描述错误
与#2047相关
我试图在两个不同的站点为 sipnet 生成 NARR 驱动程序,但遇到了一个问题,即 BD 命令的输出是空文件或胡言乱语。 例如:
PK^C^D^T^@^B^@^H^@EU^QM æµ3)Â^G^@uù^S^@^_^@^@^@NARR.2002-01-01.2004-12-31.clim<8c><9d>W<96>39<96>¤<9f>9{)^^h±ÿ<8d><8d>}^F<92>^N^G<83>ù÷<88>îªÌ<88> è^N\\a"<R^Hé^Q^_á^Q<9e>1ÕÇÿús<86>YÒ<9c>9¶^RÚã^?éYJ<8e>uÎ<96>ci1ùGC^H#<94>ÖR^O¥´Þ{~ÄÐø^K©Ï^Z©í¡ÿôÔ_^_#<8e><9a>r}¤^\<9f><8e>YF CÿãQ<9f>9<8e><94>CÏú´Ôµ<88>gû^?á½¢ü^Ñ|æ<94>¦Ö^Põg<8a>þ<90><96><94>õ!±gý¥<92>*«ÿ<9f>ÖTb<8a>c<94>^^rË-öG¯Ï¨^_¬eÖ<99>û<88><8f>4ôOô<9f>ËHC<9f>8^^)õgÕW+=<85>^TfÓ<92>Zèe<86><94>Û졵û<92>Ú{I1<k<8e>iè^AÄ ¿í%åYZ®9è/ègÖ<92>R)Akh5¦©§ð¨Z<80><9e>ML9<87>^XSzè<8b>=G^^úÅ^VJMSK
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这是来自 WF https://modex.bnl.gov/pecan_dev/05-running.php?workflowid=2000000991的示例文件,我在 AF 站点 Susquehanna 页岩山临界区天文台 (US-SSH) 上运行
再现
重现行为的步骤:
预期行为
已创建适当的 NARR 驱动程序并成功完成模型集成
截图
没有任何
机器(请填写以下信息):
附加上下文
没有任何
有趣的是,如果您返回相同的站点/模型组合,则创建的驱动程序会显示为一个选项
另外,不确定这是否应该发生,但是在 pecan 工作流文件夹的顶层创建了一个 sipnet.clim 文件夹,如下所示:
[sserbin<strong i="6">@modex</strong> PEcAn_2000000991]$ ll
total 932
-rw-r--r--. 1 apache test 100 Aug 17 11:44 ensemble.output.2000001031.NPP.2002.2004.Rdata
-rw-r--r--. 1 apache test 785 Aug 17 11:43 ensemble.samples.2000001031.Rdata
drwxr-sr-x. 3 apache test 31 Aug 17 11:43 out
-rw-r--r--. 1 apache test 2957 Aug 17 11:41 pecan.CHECKED.xml
-rw-r--r--. 1 apache test 3195 Aug 17 11:43 pecan.CONFIGS.xml
-rw-r--r--. 1 apache test 3114 Aug 17 11:42 pecan.METProcess.xml
-rw-r--r--. 1 apache test 3155 Aug 17 11:42 pecan.TRAIT.xml
-rw-rw-r--. 1 apache test 2151 Aug 17 11:41 pecan.xml
drwxr-sr-x. 3 apache test 51 Aug 17 11:41 pft
drwxr-sr-x. 3 apache test 50 Aug 17 11:43 run
-rw-r--r--. 1 apache test 871702 Aug 17 11:43 samples.Rdata
drwxr-sr-x. 2 apache test 10 Aug 17 11:41 sipnet.clim
-rw-r--r--. 1 apache test 371 Aug 17 11:44 STATUS
-rw-rw-r--. 1 apache test 6320 Aug 17 11:41 workflow.R
-rw-r--r--. 1 apache test 39635 Aug 17 11:44 workflow.Rout
但是文件夹是空的
这是运行文件夹的样子:
[sserbin<strong i="6">@modex</strong> 2000075070]$ ll
total 20
-rwxr-xr-x. 1 apache test 1767 Aug 17 11:43 job.sh
-rw-r--r--. 1 apache test 664 Aug 17 11:43 README.txt
lrwxrwxrwx. 1 apache test 67 Aug 17 11:43 sipnet.clim -> /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-10704043b8b7/sipnet.clim
-rw-r--r--. 1 apache test 2750 Aug 17 11:43 sipnet.in
-rw-r--r--. 1 apache test 2767 Aug 17 11:43 sipnet.param
-rw-r--r--. 1 apache test 1 Aug 17 11:43 sipnet.param-spatial
根据@robkooper在 Slack 上的评论,返回的文件似乎是一个没有正确扩展名的 .zip 文件。 如果我重命名文件,我可以成功提取数据文件,它是格式正确的 sipnet.clim 文件。
[sserbin<strong i="7">@modex</strong> BD-10704043b8b7]$ sudo mv sipnet.clim sipnet.clim.zip
[sudo] password for sserbin:
[sserbin<strong i="8">@modex</strong> BD-10704043b8b7]$ ll
total 500
-rw-r--r--. 1 apache test 508617 Aug 17 11:42 sipnet.clim.zip
[sserbin<strong i="9">@modex</strong> BD-10704043b8b7]$ sudo unzip sipnet.clim.zip
Archive: sipnet.clim.zip
inflating: NARR.2002-01-01.2004-12-31.clim
