Shapeworks: shapworkspy 패키징 및 사용 사례 재구성

#818에서

배치 방식이 아닌 대화식으로 실행할 수 있도록 정리 유틸리티를 재설계합니다.
이렇게 하면 중간 정리 파일을 저장할 필요가 없고(문제 #598) 단계를 건너뛸 수 있습니다(문제 #507).

이 문제를 shapeworks python 패키징 및 관련 사용 사례 디자인에 대한 상위/구동 문제로 사용하겠습니다. 나중에 더 집중된 문제를 추가하고 이 문제와 연결할 수 있습니다. 그에 따라 관련 문제를 마감했습니다.

@jadie1 @iyerkrithika21 파이썬 API의 일부로 이것을 논의하기 위해 GC 슬롯에 참여하십시오. 필요한 경우 더 일찍 떠날 수 있도록 의제에서 이를 위로 옮겼습니다.

저는 지금 Python 모듈 패키징을 찾고 있습니다. 제안이나 생각이 있으면 저에게 ping을 보내주십시오.

내가 찾은 몇 가지 지침:

• 핍: https://python-packaging-tutorial.readthedocs.io/en/latest/setup_py.html
• ...및: https://packaging.python.org/tutorials/packaging-projects/
• 콘다: https://python-packaging-tutorial.readthedocs.io/en/latest/conda.html
• 바퀴: https://realpython.com/python-wheels/

지금까지 나는 평판이 더 나은 종속성 사양을 위해 conda에 가장 관심이 있지만 무엇이든 갖게 되어 기쁩니다.
conda를 사용하는 이유는 이 패키지로 모든 것을 설치할 수 있어야 하기 때문입니다: 명령줄, python 모듈 및 스튜디오. 그러나 우리는 파이썬 모듈부터 시작할 것입니다.

내가 가장 두려워하는 것은 다중 플랫폼 문제가 우리의 삶을 빨아들이는 것이므로 OSX를 먼저 작동시키고 거기에서 벗어나려고 노력할 것입니다.

Ubuntu 18.04에서 사용 사례가 작동하지 않아 다음을 수행해야 했습니다.

1. RunUseCase.py에서 sys.path.append('../../build/cmake-build-release/bin/') 상단에 추가했습니다.
2. 환경 변수 LD_LIBRARY_PATH=../../dependencies/install/lib/ (그렇지 않으면 "libvcl.so" 누락에 대해 불평함)

중간 출력을 저장하는 옵션을 가지려면 별도의 쓰기/저장 기능 대신 각 작업에 쓰기 옵션을 포함할 수 있습니까?
내가 상상하는 것은 다음과 같습니다.

img.binarize(write=False)
img.resample(write=True).binarize(write=True)

대신에

img.binarize()
img.write()
img.resample()
img.write()

이것은 아마도 입력 인수로 파일 이름이 필요할 것입니다
예: img.binarize(write=True, 파일 이름='blabla')

@archanasri @cchriste 생각?

중간 출력을 저장하는 옵션을 가지려면 별도의 쓰기/저장 기능 대신 각 작업에 쓰기 옵션을 포함할 수 있습니까?
내가 상상하는 것은 다음과 같습니다.

img.binarize(write=False)
img.resample(write=True).binarize(write=True)

대신에

img.binarize()
img.write()
img.resample()
img.write()

Image.write는 다른 모든 것과 마찬가지로 연결 가능합니다. 그냥 체인에 넣어두면
당신이 원하는.

img.binarize().write(<path>)
img.resample().write(<path>).binarize()

2021년 1월 19일 화요일 오후 4:58 Shireen Elhabian [email protected]
썼다:

이것은 아마도 입력 인수로 파일 이름이 필요할 것입니다
예: img.binarize(write=True, 파일 이름='blabla')

@archanasri https://github.com/archanasri @cchriste
https://github.com/cchriste 생각?

