) Bei Patienten, die über das CareVue-Datenbanksystem aufgenommen wurden, wurden die Antibiotika nicht in das Flussdiagramm eingetragen – daher sehen Sie nichts in inputevents_cv, (2) Ich glaube, Sie haben ein Rezept übersehen. Ich habe ein Rezept für Vancomycin für diesen Patienten für 2198-08-07 bis 2198-08-10 , das mit seinen Labordaten übereinstimmt.

Hoffentlich erklärt dies die meisten Patienten. Ich bin mir nicht sicher, was mit subject_id 94864 passiert ist, aber vielleicht ist es ein seltener Fall.

Tanks viel für Ihren Input. Ich habe auch für jeden Patienten eine ähnliche Anamnese gemacht. Es
Anscheinend implizieren Sie, dass es außerhalb der Intensivstation möglicherweise keine Vanco-Labore gibt. Ist es wahr?
Außerdem werden für die PK-Analyse alle Dosierungs-/Vanco-/Scr-Level-Ereignisse benötigt.
Technisch gesehen muss ich die Patienten „vergessen“, bei denen wir uns das nicht sicher sind
Daten sind korrekt. Ich möchte Sie einladen, an vanco PK mitzuarbeiten
Analyse mit MIMIC-Daten, da ich solche nicht gesehen habe.

L

Am Montag, 8. Januar 2018 um 13:06 Uhr, Alistair Johnson [email protected]
schrieb:

Endlich habe ich Zeit gefunden, mich damit zu beschäftigen. Ich habe ein Notizbuch mit meinem hinzugefügt
zum Repo arbeiten - siehe Commit oben oder hier klicken:
https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/blob/9e7f6aea2ff17086cac51101860d5a
70ed5942ef/notebooks/vancomycin-dosing.ipynb

Hier ist meine Meinung.
Betreff_ID 97920

Dieser ist ganz so, wie wir es erwarten würden:

• Rezept am 18
• Aufnahme auf die Intensivstation am 18. (1 Uhr morgens)
• IV-Infusion am 18. (9:00, 20:00)
• Rezept vom 19.-21
• Vanco gemessen am 19
• IV am 19. (8:00, 16:00)
• Entlassung aus der Intensivstation
• POE/Labormessungen werden ab dem 20. fortgesetzt, aber seitdem keine IV-Daten
  Sie befinden sich außerhalb der Intensivstation

Betreff_ID 94864

Die einzige Ungereimtheit ist ein Anstieg von 15,7 auf 16,8 zwischen dem 15./16
morgendliche Labore.

• Zugelassen am 10
• Vorgeschriebener Vanco 11.-15. mit angemessenem Steigen/Senken von
  Messwerte
• Level steigt zwischen 15./16. ohne Erklärung
• Entlassene Intensivstation 18

Ihre Notizen weisen auf einen 8-tägigen Kurs hin, so dass sie wahrscheinlich zwischendurch Vanco erhalten hat
15./16., unsicher, warum es nicht in der Tabelle dokumentiert ist.
Betreff_ID 357

Hier spielen zwei Probleme eine Rolle. (1) Patienten, die in die CareVue-Datenbank aufgenommen wurden
System hatte ihre Antibiotika nicht im Flussdiagramm aufgeführt - als Ergebnis
Sie sehen nichts in inputevents_cv, (2) Ich glaube, Sie haben einen verpasst
Verschreibung. Ich habe ein Rezept für Vancomycin für diesen Patienten
2198-08-07 bis 2198-08-10, was mit ihren Labordaten übereinstimmt.

Hoffentlich erklärt dies die meisten Patienten. Nicht sicher, was mit passiert ist
subject_id 94864, aber vielleicht ist es ein seltener Fall.

—
Sie erhalten dies, weil Sie den Thread verfasst haben.
Antworten Sie direkt auf diese E-Mail und zeigen Sie sie auf GitHub an
https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/347#issuecomment-356045670 ,
oder den Thread stumm schalten
https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/Af_3JpmlaoOjqykT5z_df4mCSdphW2pnks5tIlkLgaJpZM4Q1laJ
.

