Mimic-code: IVの開始/終了時間を決定する方法は？ 用量のあいまいさ。

私の側では混乱だったと思います。 順序カテゴリの説明での継続的なIVは、断続的なivを意味するようです。 また、バンコマイシンはボーラス投与のみで投与されます（レートは常に0です）。 理論的には、「輸液用のバンコマイシン粉末は静脈内投与する必要があります。各用量は、10 mg / minを超えない速度で、または少なくとも60分（いずれか長い方）の期間にわたって投与する必要があります。」

私のプロジェクトの目標には、バンコマイシンPKプロファイルをコンパートメントモデルに適合させることが含まれているため、バンコマイシン投与に関する洞察をいただければ幸いです。

また、itemid = 225798（バンコマイシン）では、IV以外の投与イベント（row_id = 907304）があることもわかりました。

だから謎が残っている：

• 1回の投与からどのように投与されたmgを見つけるか
• 管理は本当にボーラスです
• inputevents_mvにも記録されている経口投与です

どうもありがとう。

L

inputevents_mvについて説明しているページには、次の注記があります。

ボーラスは、開始後1分で終了すると表示されます。つまり、ENDTIME = STARTTIME +1分です。

これはあなたが観察していることです-私はvancoが常にボーラスとして与えられていると思うので、あなたは常に1分の持続時間を見るでしょう。

測定の単位に関しては、あなたはあなたが得るものに対処する必要があります。 量の単純なカウントは、時間の約95％が量== 1であることを示しており、おそらく1回の投与を記録している可能性があります。 あなたがおっしゃる場合、おそらく彼らは500mgを意味する500を記録しましたが、測定単位がitemidに固定されているので、それは「500用量」として私たちに見えます。

150mlから2000mlの間で変化するように見えるので、1つの提案はtotalamount列をチェックすることです。 この列は、投与された容器内の液体の総量です（吊るされたIVの場合、これはバッグであり、この場合はおそらくバイアルです）。

通常、経口投与はこの表には記録されていません。 私が行う提案の1つは、この表を処方表と相互参照することです。この表には、バンコマイシンの処方と、おそらく処方に関する詳細が記載されています。 それらを一致させるには少し巧妙なコーディングが必要になり（処方箋にはその日の解決策しかないため）、 icustay_id （＃345を参照）に参加する場合は注意が必要ですが、それ以外は機能するはずです。

どうもありがとう。 各IVの線量を見つける方法を考えました。 時にはバッグを使用することもあれば、バイアルを使用することもあるので、投与量を把握する方法があります。 興味があれば、mysqlクエリを共有できます。

私はまだボーラスが心配です。 推奨される方法は、レッドマン症候群になるために1時間以上静脈内投与することです。

もう1つの懸念は、バンコレベルに一貫性がないことです。 たとえば、患者16590の場合、inputevents_mvに基づいて1000 mg（凍結バッグ）のIVが6/6/2181に投与されましたが、vancoレベルは6/7/2181 5:35（labeventsに基づく）および21.1ugで16.1ug / mLでした。 / mL on 6/8/2181 4：33-IVがないにもかかわらず、バンコレベルが上昇しているように見えます。 このようなケースは他にもあります。 用量投与を見逃していないことを確認するために、chartevents、inputevents_mv、inputevents_cv、labeventsから患者16590のすべてのイベントを選択しましたが、IVなしで24時間にわたるvancoレベルの明らかな増加を説明できませんでした。 データをフィッティングすると、3L / kgの分布容積（文献レポート1L / kg、および他の病院からのデータの経験）と非常に小さなクリアランスが得られました。 一部のIVデータが欠落している可能性はありますか？

洞察をありがとう、
L

絶対に、私たちは新しい概念のクエリに非常に興味があります。 プルリクエストを行う場合は、MySQLとpostgresの両方に準拠するように支援できます。

IVに関しては、データが体系的に欠落している理由は考えられません。 主にITEMIDを調和させようとして、生からMIMICに移行するデータの再編成がいくつかありますが、これは非破壊的な変換です。 この種の問題が大量に発生する場合は、生データを調査し、BIの臨床医と1つか2つのケースについて話し合うことができるように、IVが「欠落している」患者を抽出するクエリに間違いなく興味があります。

最後に、処方表との相互参照を提案できますか？ そのテーブルは病院プロバイダーの注文入力システムからのものであり、すべての注文された薬が含まれている必要があります。 処方箋が投与されることは保証されていませんが、彼女はあなたが遭遇した状況にいくらかの光を当てることができます。