[sserbin<strong i="10">@modex</strong> BD-10704043b8b7]$ ll
total 1780
-rw-r--r--. 1 root test 1309045 Aug 17 10:42 NARR.2002-01-01.2004-12-31.clim
-rw-r--r--. 1 apache test 508617 Aug 17 11:42 sipnet.clim.zip
0 2002 1 0 0.125 -7.9094299316406 -2.44315996314612 0 0.000804662704467773 106.125279746456 279.20088185235 231.658948408484 5.31823073993271 0.6
0 2002 1 3 0.125 -9.32294311523435 -2.39741738404251 0 -0.0412188470363617 75.1397549593781 285.159348289328 227.559947202096 5.60749023697066 0.6
0 2002 1 6 0.125 -10.5312866210937 -2.33946353060725 0 -0.0244013965129852 55.1456123301122 294.838635604529 220.208121240694 5.00348134365326 0.6
0 2002 1 9 0.125 -11.3368286132812 -2.27091310812966 0 -0.0244013965129852 35.953950127431 295.342434940375 222.430670123902 5.07081553376126 0.6
0 2002 1 12 0.125 -12.4007629394531 -2.19504814728271 628398.237304688 0.0848717987537384 19.7246218935274 303.128231282344 217.696640681874 4.52785957682463 0.6
0 2002 1 15 0.125 -8.40720214843748 -2.10964517251597 1622754.71191406 0.000804662704467773 67.3028051574853 265.95481312816 257.728592667697 6.00752887354068 0.6
0 2002 1 18 0.125 -5.53836669921873 -2.05694625720645 1374894.71191406 0.00921338796615601 109.890647291759 230.4657112397 295.058308799463 6.37520017434981 0.6
0 2002 1 21 0.125 -4.0488342285156 -2.02781320104941 58806.474609375 0.0176221132278442 132.242433885207 205.770433990006 320.831082348398 5.77486085931632 0.6
0 2002 2 0 0.125 -5.8043273925781 -2.01090098947708 0 0.00921338796615601 68.1552254424385 198.632733047786 328.702943023655 5.63152559393685 0.6
0 2002 2 3 0.125 -6.48831787109373 -1.97915701994827 0 0.000804662704467773 57.8740762854741 209.776452022241 318.84142518764 4.74670963477183 0.6 ...
再次运行,看到现在有两个不同的 BD clim 文件在命名不当的 .zip 文件中
[sserbin<strong i="6">@modex</strong> BD-650a29c32afa]$ ll
total 3556
-rw-r--r--. 1 root test 2191869 Aug 17 11:37 NARR.2000-01-01.2004-12-31.clim
-rw-r--r--. 1 root test 439523 Aug 17 09:57 NARR.2004-01-01.2004-12-31.clim
-rw-r--r--. 1 apache test 1003128 Aug 17 12:37 sipnet.clim.zip
另一个问题是 job.sh 中使用的符号链接与文件名不匹配:
[sserbin<strong i="10">@modex</strong> 2000075302]$ ll
total 20
-rwxr-xr-x. 1 apache test 1768 Aug 17 12:37 job.sh
-rw-r--r--. 1 apache test 673 Aug 17 12:37 README.txt
lrwxrwxrwx. 1 apache test 67 Aug 17 12:37 sipnet.clim -> /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-650a29c32afa/sipnet.clim
-rw-r--r--. 1 apache test 2750 Aug 17 12:37 sipnet.in
-rw-r--r--. 1 apache test 2771 Aug 17 12:37 sipnet.param
-rw-r--r--. 1 apache test 1 Aug 17 12:37 sipnet.param-spatial
# see if application needs running
if [ ! -e "/data/Model_Output/pecan.output/PEcAn_2000000994/out/2000075302/sipnet.out" ]; then
cd "/data/Model_Output/pecan.output/PEcAn_2000000994/run/2000075302"
ln -s "/data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-650a29c32afa/sipnet.clim" sipnet.clim
...
