Mimic-code: ¿Cómo determinar la hora de inicio/finalización de IV? Ambigüedad en la dosis.

Supongo que fue una confusión de mi parte. Parece que el IV continuo en la descripción de la categoría implica el iv intermitente. Y la vancomicina se administra solo en bolo (la tasa siempre es 0). Teóricamente, "el polvo de vancomicina para solución para perfusión debe administrarse por vía intravenosa. Cada dosis debe administrarse a una velocidad que no exceda los 10 mg/min o durante un período de tiempo de al menos 60 minutos (lo que sea más largo)".

El objetivo de mi proyecto incluye ajustar los perfiles farmacocinéticos de vancomicina al modelo compartimental y, por lo tanto, se agradece cualquier información sobre la administración de vancomicina.

También descubrí que con itemid=225798 (vancomicina) no hay eventos de administración IV (row_id=907304).

Entonces el misterio permanece:

• como a partir de 1 dosis saber mg administrados
• ¿La administración es realmente un bolo?
• ¿La administración oral también se registra en inputevents_mv?

Muchas gracias.

L

En la página que describe inputevents_mv hay una nota:

Un bolo aparecerá como finalizando un minuto después de que comenzó, es decir, HORA DE TERMINACIÓN = HORA DE INICIO + 1 minuto

Esto es lo que está observando: creo que vanco siempre se administra como bolo, por lo que siempre verá una duración de 1 minuto.

En cuanto a la unidad de medida, solo tienes que lidiar con lo que obtienes. Un recuento simple de las cantidades mostró que ~95 % de las veces la cantidad == 1, probablemente estaban documentando 1 dosis. En el caso que mencionas, presumiblemente documentaron 500 que implican 500 mg, pero nos aparece como "500 dosis" porque la unidad de medida es fija para el itemid.

Una sugerencia es revisar la columna totalamount ya que parece que varía entre 150 ml y 2000 ml. Esta columna es la cantidad total de líquido en el recipiente que se administró (para IV colgado es una bolsa, en este caso probablemente sea un vial).

La administración oral no se registra en esta tabla, típicamente. Una sugerencia que haría es hacer una referencia cruzada de esta tabla con la tabla de recetas, que tendrá recetas de vancomicina y tal vez más detalles sobre la formulación. Requerirá un poco de codificación inteligente para unirlos (ya que las recetas solo tienen resolución para el día), y tenga cuidado al unirse a icustay_id (ver #345), pero aparte de eso debería funcionar.

Muchas gracias. Descubrí un procedimiento sobre cómo encontrar la dosis para cada vía intravenosa. A veces usan bolsas, a veces viales, por lo que hay una manera de calcular la dosis. Puedo compartir la consulta mysql si es de interés.

Todavía estoy preocupado por el bolo. La forma recomendada es por vía intravenosa durante más de 1 hora para no contraer el síndrome del hombre rojo.

Otra preocupación es que hay inconsistencia en los niveles de vanco. Por ejemplo, para el paciente 16590, la IV de 1000 mg (bolsa congelada) se administró el 6/6/2181 según inputevents_mv, pero los niveles de vanco fueron de 16,1 ug/mL el 7/6/2181 5:35 (basado en labevents) y 21,1 ug /mL el 8/6/2181 4:33 - parece que los niveles de vanco aumentan aunque no hay IV. Hay más casos como este. Para asegurarme de que no me estoy perdiendo la administración de dosis, seleccioné todos los eventos de chartevents, inputevents_mv, inputevents_cv, labevents para el paciente 16590, pero no pude explicar el aumento aparente en los niveles de vanco durante 24 horas sin IV. El ajuste de los datos dio un volumen de distribución de 3 l/kg (la bibliografía informa de 1 l/kg, así como la experiencia con datos de algún otro hospital) y un aclaramiento muy pequeño. ¿Es posible que falten algunos datos IV?

Gracias por cualquier idea,
L

Absolutamente estamos muy interesados ​​en las consultas de nuevos conceptos. Podemos ayudar a que sea compatible con MySQL/postgres si realiza una solicitud de extracción.

Con respecto al IV, no puedo pensar en una razón por la que faltaría sistemáticamente algún dato. Hay cierta reorganización de los datos que van de sin procesar a MIMIC, principalmente tratando de armonizar los ITEMID, pero esta es una transformación no destructiva. Si este tipo de problema ocurre en una gran cantidad de casos, definitivamente estaría interesado en una consulta que extraiga pacientes con IV "faltante" para poder investigar los datos sin procesar y tal vez discutir un caso o dos con los médicos en el BI.

