Xgboost: Проблемы при установке в OSX 10.11.6?

Созданный на 24 авг. 2016 · 37Комментарии · Источник: dmlc/xgboost

Я пытаюсь установить оболочку python xgboost в OSX 10.11.6 с помощью python3. Во-первых, я сделал:

user@MacBook-Pro-de-User-2:~$ brew install gcc --without-multilib
==> Using the sandbox
==> Downloading https://ftpmirror.gnu.org/gcc/gcc-6.2.0/gcc-6.2.0.tar.bz2
Already downloaded: /Users/user/Library/Caches/Homebrew/gcc-6.2.0.tar.bz2
==> Downloading https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/formula-patches/e9e0
Already downloaded: /Users/user/Library/Caches/Homebrew/gcc--patch-863957f90a934ee8f89707980473769cff47ca0663c3906992da6afb242fb220.patch
==> Patching
==> Applying 6.1.0-jit.patch
patching file gcc/jit/Make-lang.in
==> ../configure --build=x86_64-apple-darwin15.6.0 --prefix=/usr/local/Cellar/g
==> make bootstrap

==> make install
🍺  /usr/local/Cellar/gcc/6.2.0: 1,357 files, 242.5M, built in 69 minutes 18 seconds

Затем, когда я перехожу к установке xgboost с помощью pip3, я получаю следующее:

user@MacBook-Pro-de-User-2:~$ pip3 install xgboost
Collecting xgboost
  Using cached xgboost-0.6a2.tar.gz
    Complete output from command python setup.py egg_info:
    rm -f -rf build build_plugin lib bin *~ */*~ */*/*~ */*/*/*~ */*.o */*/*.o */*/*/*.o xgboost
    clang-omp++ -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/learner.o src/learner.cc >build/learner.d
    /bin/sh: clang-omp++: command not found
    make: *** [build/learner.o] Error 127
    make: *** Waiting for unfinished jobs....
    clang-omp++ -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/logging.o src/logging.cc >build/logging.d
    /bin/sh: clang-omp++: command not found
    make: *** [build/logging.o] Error 127
    -----------------------------
    Building multi-thread xgboost failed
    Start to build single-thread xgboost
    rm -f -rf build build_plugin lib bin *~ */*~ */*/*~ */*/*/*~ */*.o */*/*.o */*/*/*.o xgboost
    clang-omp++ -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/learner.o src/learner.cc >build/learner.d
    /bin/sh: clang-omp++: command not found
    make: *** [build/learner.o] Error 127
    make: *** Waiting for unfinished jobs....
    clang-omp++ -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/logging.o src/logging.cc >build/logging.d
    /bin/sh: clang-omp++: command not found
    make: *** [build/logging.o] Error 127
    Successfully build single-thread xgboost
    If you want multi-threaded version
    See additional instructions in doc/build.md
    Traceback (most recent call last):
      File "<string>", line 1, in <module>
      File "/private/var/folders/hg/zkgs3l417b7_0l4vth4bf8l00000gn/T/pip-build-hsmd0nxh/xgboost/setup.py", line 29, in <module>
        LIB_PATH = libpath['find_lib_path']()
      File "/private/var/folders/hg/zkgs3l417b7_0l4vth4bf8l00000gn/T/pip-build-hsmd0nxh/xgboost/xgboost/libpath.py", line 45, in find_lib_path
        'List of candidates:\n' + ('\n'.join(dll_path)))
    XGBoostLibraryNotFound: Cannot find XGBoost Libarary in the candicate path, did you install compilers and run build.sh in root path?
    List of candidates:
    /private/var/folders/hg/zkgs3l417b7_0l4vth4bf8l00000gn/T/pip-build-hsmd0nxh/xgboost/xgboost/libxgboost.so
    /private/var/folders/hg/zkgs3l417b7_0l4vth4bf8l00000gn/T/pip-build-hsmd0nxh/xgboost/xgboost/../../lib/libxgboost.so
    /private/var/folders/hg/zkgs3l417b7_0l4vth4bf8l00000gn/T/pip-build-hsmd0nxh/xgboost/xgboost/./lib/libxgboost.so

    ----------------------------------------
Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in /private/var/folders/hg/zkgs3l417b7_0l4vth4bf8l00000gn/T/pip-build-hsmd0nxh/xgboost/

Затем я попытался построить его, как указано в документации :

Last login: Tue Aug 23 20:53:31 on ttys000
user@MacBook-Pro-de-User-2:~$ git clone --recursive https://github.com/dmlc/xgboost
Cloning into 'xgboost'...
remote: Counting objects: 17651, done.
remote: Compressing objects: 100% (28/28), done.
remote: Total 17651 (delta 9), reused 0 (delta 0), pack-reused 17611
Receiving objects: 100% (17651/17651), 5.80 MiB | 1.08 MiB/s, done.
Resolving deltas: 100% (10851/10851), done.
Checking connectivity... done.
Submodule 'dmlc-core' (https://github.com/dmlc/dmlc-core) registered for path 'dmlc-core'
Submodule 'rabit' (https://github.com/dmlc/rabit) registered for path 'rabit'
Cloning into 'dmlc-core'...
remote: Counting objects: 3710, done.
remote: Total 3710 (delta 0), reused 0 (delta 0), pack-reused 3710
Receiving objects: 100% (3710/3710), 822.86 KiB | 864.00 KiB/s, done.
Resolving deltas: 100% (2197/2197), done.
Checking connectivity... done.
Submodule path 'dmlc-core': checked out 'd8d4dccb8bd89af9f57aa19e7523f0b755563ca4'
Cloning into 'rabit'...
remote: Counting objects: 3096, done.
remote: Compressing objects: 100% (6/6), done.
remote: Total 3096 (delta 0), reused 0 (delta 0), pack-reused 3090
Receiving objects: 100% (3096/3096), 886.44 KiB | 904.00 KiB/s, done.
Resolving deltas: 100% (2007/2007), done.
Checking connectivity... done.
Submodule path 'rabit': checked out '2dd7476ad7e4afe97eb579d39aab226ff74400a6'

Затем я попытался построить следующее:

user@MacBook-Pro-de-User-2:/$ cd xgboost; cp make/config.mk ./config.mk; make -j4
-bash: cd: xgboost: No such file or directory
cp: make/config.mk: No such file or directory
make: *** No targets specified and no makefile found.  Stop.

Есть идеи, как правильно установить xgboost? ... месяц назад я установил xgboost с помощью pip3 и не столкнулся с вышеуказанными проблемами.

Источник

alonsopg

👍3

Самый полезный комментарий

Успех! 🎉

Я нашел вот это:

Компилятор clang LLVM в Mac OS X из Xcode не поддерживает многопоточность OpenMP. Альтернативный вариант - установить homebrew http://brew.sh/ и brew install g ++ - 5, который обеспечивает многопоточную поддержку OpenMP.

Имея это в виду, я попробовал это, и он позволяет мне устанавливать из pip!

$ brew install gcc<strong i="12">@5</strong>
$ pip install xgboost

Понятия не имею, почему это работает, но brew install gcc --without-multilib не работает.