快速检查一下我认为它的设置方式:
[sserbin<strong i="6">@modex</strong> 2000075302]$ sudo ln -s /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-650a29c32afa/NARR.2000-01-01.2004-12-31.clim sipnet.clim
[sserbin<strong i="7">@modex</strong> 2000075302]$ ll
total 20
-rwxr-xr-x. 1 apache test 1768 Aug 17 12:37 job.sh
-rw-r--r--. 1 apache test 673 Aug 17 12:37 README.txt
lrwxrwxrwx. 1 root test 87 Aug 17 12:42 sipnet.clim -> /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-650a29c32afa/NARR.2000-01-01.2004-12-31.clim
-rw-r--r--. 1 apache test 2750 Aug 17 12:37 sipnet.in
-rw-r--r--. 1 apache test 2771 Aug 17 12:37 sipnet.param
-rw-r--r--. 1 apache test 1 Aug 17 12:37 sipnet.param-spatial
[sserbin<strong i="8">@modex</strong> 2000075302]$ sudo ./job.sh
[sserbin<strong i="9">@modex</strong> out]$ cd 2000075302
[sserbin<strong i="10">@modex</strong> 2000075302]$ ll
total 3456
-rw-r--r--. 1 apache test 1293 Aug 17 12:43 logfile.txt
-rw-r--r--. 1 root test 673 Aug 17 12:43 README.txt
-rw-r--r--. 1 root test 3523496 Aug 17 12:43 sipnet.out
-rw-------. 1 apache apache 0 Aug 17 12:37 stderr.log
-rw-------. 1 apache apache 119 Aug 17 12:37 stdout.log
[sserbin<strong i="11">@modex</strong> 2000075302]$ ll
total 5956
-rw-rw-r--. 1 sserbin test 507576 Aug 17 12:48 2000.nc
-rw-rw-r--. 1 sserbin test 743 Aug 17 12:48 2000.nc.var
-rw-rw-r--. 1 sserbin test 506200 Aug 17 12:48 2001.nc
-rw-rw-r--. 1 sserbin test 743 Aug 17 12:48 2001.nc.var
-rw-rw-r--. 1 sserbin test 506200 Aug 17 12:48 2002.nc
-rw-rw-r--. 1 sserbin test 743 Aug 17 12:48 2002.nc.var
-rw-rw-r--. 1 sserbin test 506200 Aug 17 12:48 2003.nc
-rw-rw-r--. 1 sserbin test 743 Aug 17 12:48 2003.nc.var
-rw-rw-r--. 1 sserbin test 507576 Aug 17 12:48 2004.nc
-rw-rw-r--. 1 sserbin test 743 Aug 17 12:48 2004.nc.var
-rwxrwxrwx. 1 apache test 16 Aug 17 12:46 logfile.txt
-rwxrwxrwx. 1 root test 673 Aug 17 12:46 README.txt
-rwxrwxrwx. 1 root test 3523496 Aug 17 12:43 sipnet.out
-rwxrwxrwx. 1 apache apache 0 Aug 17 12:37 stderr.log
-rwxrwxrwx. 1 apache apache 119 Aug 17 12:37 stdout.log
@robkooper您是否有时间研究 NARR 的 BD 问题?
我认为这可能已通过 #2039 修复,我需要对此进行测试。
你选哪一年?
一年还是多次?