중간 출력을 저장하는 옵션을 갖기 위해 다음을 포함할 수 있습니까?
별도의 쓰기/저장이 아닌 각 작업 내 쓰기 옵션
기능?
내가 상상하는 것은 다음과 같습니다.

img.binarize(쓰기=거짓)
img.resample(쓰기=참).binarize(쓰기=참)

대신에

img.binarize()
img.write()
img.resample()
img.write()

—
당신이 언급되었기 때문에 이것을 받는 것입니다.
이 이메일에 직접 답장하고 GitHub에서 확인
https://github.com/SCIInstitute/ShapeWorks/issues/865#issuecomment-763221837 ,
또는 구독 취소
https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AAJT3EP3HDOHQGC54NMWSJDS2YMA7ANCNFSM4U3KV45Q
.

Image.write는 다른 모든 것과 마찬가지로 연결 가능합니다. 원하시면 체인에 넣어주시면 됩니다. img.binarize().write(<path>) img.resample().write(<path>).binarize()
…

쓰기 기능도 연결 가능하다는 것을 이해합니다. 각 작업 내에서 쓰기 옵션을 제안한 저의 요점은 중간 이미지를 저장할지 여부에 관계없이 하나의 기능만 갖고 플래그를 전달하고 사용 사례를 단순화하는 것입니다.
sudo 코드의 예:

function groom(write_flag):
    img.binarize(write = write_flag).resize(write = write_flag).crop(write=write_flag)
groom(write_flag = True)
groom(write_flag = False)

이렇게 하면 동일한 코드를 반복하지 않을 수 있습니다. 이 아이디어의 실현 가능성을 알고 싶을 뿐입니다.

GroomUtils.py 세트를 해체하려는 이유 중 하나는
"helper" 기능은 그루밍 작업을 보다 투명하게 만드는 것입니다.
이러한 작업을 모놀리식 기능으로 패키징하지 않고 유연하게 만들었습니다.
매개변수 전달만 하면 훨씬 쉽게 간단하게 만들 수 있습니다.
이해할 수 있는 사용 사례 데모. 우리가 (많이) 체인을 사용하지 않는다면
우리의 예, 그것은 쓰기 능력을 전달하는 것이 매우 간단합니다
필요하다고 판단되는 경우 중간 결과. 지금 그들은 모두 보인다
이 결과가 필요한 사용 사례가 있기 때문에
하나의 GroomUtils 함수는 다음 중 일부(아마도 임의) 집합을 수행합니다.
연산을 수행하고 결과를 저장하면 다음 함수가 해당 결과를 읽습니다.
처리를 계속합니다.

시작하기 위해 모든 것을 평면화하는 것이 좋습니다. 모든 사용 사례에 대해
그냥 타원체. 우리가 보게 될 것은 상대적으로
특정 경우에 현저하게 다른 간단한 작업 집합
(예: 원본 이미지가 "along the ride"인 경우). 사용자는 무엇을 할 것인가
우리의 예에서 얻을 수 있는 것과/또는
자체 데이터세트에 대해 수행해야 합니다.

다음은 내가 사용자라면 에뮬레이트하고 싶은 것의 예입니다.

for img in images:

# since we're starting with fuzzy data, we first need to ensure it's a
binary (black and white) image in order to <explain>
img.binarize()

# next, we must ensure images all have the same logical dimensions since
<explain>
img.resize()

# now we'll crop these images using the bounds we computed earlier so they
all encompass the data without leftover space (since it can be costly and
pointless to compute)
img.crop(bounds)

다음과 같은 이러한 작업에 쓰기를 연결하는 예를 제공할 수 있습니다.
그 중 하나 뒤에 .write(<path> 를 추가하는 것과 같습니다. 우리가 원하지 않는 것은 일부입니다
"그것"이 모든 경우에 동일하지 않기 때문에 "그냥 수행"하는 기능
데이터세트. 대신에,
우리는 지금 하고 있는 일이 전부가 아니라는 것을 보여줌으로써 사용자들에게 힘을 실어줄 것입니다.
복잡하고 변경하기 매우 쉽습니다. 그들에게 주는 것보다
수많은 매개변수가 있는 블랙박스 인터페이스에 키를 제공하고
그들은 운전합니다. 이것이 제거 뒤에있는 전체 아이디어를 명확하게하는 데 도움이되기를 바랍니다.
GroomUtils의.