Я не могу не думать, что другие пользователи попадут в эту ловушку и будут тратить время, пытаясь понять, что на самом деле идет не так. Надеюсь, этот обходной путь сработает для них, но я бы предпочел увидеть более надежную процедуру установки из пакета pip 🤞

JoeNyland 6 апр. 2017

👍139 🎉40 ❤26 😄16

Все 37 Комментарий

По-видимому, это сработало для OSX:

user@MacBook-Pro-de-User-2:~$ cd xgboost/
user@MacBook-Pro-de-User-2:~/xgboost$ clear
user@MacBook-Pro-de-User-2:~/xgboost$ ls
CMakeLists.txt     R-package/         doc/               rabit/
CONTRIBUTORS.md    README.md          include/           src/
ISSUE_TEMPLATE.md  amalgamation/      jvm-packages/      tests/
LICENSE            build.sh*          make/
Makefile           demo/              plugin/
NEWS.md            dmlc-core/         python-package/
user@MacBook-Pro-de-User-2:~/xgboost$ ./build.sh
g++-6 -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/learner.o src/learner.cc >build/learner.d
g++-6 -c -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -c src/learner.cc -o build/learner.o
g++-6 -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/logging.o src/logging.cc >build/logging.d
g++-6 -c -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -c src/logging.cc -o build/logging.o
g++-6 -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/c_api/c_api.o src/c_api/c_api.cc >build/c_api/c_api.d
g++-6 -c -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -c src/c_api/c_api.cc -o build/c_api/c_api.o
g++-6 -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/c_api/c_api_error.o src/c_api/c_api_error.cc >build/c_api/c_api_error.d
g++-6 -c -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -c src/c_api/c_api_error.cc -o build/c_api/c_api_error.o
g++-6 -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/common/common.o src/common/common.cc >build/common/common.d
g++-6 -c -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -c src/common/common.cc -o build/common/common.o
g++-6 -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/data/data.o src/data/data.cc >build/data/data.d
g++-6 -c -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -c src/data/data.cc -o build/data/data.o
g++-6 -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/data/simple_csr_source.o src/data/simple_csr_source.cc >build/data/simple_csr_source.d
g++-6 -c -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -c src/data/simple_csr_source.cc -o build/data/simple_csr_source.o
g++-6 -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/data/simple_dmatrix.o src/data/simple_dmatrix.cc >build/data/simple_dmatrix.d
g++-6 -c -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -c src/data/simple_dmatrix.cc -o build/data/simple_dmatrix.o
g++-6 -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/data/sparse_page_dmatrix.o src/data/sparse_page_dmatrix.cc >build/data/sparse_page_dmatrix.d
g++-6 -c -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -c src/data/sparse_page_dmatrix.cc -o build/data/sparse_page_dmatrix.o
g++-6 -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/data/sparse_page_raw_format.o src/data/sparse_page_raw_format.cc >build/data/sparse_page_raw_format.d
g++-6 -c -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -c src/data/sparse_page_raw_format.cc -o build/data/sparse_page_raw_format.o
g++-6 -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/data/sparse_page_source.o src/data/sparse_page_source.cc >build/data/sparse_page_source.d
g++-6 -c -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -c src/data/sparse_page_source.cc -o build/data/sparse_page_source.o
g++-6 -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/data/sparse_page_writer.o src/data/sparse_page_writer.cc >build/data/sparse_page_writer.d
g++-6 -c -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -c src/data/sparse_page_writer.cc -o build/data/sparse_page_writer.o
g++-6 -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/gbm/gblinear.o src/gbm/gblinear.cc >build/gbm/gblinear.d
g++-6 -c -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -c src/gbm/gblinear.cc -o build/gbm/gblinear.o
g++-6 -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/gbm/gbm.o src/gbm/gbm.cc >build/gbm/gbm.d
g++-6 -c -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -c src/gbm/gbm.cc -o build/gbm/gbm.o
g++-6 -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/gbm/gbtree.o src/gbm/gbtree.cc >build/gbm/gbtree.d
g++-6 -c -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -c src/gbm/gbtree.cc -o build/gbm/gbtree.o
g++-6 -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/metric/elementwise_metric.o src/metric/elementwise_metric.cc >build/metric/elementwise_metric.d
g++-6 -c -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -c src/metric/elementwise_metric.cc -o build/metric/elementwise_metric.o
g++-6 -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/metric/metric.o src/metric/metric.cc >build/metric/metric.d
g++-6 -c -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -c src/metric/metric.cc -o build/metric/metric.o
g++-6 -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/metric/multiclass_metric.o src/metric/multiclass_metric.cc >build/metric/multiclass_metric.d
g++-6 -c -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -c src/metric/multiclass_metric.cc -o build/metric/multiclass_metric.o
g++-6 -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/metric/rank_metric.o src/metric/rank_metric.cc >build/metric/rank_metric.d
g++-6 -c -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -c src/metric/rank_metric.cc -o build/metric/rank_metric.o
g++-6 -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/objective/multiclass_obj.o src/objective/multiclass_obj.cc >build/objective/multiclass_obj.d
g++-6 -c -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -c src/objective/multiclass_obj.cc -o build/objective/multiclass_obj.o
g++-6 -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/objective/objective.o src/objective/objective.cc >build/objective/objective.d
g++-6 -c -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -c src/objective/objective.cc -o build/objective/objective.o
g++-6 -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/objective/rank_obj.o src/objective/rank_obj.cc >build/objective/rank_obj.d
g++-6 -c -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -c src/objective/rank_obj.cc -o build/objective/rank_obj.o
g++-6 -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/objective/regression_obj.o src/objective/regression_obj.cc >build/objective/regression_obj.d
g++-6 -c -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -c src/objective/regression_obj.cc -o build/objective/regression_obj.o
g++-6 -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/tree/tree_model.o src/tree/tree_model.cc >build/tree/tree_model.d