@robkooper又试了一次,得到了这个:
prerun
Error: no climate data in sipnet.clim
mv: cannot stat `/data/Model_Output/pecan.output/PEcAn_2000001054/run/2000079623/sipnet.out': No such file or directory
这是目录,这次看起来更好:
[sserbin<strong i="10">@modex</strong> run]$ cd 2000079623/
[sserbin<strong i="11">@modex</strong> 2000079623]$ ll
total 20
-rwxr-xr-x. 1 apache test 1767 Sep 14 08:09 job.sh
-rw-r--r--. 1 apache test 663 Sep 14 08:09 README.txt
lrwxrwxrwx. 1 apache test 67 Sep 14 08:10 sipnet.clim -> /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-9ac83554512c/sipnet.clim
-rw-r--r--. 1 apache test 2750 Sep 14 08:09 sipnet.in
-rw-r--r--. 1 apache test 2757 Sep 14 08:09 sipnet.param
-rw-r--r--. 1 apache test 1 Sep 14 08:09 sipnet.param-spatial
但是文件里什么都没有??
[sserbin<strong i="15">@modex</strong> 2000079623]$ cd /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-9ac83554512c/
[sserbin<strong i="16">@modex</strong> BD-9ac83554512c]$ ll
total 0
-rw-r--r--. 1 apache test 0 Sep 14 08:08 sipnet.clim
[sserbin<strong i="17">@modex</strong> BD-9ac83554512c]$
从工作流.log
>
> # Do conversions
> settings <- PEcAn.utils::do_conversions(settings)
2018-09-14 08:06:24 DEBUG [PEcAn.utils::do_conversions] :
do.conversion outdir /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles
2018-09-14 08:06:24 INFO [PEcAn.utils::do_conversions] : PROCESSING: met
2018-09-14 08:06:24 INFO [PEcAn.utils::do_conversions] :
calling met.process:
2018-09-14 08:06:28 INFO [browndog.met] :
browndog download url :
http://dap.ncsa.illinois.edu:8184/file/20285355_pecan.clim
2018-09-14 08:08:29 WARN [PEcAn.DB::db.close] :
Connection created outside of PEcAn.DB package
2018-09-14 08:08:29 DEBUG [PEcAn.utils::do_conversions] :
updated met path:
/data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-9ac83554512c/sipnet.clim
>
> # Query the trait database for data and priors
> if (PEcAn.utils::status.check("TRAIT") == 0){
+ PEcAn.utils::status.start("TRAIT")
+ settings <- PEcAn.workflow::runModule.get.trait.data(settings)
+ PEcAn.settings::write.settings(settings, outputfile='pecan.TRAIT.xml')
+ PEcAn.utils::status.end()
+ } else if (file.exists(file.path(settings$outdir, 'pecan.TRAIT.xml'))) {
+ settings <- PEcAn.settings::read.settings(file.path(settings$outdir, 'pecan.TRAIT.xml'))
+ }
2018-09-14 08:08:31 INFO [query.trait.data] :
---------------------------------------------------------
这是我的跑步信息
<run>
<site>
<id>1000025731</id>
<met.start>1990/01/01</met.start>
<met.end>1991/12/31</met.end>
</site>
<inputs>
<met>
<source>NARR</source>
<output>SIPNET</output>
</met>
</inputs>
<start.date>1990/01/01</start.date>
<end.date>1991/12/31</end.date>
</run>
我相信这已在开发分支上修复但尚未部署。 我将与@yan130一起测试并查看它是否在具有该特定文件的开发服务器上工作。
@robkooper好的,谢谢。 我正在为这些运行使用开发分支,只是还没有推送本地分支的更改?
我们没有在这里部署开发分支。 这个特定的实例跟随主分支。 我希望在那里部署新版本。 我会在新版本发布时与@tonygardella 联系。
@robkooper我不确定我是否遵循......我也不确定这个错误发生在哪一端。 我想我们会确保它对 master 和 dev 都有效?