Finalmente, ¿puedo sugerir referencias cruzadas con la tabla de prescripciones? Esa tabla es del sistema de entrada de pedidos del proveedor del hospital y debe tener todos los medicamentos solicitados. No se garantiza que se administren recetas, pero podría arrojar algo de luz sobre la situación que encontró.

Muchas gracias por tu respuesta. Perdón por mi largo comentario.

Como no tuve éxito con postgres, reescribí todas las consultas en MySQL. El procedimiento para determinar la dosis de la que hablo es:

if(VI.CANTIDAD='mg',
VI.MONTO,
if(VI.CANTIDAD='dosis',
if(VI.FORM_UNIT_DISP='VIAL',
VI.CANTIDAD VI.FORM_VAL_DISP
substring_index(VI.PROD_STRENGTH,'mg',1),
if(VI.FORM_UNIT_DISP='BOLSA',
VI.CANTIDAD VI.FORM_VAL_DISP
substring_index(VI.PROD_STRENGTH,'g',1)*1000,0)
),0)
donde VI es una combinación de inputevents_mv y prescripciones. Antes de unirme a ellos, tengo que "limpiar" las recetas eliminando las entradas ambiguas. En otras palabras, hice coincidir la hora de inicio con la fecha de inicio y la fecha de finalización. Sin embargo, hay recetas para las que startdate=enddate. No sé cómo lidiar con eso. Quería hacer coincidir inputevents_mv el 2116-06-12 08:35:00 para el paciente 99836 con recetas y me encantaría recibir su opinión.

Le informaré sobre más datos IV "faltantes". De momento he confirmado el del post anterior.

L

Esas son probablemente recetas que están destinadas a la administración en
esa fecha.

El 21 de diciembre de 2017 a las 6:38 p. m., "lmockus" [email protected] escribió:

Muchas gracias por tu respuesta. Perdón por mi largo comentario.

Como no tuve éxito con postgres, reescribí todas las consultas en MySQL.
El procedimiento para determinar la dosis de la que hablo es:

if(VI.CANTIDAD='mg',
VI.MONTO,
if(VI.CANTIDAD='dosis',
if(VI.FORM_UNIT_DISP='VIAL',
VI.CANTIDAD VI.FORM_VAL_DISP
substring_index(VI.PROD_STRENGTH,'mg',1),
if(VI.FORM_UNIT_DISP='BOLSA',
VI.CANTIDAD VI.FORM_VAL_DISP
substring_index(VI.PROD_STRENGTH,'g',1)*1000,0)
),0)
donde VI es una combinación de inputevents_mv y prescripciones. antes de unirse
ellos tengo que "limpiar" las recetas eliminando las entradas ambiguas. En
otras palabras, hice coincidir la hora de inicio con la fecha de inicio y la fecha de finalización. Sin embargo hay
son recetas para las que startdate=enddate. no se como tratar
Con ésos. Quería hacer coincidir inputevents_mv el 2116-06-12 08:35:00 para
paciente 99836 con recetas y me encantaría recibir su opinión.

Le informaré sobre más datos IV "faltantes". Hasta ahora he confirmado
el de la publicación anterior.

L

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Frio.
Encontré más pacientes para los que aumenta el nivel de vanco de los eventos de laboratorio mientras no hay IV en el medio.

Para el paciente 97920 labevents muestra:

ROW_ID, SUBJECT_ID, HADM_ID, ITEMID, CHARTTIME, VALUE, VALUENUM, VALUEUOM, FLAG
27612422, 97920, 192787, 51009, 2168-06-22 18:30:00, 10.6, 10.6, ug/mL, 
27612481, 97920, 192787, 51009, 2168-06-24 04:58:00, 57.4, 57.4, ug/mL, abnormal

pero la última entrada de inputevents_mv es:

ROW_ID, SUBJECT_ID, STARTTIME
3400380, 97920, 2168-06-19 16:24:00
````

This is a substantial increase in vanco level which can be explained by "missing" IV, entry error...

Based on your comments for prescription dates (end date implies that prescription is valid for all day) the queries to build the dose amount/time are:
- Remove the patients with ambiguous doses (in vanco_ambig1)
- determine the amount (see my previous comment)
As you see I build some intermediate tables (still not an expert) to find patients which are prescribed unambiguous doses. vanco_inputs corresponds to inputevents_mv with patients that have vanco prescriptions.