g++-6 -c -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -c src/tree/tree_model.cc -o build/tree/tree_model.o
g++-6 -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/tree/tree_updater.o src/tree/tree_updater.cc >build/tree/tree_updater.d
g++-6 -c -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -c src/tree/tree_updater.cc -o build/tree/tree_updater.o
g++-6 -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/tree/updater_colmaker.o src/tree/updater_colmaker.cc >build/tree/updater_colmaker.d
g++-6 -c -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -c src/tree/updater_colmaker.cc -o build/tree/updater_colmaker.o
g++-6 -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/tree/updater_histmaker.o src/tree/updater_histmaker.cc >build/tree/updater_histmaker.d
g++-6 -c -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -c src/tree/updater_histmaker.cc -o build/tree/updater_histmaker.o
g++-6 -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/tree/updater_prune.o src/tree/updater_prune.cc >build/tree/updater_prune.d
g++-6 -c -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -c src/tree/updater_prune.cc -o build/tree/updater_prune.o
g++-6 -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/tree/updater_refresh.o src/tree/updater_refresh.cc >build/tree/updater_refresh.d
g++-6 -c -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -c src/tree/updater_refresh.cc -o build/tree/updater_refresh.o
g++-6 -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/tree/updater_skmaker.o src/tree/updater_skmaker.cc >build/tree/updater_skmaker.d
g++-6 -c -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -c src/tree/updater_skmaker.cc -o build/tree/updater_skmaker.o
g++-6 -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/tree/updater_sync.o src/tree/updater_sync.cc >build/tree/updater_sync.d
g++-6 -c -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -c src/tree/updater_sync.cc -o build/tree/updater_sync.o
cd dmlc-core; /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/make libdmlc.a config=/Users/user/xgboost/make/config.mk; cd /Users/user/xgboost
g++-6 -c -O3 -Wall -msse2  -Wno-unknown-pragmas -Iinclude  -std=c++0x -fopenmp -fPIC -DDMLC_USE_HDFS=0 -DDMLC_USE_S3=0 -DDMLC_USE_AZURE=0 -o line_split.o src/io/line_split.cc
g++-6 -c -O3 -Wall -msse2  -Wno-unknown-pragmas -Iinclude  -std=c++0x -fopenmp -fPIC -DDMLC_USE_HDFS=0 -DDMLC_USE_S3=0 -DDMLC_USE_AZURE=0 -o recordio_split.o src/io/recordio_split.cc
g++-6 -c -O3 -Wall -msse2  -Wno-unknown-pragmas -Iinclude  -std=c++0x -fopenmp -fPIC -DDMLC_USE_HDFS=0 -DDMLC_USE_S3=0 -DDMLC_USE_AZURE=0 -o input_split_base.o src/io/input_split_base.cc
g++-6 -c -O3 -Wall -msse2  -Wno-unknown-pragmas -Iinclude  -std=c++0x -fopenmp -fPIC -DDMLC_USE_HDFS=0 -DDMLC_USE_S3=0 -DDMLC_USE_AZURE=0 -o io.o src/io.cc
g++-6 -c -O3 -Wall -msse2  -Wno-unknown-pragmas -Iinclude  -std=c++0x -fopenmp -fPIC -DDMLC_USE_HDFS=0 -DDMLC_USE_S3=0 -DDMLC_USE_AZURE=0 -o local_filesys.o src/io/local_filesys.cc
g++-6 -c -O3 -Wall -msse2  -Wno-unknown-pragmas -Iinclude  -std=c++0x -fopenmp -fPIC -DDMLC_USE_HDFS=0 -DDMLC_USE_S3=0 -DDMLC_USE_AZURE=0 -o data.o src/data.cc
g++-6 -c -O3 -Wall -msse2  -Wno-unknown-pragmas -Iinclude  -std=c++0x -fopenmp -fPIC -DDMLC_USE_HDFS=0 -DDMLC_USE_S3=0 -DDMLC_USE_AZURE=0 -o recordio.o src/recordio.cc
g++-6 -c -O3 -Wall -msse2  -Wno-unknown-pragmas -Iinclude  -std=c++0x -fopenmp -fPIC -DDMLC_USE_HDFS=0 -DDMLC_USE_S3=0 -DDMLC_USE_AZURE=0 -o config.o src/config.cc
ar cr libdmlc.a line_split.o recordio_split.o input_split_base.o io.o local_filesys.o data.o recordio.o config.o
cd rabit; /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/make lib/librabit.a; cd /Users/user/xgboost
g++-6 -c -O3 -msse2 -Wall -Wextra -Wno-unused-parameter -Wno-unknown-pragmas -std=c++0x -fPIC -o allreduce_base.o src/allreduce_base.cc
g++-6 -c -O3 -msse2 -Wall -Wextra -Wno-unused-parameter -Wno-unknown-pragmas -std=c++0x -fPIC -o allreduce_robust.o src/allreduce_robust.cc
g++-6 -c -O3 -msse2 -Wall -Wextra -Wno-unused-parameter -Wno-unknown-pragmas -std=c++0x -fPIC -o engine.o src/engine.cc
g++-6 -c -O3 -msse2 -Wall -Wextra -Wno-unused-parameter -Wno-unknown-pragmas -std=c++0x -fPIC -o c_api.o src/c_api.cc
ar cr lib/librabit.a allreduce_base.o allreduce_robust.o engine.o c_api.o
ar crv lib/libxgboost.a build/learner.o build/logging.o build/c_api/c_api.o build/c_api/c_api_error.o build/common/common.o build/data/data.o build/data/simple_csr_source.o build/data/simple_dmatrix.o build/data/sparse_page_dmatrix.o build/data/sparse_page_raw_format.o build/data/sparse_page_source.o build/data/sparse_page_writer.o build/gbm/gblinear.o build/gbm/gbm.o build/gbm/gbtree.o build/metric/elementwise_metric.o build/metric/metric.o build/metric/multiclass_metric.o build/metric/rank_metric.o build/objective/multiclass_obj.o build/objective/objective.o build/objective/rank_obj.o build/objective/regression_obj.o build/tree/tree_model.o build/tree/tree_updater.o build/tree/updater_colmaker.o build/tree/updater_histmaker.o build/tree/updater_prune.o build/tree/updater_refresh.o build/tree/updater_skmaker.o build/tree/updater_sync.o
a - build/learner.o
a - build/logging.o
a - build/c_api/c_api.o
a - build/c_api/c_api_error.o
a - build/common/common.o
a - build/data/data.o
a - build/data/simple_csr_source.o
a - build/data/simple_dmatrix.o
a - build/data/sparse_page_dmatrix.o
a - build/data/sparse_page_raw_format.o
a - build/data/sparse_page_source.o
a - build/data/sparse_page_writer.o
a - build/gbm/gblinear.o
a - build/gbm/gbm.o
a - build/gbm/gbtree.o
a - build/metric/elementwise_metric.o
a - build/metric/metric.o
a - build/metric/multiclass_metric.o
a - build/metric/rank_metric.o
a - build/objective/multiclass_obj.o
a - build/objective/objective.o
a - build/objective/rank_obj.o
a - build/objective/regression_obj.o
a - build/tree/tree_model.o
a - build/tree/tree_updater.o
a - build/tree/updater_colmaker.o
a - build/tree/updater_histmaker.o
a - build/tree/updater_prune.o
a - build/tree/updater_refresh.o
a - build/tree/updater_skmaker.o
a - build/tree/updater_sync.o
g++-6 -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -shared -o lib/libxgboost.so build/learner.o build/logging.o build/c_api/c_api.o build/c_api/c_api_error.o build/common/common.o build/data/data.o build/data/simple_csr_source.o build/data/simple_dmatrix.o build/data/sparse_page_dmatrix.o build/data/sparse_page_raw_format.o build/data/sparse_page_source.o build/data/sparse_page_writer.o build/gbm/gblinear.o build/gbm/gbm.o build/gbm/gbtree.o build/metric/elementwise_metric.o build/metric/metric.o build/metric/multiclass_metric.o build/metric/rank_metric.o build/objective/multiclass_obj.o build/objective/objective.o build/objective/rank_obj.o build/objective/regression_obj.o build/tree/tree_model.o build/tree/tree_updater.o build/tree/updater_colmaker.o build/tree/updater_histmaker.o build/tree/updater_prune.o build/tree/updater_refresh.o build/tree/updater_skmaker.o build/tree/updater_sync.o dmlc-core/libdmlc.a rabit/lib/librabit.a -pthread -lm  -fopenmp