お返事ありがとうございます。 長いコメントでごめんなさい。

postgresで成功しなかったので、MySQLですべてのクエリを書き直しました。 私が話している線量を決定する手順は次のとおりです。

if（VI.AMOUNTUOM = 'mg'、
VI.AMOUNT、
if（VI.AMOUNTUOM = 'dose'、
if（VI.FORM_UNIT_DISP = 'VIAL'、
VI.AMOUNT VI.FORM_VAL_DISP
substring_index（VI.PROD_STRENGTH、 'mg'、1）、
if（VI.FORM_UNIT_DISP = 'BAG'、
VI.AMOUNT VI.FORM_VAL_DISP
substring_index（VI.PROD_STRENGTH、 'g'、1）* 1000,0）
）、0）
ここで、VIはinputevents_mvとprescriptionsの結合です。 それらに参加する前に、あいまいなエントリを削除して処方箋を「クリーン」にする必要があります。 言い換えれば、私はスタータイムを開始日と終了日と一致させました。 ただし、startdate = enddateの処方箋があります。 どう対処したらいいのかわからない。 患者99836の2116-06-1208：35：00のinputevents_mvを処方箋と照合したかったので、入力を取得したいと思います。

より多くの「欠落している」IVデータについてお知らせします。 これまでのところ、前回の投稿で確認しました。

L

それらは、投与を目的とした処方箋である可能性があります
その日付。

2017年12月21日18:38、「lmockus」 [email protected]は次のように書いています。

お返事ありがとうございます。 長いコメントでごめんなさい。

postgresで成功しなかったので、MySQLですべてのクエリを書き直しました。
私が話している線量を決定する手順は次のとおりです。

if（VI.AMOUNTUOM = 'mg'、
VI.AMOUNT、
if（VI.AMOUNTUOM = 'dose'、
if（VI.FORM_UNIT_DISP = 'VIAL'、
VI.AMOUNT VI.FORM_VAL_DISP
substring_index（VI.PROD_STRENGTH、 'mg'、1）、
if（VI.FORM_UNIT_DISP = 'BAG'、
VI.AMOUNT VI.FORM_VAL_DISP
substring_index（VI.PROD_STRENGTH、 'g'、1）* 1000,0）
）、0）
ここで、VIはinputevents_mvとprescriptionsの結合です。 参加する前に
それらは、あいまいなエントリを削除して処方箋を「クリーン」にする必要があります。 の
言い換えれば、私はスタータイムを開始日と終了日と一致させました。 しかしそこに
startdate = enddateの処方箋です。 どう対処したらいいのかわからない
それらと。 2116-06-1208：35：00のinputevents_mvと一致させたかった
処方箋のある患者99836であり、あなたの意見を聞きたいと思っています。

より多くの「欠落している」IVデータについてお知らせします。 これまでに確認しました
前の投稿のもの。

L

—
コメントしたのでこれを受け取っています。
このメールに直接返信し、GitHubで表示してください
https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/347#issuecomment-353484943 、
またはスレッドをミュートします
https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ABOSdASPDZnYg4hdy5dULbPNGWObhbxJks5tCuv5gaJpZM4Q1laJ
。

いいね。
真ん中にIVがないのに、ラボイベントからのバンコレベルが上昇する患者が増えました。

患者97920のラボイベントは次のことを示しています。

ROW_ID, SUBJECT_ID, HADM_ID, ITEMID, CHARTTIME, VALUE, VALUENUM, VALUEUOM, FLAG
27612422, 97920, 192787, 51009, 2168-06-22 18:30:00, 10.6, 10.6, ug/mL, 
27612481, 97920, 192787, 51009, 2168-06-24 04:58:00, 57.4, 57.4, ug/mL, abnormal

ただし、inputevents_mvからの最新のエントリは次のとおりです。

ROW_ID, SUBJECT_ID, STARTTIME
3400380, 97920, 2168-06-19 16:24:00
````

This is a substantial increase in vanco level which can be explained by "missing" IV, entry error...

Based on your comments for prescription dates (end date implies that prescription is valid for all day) the queries to build the dose amount/time are:
- Remove the patients with ambiguous doses (in vanco_ambig1)
- determine the amount (see my previous comment)
As you see I build some intermediate tables (still not an expert) to find patients which are prescribed unambiguous doses. vanco_inputs corresponds to inputevents_mv with patients that have vanco prescriptions.