Forschung gerne unterstützen!

Tatsächlich ist das Gegenteil der Fall; vanco-Labore stehen außerhalb der Intensivstation zur Verfügung. Es ist die IV-Lieferung, die außerhalb der Intensivstation nicht verfügbar ist. Ich habe auch bemerkt, dass, während der tatsächliche numerische Wert, der in den Chartevents-Daten gespeichert ist, ein Duplikat der Labevents-Daten ist (was wir erwarten, weil Chartevents Lab-Daten aus der Lab-Datenbank bezieht, die labevents ist), das Label in Chartevents mehr Informationen enthält ( „Tal“, „Spitze“ und „Zufall“). Könnte für Ihre Arbeit nützlich sein.

Also zur Wiederholung:

1. Labordaten sind außerhalb der Intensivstation verfügbar
2. Rezepte sind außerhalb der Intensivstation erhältlich, haben aber eine begrenzte zeitliche Auflösung (am Tag)
3. IV-Verabreichung ist nur innerhalb der Intensivstation verfügbar, hat aber eine gute Zeitauflösung

Danke. Ist es fair anzunehmen, dass Vanco IV nicht außerhalb der Intensivstation verabreicht wurde?

L

Am Montag, 8. Januar 2018 um 15:11 Uhr, Alistair Johnson [email protected]
schrieb:

Forschung gerne unterstützen!

Tatsächlich ist das Gegenteil der Fall; vanco-Labore stehen außerhalb der Intensivstation zur Verfügung. Es
ist die IV-Lieferung, die außerhalb der Intensivstation nicht verfügbar ist. ist mir auch aufgefallen
dass, während der tatsächliche numerische Wert, der in den Chartevents-Daten gespeichert ist, a ist
Duplikat der labevents-Daten (was wir erwarten, weil chartevents
bezieht Labordaten aus der Labordatenbank labevents), das Label in
chartevents bietet weitere Informationen ("Trough", "Peak" und "Random"). Könnte
für Ihre Arbeit nützlich sein.

Also zur Wiederholung:

1. Labordaten sind außerhalb der Intensivstation verfügbar
2. Rezepte sind außerhalb der Intensivstation erhältlich, haben aber eine begrenzte Zeit
   Auflösung (am Tag)
3. Die IV-Verabreichung ist nur auf der Intensivstation verfügbar, hat aber Vorteile
   zeitliche Auflösung

—
Sie erhalten dies, weil Sie den Thread verfasst haben.
Antworten Sie direkt auf diese E-Mail und zeigen Sie sie auf GitHub an
https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/347#issuecomment-356081899 ,
oder den Thread stumm schalten
https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/Af_3JiTEBDgHyYJDv7v2e1rBoCKGY1tXks5tInZdgaJpZM4Q1laJ
.

Nein, leider nicht, ich bin mir sicher, dass sie es unter anderem in der Notaufnahme verabreicht haben
setzt.

Am 8. Januar 2018 um 17:10 Uhr schrieb „lmockus“ [email protected] :

Danke. Ist es fair anzunehmen, dass Vanco IV nicht außerhalb verabreicht wurde?
Intensivstation?

L

Am Montag, 8. Januar 2018 um 15:11 Uhr, Alistair Johnson >
schrieb:

Forschung gerne unterstützen!

Tatsächlich ist das Gegenteil der Fall; vanco-Labore stehen außerhalb der Intensivstation zur Verfügung.
Es
ist die IV-Lieferung, die außerhalb der Intensivstation nicht verfügbar ist. ist mir auch aufgefallen
dass, während der tatsächliche numerische Wert, der in den Chartevents-Daten gespeichert ist, a ist
Duplikat der labevents-Daten (was wir erwarten, weil chartevents
bezieht Labordaten aus der Labordatenbank labevents), das Label in
chartevents bietet weitere Informationen ("Trough", "Peak" und "Random").
Könnte
für Ihre Arbeit nützlich sein.

