Shapeworks: 노트북에서 shapeworks를 사용한 후 itkwidgets.view를 사용할 때 일부 해상도의 렌더링 볼륨이 충돌합니다.

그래, 나는 지금 그것을 실행하려고 노력하고 있고, 바로 여기에서 같은 충돌을 쳤다.
```shapeSeg = shapeSegList [10]
itkw.view (이미지 = sw2vtkImage (shapeSeg),
slicing_planes = True,
축 = True,
rotate = True,
보간 = True)

문제를 단순화했으며 Image :: resample이 여기서 범인 인 것처럼 보입니다. 리샘플링 후 ellipsoid_05는 뷰어를로드하고 ellipsoid_00은 itk.view ()를 사용하려고 할 때 커널이 충돌하도록합니다.

notebooks.zip

이것으로 테스트 한 후 Image :: resample wrt itkwidgets.view 에서 뭔가 _may_ 잘못 될 수 있습니다.
시도한 이미지 : ellipsoid_1mode / segmentations / ellipsoid_00.nrrd 및 ellipsoid_1mode / segmentations / ellipsoid_05.nrrd
-> 리샘플링 후 vtk 이미지에서 pyvista로 래핑 할 때 00이 플롯되지 않습니다.
-> 05는 잘 작동합니다.
=> _both_ pyvista가 플로팅 할 때 잘 작동합니다.
나는 Image :: resample에 약간의 디버그를 던졌고 지금까지 평범한 것을 보지 못했습니다).

실험하고 싶다면 간단한 노트북이 있습니다.
wishy_washy_resample.ipynb.zip

... 그리고로드 할 때 비어있는 것처럼 보이는 것 :

... 그리고 실행했을 때의 모습. 05를 00으로 변경하고 itkw가 렌더링을 시도 할 때 충돌하도록 다시 실행하십시오.

전치 또는 ... 렌더링 될 수있는 배열
기억한다면 itkwidgets는 numpy 배열을 직접 렌더링 할 수 있습니다. 그러나 그것은 그 배열을 전달 된 것의 전치로 해석합니다. vtk 배열이 사용될 때 _not_하는 일입니다. 따라서 우리는 일반적으로 이미지에서 얻은 것을 vtk 배열로 래핑하기 전에 전치하고 간단하게 유지하기 위해 itkwidget과 함께 vtk 배열을 사용합니다.

나는 오늘 아침에 시도했지만 안타깝게도 차이가 없습니다. 전치 여부, numpy 또는 vtk 배열, Image.resample 후 itkwidget을 사용하여 렌더링하려고 할 때 모두 충돌합니다.

복사 또는 ... 내가 반복하고 있습니까?
이미지에서 오는 배열이 문제 일 수 있습니다. 잘못된 메모리를 가리키는 것일 수 있습니다. 그럼 복사본을 만들어 봅시다!
배열을 복사 한 후- order='C' 및 order='F' , 전치, 수정, 함수를 구성하는 동안 내 머릿속에 서서 원하는대로 모든 것을 생각하면 _ 매번 충돌합니다 _.

이것은 어레이 자체의 크기가 문제가 될 수 있음을 시사했습니다. 이를 확인하는 한 가지 방법은 동일한 간격 ( [1,1,2] )으로 resample을 호출하는 것이 었습니다. 또 다른 방법은 의심스러운 크기의 가짜 numpy 배열을 만드는 것입니다. 과...
드럼 롤주세요 ...
발표 중 ...
처음으로 ... (GitHub에서)
_shapeworks-free_ 재현!

array = np.ndarray([109, 77, 204])
itkw.view(image = array)

그러니 그것을 노트북에 넣고 연기 *하십시오.

* 충돌을 암시하는 연기, 실제 흡입을 옹호하는 것은 아닙니다.이 시설은 금연 시설이며 다른 제안과 함께 사용할 수 없습니다. ... 어쨌든 누군가 웃고 있기를 바랍니다. '이건 우리 문제가 아니에요! 그게 아니라면. 😞

array = np.ndarray([109, 77, 204])
itkw.view(image = array)

array = np.ndarray([109, 109, 204])
itkw.view(image = array)



md5-4cc2d721c025590189ee5dc5f8b003ee



array = np.ndarray([109, 109, 109])
itkw.view(image = array)

이 모든 예제는 shapeworks를 가져 오지 않을 때 itk 뷰어를 렌더링합니다.
shapeworks를 가져올 때 충돌합니다.