```sql
# VANCO_AMBIG_INIT=rows in VANCO_INPUTS 
# match to 1) multiple precriptions with 
# different doses but are for the same window 
# or to 2) multiple prescriptions that have the 
# same dose but are for different windows or
# to 3) single prescription
# also there are rows which doesn't match 
# 1) implies ambiguous dose

DROP TABLE IF EXISTS VANCO_AMBIG_INIT CASCADE;
CREATE TABLE VANCO_AMBIG_INIT
(
    ROW_ID INT NOT NULL,
#    TIME DATETIME NOT NULL,
#   STARTDATE DATETIME,
#   ENDDATE DATETIME,
    PROD_STRENGTH VARCHAR(120),
    DOSE_VAL_RX VARCHAR(120),
    DOSE_UNIT_RX VARCHAR(120),
    FORM_VAL_DISP VARCHAR(120),
    FORM_UNIT_DISP VARCHAR(120)
) ;
# joining by hadm_id & icustay_id doesn't work
# since prescriptions may use different 
# icustay_id than inputevents_mv
# transfer table shows how patient is
# being transfered and prescription written
# before patient is transferred may be valid
# after patient is transferred
# an example is patient 16590 who changed
# wards while staying in the same care unit
# TSICU
insert into VANCO_AMBIG_INIT
select distinct IE.ROW_ID,
P.PROD_STRENGTH,
P.DOSE_VAL_RX,P.DOSE_UNIT_RX,
P.FORM_VAL_DISP,P.FORM_UNIT_DISP
from VANCO_INPUTS as IE
left join VANCO_PRESCRIPTIONS as P on 
(P.SUBJECT_ID=IE.SUBJECT_ID)
where 
P.STARTDATE<=IE.STARTTIME
and ADDDATE(P.ENDDATE,INTERVAL 1 DAY)>=
IE.STARTTIME; 
# some prescriptions
# were administered on the end date
# row_id corresponds to vanco_inputs

# VANCO_AMBIG=rows in VANCO_AMBIG_INIT
# that correspond to 1) 

DROP TABLE IF EXISTS VANCO_AMBIG CASCADE;
CREATE TABLE VANCO_AMBIG (
    ROW_ID INT NOT NULL,
    primary key (ROW_ID)
) ;

insert into VANCO_AMBIG
select T.ROW_ID from
(select ROW_ID,COUNT(ROW_ID) as c
from VANCO_AMBIG_INIT
group by ROW_ID having c>1) as T;

# VANCO_UNAMBIG=rows in VANCO_AMBIG_INIT
# that corresponds to 2) and 3) 

DROP TABLE IF EXISTS VANCO_UNAMBIG CASCADE;
CREATE TABLE VANCO_UNAMBIG like VANCO_AMBIG_INIT;
alter table VANCO_UNAMBIG
add primary key (ROW_ID);

insert into VANCO_UNAMBIG
select VAI.ROW_ID,VAI.PROD_STRENGTH,
VAI.DOSE_VAL_RX,VAI.DOSE_UNIT_RX,
VAI.FORM_VAL_DISP,VAI.FORM_UNIT_DISP  
from VANCO_AMBIG_INIT as VAI
left join VANCO_AMBIG as VA on
(VA.ROW_ID=VAI.ROW_ID)
where VA.ROW_ID is null;

# VANCO_AMBIG1=patients with ambiguous vanco doses

DROP TABLE IF EXISTS VANCO_AMBIG1 CASCADE;
CREATE TABLE VANCO_AMBIG1
(
    SUBJECT_ID INT NOT NULL,
    primary key (SUBJECT_ID)
);

insert into VANCO_AMBIG1    
select distinct SUBJECT_ID 
from VANCO_INPUTS as VI
inner join VANCO_AMBIG as VA on
(VA.ROW_ID=VI.ROW_ID);

L

IVとラボの履歴を表示するためのクエリは次のとおりです。

set @subj=94864;
SELECT STARTTIME as time,AMOUNT as val,AMOUNTUOM as uom FROM INPUTEVENTS_MV
where subject_id=<strong i="6">@subj</strong> and ITEMID=225798
union
SELECT CHARTTIME as time,VALUENUM as val,VALUEUOM as uom FROM LABEVENTS
where subject_id=<strong i="7">@subj</strong> and ITEMID=51009
order by time;

この特定の患者の場合、サポートするIVがない間、バンコレベルが上昇しているように見えます。

時間| val | uom
--- | --- | ---
2179-12-14 08:30:00 | 1 | 用量
2179-12-15 05:54:00 | 15.7 | ug / mL
2179-12-16 06:07:00 | 16.8 | ug / mL
2179-12-16 08:00:00 | 1 | 用量
2179-12-17 06:01:00 | 24.7 | ug / mL
2179-12-18 05:43:00 | 7.4 | ug / mL
2179-12-20 11:00:00 | 27.3 | ug / mL

そのような患者はたくさんいます-私はそれらを抽出するためにRでスクリプトを書きました：

1709 1709 4962 4966 16590 19412 22788 29328 29959 30659 40526 42473
42694 44589 47758 48340 48677 48996 49623 50148 50494 50939 51203 53070
53273 53766 54537 54894 55337 55597 56304 57599 58732 58774 58947 59039
59156 60775 61068 62795 62980 63240 63686 64904 64904 65936 66157 66899
66899 67050 67651 68591 68890 68937 69020 70717 72851 73873 76541 79294
79294 82296 86782 87158 87416 91855 92644 92644 93321 94008 94864 96920
97920