Also zur Wiederholung:

1. Labordaten sind außerhalb der Intensivstation verfügbar
2. Rezepte sind außerhalb der Intensivstation erhältlich, haben aber eine begrenzte Zeit
   Auflösung (am Tag)
3. Die IV-Verabreichung ist nur auf der Intensivstation verfügbar, hat aber Vorteile
   zeitliche Auflösung

—
Sie erhalten dies, weil Sie den Thread verfasst haben.
Antworten Sie direkt auf diese E-Mail und zeigen Sie sie auf GitHub an
< https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/347#issuecomment -356081899
,
oder den Thread stumm schalten
3JiTEBDgHyYJDv7v2e1rBoCKGY1tXks5tInZdgaJpZM4Q1laJ>
.

—
Sie erhalten dies, weil Sie kommentiert haben.
Antworten Sie direkt auf diese E-Mail und zeigen Sie sie auf GitHub an
https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/347#issuecomment-356112909 ,
oder den Thread stumm schalten
https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ABOSdK1EcdrctCiaCaw0ZgDbyv0LtYGQks5tIpJjgaJpZM4Q1laJ
.

Fantastisch. Nur um es noch einmal zu wiederholen – IV außerhalb der Intensivstation wird nicht aufgezeichnet
inpupevents_mv. Rechts?

Ich habe gesehen, dass Sie Chartevents verwendet haben. Technisch alles Vanco-Niveau
Messungen sind in Labevents. Bringt Chartevents etwas?

L

Am Montag, 8. Januar 2018 um 17:13 Uhr, Alistair Johnson [email protected]
schrieb:

Nein, leider nicht, ich bin mir sicher, dass sie es unter anderem in der Notaufnahme verabreicht haben
setzt.

Am 8. Januar 2018 um 17:10 Uhr schrieb „lmockus“ [email protected] :

Danke. Ist es fair anzunehmen, dass Vanco IV nicht außerhalb verabreicht wurde?
Intensivstation?

L

Am Montag, 8. Januar 2018 um 15:11 Uhr, Alistair Johnson <
[email protected]
>
schrieb:

Forschung gerne unterstützen!

Tatsächlich ist das Gegenteil der Fall; vanco-Labore stehen außerhalb der Intensivstation zur Verfügung.
Es
ist die IV-Lieferung, die außerhalb der Intensivstation nicht verfügbar ist. ist mir auch aufgefallen
dass, während der tatsächliche numerische Wert in den Chartevents-Daten gespeichert ist
ein
Duplikat der labevents-Daten (was wir erwarten, weil chartevents
bezieht Labordaten aus der Labordatenbank labevents), das Label
in
chartevents bietet weitere Informationen ("Trough", "Peak" und "Random").
Könnte
für Ihre Arbeit nützlich sein.

Also zur Wiederholung:

1. Labordaten sind außerhalb der Intensivstation verfügbar
2. Rezepte sind außerhalb der Intensivstation erhältlich, haben aber eine begrenzte Zeit
   Auflösung (am Tag)
3. Die IV-Verabreichung ist nur auf der Intensivstation verfügbar, hat aber Vorteile
   zeitliche Auflösung

—
Sie erhalten dies, weil Sie den Thread verfasst haben.
Antworten Sie direkt auf diese E-Mail und zeigen Sie sie auf GitHub an
< https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/347#
AusgabeKommentar-356081899
,
oder den Thread stumm schalten
3JiTEBDgHyYJDv7v2e1rBoCKGY1tXks5tInZdgaJpZM4Q1laJ>
.

—
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.

>

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.

Ja, du hast Recht mit der IV.

Ich habe für alle Fälle die Chartevents überprüft - Sie haben Recht, alle Vanco-Messungen sind in Labevents. Die einzige Ergänzung, die chartevents hinzufügt, ist, dass auf dem Etikett manchmal „Trough“, „Random“ oder „Peak“ steht, was Ihnen helfen kann, einige Dinge darüber abzuleiten, wann der Patient dosiert wurde. Ansonsten ist es ein direktes Duplikat von labevents.

Vielen Dank.

Es gibt eine Menge Geheimnisse. Einer von ihnen ist # der Zulassung zu icu <> # von
Entlassung aus der Intensivstation. zum Beispiel Patient 5738, 23829. Es gibt viele
solche Patienten. Hast du eine Ahnung, was passiert?