흠, conda itk / vtk 대 shapeworks itk / vtk 라이브러리 상호 작용이 진행되고 있습니까?

itkwidgets가 다른 버전의 itk를 사용하고있는 것 같습니다.

수입 순서는 중요하지 않지만 사용 순서는 중요합니다. 즉, 모든 것을 가져 오지만 shapeworks 전에 itkwidget을 사용하면 shapeworks를 사용할 때 충돌이 발생하고 그 반대의 경우도 마찬가지입니다.

# 1179에 대한 해결책은 단순히 "itk를 사용하지 마십시오"였으므로이 문제를 동일하게 해결할 것을 제안합니다. 현재 더 나은 옵션이없는 한 노트북에서 itkwidget을 제거하겠습니다.

현재로서는 좋은 계획 인 것 같습니다. 노트북에서 itkwidget을 제거하는 것이 합리적입니까? 우리는 그것을 무엇을 위해 사용하고 있습니까?

우리는 세분화를보기 위해 그것을 사용하고 있습니다. 대신 pyvista를 사용할 수 있다고 생각합니다

pyvista (내가 아는 한)는 이미지 메타 정보 (원점, 복셀 간격, 축 방향)를 존중하지 않지만 itkwidget은 그렇습니다.

pyvista (내가 아는 한)는 이미지 메타 정보 (원점, 복셀 간격, 축 방향)를 존중하지 않지만 itkwidget은 그렇습니다.

우리는 이것을 파헤칠 것이지만, 여러 볼륨이 다른 위치에 동시에 플로팅 될 수 있기 때문에 원산지에 대한 어느 정도의 존중이 있어야하며,이 이미지는 플로팅에 간격이 사용됨을 보여줍니다. 우리의 sw2vtkImage 함수는 단순히 그것을 유지하지 않았습니다 (일부에서는 이것을 변경했지만 아마도 새로운 pybind 브랜치에있을 것입니다).

나는 다른 많은 파이썬 및 노트북 개선 사항이 있으며 본질적으로 다시 작성해야 할 것이기 때문에 이것을 릴리스하고 다음 릴리스로 푸시하도록 제안하고 싶습니다. 어쩌면 우리는 그것들을 깨뜨릴 수 있습니다. 공개 저장소의 알려진 문제이며 사용자가이 문제에 부딪 힐 경우에 대한 해결 방법이 있습니다.

(우리는 여전히 충돌없이 완료되도록 세그먼트로 시작하기 노트북을 수정해야합니다. 즉, 렌더링을 보여주기 위해 다른 임의의 이미지를 선택하는 것을 의미합니다.)

나는 동의한다. 이것을 6.1 릴리스로 푸시하고 릴리스 노트와 그래픽 요약을 업데이트하여 파이썬 관련 내용을 덜 강조하겠습니다.

뷰어를 충돌시키지 않는 임의의 이미지를 사용한 후에도 평균 모양 이미지를 사용하는 3 개 위치에서 여전히 충돌합니다.
뿡뿡

문서를 제외하고 릴리스에서이 노트북을 제외 할 것을 제안합니다.

나를 위해 작동합니다. 트윗 담아 가기

논리 좌표를 보여주는 pyvista
https://sci.utah.edu/~shapeworks/doc-resources/mp4s/nb-groom-resample.mp4

물리적 좌표를 보여주는 itkwidget과 비교
https://sci.utah.edu/~shapeworks/doc-resources/mp4s/nb-groom-resample-iso.mp4

논리 좌표를 보여주는 pyvista
물리적 좌표를 보여주는 itkwidget과 비교

문제 # 900이 주어지면 itk가 물리적 좌표를 보여준 적이 있다고 상상하기 어렵습니다.

이 이미지의 경우 (z-spacing = 2) :

{
    dims: [93, 87, 94],
    origin: [-24, -19, -21],
    size: [93, 87, 188],
    spacing: [1, 1, 2]
}

itk 뷰어는 확장되지 않은 버전 만 표시 할 수 있습니다. 그렇지 않으면 충돌이 발생합니다.

다음은 스케일되지 않은 타원체와 스케일링 된 버전을 모두 보여주는 단일 pyvista 볼륨입니다.

나는 pyvista 뷰어가 itk 뷰어에 비해 경계를 표시하는 방식이 정말 마음에 들지 않습니다.
하지만 정확하고 물리적 인 좌표를 보여주고 있습니다.