Grüße,
Ich habe ein kleines Problem beim Einrichten des Docker-Images. Ich habe die Anleitung hier befolgt: https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/tree/master/buildmimic/docker
Mein System:
System Information
------------------
Operating System: Windows 10 Pro 64-bit (10.0, Build 18363) (18362.19h1_release.190318-1202)
Language: English (Regional Setting: English)
Processor: Intel(R) Core(TM) i7-3520M CPU @ 2.90GHz (4 CPUs), ~2.9GHz
Memory: 16384MB RAM
Available OS Memory: 16080MB RAM
Page File: 14726MB used, 10058MB available
Windows Dir: C:\WINDOWS
Mein aktueller Ordnerbaum unter (D:):
.
|-- mimic_code
| |-- benchmark
| |-- buildmimic
| |-- concepts
| |-- notebooks
| |-- tests
| `-- tutorials
|-- mimic_data
| `-- csv
`-- mimic_pgdata
Der Ordner bei \mimic-data\csv
enthält die MIMIC-III .csv.gz
Datendateien. Der Ordner mimic_pgdata
ist zum Zeitpunkt der Ausführung des Containers leer. Es ist auch nach dem Ausführen des Containers leer. Ich nehme an, das liegt daran, dass ich keine Befehle ausführe, nachdem der Container erstellt wurde.
Der Befehl, den ich verwendet habe (mit dem Git Bash-Terminal):
docker run \
--name mimic \
-p 5433:5432 \
-e BUILD_MIMIC=1 \
-e POSTGRES_PASSWORD=postgres \
-e MIMIC_PASSWORD=mimic \
-v //d/mimic_data/csv:/mimic_data \
-v //d/mimic_pgdata:/var/lib/postgresql/data \
-d postgres/mimic
Mein Ergebnis aus dem Docker Dashboard:
PostgreSQL Database directory appears to contain a database; Skipping initialization
2020-02-04 15:23:25.966 UTC [1] LOG: starting PostgreSQL 12.1 (Debian 12.1-1.pgdg100+1) on x86_64-pc-linux-gnu, compiled by gcc (Debian 8.3.0-6) 8.3.0, 64-bit
2020-02-04 15:23:25.974 UTC [1] LOG: listening on IPv4 address "0.0.0.0", port 5432
2020-02-04 15:23:25.974 UTC [1] LOG: listening on IPv6 address "::", port 5432
2020-02-04 15:23:25.995 UTC [1] LOG: listening on Unix socket "/var/run/postgresql/.s.PGSQL.5432"
2020-02-04 15:23:26.014 UTC [25] LOG: database system was shut down at 2020-02-04 15:20:26 UTC
2020-02-04 15:23:26.020 UTC [1] LOG: database system is ready to accept connections
2020-02-04 15:23:26.034 UTC [32] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:26.086 UTC [33] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:27.219 UTC [34] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:27.219 UTC [35] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:28.257 UTC [36] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:28.259 UTC [37] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:29.264 UTC [38] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:29.269 UTC [39] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:29.795 UTC [40] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:30.278 UTC [42] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:30.278 UTC [41] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:30.824 UTC [43] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:31.287 UTC [44] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:31.292 UTC [45] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:31.834 UTC [46] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:32.854 UTC [47] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:33.863 UTC [48] LOG: invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:34.875 UTC [49] LOG: invalid length of startup packet
Die Ausgabe von docker images
:
REPOSITORY TAG IMAGE ID CREATED SIZE
postgres/mimic latest 10d900d346ac 19 minutes ago 440MB
postgres latest cf879a45faaa 2 days ago 394MB
k8s.gcr.io/kube-apiserver v1.15.5 e534b1952a0d 3 months ago 207MB
k8s.gcr.io/kube-controller-manager v1.15.5 1399a72fa1a9 3 months ago 159MB
k8s.gcr.io/kube-proxy v1.15.5 cbd7f21fec99 3 months ago 82.4MB
k8s.gcr.io/kube-scheduler v1.15.5 fab2dded59dd 3 months ago 81.1MB
golang 1.11-alpine e116d2efa2ab 5 months ago 312MB
docker/kube-compose-controller v0.4.23 a8c3d87a58e7 8 months ago 35.3MB
docker/kube-compose-api-server v0.4.23 f3591b2cb223 8 months ago 49.9MB
alpine 3.5 f80194ae2e0c 12 months ago 4MB
k8s.gcr.io/coredns 1.3.1 eb516548c180 12 months ago 40.3MB
k8s.gcr.io/etcd 3.3.10 2c4adeb21b4f 14 months ago 258MB
k8s.gcr.io/pause 3.1 da86e6ba6ca1 2 years ago 742kB
Ich habe es versucht:
Ehrlich gesagt nicht so vertraut mit Docker - aber vielleicht könnten @xiaosongz oder @haobibo etwas dazu sagen, da sie beide kürzlich mit dem Build gearbeitet haben.