```sql
# VANCO_AMBIG_INIT=rows in VANCO_INPUTS 
# match to 1) multiple precriptions with 
# different doses but are for the same window 
# or to 2) multiple prescriptions that have the 
# same dose but are for different windows or
# to 3) single prescription
# also there are rows which doesn't match 
# 1) implies ambiguous dose

DROP TABLE IF EXISTS VANCO_AMBIG_INIT CASCADE;
CREATE TABLE VANCO_AMBIG_INIT
(
    ROW_ID INT NOT NULL,
#    TIME DATETIME NOT NULL,
#   STARTDATE DATETIME,
#   ENDDATE DATETIME,
    PROD_STRENGTH VARCHAR(120),
    DOSE_VAL_RX VARCHAR(120),
    DOSE_UNIT_RX VARCHAR(120),
    FORM_VAL_DISP VARCHAR(120),
    FORM_UNIT_DISP VARCHAR(120)
) ;
# joining by hadm_id & icustay_id doesn't work
# since prescriptions may use different 
# icustay_id than inputevents_mv
# transfer table shows how patient is
# being transfered and prescription written
# before patient is transferred may be valid
# after patient is transferred
# an example is patient 16590 who changed
# wards while staying in the same care unit
# TSICU
insert into VANCO_AMBIG_INIT
select distinct IE.ROW_ID,
P.PROD_STRENGTH,
P.DOSE_VAL_RX,P.DOSE_UNIT_RX,
P.FORM_VAL_DISP,P.FORM_UNIT_DISP
from VANCO_INPUTS as IE
left join VANCO_PRESCRIPTIONS as P on 
(P.SUBJECT_ID=IE.SUBJECT_ID)
where 
P.STARTDATE<=IE.STARTTIME
and ADDDATE(P.ENDDATE,INTERVAL 1 DAY)>=
IE.STARTTIME; 
# some prescriptions
# were administered on the end date
# row_id corresponds to vanco_inputs

# VANCO_AMBIG=rows in VANCO_AMBIG_INIT
# that correspond to 1) 

DROP TABLE IF EXISTS VANCO_AMBIG CASCADE;
CREATE TABLE VANCO_AMBIG (
    ROW_ID INT NOT NULL,
    primary key (ROW_ID)
) ;

insert into VANCO_AMBIG
select T.ROW_ID from
(select ROW_ID,COUNT(ROW_ID) as c
from VANCO_AMBIG_INIT
group by ROW_ID having c>1) as T;

# VANCO_UNAMBIG=rows in VANCO_AMBIG_INIT
# that corresponds to 2) and 3) 

DROP TABLE IF EXISTS VANCO_UNAMBIG CASCADE;
CREATE TABLE VANCO_UNAMBIG like VANCO_AMBIG_INIT;
alter table VANCO_UNAMBIG
add primary key (ROW_ID);

insert into VANCO_UNAMBIG
select VAI.ROW_ID,VAI.PROD_STRENGTH,
VAI.DOSE_VAL_RX,VAI.DOSE_UNIT_RX,
VAI.FORM_VAL_DISP,VAI.FORM_UNIT_DISP  
from VANCO_AMBIG_INIT as VAI
left join VANCO_AMBIG as VA on
(VA.ROW_ID=VAI.ROW_ID)
where VA.ROW_ID is null;

# VANCO_AMBIG1=patients with ambiguous vanco doses

DROP TABLE IF EXISTS VANCO_AMBIG1 CASCADE;
CREATE TABLE VANCO_AMBIG1
(
    SUBJECT_ID INT NOT NULL,
    primary key (SUBJECT_ID)
);

insert into VANCO_AMBIG1    
select distinct SUBJECT_ID 
from VANCO_INPUTS as VI
inner join VANCO_AMBIG as VA on
(VA.ROW_ID=VI.ROW_ID);

L

La consulta para mostrar el historial de IV y laboratorios es:

set @subj=94864;
SELECT STARTTIME as time,AMOUNT as val,AMOUNTUOM as uom FROM INPUTEVENTS_MV
where subject_id=<strong i="6">@subj</strong> and ITEMID=225798
union
SELECT CHARTTIME as time,VALUENUM as val,VALUEUOM as uom FROM LABEVENTS
where subject_id=<strong i="7">@subj</strong> and ITEMID=51009
order by time;

Para este paciente en particular, parece que los niveles de vanco están aumentando mientras no hay una vía intravenosa para apoyar:

tiempo | valor | uom
--- | --- | ---
2179-12-14 08:30:00 | 1 | dosis
2179-12-15 05:54:00 | 15.7 | ug/mL
2179-12-16 06:07:00 | 16.8 | ug/mL
2179-12-16 08:00:00 | 1 | dosis
2179-12-17 06:01:00 | 24.7 | ug/mL
2179-12-18 05:43:00 | 7.4 | ug/mL
2179-12-20 11:00:00 | 27.3 | ug/mL