g++-6 -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/cli_main.o src/cli_main.cc >build/cli_main.d
g++-6 -c -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -c src/cli_main.cc -o build/cli_main.o
g++-6 -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -o xgboost  build/cli_main.o build/learner.o build/logging.o build/c_api/c_api.o build/c_api/c_api_error.o build/common/common.o build/data/data.o build/data/simple_csr_source.o build/data/simple_dmatrix.o build/data/sparse_page_dmatrix.o build/data/sparse_page_raw_format.o build/data/sparse_page_source.o build/data/sparse_page_writer.o build/gbm/gblinear.o build/gbm/gbm.o build/gbm/gbtree.o build/metric/elementwise_metric.o build/metric/metric.o build/metric/multiclass_metric.o build/metric/rank_metric.o build/objective/multiclass_obj.o build/objective/objective.o build/objective/rank_obj.o build/objective/regression_obj.o build/tree/tree_model.o build/tree/tree_updater.o build/tree/updater_colmaker.o build/tree/updater_histmaker.o build/tree/updater_prune.o build/tree/updater_refresh.o build/tree/updater_skmaker.o build/tree/updater_sync.o dmlc-core/libdmlc.a rabit/lib/librabit.a  -pthread -lm  -fopenmp
Successfully build multi-thread xgboost
user@MacBook-Pro-de-User-2:~/xgboost$ cd python-package; python3 setup.py install
Install libxgboost from: ['/Users/user/xgboost/python-package/xgboost/../../lib/libxgboost.so']
running install
running bdist_egg
running egg_info
creating xgboost.egg-info
writing xgboost.egg-info/PKG-INFO
writing dependency_links to xgboost.egg-info/dependency_links.txt
writing top-level names to xgboost.egg-info/top_level.txt
writing requirements to xgboost.egg-info/requires.txt
writing manifest file 'xgboost.egg-info/SOURCES.txt'
reading manifest file 'xgboost.egg-info/SOURCES.txt'
reading manifest template 'MANIFEST.in'
warning: no files found matching '*' under directory 'xgboost/include'
warning: no files found matching '*' under directory 'xgboost/src'
warning: no files found matching '*' under directory 'xgboost/make'
warning: no files found matching '*' under directory 'xgboost/rabit'
warning: no files found matching '*' under directory 'xgboost/lib'
warning: no files found matching '*' under directory 'xgboost/dmlc-core'
warning: no previously-included files matching '*.o' found anywhere in distribution
warning: no previously-included files matching '*.a' found anywhere in distribution
warning: no previously-included files matching '*.pyo' found anywhere in distribution
warning: no previously-included files matching '*.pyc' found anywhere in distribution
writing manifest file 'xgboost.egg-info/SOURCES.txt'
installing library code to build/bdist.macosx-10.11-x86_64/egg
running install_lib
running build_py
creating build
creating build/lib
creating build/lib/xgboost
copying xgboost/__init__.py -> build/lib/xgboost
copying xgboost/callback.py -> build/lib/xgboost
copying xgboost/compat.py -> build/lib/xgboost
copying xgboost/core.py -> build/lib/xgboost
copying xgboost/libpath.py -> build/lib/xgboost
copying xgboost/plotting.py -> build/lib/xgboost
copying xgboost/rabit.py -> build/lib/xgboost
copying xgboost/sklearn.py -> build/lib/xgboost
copying xgboost/training.py -> build/lib/xgboost
copying xgboost/VERSION -> build/lib/xgboost
copying xgboost/build-python.sh -> build/lib/xgboost
creating build/bdist.macosx-10.11-x86_64
creating build/bdist.macosx-10.11-x86_64/egg
creating build/bdist.macosx-10.11-x86_64/egg/xgboost
copying build/lib/xgboost/__init__.py -> build/bdist.macosx-10.11-x86_64/egg/xgboost
copying build/lib/xgboost/build-python.sh -> build/bdist.macosx-10.11-x86_64/egg/xgboost
copying build/lib/xgboost/callback.py -> build/bdist.macosx-10.11-x86_64/egg/xgboost
copying build/lib/xgboost/compat.py -> build/bdist.macosx-10.11-x86_64/egg/xgboost
copying build/lib/xgboost/core.py -> build/bdist.macosx-10.11-x86_64/egg/xgboost
copying build/lib/xgboost/libpath.py -> build/bdist.macosx-10.11-x86_64/egg/xgboost
copying build/lib/xgboost/plotting.py -> build/bdist.macosx-10.11-x86_64/egg/xgboost
copying build/lib/xgboost/rabit.py -> build/bdist.macosx-10.11-x86_64/egg/xgboost
copying build/lib/xgboost/sklearn.py -> build/bdist.macosx-10.11-x86_64/egg/xgboost
copying build/lib/xgboost/training.py -> build/bdist.macosx-10.11-x86_64/egg/xgboost
copying build/lib/xgboost/VERSION -> build/bdist.macosx-10.11-x86_64/egg/xgboost
byte-compiling build/bdist.macosx-10.11-x86_64/egg/xgboost/__init__.py to __init__.cpython-35.pyc
byte-compiling build/bdist.macosx-10.11-x86_64/egg/xgboost/callback.py to callback.cpython-35.pyc
byte-compiling build/bdist.macosx-10.11-x86_64/egg/xgboost/compat.py to compat.cpython-35.pyc
byte-compiling build/bdist.macosx-10.11-x86_64/egg/xgboost/core.py to core.cpython-35.pyc
byte-compiling build/bdist.macosx-10.11-x86_64/egg/xgboost/libpath.py to libpath.cpython-35.pyc
byte-compiling build/bdist.macosx-10.11-x86_64/egg/xgboost/plotting.py to plotting.cpython-35.pyc
byte-compiling build/bdist.macosx-10.11-x86_64/egg/xgboost/rabit.py to rabit.cpython-35.pyc
byte-compiling build/bdist.macosx-10.11-x86_64/egg/xgboost/sklearn.py to sklearn.cpython-35.pyc
byte-compiling build/bdist.macosx-10.11-x86_64/egg/xgboost/training.py to training.cpython-35.pyc
installing package data to build/bdist.macosx-10.11-x86_64/egg
running install_data
copying /Users/user/xgboost/python-package/xgboost/../../lib/libxgboost.so -> build/bdist.macosx-10.11-x86_64/egg/xgboost
creating build/bdist.macosx-10.11-x86_64/egg/EGG-INFO
copying xgboost.egg-info/PKG-INFO -> build/bdist.macosx-10.11-x86_64/egg/EGG-INFO
copying xgboost.egg-info/SOURCES.txt -> build/bdist.macosx-10.11-x86_64/egg/EGG-INFO
copying xgboost.egg-info/dependency_links.txt -> build/bdist.macosx-10.11-x86_64/egg/EGG-INFO
copying xgboost.egg-info/not-zip-safe -> build/bdist.macosx-10.11-x86_64/egg/EGG-INFO
copying xgboost.egg-info/requires.txt -> build/bdist.macosx-10.11-x86_64/egg/EGG-INFO
copying xgboost.egg-info/top_level.txt -> build/bdist.macosx-10.11-x86_64/egg/EGG-INFO
creating dist
creating 'dist/xgboost-0.6-py3.5.egg' and adding 'build/bdist.macosx-10.11-x86_64/egg' to it
removing 'build/bdist.macosx-10.11-x86_64/egg' (and everything under it)
Processing xgboost-0.6-py3.5.egg
creating /usr/local/lib/python3.5/site-packages/xgboost-0.6-py3.5.egg
Extracting xgboost-0.6-py3.5.egg to /usr/local/lib/python3.5/site-packages
Adding xgboost 0.6 to easy-install.pth file