2021년 1월 25일 월요일 오전 9:49 Krithika Iyer [email protected]
썼다:

Image.write는 다른 모든 것과 마찬가지로 연결 가능합니다. 그냥 체인에 넣어두면
당신이 원하는. img.binarize().write()
img.resample().write().이진화()
… <#m_7433729883366947300_>

쓰기 기능도 연결 가능하다는 것을 이해합니다. 나의 요점
각 작업 내에서 쓰기 옵션을 제안하는 것은
중간 이미지를 저장할지 여부를 지정하고 플래그를 전달합니다.
또는 아니오를 선택하고 사용 사례를 단순화합니다.
sudo 코드의 예:

기능 신랑(write_flag):

img.binarize(write = write_flag).resize(write = write_flag).crop(write=write_flag)

신랑(write_flag = 참)

신랑(write_flag = 거짓)

이렇게 하면 동일한 코드를 반복하지 않을 수 있습니다.

—
당신이 언급되었기 때문에 이것을 받는 것입니다.
이 이메일에 직접 답장하고 GitHub에서 확인
https://github.com/SCIInstitute/ShapeWorks/issues/865#issuecomment-766952032 ,
또는 구독 취소
https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AAJT3EJND2F3EDVU75NB6ITS3WOIPANNCNFSM4U3KV45Q
.

@iyerkrithika21 @jadie1

@cchrist에 동의합니다. 의미적으로 합리적인 경우(예: 이진 이미지 재샘플링)가 아니면 연결을 사용하지 마십시오. 이러한 경우에도 이 재샘플링(콤보) 단계의 모든 중간 출력을 작성할 필요가 없습니다. 사용 사례를 따르기 쉽고 자체 문서화하며 사용자가 쉽게 적응하고 사용자 지정할 수 있도록 합시다.

이미지 작성(특히 디버깅을 위해 일시적으로)은 다음의 좋은 예입니다.
체이닝이 합리적일 때.

# let's see what happened
img.operation(...) -> img.operation(...).write(<path>)

그러나 중요한 단계일 때는 제자리에 두는 것이 더 나을 수 있습니다.
코멘트가 있는 자신의 라인.

...
# now let's write the results
img.write(<path>)

2021년 1월 25일 월요일 오전 10시 34분 Shireen Elhabian [email protected]
썼다:

@iyerkrithika21 https://github.com/iyerkrithika21 @jadie1
https://github.com/jadie1

@cchriste https://github.com/cchriste 에 동의합니다. 사용하지 말자
의미적으로 합당하지 않은 경우(예: 리샘플링
바이너리 이미지), 이러한 경우에도 우리는 모든
이 리샘플링(콤보) 단계의 중간 출력입니다. 유스케이스를 만들어보자
따라하기 쉽고 자체 문서화되어 있으며 사용자가 쉽게 적응하고 사용자 지정할 수 있습니다.

—
당신이 언급되었기 때문에 이것을 받는 것입니다.
이 이메일에 직접 답장하고 GitHub에서 확인
https://github.com/SCIInstitute/ShapeWorks/issues/865#issuecomment-766983878 ,
또는 구독 취소
https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AAJT3EKKARLKY4VKBRPHJWLS3WTSNANCNFSM4U3KV45Q
.

구조조정 단계:

1. Jupyter 노트북에서 사용되는 모든 도우미 기능을 ShapeWorks python 모듈에 포함합니다.
2. python 모듈의 도우미 기능을 사용하도록 노트북을 업데이트합니다.
3. GroomUtils를 사용하지 않고 python 모듈 및 python API 명령을 사용하여 Python 사용 사례를 다시 작성합니다.

이것이 이미 시작된 python_module 분기가 있음을 기억하십시오. 1분 동안 병합되지 않았지만 누군가 이 문제를 해결하면 계속 알려주세요. 내 우선 순위 목록에 있습니다.