L

私はまた、最初の投与が行われる前にバンコレベルを持っている患者の束を見つけました。 それらの1つは357です。最初のvanco測定は、12/12/21977：31のcharteventsとlabeventsに記録されます。 以前は明らかなバンコ政権はありませんでした。 最初のバンコ処方は2年後です：

# ROW_ID, SUBJECT_ID, HADM_ID, ICUSTAY_ID, STARTDATE, ENDDATE, DRUG_TYPE, DRUG, DRUG_NAME_POE, DRUG_NAME_GENERIC, FORMULARY_DRUG_CD, GSN, NDC, PROD_STRENGTH, DOSE_VAL_RX, DOSE_UNIT_RX, FORM_VAL_DISP, FORM_UNIT_DISP, ROUTE
2846668, 357, 117876, 0, 2199-12-22 00:00:00, 2199-12-23 00:00:00, MAIN, Vancomycin, , , VANC1F, 043952, 00338355248, 1g Frozen Bag, 1000, mg, 1, BAG, IV

L

私はついにこれを調べる時間を見つけました。 自分の作業を含むノートブックをリポジトリに追加しました-上記のコミットを参照するか、ここをクリックしてください： https ：//github.com/MIT-LCP/mimic-code/blob/9e7f6aea2ff17086cac51101860d5a70ed5942ef/notebooks/vancomycin-dosing.ipynb

これが私の見解です。

subject_id 97920

これは完全に私たちが期待する通りです：

• 18日の処方箋
• 18日（午前1時）にICUに入院
• 18日の点滴（午前9時、午後8時）
• 19日〜21日の処方箋
• 19日に測定されたバンコ
• 19日のIV（午前8時、午後4時）
• ICUから退院
• POE /ラボの測定は20日以降継続されますが、ICUの外にあるためIVデータはありません

subject_id 94864

唯一の不一致は、15/16の朝のラボ間で15.7から16.8に上昇したことです。

• 10日に入院
• 測定値の合理的な上昇/下降を伴う処方されたバンコ11〜15日
• レベルは説明なしで15/16の間に上昇します
• 退院したICU18日

彼女のメモは8日間のコースを示しているため、15日から16日の間にバンコを受け取った可能性が高く、チャートに記載されていない理由はわかりません。

subject_id 357

ここで2つの問題が発生しています。 （1）CareVueデータベースシステムで入院した患者は、フローシートに抗生物質がグラフ化されていませんでした。その結果、inputevents_cvには何も表示されません。（2）処方箋を見逃したと思います。 この患者のバンコマイシンの処方箋は2198-08-07から2198-08-10で、ラボのデータと一致しています。

うまくいけば、これはほとんどの患者を説明します。 subject_id 94864で何が起こったのかはわかりませんが、まれなケースである可能性があります。

あなたの入力のためにたくさんのタンク。 私も各患者について同様の病歴を持っていました。 これ
ICUの外にvancoラボがない可能性があることを示唆しているようです。 それは本当ですか？
また、PK分析では、すべての投薬/バンコ/ Scrレベルのイベントが必要です。
技術的には、私たちが確信していない患者を「忘れる」必要があります
データは正しいです。 vancoPKの共著者にあなたを招待したいと思います
見なかったのでMIMICデータを使った分析。

L

2018年1月8日月曜日午後1時6分、Alistair [email protected]
書きました：

私はついにこれを調べる時間を見つけました。 私は自分のノートを追加しました
リポジトリに取り組む-上記のコミットを参照するか、ここをクリックしてください：
https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/blob/9e7f6aea2ff17086cac51101860d5a
70ed5942ef / notesbooks / vancomycin-dosing.ipynb

これが私の見解です。
subject_id 97920

これは完全に私たちが期待する通りです：

• 18日の処方箋
• 18日（午前1時）にICUに入院
• 18日の点滴（午前9時、午後8時）
• 19日〜21日の処方箋
• 19日に測定されたバンコ
• 19日のIV（午前8時、午後4時）
• ICUから退院
• POE /ラボの測定は20日以降継続されますが、それ以降IVデータはありません
  彼らはICUの外にいます

subject_id 94864

唯一の矛盾は、15日と16日の間に15.7から16.8に上昇することです。
朝の実験室。

• 10日に入院
• 処方されたバンコ11〜15日、適度な上昇/下降
  測定値
• レベルは説明なしで15/16の間に上昇します
• 退院したICU18日

彼女のメモは8日間のコースを示しているので、彼女は
15日/ 16日、チャートに記載されていない理由がわからない。
subject_id 357

ここで2つの問題が発生しています。 （1）CareVueデータベースで入院した患者
システムの抗生物質はフローシートに記載されていませんでした-その結果
inputevents_cvに何も表示されません。（2）見逃したと思います。
処方。 私はこの患者のためにバンコマイシンの処方箋を持っています
ラボデータと一致する2198-08-07から2198-08-10。