L

Am Dienstag, 9. Januar 2018 um 10:47 Uhr, Alistair Johnson [email protected]
schrieb:

Ja, du hast Recht mit der IV.

Ich habe für alle Fälle die Chartevents überprüft - Sie haben Recht, alle Vanco-Maße
sind in labevents. Die einzige Ergänzung, die chartevents hinzufügt, ist das Label
gibt manchmal "Trough", "Random" oder "Peak" an, was Ihnen bei der Schlussfolgerung helfen kann
einige Dinge darüber, wann der Patient dosiert wurde. Ansonsten ist es eine Gerade
Duplikat von labevents.

—
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.

Könnten Sie näher erläutern, was Sie sich fragen? Hängt das noch mit Vancomycin zusammen? Wenn nicht, lohnt es sich, ein neues Thema anzusprechen.

Es ist mit Vanco verwandt. Ich habe Ihre Abfragen an mysql überarbeitet und habe jetzt a
riesiger Tisch für alle Patienten. Zum Beispiel komme ich unten an. Es scheint
Der Patient wurde von der Intensivstation aufgenommen, aber nicht entlassen. Auch das gleiche
Ansteigende Vanco-Spiegel ohne erkennbare IV, siehe
23829, 149357, Labor, Vancomycin, 2173-07-21 17:48:00, , 17.5, 17.5,
23829, 149357, Labor, Vancomycin, 2173-07-30 07:45:00, , 24.5, 24.5,
Möglicherweise ereignete sich die zweite Reihe nach der Entlassung im Krankenhaus.