Hay muchos de esos pacientes. Escribí un script en R para extraerlos:

1709 1709 4962 4966 16590 19412 22788 29328 29959 30659 40526 42473
42694 44589 47758 48340 48677 48996 49623 50148 50494 50939 51203 53070
53273 53766 54537 54894 55337 55597 56304 57599 58732 58774 58947 59039
59156 60775 61068 62795 62980 63240 63686 64904 64904 65936 66157 66899
66899 67050 67651 68591 68890 68937 69020 70717 72851 73873 76541 79294
79294 82296 86782 87158 87416 91855 92644 92644 93321 94008 94864 96920
97920

L

También encontré un grupo de pacientes que tenían niveles de vanco antes de que se les administrara la primera dosis. Uno de ellos es 357. La primera medida de vanco se registra en chartevents y labevents el 12/12/2197 7:31. No hubo una administración vanco obvia antes. La primera receta de vanco es dos años después:

# ROW_ID, SUBJECT_ID, HADM_ID, ICUSTAY_ID, STARTDATE, ENDDATE, DRUG_TYPE, DRUG, DRUG_NAME_POE, DRUG_NAME_GENERIC, FORMULARY_DRUG_CD, GSN, NDC, PROD_STRENGTH, DOSE_VAL_RX, DOSE_UNIT_RX, FORM_VAL_DISP, FORM_UNIT_DISP, ROUTE
2846668, 357, 117876, 0, 2199-12-22 00:00:00, 2199-12-23 00:00:00, MAIN, Vancomycin, , , VANC1F, 043952, 00338355248, 1g Frozen Bag, 1000, mg, 1, BAG, IV

L

Finalmente encontré algo de tiempo para investigar esto. Agregué un cuaderno con mi trabajo al repositorio; consulte la confirmación anterior o haga clic aquí: https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/blob/9e7f6aea2ff17086cac51101860d5a70ed5942ef/notebooks/vancomicina-dosing.ipynb

Aquí está mi opinión.

subject_id 97920

Este es totalmente como esperábamos:

• prescripción el día 18
• Ingreso en UCI el día 18 (01:00 horas)
• Infusión IV el día 18 (9am, 8pm)
• Prescripción del 19 al 21
• Vanco medido el 19
• IV el día 19 (8am, 4pm)
• dado de alta de la UCI
• Las mediciones de POE/laboratorio continúan desde el 20 en adelante, pero no hay datos IV ya que están fuera de la UCI

subject_id 94864

La única inconsistencia es un aumento de 15,7 a 16,8 entre los laboratorios de la mañana 15 y 16.

• Admitido el 10
• Prescrito vanco 11th-15th con subida/bajada razonable de los valores medidos
• El nivel sube entre 15 y 16 sin explicación
• Alta UCI 18

Sus notas indican un curso de 8 días, por lo que probablemente recibió vanco entre el 15 y el 16, sin saber por qué no está documentado en el cuadro.

subject_id 357

Dos cuestiones en juego aquí. (1) Los pacientes admitidos en el sistema de base de datos de CareVue no tenían sus antibióticos registrados en el diagrama de flujo; como resultado, no ve nada en inputevents_cv, (2) Creo que se le pasó una receta. Tengo una receta de vancomicina para este paciente de 2198-08-07 a 2198-08-10 que coincide con sus datos de laboratorio.

Esperemos que esto explique a la mayoría de los pacientes. No estoy seguro de lo que sucedió con subject_id 94864, pero tal vez sea un caso poco frecuente.

Tanques mucho por su entrada. También hice una historia similar para cada paciente. Eso
Parece que insinúas que puede que no haya laboratorios vanco fuera de la UCI. ¿Es verdad?
Además, para el análisis PK se necesitan todos los eventos de nivel de dosificación/vanco/Scr.
Técnicamente tengo que "olvidar" a los pacientes de los que no estamos seguros de que
los datos son correctos Me gustaría invitarlo a ser coautor en vanco PK
análisis utilizando datos MIMIC ya que no vi tal.