Installed /usr/local/lib/python3.5/site-packages/xgboost-0.6-py3.5.egg
Processing dependencies for xgboost==0.6
Searching for scipy==0.18.0
Best match: scipy 0.18.0
Adding scipy 0.18.0 to easy-install.pth file

Using /usr/local/lib/python3.5/site-packages
Searching for numpy==1.11.1
Best match: numpy 1.11.1
Adding numpy 1.11.1 to easy-install.pth file

Using /usr/local/lib/python3.5/site-packages
Finished processing dependencies for xgboost==0.6

Тем не менее, я хотел бы знать, есть ли более простой способ его установки, какие-нибудь предложения, ребята?

alonsopg 24 авг. 2016

👍9 🎉1

@alonsopg для текущей установки pip требуется gcc-5 или clang-omp которые можно установить с помощью brew . Это было сделано до недавнего обновления инструкции. Поскольку основные пользователи Mac OS X теперь используют gcc-6 , я обновлю следующую версию до gcc-6, тем временем, пожалуйста, установите с github, как вы скомпилировали

phunterlau 24 авг. 2016

👍4

+1 тоже сталкивался именно с этой проблемой. Очень сложно понять. Также обратите внимание, что clang-omp больше не является пакетом brew:

$ brew install clang-omp
Error: No available formula with the name "clang-omp" 
==> Searching for similarly named formulae...
Error: No similarly named formulae found.
==> Searching taps...
Error: No formulae found in taps.

samuela 26 окт. 2016

@samuela , вы хотите попробовать brew install --with-clang llvm поскольку clang-omp перемещен

phunterlau 27 окт. 2016

@phunterlau Я все еще не могу заставить pip install xgboost работать на Mac 10.12.3

Я получаю:

XGBoostLibraryNotFound: Cannot find XGBoost Libarary in the candicate path, did you install compilers and run build.sh in root path?

Я пробовал:

$ brew install clang-omp
Error: No available formula with the name "clang-omp" 
==> Searching for similarly named formulae...
Error: No similarly named formulae found.
==> Searching taps...
Error: No formulae found in taps.

$ brew install --with-clang llvm
Warning: llvm: this formula has no --with-clang option so it will be ignored!
# snip
$ export PATH="/usr/local/opt/llvm/bin:$PATH"
$ export LDFLAGS="-L/usr/local/opt/llvm/lib -Wl,-rpath,/usr/local/opt/llvm/lib"
$ export CPPFLAGS="-I/usr/local/opt/llvm/include"
$ pip install xgboost
# snip
XGBoostLibraryNotFound: Cannot find XGBoost Libarary in the candicate path, did you install compilers and run build.sh in root path?
# snip

$ brew install gcc --without-multilib
$ pip install xgboost
# snip
XGBoostLibraryNotFound: Cannot find XGBoost Libarary in the candicate path, did you install compilers and run build.sh in root path?
# snip

Как мы собираемся установить это из PyPi на Mac 10.12? Установка из исходников не является решением.

JoeNyland 21 февр. 2017

@JoeNyland, возможно, вам понадобится:

brew install cmake

Возможно, вы сможете почерпнуть некоторые идеи из https://github.com/dmlc/xgboost/issues/463 .

GnoDGnaF 11 мар. 2017

@ d2Code Спасибо, но я все равно получаю то же сообщение об ошибке после brew install cmake :

$ pip install xgboost
...
XGBoostLibraryNotFound: Cannot find XGBoost Libarary in the candicate path, did you install compilers and run build.sh in root path?
...

JoeNyland 13 мар. 2017

@JoeNyland Вы можете попробовать установить xgboost из исходного кода, а не с помощью pip.

GnoDGnaF 14 мар. 2017

@ d2Code Я знаю, что могу установить из исходников, но мне нужно установить из pip. Я пытаюсь разобраться, почему я не могу установить из pip.

Как мы должны установить это из PyPi на Mac 10.12? Установка из исходников не является решением.

JoeNyland 14 мар. 2017

👍5

@evanuk Спасибо за ваше предложение. К сожалению, я получаю то же сообщение об ошибке, что и раньше, даже с вашей командой выше 😕

$ env CC=gcc CXX=gcc pip install xgboost
Collecting xgboost
  Using cached xgboost-0.6a2.tar.gz
    Complete output from command python setup.py egg_info:
    rm -f -rf build build_plugin lib bin *~ */*~ */*/*~ */*/*/*~ */*.o */*/*.o */*/*/*.o xgboost
    clang-omp++ -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/learner.o src/learner.cc >build/learner.d
    /bin/sh: clang-omp++: command not found
    make: *** [build/learner.o] Error 127
    make: *** Waiting for unfinished jobs....
    clang-omp++ -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/logging.o src/logging.cc >build/logging.d
    /bin/sh: clang-omp++: command not found
    make: *** [build/logging.o] Error 127
    -----------------------------
    Building multi-thread xgboost failed
    Start to build single-thread xgboost
    rm -f -rf build build_plugin lib bin *~ */*~ */*/*~ */*/*/*~ */*.o */*/*.o */*/*/*.o xgboost
    clang-omp++ -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/learner.o src/learner.cc >build/learner.d
    /bin/sh: clang-omp++: command not found
    make: *** [build/learner.o] Error 127
    make: *** Waiting for unfinished jobs....
    clang-omp++ -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/logging.o src/logging.cc >build/logging.d
    /bin/sh: clang-omp++: command not found
    make: *** [build/logging.o] Error 127
    Successfully build single-thread xgboost
    If you want multi-threaded version
    See additional instructions in doc/build.md
    Traceback (most recent call last):
      File "<string>", line 1, in <module>
      File "/private/var/folders/91/nqdcr19d0xg6sjdb4m3vcc3c0000gn/T/pip-build-ozos8fjf/xgboost/setup.py", line 29, in <module>
        LIB_PATH = libpath['find_lib_path']()
      File "/private/var/folders/91/nqdcr19d0xg6sjdb4m3vcc3c0000gn/T/pip-build-ozos8fjf/xgboost/xgboost/libpath.py", line 45, in find_lib_path
        'List of candidates:\n' + ('\n'.join(dll_path)))
    XGBoostLibraryNotFound: Cannot find XGBoost Libarary in the candicate path, did you install compilers and run build.sh in root path?
    List of candidates:
    /private/var/folders/91/nqdcr19d0xg6sjdb4m3vcc3c0000gn/T/pip-build-ozos8fjf/xgboost/xgboost/libxgboost.so
    /private/var/folders/91/nqdcr19d0xg6sjdb4m3vcc3c0000gn/T/pip-build-ozos8fjf/xgboost/xgboost/../../lib/libxgboost.so
    /private/var/folders/91/nqdcr19d0xg6sjdb4m3vcc3c0000gn/T/pip-build-ozos8fjf/xgboost/xgboost/./lib/libxgboost.so

    ----------------------------------------
Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in /private/var/folders/91/nqdcr19d0xg6sjdb4m3vcc3c0000gn/T/pip-build-ozos8fjf/xgboost/

$ brew info gcc | head -n 5
gcc: stable 6.3.0 (bottled), HEAD
GNU compiler collection
https://gcc.gnu.org/
/usr/local/Cellar/gcc/6.3.0_1 (1,358 files, 237.8MB) *
  Built from source on 2017-04-06 at 11:53:19 with: --without-multilib

JoeNyland 6 апр. 2017

Успех! 🎉

Я нашел вот это:

Компилятор clang LLVM в Mac OS X из Xcode не поддерживает многопоточность OpenMP. Альтернативный вариант - установить homebrew http://brew.sh/ и brew install g ++ - 5, который обеспечивает многопоточную поддержку OpenMP.

