Shapeworks: shapworkspyのパッケージ化とユースケースの再構築

＃818から

バッチ単位ではなくインタラクティブに実行できるように、groomutilsを再設計します。
これにより、中間のグルーミングファイルを保存する必要がなくなり（問題＃598）、手順をスキップできます（問題＃507）。

この問題を、shapeworkspythonパッケージングおよび関連するユースケース設計の親/駆動の問題として使用しましょう。 後でさらに焦点を絞った問題を追加して、それらをこの問題に関連付けることができます。 それに応じて関連する問題をクローズしました。

@ jadie1 @ iyerkrithika21 Python APIの一部としてこれについて議論するには、GCスロットに参加してください。 必要に応じて早めに出発できるように、これを議事に上に移動しました。

現在、Pythonモジュールのパッケージ化を検討しています。 提案や考えがあれば私にpingしてください。

私が見つけたいくつかの指示：

• pip： https ：
• ...そして： https ：
• conda： https ：//python-packaging-tutorial.readthedocs.io/en/latest/conda.html
• ホイール： https ：

これまでのところ、依存関係の仕様が優れていると言われているcondaに最も興味がありますが、何かあれば幸いです。
condaの理由は、コマンドライン、Pythonモジュール、スタジオなど、このパッケージですべてをインストールできるはずだからです。 しかし、Pythonモジュールから始めましょう。

私の最大の恐怖は、マルチプラットフォームの問題が私たちの生活を奪うことです。そこで、最初にOSXを機能させて、そこから始めようと思います。

Ubuntu 18.04では、ユースケースが機能しませんでした。次のことを行う必要がありました。

1. RunUseCase.pyで、一番上にsys.path.append('../../build/cmake-build-release/bin/')を追加しました
2. 環境変数LD_LIBRARY_PATH=../../dependencies/install/lib/設定します（そうでない場合は、「libvcl.so」がないことについて文句を言います）

中間出力を保存するオプションを使用するには、個別の書き込み/保存機能ではなく、各操作に書き込みオプションを含めることができますか？
私が想像しているのは：

img.binarize(write=False)
img.resample(write=True).binarize(write=True)

それ以外の

img.binarize()
img.write()
img.resample()
img.write()

これにはおそらく入力引数としてファイル名が必要になります
例：img.binarize（write = True、filename = 'blabla'）

@archanasri @cchristeの考え？

中間出力を保存するオプションを使用するには、個別の書き込み/保存機能ではなく、各操作に書き込みオプションを含めることができますか？
私が想像しているのは：

img.binarize(write=False)
img.resample(write=True).binarize(write=True)

それ以外の

img.binarize()
img.write()
img.resample()
img.write()

Image.writeは、他のすべてと同様にチェーン可能です。 チェーンに入れるだけ
あなたはそれをしたい。

img.binarize().write(<path>)
img.resample().write(<path>).binarize()

16:58 Shireen Elhabianで火、2021年1月19日には[email protected]
書きました：

これにはおそらく入力引数としてファイル名が必要になります
例：img.binarize（write = True、filename = 'blabla'）

@archanasri https://github.com/archanasri @cchriste
https://github.com/cchristeの考え？

中間出力を保存するオプションを使用するには、
個別の書き込み/保存ではなく、各操作内の書き込みオプション
関数？
私が想像しているのは：

img.binarize（write = False）
img.resample（write = True）.binarize（write = True）

それ以外の

img.binarize（）
img.write（）
img.resample（）
img.write（）

—
あなたが言及されたのであなたはこれを受け取っています。
このメールに直接返信し、GitHubで表示してください
https://github.com/SCIInstitute/ShapeWorks/issues/865#issuecomment-763221837 、
または購読を解除する
https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AAJT3EP3HDOHQGC54NMWSJDS2YMA7ANCNFSM4U3KV45Q
。

Image.writeは、他のすべてと同様にチェーン可能です。 必要に応じてチェーンに入れてください。 img.binarize().write(<path>) img.resample().write(<path>).binarize()
…

書き込み関数も連鎖可能であることを理解しています。 各操作内で書き込みオプションを提案する私のポイントは、関数を1つだけ持ち、中間イメージを保存するかどうかにかかわらずフラグを渡して、ユースケースを単純化することでした。
sudoコードの例：

function groom(write_flag):
    img.binarize(write = write_flag).resize(write = write_flag).crop(write=write_flag)
groom(write_flag = True)
groom(write_flag = False)

このようにして、同じコードを繰り返さないようにすることができます。 このアイデアの実現可能性を知りたいだけです。

GroomUtils.pyのセットを解体しようとしている理由の1つ
「ヘルパー」機能は、グルーミング操作をより透過的にすることです。
これらの操作をモノリシック関数にパッケージ化せずに、柔軟に
パラメータを渡すだけで、簡単に作成できます。
理解しやすいユースケースのデモンストレーション。 チェーンを（あまり）使用しない場合
私たちの例では、書く能力を伝えることは非常に簡単です
必要と思われる場合の中間結果。 今、それらはすべてそうです
これらの結果を必要とするユースケースがあるため、
1つのGroomUtils関数は、いくつかの（おそらく任意の）セットを実行します
操作、その結果を保存し、次の関数はそれらの結果を読み取ります
処理を続行します。