Hallo @khalid-hussain , @xiaosongz hat einen Fehler in der Docker-Image-Build-Datei setup.sh
gefunden.
Und ich habe eine PR https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/pull/693 erstellt, um das zu beheben.
Könnten Sie bitte dem aktualisierten setup.sh
folgen (oder es direkt von https://github.com/haobibo/mimic-code klonen), um zu sehen, ob der aktualisierte Code funktioniert oder nicht.
Tut mir leid, ich war mit anderen Problemen beschäftigt. Ich werde es morgen versuchen. Danke für die prompten Antworten.
UPDATE : Ich habe immer noch das gleiche Problem. Ich habe setup.sh
und Dockerfile
ebenfalls aktualisiert, aber es gibt mir immer noch die gleiche Ausgabe.
Hallo, ich habe dieses Problem auch gefunden. Gibt es jetzt eine Lösung?
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Das gleiche Problem hier.
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Hat jemand eine Lösung! Gleiches Problem mit unserem System.
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irgendeine Lösung?
Gott, bitte hilf, ich stecke hier seit Stunden fest
Irgendjemand im Labor wird sich vielleicht irgendwann darum kümmern, das Docker-Image zu reparieren, aber wir haben begrenzte Ressourcen und dies ist keine unserer Prioritäten. Wir würden uns freuen, einen Pull-Request aus der Community zu prüfen.
Dasselbe Problem hier
gleiches Problem hier
Ich stehe vor dem gleichen Problem?
-03-11 08:31:31.885 UTC [1] LOG: Starten von PostgreSQL 13.2 (Debian 13.2-1.pgdg100+1) auf x86_64-pc-linux-gnu, kompiliert von gcc (Debian 8.3.0-6) 8.3. 0, 64-Bit
11.03.2021 08:31:31.885 UTC [1] LOG: Überwachung der IPv4-Adresse „0.0.0.0“, Port 5432
11.03.2021 08:31:31.885 UTC [1] LOG: Überwachung der IPv6-Adresse „::“, Port 5432
11.03.2021 08:31:31.899 UTC [1] LOG: Lauschen auf Unix-Socket „/var/run/postgresql/.s.PGSQL.5432“
11.03.2021 08:31:31.914 UTC [66] LOG: Datenbanksystem wurde am 11.03.2021 08:31:31 UTC heruntergefahren
11.03.2021 08:31:31.924 UTC [1] LOG: Datenbanksystem ist bereit, Verbindungen anzunehmen
11.03.2021 08:31:51.485 UTC [73] FATAL: Passwortauthentifizierung für Benutzer „pgadmin“ fehlgeschlagen
11.03.2021 08:31:51.485 UTC [73] DETAIL: Rolle „pgadmin“ existiert nicht.
Verbindung stimmte mit pg_hba.conf Zeile 99 überein: "host all all all md5"
11.03.2021 08:32:00.969 UTC [74] FATAL: Passwortauthentifizierung für Benutzer „pgadmin“ fehlgeschlagen
11.03.2021 08:32:00.969 UTC [74] DETAIL: Rolle „pgadmin“ existiert nicht.
Verbindung stimmte mit pg_hba.conf Zeile 99 überein: "host all all all md5"
11.03.2021 08:32:06.826 UTC [75] FATAL: Passwortauthentifizierung für Benutzer „pgadmin“ fehlgeschlagen
11.03.2021 08:32:06.826 UTC [75] DETAIL: Rolle „pgadmin“ existiert nicht.
Verbindung stimmte mit pg_hba.conf Zeile 99 überein: "host all all all md5"
11.03.2021 08:33:38.128 UTC [78] FATAL: Passwortauthentifizierung für Benutzer „pgadmin“ fehlgeschlagen
11.03.2021 08:33:38.128 UTC [78] DETAIL: Rolle „pgadmin“ existiert nicht.
Verbindung stimmte mit pg_hba.conf Zeile 99 überein: "host all all all md5"
11.03.2021 08:33:52.780 UTC [79] LOG: Ungültige Länge des Startpakets
11.03.2021 08:33:52.783 UTC [80] LOG: Ungültige Länge des Startpakets ......................... .............
Gleicher Fehler
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UPDATE : Ich habe immer noch das gleiche Problem. Ich habe
setup.sh
undDockerfile
ebenfalls aktualisiert, aber es gibt mir immer noch die gleiche Ausgabe.