Mimic-code: अन्य परियोजनाओं/अध्ययनों से पारित जटिल एसक्यूएल स्क्रिप्ट को चलाने के बारे में सलाह?

को निर्मित 2 सित॰ 2017 · 4टिप्पणियाँ · स्रोत: MIT-LCP/mimic-code

नमस्ते, मैं MIMIC-3 और postgeSQL/pgAdmin 4 दोनों के लिए नया हूँ।

मैं सहगण चयन ट्यूटोरियल नोटबुक के माध्यम से काम कर रहा हूं, और मुझे लगता है कि मैं अब मूल बातें समझता हूं।

मुझे SQL प्रश्नों के दो "ब्लॉब्स" दिए गए हैं, एक का उपयोग कोहोर्ट डिफिनिशन के लिए किया जाता है, और दूसरा ब्लॉब पिछले प्रोजेक्ट से बाद के डेटा निष्कर्षण के लिए उपयोग किया जाता है। मैंने pgAdmin4 में दोनों "ब्लॉब्स" से प्रश्नों के अलग-अलग ब्लॉक चलाने की कोशिश की है, और मुझे लगता है कि मैं उनमें से बिट्स को समझता हूं।

मैं बस सोच रहा था कि एक मरीज के प्रत्येक आईसीयू मुठभेड़ के लिए मैं इसे csv प्रारूप में आउटपुट टेबल पर कैसे चला सकता हूं?

मेरा अंतिम कार्य तब उन सीएसवी फाइलों में से प्रत्येक से 47 पूर्वनिर्धारित सुविधाओं को निकालना होगा, (और कुछ अन्य प्रीप्रोसेसिंग), और फिर उन्हें एक बहुभिन्नरूपी समय श्रृंखला में शामिल करना होगा, जिसे मैं पंडों का उपयोग करके मैटलैब या पायथन में करने में सक्षम होना चाहिए।

मैं जिस अध्ययन को पुन: पेश करने का प्रयास कर रहा हूं उसके लिए डेटासेट इस पेपर के खंड 8.1 और 8.2 में विस्तृत है

मुझे लगता है कि शायद इस तरह की सलाह मांगने के लिए यह सही जगह नहीं हो सकती है? इस प्रकार क्या कोई अन्य जगह है जो आप नौसिखियों के लिए अनुशंसा कर सकते हैं जो सीखना चाहते हैं कि अन्य परियोजनाओं/अध्ययनों से विरासत में मिली एसक्यूएल स्क्रिप्ट कैसे चलाएं? मुझे उम्मीद है कि यह काफी सामान्य प्रश्न/कार्य है लेकिन मुझे ऐसी कोई जगह नहीं मिली जिससे मदद मिली हो?

आपकी सहायता के लिए बहुत धन्यवाद!

स्रोत

AjayTalati

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महान! आपको कामयाबी मिले!

alistairewj 7 सित॰ 2017

👍2

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वैसे यहाँ पूरी तरह से नए लोगों के लिए कुछ सुझाव दिए गए हैं, जिन्हें समान समस्या हो सकती है,

प्रश्नों के एकाधिक ब्लॉक चलाने के लिए, pgAdmin4 में query tool का उपयोग करते हुए, प्रत्येक ब्लॉक को अर्ध कोलन के साथ समाप्त करने का प्रयास करें;

समस्या यह है कि ऐसा लगता है कि केवल अंतिम क्वेरी को वास्तविक रूप से Data Output Panel में निष्पादित किया गया है - मुझे लगता है कि आपको किसी तरह उन्हें मर्ज करने के लिए UNION या JOIN क्लॉज का उपयोग करने की आवश्यकता है?

cohort_definition

अपनी अंतिम तालिका को बचाने के लिए, यानी पोस्टग्रेज से CSV में निर्यात करने के लिए आप COPY स्टेटमेंट का उपयोग कर सकते हैं, #214 देखें

AjayTalati 2 सित॰ 2017

मुझे नहीं लगता कि मैं एक सामान्य समाधान प्रदान कर सकता हूं लेकिन शायद मैं आपको सही दिशा में इंगित कर सकता हूं। काम करने का मेरा पसंदीदा तरीका मॉड्यूलर एसक्यूएल स्क्रिप्ट लिखना है जो विशेष अवधारणाओं (जैसे वेंटिलेशन) के लिए डेटा के भौतिक दृश्य बनाते हैं। मैं फिर एक बड़ी तालिका बनाने के लिए इन सभी विचारों को एक साथ जोड़ता हूं, और मैं इसे सीएसवी को आउटपुट करता हूं या सीधे पायथन में पढ़ता हूं। यदि आप एसक्यूएल सीखना चाहते हैं तो मुझे यकीन है कि इसमें मदद के लिए ऑनलाइन कई ट्यूटोरियल हैं। विशेष रूप से मैं भौतिक विचारों के बारे में पढ़ूंगा क्योंकि वे इंटरमीडिएट टेबल बनाने के लिए बहुत उपयोगी हैं जिन्हें आप बाद में उपयोग कर सकते हैं (मुझे लगता है कि आपको अपने अंतिम प्रश्न में यही चाहिए)।

यदि आप aline सबफ़ोल्डर (https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/tree/master/notebooks/aline) को देखते हैं तो आप पूरी तरह से प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्य नैदानिक अध्ययन का एक उदाहरण देख सकते हैं। मैं कुछ ऐसा करने की सलाह दूंगा जो उस फ़ोल्डर में किया गया है। मॉड्यूलर एसक्यूएल फाइलों का एक समूह है जो अंतर्निहित टेबल उत्पन्न करता है - आप देख सकते हैं कि मैं पहले "कोहोर्ट" तालिका aline_cohort.sql उत्पन्न करता icustay_id s हैं जिनमें मुझे रूचि है"। फिर मैं इन icustay_id s के लिए अवधारणाएँ उत्पन्न करने के लिए कई अन्य स्क्रिप्ट चलाता हूँ। अंत में, नोटबुक इन तालिकाओं से सभी डेटा निकालता है (aline.ipynb @ [7] में)। नोटबुक एक कदम आगे बढ़ गया है और वास्तव में उपरोक्त सभी प्रश्नों को सीधे पायथन से चलाता है। कम से कम यह आपको एक विचार देना चाहिए कि आप एकाधिक SQL प्रश्नों से समूह/डेटासेट कैसे बना सकते हैं। मुझे आशा है कि वह मदद करेंगे!

alistairewj 5 सित॰ 2017

👍1

हाय एलिस्टेयर @alistairewj , इस महान मदद के लिए बहुत बहुत धन्यवाद, इसकी बहुत सराहना की जाती है: +1:

मैं वास करने वाली धमनी कैथेटर अध्ययन ( एलाइन अध्ययन), और आपकी

एक कठिन सीखने की अवस्था का थोड़ा, लेकिन यह समझ में आने लगा है :) इलेक्ट्रॉनिक स्वास्थ्य रिकॉर्ड का

AjayTalati 7 सित॰ 2017

👍1

महान! आपको कामयाबी मिले!

alistairewj 7 सित॰ 2017

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