L

El lunes 8 de enero de 2018 a las 13:06, Alistair Johnson [email protected]
escribió:

Finalmente encontré algo de tiempo para investigar esto. Agregué un cuaderno con mi
trabaje en el repositorio: consulte la confirmación anterior o haga clic aquí:
https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/blob/9e7f6aea2ff17086cac51101860d5a
70ed5942ef/notebooks/vancomycin-dosing.ipynb

Aquí está mi opinión.
sujeto_id 97920

Este es totalmente como esperábamos:

• prescripción el día 18
• Ingreso en UCI el día 18 (01:00 horas)
• Infusión IV el día 18 (9am, 8pm)
• Prescripción del 19 al 21
• Vanco medido el 19
• IV el día 19 (8am, 4pm)
• dado de alta de la UCI
• Las mediciones de POE/laboratorio continúan desde el 20 en adelante, pero no hay datos IV desde
  están fuera de la UCI

sujeto_id 94864

La única inconsistencia es un aumento de 15,7 a 16,8 entre el 15 y el 16
laboratorios matutinos.

• Admitido el 10
• Prescrito vanco 11th-15th con subida/bajada razonable de
  valores medidos
• El nivel sube entre 15 y 16 sin explicación
• Alta UCI 18

Sus notas indican un curso de 8 días, por lo que probablemente recibió vanco entre
15/16, no estoy seguro de por qué no está documentado en el gráfico.
sujeto_id 357

Dos cuestiones en juego aquí. (1) Pacientes admitidos bajo la base de datos de CareVue
el sistema no tenía sus antibióticos registrados en el diagrama de flujo, como resultado
no ves nada en inputevents_cv, (2) creo que te has perdido un
prescripción. Tengo una receta de vancomicina para este paciente el
2198-08-07 a 2198-08-10 que coincide con sus datos de laboratorio.

Esperemos que esto explique a la mayoría de los pacientes. No estoy seguro de lo que pasó con
subject_id 94864 pero quizás sea un caso poco frecuente.

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¡Feliz de apoyar la investigación!

De hecho, lo opuesto es verdad; Los laboratorios vanco están disponibles fuera de la UCI. Es la entrega IV que no está disponible fuera de la UCI. También noté que, si bien el valor numérico real almacenado en los datos de chartevents es un duplicado de los datos de labevents (lo que esperamos, porque chartevents obtiene datos de laboratorio de la base de datos de laboratorio, que es labevents), la etiqueta en chartevents brinda más información ( "Mínimo", "Pico" y "Aleatorio"). Podría ser útil para su trabajo.

Así que para recapitular:

1. Los datos de laboratorio están disponibles fuera de la UCI
2. Las recetas están disponibles fuera de la UCI, pero tienen resolución de tiempo limitado (en el día)
3. La administración IV está disponible solo dentro de la UCI, pero tiene una buena resolución de tiempo

Gracias. ¿Es justo suponer que vanco IV no se administró fuera de la UCI?

L

El lunes 8 de enero de 2018 a las 15:11, Alistair Johnson [email protected]
escribió:

¡Feliz de apoyar la investigación!

De hecho, lo opuesto es verdad; Los laboratorios vanco están disponibles fuera de la UCI. Eso
es la entrega IV que no está disponible fuera de la UCI. también me di cuenta
que, mientras que el valor numérico real almacenado en los datos de chartevents es un
duplicado de los datos de labevents (que esperamos, porque chartevents
fuentes de datos de laboratorio de la base de datos de laboratorio, que es labevents), la etiqueta en
chartevents brinda más información ("Mínimo", "Pico" y "Aleatorio"). Puede que
ser útil para su trabajo.

Así que para recapitular:

1. Los datos de laboratorio están disponibles fuera de la UCI
2. Las recetas están disponibles fuera de la UCI, pero tienen un tiempo limitado
   resolución (en el día)
3. La administración IV solo está disponible dentro de la UCI, pero tiene buenas
   resolución de tiempo

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No, lamentablemente no, estoy seguro de que lo administraron en el servicio de urgencias, entre otros.
lugares.

El 8 de enero de 2018 a las 5:10 p. m., "lmockus" [email protected] escribió:

Gracias. ¿Es justo suponer que vanco IV no se administró fuera
¿UCI?

L

El lunes 8 de enero de 2018 a las 15:11, Alistair Johnson >
escribió:

¡Feliz de apoyar la investigación!

De hecho, lo opuesto es verdad; Los laboratorios vanco están disponibles fuera de la UCI.
Eso
es la entrega IV que no está disponible fuera de la UCI. también me di cuenta
que, mientras que el valor numérico real almacenado en los datos de chartevents es un
duplicado de los datos de labevents (que esperamos, porque chartevents
fuentes de datos de laboratorio de la base de datos de laboratorio, que es labevents), la etiqueta en
chartevents brinda más información ("Mínimo", "Pico" y "Aleatorio").
Puede que
ser útil para su trabajo.