Имея это в виду, я попробовал это, и он позволяет мне устанавливать из pip!

$ brew install gcc<strong i="12">@5</strong>
$ pip install xgboost

Понятия не имею, почему это работает, но brew install gcc --without-multilib не работает.

JoeNyland 6 апр. 2017

👍139 🎉40 ❤26 😄16

Решение @JoeNyland также сработало для меня. Спасибо!!

isuda 7 апр. 2017

❤3

спасибо за ваше решение! @JoeNyland

paulranp 10 мая 2017

❤2

Я не использовал для этого pip. В документации были некоторые ошибки, но если вы перейдете по ссылке ниже, есть несколько способов их исправить.

http://stackoverflow.com/questions/39315156/how-to-install-xgboost-in-python-on-mac/43101972?noredirect=1#comment75102985_43101972

bgbutler 19 мая 2017

Я установил gcc7.1.0 с помощью brew install gcc --without-multilib , затем клонировал xgboost, записал компакт-диск в папку и отредактировал make/config.mk чтобы получить

# choice of compiler, by default use system preference.
export CC = gcc-7
export CXX = g++-7 
# export MPICXX = mpicxx

и, наконец, выполнил cp make/minimum.mk ./config.mk; make -j4

затем cd-ed в python-package и выполнил sudo python3 setup.py install

okomarov 29 июл. 2017

👍5

Джо. Ты потрясающий!

erdemalpkaya 5 авг. 2017

@JoeNyland столкнулся с той же проблемой, и ваше решение было идеальным. благодарю вас!

carletonc 25 авг. 2017

@JoeNyland Ты мой герой! Иногда нам просто нужно упорство, иначе никакая проблема не будет решена. Спасибо!

fengerzh 30 авг. 2017

JoeNyland 30 авг. 2017

Это не лучшее решение; было бы неплохо не зависеть от более старой версии GCC. Но пока работает, по крайней мере 🙂

JoeNyland 30 авг. 2017

Однако после запуска я все еще получаю следующее сообщение об ошибке
$ brew install gcc @ 5
$ pip install xgboost

Есть идеи, почему я получаю это? Очень ценю.

make: *** [build/data/simple_dmatrix.o] Error 1
Successfully build single-thread xgboost
If you want multi-threaded version
See additional instructions in doc/build.md
Traceback (most recent call last):
  File "<string>", line 1, in <module>
  File "/private/var/folders/60/6w9_z9yd24n7nwv1cg23zz340000gn/T/pip-build-B7gSEL/xgboost/setup.py", line 29, in <module>
    LIB_PATH = libpath['find_lib_path']()
  File "/private/var/folders/60/6w9_z9yd24n7nwv1cg23zz340000gn/T/pip-build-B7gSEL/xgboost/xgboost/libpath.py", line 45, in find_lib_path
    'List of candidates:\n' + ('\n'.join(dll_path)))
__builtin__.XGBoostLibraryNotFound: Cannot find XGBoost Libarary in the candicate path, did you install compilers and run build.sh in root path?
List of candidates:
/private/var/folders/60/6w9_z9yd24n7nwv1cg23zz340000gn/T/pip-build-B7gSEL/xgboost/xgboost/libxgboost.so
/private/var/folders/60/6w9_z9yd24n7nwv1cg23zz340000gn/T/pip-build-B7gSEL/xgboost/xgboost/../../lib/libxgboost.so
/private/var/folders/60/6w9_z9yd24n7nwv1cg23zz340000gn/T/pip-build-B7gSEL/xgboost/xgboost/./lib/libxgboost.so

----------------------------------------

Команда "python setup.py egg_info" завершилась ошибкой с кодом 1 в / private / var / folder / 60 / 6w9_z9yd24n7nwv1cg23zz340000gn / T / pip-build-B7gSEL / xgboost /

cacoderquan 10 сент. 2017

👍2

@cacoderquan Эй, не знаю, почему вы все еще видите эту проблему. Вы пробовали pip install xgboost --no-cache-dir .

Если вы все еще видите ошибку, не могли бы вы опубликовать вывод:

python --version
pip --version
brew info gcc@5

JoeNyland 11 сент. 2017

GitHub действительно должен получить comment-tldrs, я просматривал это около 10 минут, пробуя случайный мусор по пути, пока, наконец, не увидел один комментарий с более чем 100 лайками, большими пальцами и т. Д. (И у меня это тоже сработало! Так что ура! ).

Есть ли особая причина, по которой он работает только с gcc@5 а не с тем, что gcc люди в настоящее время / обычно имеют (сейчас у меня gcc 7.2.0 )?

anderson-dan-w 12 окт. 2017

Привет, ребята, у меня нет надежды, кроме вас.
Мне удалось установить xgboost с помощью окомаров.