うまくいけば、これはほとんどの患者を説明します。 何が起こったのかわからない
subject_id 94864ですが、おそらくそれはまれなケースです。

—
スレッドを作成したため、これを受け取っています。
このメールに直接返信し、GitHubで表示してください
https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/347#issuecomment-356045670 、
またはスレッドをミュートします
https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/Af_3JpmlaoOjqykT5z_df4mCSdphW2pnks5tIlkLgaJpZM4Q1laJ
。

研究をサポートさせていただきます！

実際、その逆が当てはまります。 vancoラボはICUの外で利用できます。 ICU外では利用できないのはIVデリバリーです。 また、charteventsデータに格納されている実際の数値はlabeventsデータの複製ですが（charteventsはlabeventsであるラボデータベースからラボデータを取得するため、予想されます）、charteventsのラベルはより多くの情報を提供します（ 「トラフ」、「ピーク」、および「ランダム」）。 あなたの仕事に役立つかもしれません。

要約すると：

1. ラボデータはICUの外で利用できます
2. 処方箋はICUの外で入手できますが、時間の解決には制限があります（当日）
3. IV投与は、ICU内でのみ利用可能ですが、時間分解能は良好です。

ありがとう。 vanco IVがICU外で投与されなかったと仮定するのは公正ですか？

L

2018年1月8日月曜日午後3時11分、Alistair [email protected]
書きました：

研究をサポートさせていただきます！

実際、その逆が当てはまります。 vancoラボはICUの外で利用できます。 これ
ICU外では利用できないIVデリバリーです。 私も気づきました
つまり、charteventsデータに格納されている実際の数値は
labeventsデータの複製（charteventsのため、これは予想されます
ラボデータベース（labevents）からラボデータを取得します。
charteventsは、より多くの情報（ "Trough"、 "Peak"、および "Random"）を提供します。 そうかもしれない
あなたの仕事に役立ちます。

要約すると：

1. ラボデータはICUの外で利用できます
2. 処方箋はICUの外で入手できますが、時間は限られています
   決議（当日）
3. IV投与はICU内でのみ利用可能ですが、良好です
   時間分解能

—
スレッドを作成したため、これを受け取っています。
このメールに直接返信し、GitHubで表示してください
https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/347#issuecomment-356081899 、
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。

残念ながらそうではありません、彼らはとりわけEDでそれを投与したと確信しています
場所。

2018年1月8日午後5時10分、「lmockus」 [email protected]は次のように書いています。

ありがとう。 バンコIVが外部に投与されなかったと仮定することは公正ですか？
ICU？

L

2018年1月8日月曜日午後3時11分、アリスター・ジョンソン >>
書きました：

研究をサポートさせていただきます！

実際、その逆が当てはまります。 vancoラボはICUの外で利用できます。
これ
ICU外では利用できないIVデリバリーです。 私も気づきました
つまり、charteventsデータに格納されている実際の数値は
labeventsデータの複製（charteventsのため、これは予想されます
ラボデータベース（labevents）からラボデータを取得します。
charteventsは、より多くの情報（ "Trough"、 "Peak"、および "Random"）を提供します。
そうかもしれない
あなたの仕事に役立ちます。

要約すると：

1. ラボデータはICUの外で利用できます
2. 処方箋はICUの外で入手できますが、時間は限られています
   決議（当日）
3. IV投与はICU内でのみ利用可能ですが、良好です
   時間分解能

—
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< https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/347#issuecomment -356081899
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3JiTEBDgHyYJDv7v2e1rBoCKGY1tXks5tInZdgaJpZM4Q1laJ>
。

—
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。

素晴らしい。 繰り返しになりますが、ICU外のIVは記録されていません
inpupevents_mv。 右？

あなたがcharteventsを使用しているのを見ました。 技術的にはすべてのバンコレベル
測定はラボイベントで行われます。 charteventsは何かを追加しますか？