最初にすべてをフラット化することをお勧めします。すべてのユースケースでは、
楕円体だけです。 私たちが見るものは比較的
特定の場合に著しく異なる一連の単純な操作
（例：元の画像が「乗り心地に沿っている」場合）。 ユーザーがすること
私たちの例から得ることは、何ができるか、および/または何ができるかについてのはるかに明確な理解です
独自のデータセットに対して実行する必要があります。

これは、私がユーザーである場合にエミュレートしたいものの例です。

for img in images:

# since we're starting with fuzzy data, we first need to ensure it's a
binary (black and white) image in order to <explain>
img.binarize()

# next, we must ensure images all have the same logical dimensions since
<explain>
img.resize()

# now we'll crop these images using the bounds we computed earlier so they
all encompass the data without leftover space (since it can be costly and
pointless to compute)
img.crop(bounds)

これらの操作のいずれかに書き込みを連鎖させる例を提供できます。
それらの1つの後に.write(<path>追加するなど。 私たちが望まないのはいくつかです
「それ」はすべての人にとって同じではないので、「ただそれをする」という機能
データセット。 その代わり、
行われていることがすべてではないことをユーザーに示すことで、ユーザーに力を与えます
それは複雑で、変更が非常に簡単です。 彼らに与えるのではなく
無数のパラメータを持つブラックボックスインターフェイス、それらにキーを与えてみましょう
彼らは運転します。 これが、取り除くことの背後にある全体的な考えを明らかにするのに役立つことを願っています
GroomUtilsの。

9:49クリシカアイヤルで月、2021年1月25日には[email protected]
書きました：

Image.writeは、他のすべてと同様にチェーン可能です。 チェーンに入れるだけ
あなたはそれをしたい。 img.binarize（）。write（）。
img.resample（）。write（）.binarize（）
…<＃m_-7433729883366947300_>

書き込み関数も連鎖可能であることを理解しています。 私のポイント
各操作内の書き込みオプションを提案するのは、1つだけにすることでした
関数を実行し、中間画像を保存するかどうかのフラグを渡します
またはいいえ、ユースケースを簡素化します。
sudoコードの例：

関数groom（write_flag）：

img.binarize(write = write_flag).resize(write = write_flag).crop(write=write_flag)

新郎（write_flag = True）

新郎（write_flag = False）

このようにして、同じコードを繰り返さないようにすることができます。

—
あなたが言及されたのであなたはこれを受け取っています。
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。

@ iyerkrithika21 @ jadie1

@cchristeに同意します。 意味的に合理的でない限り（たとえば、バイナリイメージのリサンプリング）、チェーンを使用しないでください。これらの場合でも、このリサンプリング（コンボ）ステップのすべての中間出力を書き込む必要はありません。 ユースケースをわかりやすく、自己文書化し、ユーザーが簡単に適応およびカスタマイズできるようにしましょう。

（特にデバッグのために一時的に）イメージを書き込むことは、
連鎖が合理的である場合。

# let's see what happened
img.operation(...) -> img.operation(...).write(<path>)

一方、それが重要なステップである場合、それをその上に置く方が良いかもしれません
コメント付きの独自の行。

...
# now let's write the results
img.write(<path>)

午前10時34分AM Shireen Elhabianで月、2021年1月25日には[email protected]
書きました：

@ iyerkrithika21 https://github.com/iyerkrithika21 @ jadie1
https://github.com/jadie1

@cchristehttps ： //github.com/cchristeに同意します。 使わないようにしましょう
意味的に合理的でない限り、連鎖（たとえば、リサンプリング）
バイナリイメージ）、これらの場合でも、すべてを書く必要はありません
このリサンプリング（コンボ）ステップの中間出力。 ユースケースを作りましょう
わかりやすく、自己文書化されており、ユーザーが簡単に適応およびカスタマイズできます。

—
あなたが言及されたのであなたはこれを受け取っています。
このメールに直接返信し、GitHubで表示してください
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。

再構築の手順：

1. Jupyterノートブックで使用されるすべてのヘルパー関数をShapeWorkspythonモジュールに含めます。
2. pythonモジュールのヘルパー関数を使用するようにノートブックを更新します。
3. GroomUtilsを使用せずに、pythonモジュールとpythonAPIコマンドを使用してpythonユースケースを書き直します。

これがすでに開始されているpython_moduleブランチがあることを忘れないでください。 しばらくの間マージされていませんが、誰かがこれに取り組んだ場合は投稿してください。 それは私の優先リストの上位にあります。