Mimic-code: 다른 프로젝트/연구에서 전달된 복잡한 SQL 스크립트를 실행하는 방법에 대한 조언이 있습니까?

글쎄, 여기에 같은 문제가 있을 수 있는 완전히 뉴비를 위한 몇 가지 팁이 있습니다.

• 여러 쿼리 블록을 실행하려면 pgAdmin4에서 query tool 를 사용하여 각 블록을 세미콜론으로 마무리하십시오.

문제는 Data Output Panel 에서 마지막 쿼리만 실제로 실행된 것 같습니다. UNION 또는 JOIN 절을 사용하여 어떻게든 병합해야 합니까?

• 최종 테이블을 저장하려면, 즉 Postgres에서 CSV로 내보내려면 COPY 문을 사용할 수 있습니다(#214 참조).

제가 일반적인 해결책을 제시할 수는 없지만 올바른 방향으로 안내해 드릴 수 있을 것 같습니다. 내가 가장 좋아하는 작업 방식은 특정 개념(예: 환기)에 대한 데이터의 구체화된 보기를 생성하는 모듈식 SQL 스크립트를 작성하는 것입니다. 그런 다음 마지막에 이러한 모든 보기를 함께 결합하여 하나의 큰 테이블을 만들고 이를 CSV로 출력하거나 Python으로 직접 읽습니다. SQL을 배우려는 경우 도움이 되는 온라인 자습서가 많이 있습니다. 특히 구체화된 뷰는 나중에 사용할 수 있는 중간 테이블을 생성하는 데 매우 유용하기 때문에 읽어볼 것입니다(이것이 마지막 질문에서 필요한 것이라고 생각합니다).

aline 하위 폴더(https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/tree/master/notebooks/aline)를 보면 완전히 재현 가능한 임상 연구의 예를 볼 수 있습니다. 해당 폴더에서 수행한 작업과 같은 작업을 수행하는 것이 좋습니다. 당신은 내가 먼저 "집단"테이블 생성 것을 볼 수 있습니다 - 기본 테이블을 생성 모듈 형 SQL 파일의 무리가 있습니다 aline_cohort.sql - 말한다 "이가있는 icustay_id 나는에 관심이 있어요 S". 그런 다음 이러한 icustay_id 대한 개념을 생성하기 위해 여러 다른 스크립트를 실행합니다. 마지막으로 노트북은 이 테이블에서 모든 데이터를 추출합니다(aline.ipynb @ [7]). 노트북은 한 단계 더 나아가 실제로 위의 모든 쿼리를 Python에서 직접 실행합니다. 최소한 여러 SQL 쿼리에서 집단/데이터 세트를 구축하는 방법에 대한 아이디어를 제공해야 합니다. 도움이 되기를 바랍니다.

안녕하세요 Alistair @alistairewj , 이 큰 도움을 주셔서 대단히 감사합니다. 감사합니다 :+1:

나는 유치 동맥 카테터 연구(aline study)와 패혈증 3-모방 노트북을 통해 시간을 투자하고 있습니다.

학습 곡선이 조금 가파르지만 이해가 되기 시작했습니다 :) 전자 건강 기록 의

엄청난! 행운을 빕니다!