L

2018年1月8日月曜日午後5時13分、Alistair [email protected]
書きました：

残念ながらそうではありません、彼らはとりわけEDでそれを投与したと確信しています
場所。

2018年1月8日午後5時10分、「lmockus」 [email protected]は次のように書いています。

ありがとう。 バンコIVが外部に投与されなかったと仮定することは公正ですか？
ICU？

L

2018年1月8日月曜日午後3時11分、アリスタージョンソン<
[email protected]
>>
書きました：

研究をサポートさせていただきます！

実際、その逆が当てはまります。 vancoラボはICUの外で利用できます。
これ
ICU外では利用できないIVデリバリーです。 私も気づきました
つまり、charteventsデータに格納されている実際の数値は
a
labeventsデータの複製（charteventsのため、これは予想されます
ラボデータベース（labevents）からラボデータを取得します）、ラベル
の
charteventsは、より多くの情報（ "Trough"、 "Peak"、および "Random"）を提供します。
そうかもしれない
あなたの仕事に役立ちます。

要約すると：

1. ラボデータはICUの外で利用できます
2. 処方箋はICUの外で入手できますが、時間は限られています
   決議（当日）
3. IV投与はICU内でのみ利用可能ですが、良好です
   時間分解能

—
スレッドを作成したため、これを受け取っています。
このメールに直接返信し、GitHubで表示してください
< https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/347#
issuecomment-356081899
、
またはスレッドをミュートします
3JiTEBDgHyYJDv7v2e1rBoCKGY1tXks5tInZdgaJpZM4Q1laJ>
。

—
コメントしたのでこれを受け取っています。
このメールに直接返信し、GitHubで表示してください
< https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/347#issuecomment -356112909
、
またはスレッドをミュートします
ABOSdK1EcdrctCiaCaw0ZgDbyv0LtYGQks5tIpJjgaJpZM4Q1laJ>
。

>>

—
スレッドを作成したため、これを受け取っています。
このメールに直接返信し、GitHubで表示してください
https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/347#issuecomment-356113574 、
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https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/Af_3JqVwsrcjhasWE8aBbpZ_-ZtsV7D7ks5tIpMHgaJpZM4Q1laJ
。

はい、あなたはIVについて正しいです。

念のため、charteventsをチェックしました。そうです、すべてのvanco測定値はlabeventsにあります。 charteventsが追加する唯一の追加は、ラベルに「トラフ」、「ランダム」、または「ピーク」と記載されている場合があります。これは、患者が投与された時期についていくつかのことを推測するのに役立ちます。 それ以外の場合は、labeventsの直接の複製です。

どうもありがとう。

たくさんの謎があります。 それらの1つは、icuへの入室数<>
icuからの退院。 たとえば、患者5738、23829。
そのような患者。 何が起こっているのか分かりますか？

L

2018年1月9日火曜日午前10時47分、Alistair [email protected]
書きました：

はい、あなたはIVについて正しいです。

念のためにcharteventsをチェックしました-そうです、すべてのvanco測定値
ラボイベントに参加しています。 charteventsが追加する唯一の追加はラベルです
「トラフ」、「ランダム」、または「ピーク」と表示されることがあります。これは、推測に役立ちます。
患者がいつ投与されたかについてのいくつかのこと。 そうでなければそれはまっすぐです
labeventsの複製。

—
スレッドを作成したため、これを受け取っています。
このメールに直接返信し、GitHubで表示してください
https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/347#issuecomment-356322970 、
またはスレッドをミュートします
https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/Af_3JooC5ixx_m3ycdLTWKcFG-1msgGbks5tI4oXgaJpZM4Q1laJ
。

疑問に思っていることについて詳しく教えてください。 これはまだバンコマイシンに関連していますか？ そうでない場合は、新しい問題を提起する価値があります。

ヴァンコと関係があります。 私はあなたのクエリをmysqlに作り直し、今では
すべての患者のための巨大なテーブル。 たとえば、私は以下になります。 そうみたいです
患者はMICUから入院したが、退院しなかった。 また同じ
明らかなIVのないバンコのレベルの増加、を参照
23829、149357、ラボ、バンコマイシン、2173-07-21 17:48：00 、、 17.5、17.5、
23829、149357、ラボ、バンコマイシン、2173-07-30 07:45：00 、、 24.5、24.5、
おそらく2列目は退院後の入院中に発生したものです。