`` msk-wire-darkstar-m: xgboost m.keremet $ cd пакет python
msk-wire-darkstar-m: пакет python m.keremet $ sudo python3 setup.py установить
Пароль:
Установите libxgboost из: ['../lib/libxgboost.dylib']
запущенная установка
работает bdist_egg
работает egg_info
создание xgboost.egg-info
написание xgboost.egg-info / PKG-INFO
запись dependency_links в xgboost.egg-info / dependency_links.txt
запись требований в xgboost.egg-info / requires.txt
запись имен верхнего уровня в xgboost.egg-info / top_level.txt
запись файла манифеста 'xgboost.egg-info / SOURCES.txt'
чтение файла манифеста 'xgboost.egg-info / SOURCES.txt'
чтение шаблона манифеста "MANIFEST.in"
предупреждение: не найдено файлов, соответствующих ' ' в каталоге 'xgboost / include'предупреждение: не найдено файлов, соответствующих ' ' в каталоге 'xgboost / src'
предупреждение: не найдено файлов, соответствующих ' ' в каталоге 'xgboost / make'предупреждение: файлы, соответствующие ' ' в каталоге 'xgboost / rabit', не найдены
предупреждение: не найдено файлов, соответствующих ' ' в каталоге 'xgboost / lib'предупреждение: не найдено файлов, соответствующих ' ' в каталоге 'xgboost / dmlc-core'
предупреждение: нигде в дистрибутиве не обнаружены ранее включенные файлы, соответствующие '
не обнаружены ранее включенные файлы, соответствующие ' .a'
предупреждение: нигде в дистрибутиве не обнаружены ранее включенные файлы, соответствующие '
не обнаружены ранее включенные файлы, соответствующие ' .pyc'
запись файла манифеста 'xgboost.egg-info / SOURCES.txt'
установка кода библиотеки для сборки / bdist.macosx-10.7-x86_64 / egg
запущен install_lib
запущен build_py
создание сборки
создание build / lib
создание build / lib / xgboost
копирование xgboost / __ init__.py -> build / lib / xgboost
копирование xgboost / callback.py -> build / lib / xgboost
копирование xgboost / compat.py -> build / lib / xgboost
копирование xgboost / core.py -> build / lib / xgboost
копирование xgboost / libpath.py -> build / lib / xgboost
копирование xgboost / plotting.py -> build / lib / xgboost
копирование xgboost / rabit.py -> build / lib / xgboost
копирование xgboost / sklearn.py -> build / lib / xgboost
копирование xgboost / training.py -> build / lib / xgboost
копирование xgboost / VERSION -> build / lib / xgboost
копирование xgboost / build-python.sh -> build / lib / xgboost
создание build / bdist.macosx-10.7-x86_64
создание build / bdist.macosx-10.7-x86_64 / egg
создание build / bdist.macosx-10.7-x86_64 / egg / xgboost
копирование build / lib / xgboost / __ init__.py -> build / bdist.macosx-10.7-x86_64 / egg / xgboost
копирование build / lib / xgboost / build-python.sh -> build / bdist.macosx-10.7-x86_64 / egg / xgboost
копирование build / lib / xgboost / callback.py -> build / bdist.macosx-10.7-x86_64 / egg / xgboost
копирование build / lib / xgboost / compat.py -> build / bdist.macosx-10.7-x86_64 / egg / xgboost
копирование build / lib / xgboost / core.py -> build / bdist.macosx-10.7-x86_64 / egg / xgboost
копирование build / lib / xgboost / libpath.py -> build / bdist.macosx-10.7-x86_64 / egg / xgboost
копирование build / lib / xgboost / plotting.py -> build / bdist.macosx-10.7-x86_64 / egg / xgboost
копирование build / lib / xgboost / rabit.py -> build / bdist.macosx-10.7-x86_64 / egg / xgboost
копирование build / lib / xgboost / sklearn.py -> build / bdist.macosx-10.7-x86_64 / egg / xgboost
копирование build / lib / xgboost / training.py -> build / bdist.macosx-10.7-x86_64 / egg / xgboost
копирование build / lib / xgboost / VERSION -> build / bdist.macosx-10.7-x86_64 / egg / xgboost
компилирующая байты build / bdist.macosx-10.7-x86_64 / egg / xgboost / __ init__.py в __init __. cpython-36.pyc
компилирующая байты build / bdist.macosx-10.7-x86_64 / egg / xgboost / callback.py в callback.cpython-36.pyc
компилирующая байты build / bdist.macosx-10.7-x86_64 / egg / xgboost / compat.py в compat.cpython-36.pyc
компилирующая байты build / bdist.macosx-10.7-x86_64 / egg / xgboost / core.py в core.cpython-36.pyc
компилирующая байты build / bdist.macosx-10.7-x86_64 / egg / xgboost / libpath.py в libpath.cpython-36.pyc
компилирующая байты build / bdist.macosx-10.7-x86_64 / egg / xgboost / plotting.py в plotting.cpython-36.pyc
компилирующая байты build / bdist.macosx-10.7-x86_64 / egg / xgboost / rabit.py в rabit.cpython-36.pyc
компилирующая байты build / bdist.macosx-10.7-x86_64 / egg / xgboost / sklearn.py в sklearn.cpython-36.pyc
компилирующая байты build / bdist.macosx-10.7-x86_64 / egg / xgboost / training.py в training.cpython-36.pyc
установка данных пакета в build / bdist.macosx-10.7-x86_64 / egg
запущен install_data
копирование ../lib/libxgboost.dylib -> build / bdist.macosx-10.7-x86_64 / egg / xgboost
создание build / bdist.macosx-10.7-x86_64 / egg / EGG-INFO
копирование xgboost.egg-info / PKG-INFO -> build / bdist.macosx-10.7-x86_64 / egg / EGG-INFO
копирование xgboost.egg-info / SOURCES.txt -> build / bdist.macosx-10.7-x86_64 / egg / EGG-INFO
копирование xgboost.egg-info / dependency_links.txt -> build / bdist.macosx-10.7-x86_64 / egg / EGG-INFO
копирование xgboost.egg-info / not-zip-safe -> build / bdist.macosx-10.7-x86_64 / egg / EGG-INFO
копирование xgboost.egg-info / requires.txt -> build / bdist.macosx-10.7-x86_64 / egg / EGG-INFO
копирование xgboost.egg-info / top_level.txt -> build / bdist.macosx-10.7-x86_64 / egg / EGG-INFO
создание расстояния
создание dist / xgboost-0.6-py3.6.egg и добавление к нему build / bdist.macosx-10.7-x86_64 / egg
удаление build / bdist.macosx-10.7-x86_64 / egg (и всего, что находится под ним)
Обработка xgboost-0.6-py3.6.egg
удаление '/anaconda/lib/python3.6/site-packages/xgboost-0.6-py3.6.egg' (и всего, что находится под ним)
создание /anaconda/lib/python3.6/site-packages/xgboost-0.6-py3.6.egg
Извлечение xgboost-0.6-py3.6.egg в /anaconda/lib/python3.6/site-packages
xgboost 0.6 уже является активной версией в easy-install.pth

Установлен /anaconda/lib/python3.6/site-packages/xgboost-0.6-py3.6.egg
Зависимости обработки для xgboost == 0.6
Поиск scipy == 0.19.1
Лучшее совпадение: scipy 0.19.1
Добавление scipy 0.19.1 в файл easy-install.pth

Использование /anaconda/lib/python3.6/site-packages
Поиск numpy == 1.13.1
Лучшее совпадение: numpy 1.13.1
Добавление numpy 1.13.1 в файл easy-install.pth

Использование /anaconda/lib/python3.6/site-packages
Зависимости завершенной обработки для xgboost == 0.6
msk-wire-darkstar-m: пакет python m.keremet $ python
Python 3.6.1 | Пользовательский интерфейс Anaconda (x86_64) | (по умолчанию, 11 мая 2017 г., 13:04:09)
[GCC 4.2.1 Compatible Apple LLVM 6.0 (clang-600.0.57)] на darwin
Для получения дополнительной информации введите «помощь», «авторские права», «кредиты» или «лицензия».