SUBJECT_ID, HADM_ID, SOURCE, LABEL, CHARTTIME, ENDTIME, VALUE, VALUEEUOM,
PATIENTENGEWICHT
23829, 158842, poe, Vancomycin HCl, 2173-01-01 00:00:00, 2173-01-02
00:00:00, IV, 1000,
23829, 158842, Labor, Vancomycin, 2173-01-01 14:00:00, , 5.7, 5.7,
23829, 158842, Labor, Vancomycin, 2173-01-03 06:00:00, , 17.0, 17,
23829, 158842, poe, Vancomycin HCl, 2173-01-04 00:00:00, 2173-01-05
00:00:00, IV, 1000,
23829, 158842, poe, Vancomycin HCl, 2173-01-04 00:00:00, 2173-01-04
00:00:00, IV, 1000,
23829, 158842, Labor, Vancomycin, 2173-01-04 08:00:00, , 14.2, 14.2,
23829, 158842, Labor, Vancomycin, 2173-01-05 09:25:00, , 30.8, 30.8,
23829, 158842, Labor, Vancomycin, 2173-01-06 06:10:00, , 25.6, 25.6,
23829, 158842, Labor, Vancomycin, 2173-01-07 06:00:00, , 17.1, 17.1,
23829, 158842, Labor, Vancomycin, 2173-01-08 03:30:00, , 16.5, 16.5,
23829, 158842, Labor, Vancomycin, 2173-01-09 03:30:00, , 15.5, 15.5,
23829, 158842, poe, Vancomycin HCl, 2173-01-10 00:00:00, 2173-01-11
00:00:00, IV, 1000,
23829, 158842, Labor, Vancomycin, 2173-01-10 03:00:00, , 12.5, 12.5,
23829, 158842, Labor, Vancomycin, 2173-01-11 05:22:00, , 27.1, 27.1,
23829, 158842, Labor, Vancomycin, 2173-01-12 03:30:00, , 20.2, 20.2,
23829, 158842, Labor, Vancomycin, 2173-01-13 06:30:00, , 19.0, 19,
23829, 158842, Labor, Vancomycin, 2173-01-13 15:25:00, , 17.2, 17.2,
23829, 158842, poe, Vancomycin HCl, 2173-01-14 00:00:00, 2173-01-15
00:00:00, IV, 1000,
23829, 158842, Labor, Vancomycin, 2173-01-14 11:30:00, , 10.4, 10.4,
23829, 158842, Labor, Vancomycin, 2173-01-15 12:15:00, , 27.2, 27.2,
23829, 158842, Labor, Vancomycin, 2173-01-17 04:00:00, , 20.6, 20.6,
23829, 158842, Labor, Vancomycin, 2173-01-18 08:00:00, , 19.9, 19.9,
23829, 158842, Labor, Vancomycin, 2173-01-19 06:15:00, , 15.3, 15.3,
23829, 149357, poe, Vancomycin HCl, 2173-07-18 00:00:00, 2173-07-21
00:00:00, IV, 1000,
23829, 149357, icu zugeben, 244994, 2173-07-19 00:25:56, , Intensivstation, ,
23829, 149357, Labor, Vancomycin, 2173-07-19 18:57:00, , 8.7, 8.7,
23829, 149357, poe, Vancomycin HCl, 2173-07-21 00:00:00, 2173-07-31
00:00:00, IV, 1000,
23829, 149357, Labor, Vancomycin, 2173-07-21 17:48:00, , 17.5, 17.5,
23829, 149357, Labor, Vancomycin, 2173-07-30 07:45:00, , 24.5, 24.5,
23829, 0, Labor, Vancomycin, 2173-10-08 09:30:00, , 2.5, 2.5,
23829, 0, Labor, Vancomycin, 2173-10-11 18:45:00, , 15.6, 15.6,
23829, 0, Labor, Vancomycin, 2173-10-12 20:25:00, , 27.4, 27.4,
23829, 0, Labor, Vancomycin, 2173-10-13 06:45:00, , 27.6, 27.6,
23829, 0, Labor, Vancomycin, 2173-10-15 17:35:00, , 18.5, 18.5,
23829, 0, Labor, Vancomycin, 2173-10-19 00:04:00, , 15.4, 15.4,
23829, 151928, icu zugeben, 274504, 2174-12-22 23:58:05, , MICU, ,
23829, 151928, icu gericht, 0, 2174-12-23 18:50:10, , , ,
23829, 151928, icu zugeben, 274504, 2174-12-24 10:38:16, , CSRU, ,
23829, 151928, icu disch, 0, 2174-12-24 12:59:49, , , ,
23829, 133755, icu zugeben, 275132, 2175-03-07 18:57:04, , SICU, ,
23829, 133755, icu disch, 0, 2175-03-12 22:39:35, , , ,
23829, 196691, icu zugeben, 256728, 2175-06-07 01:15:15, , Intensivstation, ,
23829, 196691, Labor, Vancomycin, 2175-06-07 01:55:00, , 5.7, 5.7,
23829, 196691, icu gericht, 0, 2175-06-08 17:11:55, , , ,
23829, 185247, icu zugeben, 287191, 2175-07-07 23:52:56, , Intensivstation, ,
23829, 185247, Labor, Vancomycin, 2175-07-09 16:29:00, , 12.3, 12.3,
23829, 185247, Labor, Vancomycin, 2175-07-10 01:42:00, , 11.7, 11.7,
23829, 185247, icu gericht, 0, 2175-07-12 17:02:15, , , ,

Am Dienstag, 9. Januar 2018 um 20:26 Uhr, Alistair Johnson [email protected]
schrieb:

Könnten Sie näher erläutern, was Sie sich fragen? Ist das noch
im Zusammenhang mit Vancomycin? Wenn nicht, lohnt es sich, ein neues Thema anzusprechen.

—
Sie erhalten dies, weil Sie den Thread verfasst haben.
Antworten Sie direkt auf diese E-Mail und zeigen Sie sie auf GitHub an
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.

Vielen Dank. Ich denke, das Vanco-Ermittlungsskript hat bei der Lösung dieses Problems enorm geholfen.

L

Ah, freut mich, dass es geholfen hat! Viel Glück bei Ihrem Projekt!

Können Sie mir helfen, herauszufinden, warum bei einigen Patienten die Zahl der Patienten eingeliefert wird
zu icu unterscheidet sich von # der Gerichte von icu? Es gibt viele Patienten
so was.

L

Am Mittwoch, 10. Januar 2018 um 16:58 Uhr, Alistair Johnson [email protected]
schrieb:

Ah, freut mich, dass es geholfen hat! Viel Glück bei Ihrem Projekt!