SUBJECT_ID、HADM_ID、SOURCE、LABEL、CHARTTIME、ENDTIME、VALUE、VALUEUOM、
患者の体重
23829、158842、poe、Vancomycin HCl、2173-01-01 00：00：00、2173-01-02
00：00：00、IV、1000、
23829、158842、ラボ、バンコマイシン、2173-01-01 14:00:00 、、 5.7、5.7、
23829、158842、ラボ、バンコマイシン、2173-01-03 06：00：00、、17.0、17、
23829、158842、poe、Vancomycin HCl、2173-01-04 00：00：00、2173-01-05
00：00：00、IV、1000、
23829、158842、poe、Vancomycin HCl、2173-01-04 00：00：00、2173-01-04
00：00：00、IV、1000、
23829、158842、ラボ、バンコマイシン、2173-01-04 08：00：00、、14.2、14.2、
23829、158842、ラボ、バンコマイシン、2173-01-05 09:25：00 、、 30.8、30.8、
23829、158842、ラボ、バンコマイシン、2173-01-06 06：10：00、、25.6、25.6、
23829、158842、ラボ、バンコマイシン、2173-01-07 06：00：00、、17.1、17.1、
23829、158842、ラボ、バンコマイシン、2173-01-08 03：30：00、、16.5、16.5、
23829、158842、ラボ、バンコマイシン、2173-01-09 03：30：00、、15.5、15.5、
23829、158842、poe、バンコマイシンHCl、2173-01-10 00：00：00、2173-01-11
00：00：00、IV、1000、
23829、158842、ラボ、バンコマイシン、2173-01-10 03：00：00、、12.5、12.5、
23829、158842、ラボ、バンコマイシン、2173-01-11 05：22：00、、27.1、27.1、
23829、158842、ラボ、バンコマイシン、2173-01-12 03：30：00、、20.2、20.2、
23829、158842、ラボ、バンコマイシン、2173-01-13 06：30：00、、19.0、19、
23829、158842、ラボ、バンコマイシン、2173-01-13 15:25：00 、、 17.2、17.2、
23829、158842、poe、Vancomycin HCl、2173-01-14 00：00：00、2173-01-15
00：00：00、IV、1000、
23829、158842、ラボ、バンコマイシン、2173-01-14 11：0：00 、、 10.4、10.4、
23829、158842、ラボ、バンコマイシン、2173-01-15 12：15：00、、27.2、27.2、
23829、158842、ラボ、バンコマイシン、2173-01-17 04：00：00、、20.6、20.6、
23829、158842、ラボ、バンコマイシン、2173-01-18 08：00：00、、19.9、19.9、
23829、158842、ラボ、バンコマイシン、2173-01-19 06：15：00、、15.3、15.3、
23829、149357、poe、バンコマイシンHCl、2173-07-18 00：00：00、2173-07-21
00：00：00、IV、1000、
23829、149357、icu承認、244994、2173-07-19 00:25:56 、、 MICU 、、
23829、149357、ラボ、バンコマイシン、2173-07-19 18:57:00 、、 8.7、8.7、
23829、149357、poe、バンコマイシンHCl、2173-07-21 00：00：00、2173-07-31
00：00：00、IV、1000、
23829、149357、ラボ、バンコマイシン、2173-07-21 17:48：00 、、 17.5、17.5、
23829、149357、ラボ、バンコマイシン、2173-07-30 07:45：00 、、 24.5、24.5、
23829、0、ラボ、バンコマイシン、2173-10-08 09：0：00：00 、、 2.5、2.5、
23829、0、ラボ、バンコマイシン、2173-10-11 18:45：00 、、 15.6、15.6、
23829、0、ラボ、バンコマイシン、2173-10-12 20:25：00 、、 27.4、27.4、
23829、0、ラボ、バンコマイシン、2173-10-13 06：45：00、、27.6、27.6、
23829、0、ラボ、バンコマイシン、2173-10-15 17:35：00 、、 18.5、18.5、
23829、0、ラボ、バンコマイシン、2173-10-19 00：04：00、、15.4、15.4、
23829、151928、icu承認、274504、2174-12-22 23:58:05 、、 MICU 、、
23829、151928、icu disch、0、2174-12-23 18:50:10 、、、、
23829、151928、icu承認、274504、2174-12-24 10:38:16 、、 CSRU 、、
23829、151928、icu disch、0、2174-12-24 12:59:49 、、、、
23829、133755、icu承認、275132、2175-03-07 18:57:04 、、 SICU 、、
23829、133755、icu disch、0、2175-03-12 22:39:35 、、、、
23829、196691、icu承認、256728、2175-06-07 01：15：15 、、 MICU 、、
23829、196691、ラボ、バンコマイシン、2175-06-07 01:55：00 、、 5.7、5.7、
23829、196691、icu disch、0、2175-06-08 17:11:55 、、、、
23829、185247、icu承認、287191、2175-07-07 23:52:56 、、 MICU 、、
23829、185247、ラボ、バンコマイシン、2175-07-09 16:29：00 、、 12.3、12.3、
23829、185247、ラボ、バンコマイシン、2175-07-10 01：42：00、、11.7、11.7、
23829、185247、icu disch、0、2175-07-12 17:02:15 、、、、