Así que para recapitular:

1. Los datos de laboratorio están disponibles fuera de la UCI
2. Las recetas están disponibles fuera de la UCI, pero tienen un tiempo limitado
   resolución (en el día)
3. La administración IV solo está disponible dentro de la UCI, pero tiene buenas
   resolución de tiempo

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Fantástico. Solo para reiterar: IV fuera de la UCI no está registrado en
inpupevents_mv. ¿Derecha?

Vi que has usado chartevents. Tecnicamente todo nivel vanco
las medidas estan en labevents. ¿Charevents agrega algo?

L

El lunes 8 de enero de 2018 a las 17:13, Alistair Johnson [email protected]
escribió:

No, lamentablemente no, estoy seguro de que lo administraron en el servicio de urgencias, entre otros.
lugares.

El 8 de enero de 2018 a las 5:10 p. m., "lmockus" [email protected] escribió:

Gracias. ¿Es justo suponer que vanco IV no se administró fuera
¿UCI?

L

El lunes 8 de enero de 2018 a las 15:11, Alistair Johnson <
[email protected]
>
escribió:

¡Feliz de apoyar la investigación!

De hecho, lo opuesto es verdad; Los laboratorios vanco están disponibles fuera de la UCI.
Eso
es la entrega IV que no está disponible fuera de la UCI. también me di cuenta
que, mientras que el valor numérico real almacenado en los datos de chartevents es
a
duplicado de los datos de labevents (que esperamos, porque chartevents
obtiene datos de laboratorio de la base de datos de laboratorio, que es labevents), la etiqueta
en
chartevents brinda más información ("Mínimo", "Pico" y "Aleatorio").
Puede que
ser útil para su trabajo.

Así que para recapitular:

1. Los datos de laboratorio están disponibles fuera de la UCI
2. Las recetas están disponibles fuera de la UCI, pero tienen un tiempo limitado
   resolución (en el día)
3. La administración IV solo está disponible dentro de la UCI, pero tiene buenas
   resolución de tiempo

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.

Sí, tienes razón sobre la IV.

Revisé chartevents por si acaso. Tienes razón, todas las medidas de vanco están en labevents. La única adición que agrega chartevents es que la etiqueta a veces dice "Mínimo", "Aleatorio" o "Pico", lo que puede ayudarlo a inferir algunas cosas sobre cuándo se administró la dosis al paciente. De lo contrario, es un duplicado directo de labevents.

Muchas gracias.

Hay un montón de misterios. Uno de ellos es # de ingresos en UCI <> # de
alta de la UCI. por ejemplo paciente 5738, 23829. Hay muchos
tales pacientes. ¿Tienes una idea de lo que está pasando?

L

El martes 9 de enero de 2018 a las 10:47, Alistair Johnson [email protected]
escribió:

Sí, tienes razón sobre la IV.

Revisé chartevents por si acaso - tienes razón, todas las medidas de vanco
están en labevents. El único añadido que añade chartevents es la etiqueta
a veces dice "Mínimo", "Aleatorio" o "Pico", lo que puede ayudarlo a inferir
algunas cosas sobre cuándo se dosificó al paciente. De lo contrario, es una recta
duplicado de labevents.

—
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https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/347#issuecomment-356322970 ,
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.

¿Podría proporcionar más detalles sobre lo que se pregunta? ¿Sigue esto relacionado con la vancomicina? Si no, vale la pena plantear una nueva cuestión.

Está relacionado con vanco. Reelaboré sus consultas a mysql y ahora tengo un
enorme mesa para todos los pacientes. Por ejemplo, me estoy poniendo a continuación. Parece
el paciente ingresó en la UCIM pero no fue dado de alta. También el mismo
niveles crecientes de vanco sin IV aparente, ver
23829, 149357, laboratorio, vancomicina, 2173-07-21 17:48:00, , 17.5, 17.5,
23829, 149357, laboratorio, vancomicina, 2173-07-30 07:45:00, , 24.5, 24.5,
Posiblemente la segunda fila ocurrió después del alta mientras estaba en el hospital.