импортировать xgboost

Seems to work since no errors. However, when I try to import xgboost in jupyter it shoots this error:
```---------------------------------------------------------------------------
OSError                                   Traceback (most recent call last)
<ipython-input-1-1feb2e63ea38> in <module>()
      3 import numpy as np
      4 import pandas as pd
----> 5 import xgboost as xgb

/anaconda/lib/python3.6/site-packages/xgboost/__init__.py in <module>()
      9 import os
     10 
---> 11 from .core import DMatrix, Booster
     12 from .training import train, cv
     13 from . import rabit                   # noqa

/anaconda/lib/python3.6/site-packages/xgboost/core.py in <module>()
    110 
    111 # load the XGBoost library globally
--> 112 _LIB = _load_lib()
    113 
    114 

/anaconda/lib/python3.6/site-packages/xgboost/core.py in _load_lib()
    104     if len(lib_path) == 0:
    105         return None
--> 106     lib = ctypes.cdll.LoadLibrary(lib_path[0])
    107     lib.XGBGetLastError.restype = ctypes.c_char_p
    108     return lib

/anaconda/lib/python3.6/ctypes/__init__.py in LoadLibrary(self, name)
    424 
    425     def LoadLibrary(self, name):
--> 426         return self._dlltype(name)
    427 
    428 cdll = LibraryLoader(CDLL)

/anaconda/lib/python3.6/ctypes/__init__.py in __init__(self, name, mode, handle, use_errno, use_last_error)
    346 
    347         if handle is None:
--> 348             self._handle = _dlopen(self._name, mode)
    349         else:
    350             self._handle = handle

OSError: dlopen(/anaconda/lib/python3.6/site-packages/xgboost/./lib/libxgboost.so, 6): Library not loaded: /usr/local/opt/gcc/lib/gcc/5/libgomp.1.dylib
  Referenced from: /anaconda/lib/python3.6/site-packages/xgboost/./lib/libxgboost.so
  Reason: image not found

Я мало что нашел в этой ошибке. Кто нибудь сталкивался с этим?

maximkeremet 30 окт. 2017

@cacoderquan Я столкнулся с аналогичной проблемой, как и вы, и обнаружил, что на самом деле gcc не связан.
Вы также можете проверить это, но я уверен, что ваша проблема уже решена.
Для других, заинтересованных, несвязанный gcc может быть результатом проблем с

@JoeNyland большое спасибо за спасение моего дня.

nickyongzhang 22 нояб. 2017

@cacoderquan У меня похожие проблемы при попытке установить xgboost по протоколу pip
Моя версия gcc

gcc: stable 7.2.0 (bottled), HEAD
GNU compiler collection
https://gcc.gnu.org/
/usr/local/Cellar/gcc/7.2.0 (1,487 files, 285.2MB) *
  Built from source on 2017-12-01 at 17:22:53

Я много раз пробовал установить gcc, но ничего не работает. Каждый раз, когда я пытался pip install xgboost, появлялись следующие ошибки:

Collecting xgboost
  Using cached xgboost-0.6a2.tar.gz
    Complete output from command python setup.py egg_info:
    rm -f -rf build build_plugin lib bin *~ */*~ */*/*~ */*/*/*~ */*.o */*/*.o */*/*/*.o xgboost
    clang-omp++ -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/learner.o src/learner.cc >build/learner.d
    /bin/sh: clang-omp++: command not found
    make: *** [build/learner.o] Error 127
    make: *** Waiting for unfinished jobs....
    clang-omp++ -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/logging.o src/logging.cc >build/logging.d
    /bin/sh: clang-omp++: command not found
    make: *** [build/logging.o] Error 127
    -----------------------------
    Building multi-thread xgboost failed
    Start to build single-thread xgboost
    rm -f -rf build build_plugin lib bin *~ */*~ */*/*~ */*/*/*~ */*.o */*/*.o */*/*/*.o xgboost
    clang-omp++ -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/learner.o src/learner.cc >build/learner.d
    /bin/sh: clang-omp++: command not found
    make: *** [build/learner.o] Error 127
    make: *** Waiting for unfinished jobs....
    clang-omp++ -std=c++0x -Wall -O3 -msse2  -Wno-unknown-pragmas -funroll-loops -Iinclude   -Idmlc-core/include -Irabit/include -fPIC -fopenmp -MM -MT build/logging.o src/logging.cc >build/logging.d
    /bin/sh: clang-omp++: command not found
    make: *** [build/logging.o] Error 127
    Successfully build single-thread xgboost
    If you want multi-threaded version
    See additional instructions in doc/build.md
    Traceback (most recent call last):
      File "<string>", line 1, in <module>
      File "/private/var/folders/19/1pcpc2r57_g6gjl_2v5_4kgc0000gn/T/pip-build-q8wmsvem/xgboost/setup.py", line 29, in <module>
        LIB_PATH = libpath['find_lib_path']()
      File "/private/var/folders/19/1pcpc2r57_g6gjl_2v5_4kgc0000gn/T/pip-build-q8wmsvem/xgboost/xgboost/libpath.py", line 45, in find_lib_path
        'List of candidates:\n' + ('\n'.join(dll_path)))
    XGBoostLibraryNotFound: Cannot find XGBoost Libarary in the candicate path, did you install compilers and run build.sh in root path?
    List of candidates:
    /private/var/folders/19/1pcpc2r57_g6gjl_2v5_4kgc0000gn/T/pip-build-q8wmsvem/xgboost/xgboost/libxgboost.so
    /private/var/folders/19/1pcpc2r57_g6gjl_2v5_4kgc0000gn/T/pip-build-q8wmsvem/xgboost/xgboost/../../lib/libxgboost.so
    /private/var/folders/19/1pcpc2r57_g6gjl_2v5_4kgc0000gn/T/pip-build-q8wmsvem/xgboost/xgboost/./lib/libxgboost.so

    ----------------------------------------
Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in /private/var/folders/19/1pcpc2r57_g6gjl_2v5_4kgc0000gn/T/pip-build-q8wmsvem/xgboost/

PLZ HELP

schen57 2 дек. 2017

@ schen57 В нескольких местах документально подтверждено, что метод установки pip install xgboost работает только с GCC 5.

Пожалуйста, brew install gcc@5 и повторите установку.

https://github.com/dmlc/xgboost/blob/master/python-package/README.rst
https://xgboost.readthedocs.io/en/latest/build.html#building -on-macos
https://github.com/dmlc/xgboost/issues/1501#issuecomment -292209578

@alonsopg @phunterlau Интересно, можно ли сейчас закрыть этот вопрос? Он становится довольно большим и выходит из-под контроля, поскольку есть решение исходной проблемы, о которой сообщил OP. Долгосрочное решение этой проблемы - позволить методу pip install xgboost работать с последними версиями GCC, но я считаю, что это лучше решить в отдельной проблеме, посвященной именно этому. Что вы думаете?

JoeNyland 2 дек. 2017

Да, согласен. Установка pip производилась для золотой стабильной версии xgboost, поэтому была выбрана стабильная версия gcc. При установке pip скоро будет использоваться официальный выпуск и предварительно скомпилированный двоичный файл, как и планировалось.

phunterlau 3 дек. 2017

👍2

Хотя я установил gcc 5 (с brew), сборка xgboost по-прежнему использовала версию gcc для LLVM (7 в моем случае). Чтобы сборка использовала gcc 5, я сделал:

brew install gcc<strong i="6">@5</strong>
env CC=gcc-5 CXX=g++-5 pip install xgboost

и это сработало для меня.

davidread 8 янв. 2018

👍30 ❤8 🎉8

Следующее помогло мне безболезненно получить новейшую версию XGBoost в Anaconda:

установить brew (если еще не там)
следуйте инструкциям @davidread : (спасибо @davidread !!!)

brew install gcc<strong i="12">@5</strong>
env CC=gcc-5 CXX=g++-5 pip install xgboost

mweber-ovt 15 янв. 2018

❤2

Спасибо @davidread, ваше решение сработало после нескольких часов борьбы. Находка !!!

sagar-m 16 янв. 2018

В дополнение к решению @davidread , если установка pip не работает для вас, попробуйте вторую строку как:
env CC=gcc-5 CXX=g++-5 pip3 install xgboost
Это должно работать!

JingyuanXing 27 янв. 2018

👍4

Спасибо @davidread. После нескольких часов борьбы с опцией gcc-7 и --without-Multilib (которая, кстати, была отключена в gcc), я боролся еще с gcc-5 и pip, пока, наконец, не нашел ваше решение! Спасибо еще раз.

chetankshetty 8 февр. 2018

@cacoderquan У меня была такая же проблема. Не знаю, отсортировали ли вы это еще (не прочитали все комментарии), но я смог установить, сначала запустив файл build.sh в терминале, а затем запустив setup.py в пакете python папка.

ssr48 18 февр. 2018

Спасибо за всю помощь, указанную выше, и особенно за тоже сработал для меня, как мы можем убедиться, что у нас есть многопоточность? Заранее спасибо, ребята