—
Sie erhalten dies, weil Sie den Öffnungs-/Schließstatus geändert haben.
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.

Können Sie mir helfen, herauszufinden, warum bei einigen Patienten die Zahl der Patienten eingeliefert wird
zu icu unterscheidet sich von # der Gerichte von icu? Es gibt viele Patienten

@imockus Dieses Problem scheint nichts mit Ihrer ursprünglichen Frage zu tun zu haben. Bitte melden Sie ein neues Problem und stellen Sie Code bereit, um die Liste der gefundenen Patienten zu reproduzieren.

@tompollard Ich habe es auch nicht sofort bemerkt, aber ich denke, hier geht es um den https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/blob/dedd0faed8273748f0db6034088713d62f226305/notebooks/vancomycin-dosing.ipynb-Code

Ich bin in diesem Code davon ausgegangen, dass ein Entlassungsereignis auf der Intensivstation in der Transfertabelle ein prev_careunit einer Intensivstation haben würde - aber Sie scheinen festgestellt zu haben, dass dies nicht wahr ist. Wenn Sie den Patienten betrachten, den Sie hervorheben:

select hadm_id, event_type
, prev_careunit, curr_careunit
, prev_wardid, curr_wardid
, intime, outtime
 from transfers
where hadm_id = 149357;

hadm_id | Ereignistyp | prev_careunit | curr_careunit | prev_wardid | curr_wardid | rechtzeitig | Auszeit
------- | ----------- | --------------- | --------------- | ------------- | ------------- | --------------------- | ---------------------
149357 | zugeben | | | | 45 | 07-16 19:08:18 | 07-19 00:25:56
149357 | übertragen | | MICU | 45 | 52 | 07-19 00:25:56 | 07-22 13:28:58
149357 | übertragen | | | 36 | 36 | 07-22 13:28:58 | 31.07. 16:44:24
149357 | Entladung | | | 36 | | 31.07. 16:44:24 |

Ich denke also, dass die Aufnahme-/Entlassungs-/Verlegungstabelle einige Verlegungen nicht enthält (entweder das oder der Patient wurde auf magische Weise von Station 52 zu Station 36 teleportiert).

Habe gerade den Code überarbeitet, um diese Annahme nicht zu machen. Die Dinge sollten jetzt mehr Sinn machen.

Fantastisch. Ich werde es testen.

Möchten Sie, dass ich ein weiteres Thema eröffne, damit Sie eine gute Geschichte haben, oder nur informell sein?

L

Das ist ok - für das gelöste Problem braucht es kein neues Thema - aber wenn etwas anderes auftaucht, lohnt es sich, ein neues zu erstellen.

Cool. Ich werde ein anderes Thema eröffnen, wenn ich auf Probleme stoße.

Nur um alle Tabs zu schließen. Ich habe deinen Code leicht modifiziert, um die Auswahl bekannt zu machen
und Entladungen basierend auf dem Ereignistyp. Jetzt habe ich nur noch 13 verpasst
zulässt/entlässt. Offensichtlich etwas Eile. Ich mache mir darüber keine Sorgen.
select subject_id,hadm_id,'icu zugeben',icustay_id,intime,null,
curr_careunit,null,null
von VANCO_ADMIN_TRANS
wo eventtype='admit'
Union
select subject_id,hadm_id,'icu disch',icustay_id,intime,null,
curr_careunit,null,null
von VANCO_ADMIN_TRANS
wo eventtype='entladung'

L

Am Mittwoch, 10. Januar 2018 um 18:09 Uhr, Alistair Johnson [email protected]
schrieb:

Das ist ok - keine Notwendigkeit für ein neues Problem für das gelöste Problem - aber wenn
etwas anderes kommt, lohnt es sich, einen neuen aufzuziehen.

—
Sie erhalten dies, weil Sie den Öffnungs-/Schließstatus geändert haben.
Antworten Sie direkt auf diese E-Mail und zeigen Sie sie auf GitHub an
https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/347#issuecomment-356768591 ,
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.