SUBJECT_ID, HADM_ID, FUENTE, ETIQUETA, CHARTTIME, ENDTIME, VALUE, VALUEUOM,
PESO DEL PACIENTE
23829, 158842, poe, vancomicina HCl, 2173-01-01 00:00:00, 2173-01-02
00:00:00, IV, 1000,
23829, 158842, laboratorio, vancomicina, 2173-01-01 14:00:00, , 5.7, 5.7,
23829, 158842, laboratorio, vancomicina, 2173-01-03 06:00:00, , 17.0, 17,
23829, 158842, poe, vancomicina HCl, 2173-01-04 00:00:00, 2173-01-05
00:00:00, IV, 1000,
23829, 158842, poe, vancomicina HCl, 2173-01-04 00:00:00, 2173-01-04
00:00:00, IV, 1000,
23829, 158842, laboratorio, vancomicina, 2173-01-04 08:00:00, , 14.2, 14.2,
23829, 158842, laboratorio, vancomicina, 2173-01-05 09:25:00, , 30.8, 30.8,
23829, 158842, laboratorio, vancomicina, 2173-01-06 06:10:00, , 25.6, 25.6,
23829, 158842, laboratorio, vancomicina, 2173-01-07 06:00:00, , 17.1, 17.1,
23829, 158842, laboratorio, vancomicina, 2173-01-08 03:30:00, , 16.5, 16.5,
23829, 158842, laboratorio, vancomicina, 2173-01-09 03:30:00, , 15.5, 15.5,
23829, 158842, poe, vancomicina HCl, 2173-01-10 00:00:00, 2173-01-11
00:00:00, IV, 1000,
23829, 158842, laboratorio, vancomicina, 2173-01-10 03:00:00, , 12.5, 12.5,
23829, 158842, laboratorio, vancomicina, 2173-01-11 05:22:00, , 27.1, 27.1,
23829, 158842, laboratorio, vancomicina, 2173-01-12 03:30:00, , 20.2, 20.2,
23829, 158842, laboratorio, vancomicina, 2173-01-13 06:30:00, , 19.0, 19,
23829, 158842, laboratorio, vancomicina, 2173-01-13 15:25:00, , 17.2, 17.2,
23829, 158842, poe, vancomicina HCl, 2173-01-14 00:00:00, 2173-01-15
00:00:00, IV, 1000,
23829, 158842, laboratorio, vancomicina, 2173-01-14 11:30:00, , 10.4, 10.4,
23829, 158842, laboratorio, vancomicina, 2173-01-15 12:15:00, , 27.2, 27.2,
23829, 158842, laboratorio, vancomicina, 2173-01-17 04:00:00, , 20.6, 20.6,
23829, 158842, laboratorio, vancomicina, 2173-01-18 08:00:00, , 19.9, 19.9,
23829, 158842, laboratorio, vancomicina, 2173-01-19 06:15:00, , 15.3, 15.3,
23829, 149357, poe, vancomicina HCl, 2173-07-18 00:00:00, 2173-07-21
00:00:00, IV, 1000,
23829, 149357, admisión en UCI, 244994, 2173-07-19 00:25:56, , MICU, ,
23829, 149357, laboratorio, vancomicina, 2173-07-19 18:57:00, , 8.7, 8.7,
23829, 149357, poe, vancomicina HCl, 2173-07-21 00:00:00, 2173-07-31
00:00:00, IV, 1000,
23829, 149357, laboratorio, vancomicina, 2173-07-21 17:48:00, , 17.5, 17.5,
23829, 149357, laboratorio, vancomicina, 2173-07-30 07:45:00, , 24.5, 24.5,
23829, 0, laboratorio, vancomicina, 2173-10-08 09:30:00, , 2.5, 2.5,
23829, 0, laboratorio, vancomicina, 2173-10-11 18:45:00, , 15.6, 15.6,
23829, 0, laboratorio, vancomicina, 2173-10-12 20:25:00, , 27.4, 27.4,
23829, 0, laboratorio, vancomicina, 2173-10-13 06:45:00, , 27.6, 27.6,
23829, 0, laboratorio, vancomicina, 2173-10-15 17:35:00, , 18.5, 18.5,
23829, 0, laboratorio, vancomicina, 2173-10-19 00:04:00, , 15.4, 15.4,
23829, 151928, admisión en UCI, 274504, 2174-12-22 23:58:05, , MICU, ,
23829, 151928, disco de UCI, 0, 2174-12-23 18:50:10, , , ,
23829, 151928, admisión de UCI, 274504, 2174-12-24 10:38:16, , CSRU, ,
23829, 151928, disco de UCI, 0, 2174-12-24 12:59:49, , , ,
23829, 133755, admisión en UCI, 275132, 2175-03-07 18:57:04, , UCI, ,
23829, 133755, disco de UCI, 0, 2175-03-12 22:39:35, , , ,
23829, 196691, admisión en UCI, 256728, 2175-06-07 01:15:15, , MICU, ,
23829, 196691, laboratorio, vancomicina, 2175-06-07 01:55:00, , 5.7, 5.7,
23829, 196691, disco de UCI, 0, 2175-06-08 17:11:55, , , ,
23829, 185247, admisión en UCI, 287191, 2175-07-07 23:52:56, , MICU, ,
23829, 185247, laboratorio, vancomicina, 2175-07-09 16:29:00, , 12.3, 12.3,
23829, 185247, laboratorio, vancomicina, 2175-07-10 01:42:00, , 11.7, 11.7,
23829, 185247, disco de UCI, 0, 2175-07-12 17:02:15, , , ,