2018年1月9日火曜日午後8時26分、Alistair [email protected]
書きました：

疑問に思っていることについて詳しく教えてください。 これはまだですか
バンコマイシンに関連していますか？ そうでない場合は、新しい問題を提起する価値があります。

—
スレッドを作成したため、これを受け取っています。
このメールに直接返信し、GitHubで表示してください
https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/347#issuecomment-356469313 、
またはスレッドをミュートします
https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/Af_3JgCOmsPxpFvrWsXZBJKZcD4H-pp-ks5tJBGvgaJpZM4Q1laJ
。

どうもありがとう。 vancoの調査スクリプトは、この問題の解決に非常に役立ったと思います。

L

ああ、それが役に立ったことをうれしく思います！ あなたのプロジェクトで頑張ってください！

一部の患者にとってなぜ入院数が多いのかを理解するのを手伝ってくれませんか
icuへのディスクの数はicuからのディスクの数とは異なりますか？ 患者さんがたくさんいます
このような。

L

2018年1月10日水曜日午後4時58分、Alistair [email protected]
書きました：

ああ、それが役に立ったことをうれしく思います！ あなたのプロジェクトで頑張ってください！

—
開/閉状態を変更したため、これを受け取ります。
このメールに直接返信し、GitHubで表示してください
https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/347#issuecomment-356750701 、
またはスレッドをミュートします
https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/Af_3JjvTzgIMM2ZUBvu48BLZMMlrI45xks5tJTKUgaJpZM4Q1laJ
。

一部の患者にとってなぜ入院数が多いのかを理解するのを手伝ってくれませんか
icuへのディスクの数はicuからのディスクの数とは異なりますか？ 患者さんがたくさんいます

@imockusこの問題は、元の質問とは関係がないようです。 新しい問題を提起し、見つけた患者のリストを再現するためのコードを提供してください。

@tompollard私もすぐには気づきませんでしたが、これはhttps://github.com/MIT-LCP/mimic-code/blob/dedd0faed8273748f0db6034088713d62f226305/notebooks/vancomycin-dosing.ipynbコードに関するものだと思います

私はそのコードで、転送テーブルのICU放電イベントにICUのprev_careunitがあると仮定しましたが、それは真実ではないことがわかったようです。 あなたが強調する患者を見て：

select hadm_id, event_type
, prev_careunit, curr_careunit
, prev_wardid, curr_wardid
, intime, outtime
 from transfers
where hadm_id = 149357;

hadm_id | イベントタイプ| prev_careunit | curr_careunit | prev_wardid | curr_wardid | インタイム| アウトタイム
------- | ----------- | --------------- | --------------- | ------------- | ------------- | --------------------- | ---------------------
149357 | 認める| | | | 45 | 07-16 19:08:18 | 07-19 00:25:56
149357 | 転送| | MICU | 45 | 52 | 07-19 00:25:56 | 07-22 13:28:58
149357 | 転送| | | 36 | 36 | 07-22 13:28:58 | 07-31 16:44:24
149357 | 排出| | | 36 | | 07-31 16:44:24 |

ですから、入院/退院/転送テーブルにはいくつかの転送が含まれていないと思います（それまたは患者が魔法のように病棟52から病棟36にテレポートしました）。

この仮定をしないようにコードを修正しただけです。 物事は今より理にかなっているはずです。

素晴らしい。 テストします。

あなたは私に別の問題を開いて、あなたが良い歴史を持っているようにしたいですか、それともただ非公式になりたいですか？

L

それは大丈夫です-解決された問題のために新しい問題は必要ありません-しかし、何か他のものが出てきたら、新しい問題を提起する価値があります。

いいね。 問題が発生した場合は、別の問題を開きます。

すべてのタブを閉じるだけです。 許可を選択するためにコードを少し変更しました
イベントタイプに基づいて放電します。 今、私はたった13を逃しました
許可/退院。 明らかにいくつかのラッシュ。 私はこれについて心配しません。
subject_id、hadm_id、 'icu admit'、icustay_id、intime、null、を選択します
curr_careunit、null、null
VANCO_ADMIN_TRANSから
ここで、eventtype = 'admit'
連合
subject_id、hadm_id、 'icu disch'、icustay_id、intime、null、を選択します
curr_careunit、null、null
VANCO_ADMIN_TRANSから
ここで、eventtype = '放電'

L

2018年1月10日水曜日午後6時9分、Alistair [email protected]
書きました：

それは大丈夫です-解決された問題のための新しい問題の必要はありません-しかし
何か他のものが出てきたら、新しいものを育てる価値があります。

—
開/閉状態を変更したため、これを受け取ります。
このメールに直接返信し、GitHubで表示してください
https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/347#issuecomment-356768591 、
またはスレッドをミュートします
https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/Af_3JqGtGFx-SOMIGapfTaMkBkegWdMIks5tJUM7gaJpZM4Q1laJ
。