El martes 9 de enero de 2018 a las 20:26, Alistair Johnson [email protected]
escribió:

¿Podría proporcionar más detalles sobre lo que se pregunta? ¿Es esto todavía?
relacionado con la vancomicina? Si no, vale la pena plantear una nueva cuestión.

—
Usted está recibiendo esto porque usted fue el autor del hilo.
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.

Muchas gracias. Creo que el guión de investigación de vanco ayudó enormemente a resolver este problema.

L

¡Ah, me alegro de que haya ayudado! ¡Buena suerte en tu proyecto!

¿Podrá ayudarme a averiguar por qué para algunos pacientes # de admisiones
a icu es diferente del # de discos de icu? hay muchos pacientes
Me gusta esto.

L

El miércoles 10 de enero de 2018 a las 4:58 p. m., Alistair Johnson [email protected]
escribió:

¡Ah, me alegro de que haya ayudado! ¡Buena suerte en tu proyecto!

—
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.

¿Podrá ayudarme a averiguar por qué para algunos pacientes # de admisiones
a icu es diferente del # de discos de icu? hay muchos pacientes

@imockus este problema parece no estar relacionado con su pregunta original. Plantee un nuevo problema y proporcione un código para reproducir la lista de pacientes que ha encontrado.

@tompollard Tampoco me di cuenta de inmediato, pero creo que se trata del código https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/blob/dedd0faed8273748f0db6034088713d62f226305/notebooks/vancomicina-dosing.ipynb

Supuse en ese código que un evento de alta de la UCI en la tabla de transferencias tendría un prev_careunit de una UCI, pero parece que descubrió que no es cierto. Mirando al paciente destacas:

select hadm_id, event_type
, prev_careunit, curr_careunit
, prev_wardid, curr_wardid
, intime, outtime
 from transfers
where hadm_id = 149357;

hadm_id | tipo de evento | prev_careunit | curr_careunit | prev_wardid | curr_wardid | íntimo | Fuera de tiempo
------- | ----------- | --------------- | --------------- | ------------- | ------------- | --------------------- | ---------------------
149357 | admitir | | | | 45 | 07-16 19:08:18 | 07-19 00:25:56
149357 | transferencia | | UCIM | 45 | 52 | 07-19 00:25:56 | 07-22 13:28:58
149357 | transferencia | | | 36 | 36 | 07-22 13:28:58 | 31-07 16:44:24
149357 | descarga | | | 36 | | 31-07 16:44:24 |

Así que supongo que la tabla de admisión/alta/transferencia no incluye algunas transferencias (o eso o el paciente teletransportado mágicamente de la sala 52 a la sala 36).

Acabo de revisar el código para no hacer esta suposición. Las cosas deberían tener más sentido ahora.

Increíble. Lo probaré.

¿Quieres que abra otro número para que tengas una buena historia o simplemente sea informal?

L

Eso está bien, no hay necesidad de un nuevo problema para el problema resuelto, pero si surge algo más, vale la pena plantear uno nuevo.

Frio. Abriré otro número si encuentro problemas.

Solo para cerrar todas las pestañas. He modificado ligeramente su código para seleccionar admite
y altas en función del tipo de evento. Ahora solo me faltan 13
admite/descarga. Evidentemente algo de prisa. No me preocuparé por esto.
seleccione subject_id,hadm_id,'icu admit',icustay_id,intime,null,
curr_careunit, nulo, nulo
de VANCO_ADMIN_TRANS
donde eventtype='admit'
Unión
seleccione subject_id,hadm_id,'icu disch',icustay_id,intime,null,
curr_careunit, nulo, nulo
de VANCO_ADMIN_TRANS
donde tipo de evento = 'descarga'

L

El miércoles 10 de enero de 2018 a las 6:09 p. m., Alistair Johnson [email protected]
escribió:

Eso está bien, no es necesario un nuevo problema para el problema resuelto, pero si
surge algo mas vale la pena levantar uno nuevo.

—
Está recibiendo esto porque modificó el estado abierto/cerrado.
Responda a este correo electrónico directamente, véalo en GitHub
https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/347#issuecomment-356768591 ,
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.