我们对此有任何修复吗? @para2x在您的多站点 SDA 中的某个时候,我认为我们将希望跨站点使用 NARR 驱动程序运行,或者至少这是最初的计划。 但我们一直在等待修复。
撞。 最近有没有其他人能够通过 sipnet 使用 BrownDog NARR? 如果是这样,请让我知道,也许它已经得到解决并且正在再次工作......不清楚。
如果 BrownDog NARR 有问题,我会在此期间使用基于 THREDDS 的 NARR_site
@robkooper我在 prod 上测试了这个案例,错误是一个错误的 ftp 链接:
<input>
<type>NARR</type>
<site>US-SSH</site>
<lat>40.6658</lat>
<lon>-77.9041</lon>
<start_date>1990-01-01 00:00:00</start_date>
<end_date>1991-12-31 23:59:59</end_date>
</input>
remotefunc <- function() {PEcAn.data.atmosphere::download.NARR(site_id='1135', lat.in=40.6658, lon.in=-77.9041, 模型=NULL, 场景=NULL, ensemble_member=NULL, 覆盖=FALSE, outfolder='/home/polyglot/cache/PEcAn/NARR_site_1-25731/', start_date='1990-01-01', end_date='2014-12-31')}
remoteout <- remotefunc()
附加包:'PEcAn.utils'
以下对象被“ package:utils ”屏蔽:
下载文件
2019-01-23 11:18:33 调试 [PEcAn.data.atmosphere::download.NARR]:
文件'/home/polyglot/cache/PEcAn/NARR_site_1-25731//pres.sfc.2014.nc'
已经存在,跳到下一个文件。
2019-01-23 11:18:33 调试 [PEcAn.data.atmosphere::download.NARR]:
文件'/home/polyglot/cache/PEcAn/NARR_site_1-25731//pres.sfc.2013.nc'
已经存在,跳到下一个文件。
2019-01-23 11:18:33 调试 [PEcAn.data.atmosphere::download.NARR]:
下载自:
ftp://ftp.cdc.noaa.gov/Datasets/NARR/monolevel/pres.sfc.2012.nc 到:
/home/polyglot/cache/PEcAn/NARR_site_1-25731//pres.sfc.2012.nc
尝试 URL 'ftp://ftp.cdc.noaa.gov/Datasets/NARR/monolevel/pres.sfc.2012.nc'
utils::download.file(url, filename, method) 中的错误:
无法打开 URL 'ftp://ftp.cdc.noaa.gov/Datasets/NARR/monolevel/pres.sfc.2012.nc'
调用: remotefunc ->
另外: 警告信息:
在 utils::download.file(url, filename, method) 中:
URL 'ftp://ftp.cdc.noaa.gov/Datasets/NARR/monolevel/pres.sfc.2012.nc':状态为'无法连接到服务器'
执行停止
[1] 1
2019-01-23 11:20:41 信息 [PEcAn.utils::convert.input] :
结果:转换.输入
2019-01-23 11:20:41 信息 [PEcAn.utils::convert.input]:1
2019-01-23 11:20:41 信息 [PEcAn.utils::convert.input] :
文件错误 != "" :比较 (2) 仅适用于原子和列表类型
调用:met.process ... .download.raw.met.module ->
2019-01-23 11:20:41 警告 [db.close] :
在 PEcAn.DB 包之外创建的连接
执行停止
PS:我不知道为什么它从2014年开始下载,我只是将开始设置为1990,结束设置为1991。
欢迎政府关门?
@yan130我刚刚测试了那个 FTP 链接,它看起来已经备份了
我刚刚运行了这个,它似乎正在拉下数据
remotefunc <- function() {PEcAn.data.atmosphere::download.NARR(site_id='1135', lat.in=40.6658, lon.in=-77.9041, model=NULL, scenario=NULL,
ensemble_member=NULL, overwrite=FALSE, outfolder='~/scratch',
start_date='1990-01-01', end_date='2014-12-31')}
remoteout <- remotefunc()
@serbinsh我运行它,需要一些时间(可能是一天),我会在完成或出错时更新你。
谢谢@yan130你是在测试基本的 NARR 代码还是 BrownDog 版本?
我需要先在 BrownDog 服务器上运行基本的 NARR 代码。
当我运行的完成后,您就可以从您的机器上运行 BrownDog 版本了。
啊,好的,有道理。 谢谢你!
奇怪的是,我将 pecan 更新到最新的 dev,现在出现此错误:
> remotefunc <- function() {PEcAn.data.atmosphere::download.NARR(site_id='1135', lat.in=40.6658, lon.in=-77.9041, model=NULL, scenario=NULL, ensemble_member=NULL, method=NULL, overwrite=FALSE, outfolder='/data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/NARR_site_1135/', start_date='1990-01-01', end_date='2014-12-31')}
> remoteout <- remotefunc()
2019-01-28 15:10:40 DEBUG [#1: PEcAn.data.atmosphere::download.NARR] :
Downloading from:
ftp://ftp.cdc.noaa.gov/Datasets/NARR/monolevel/pres.sfc.2014.nc to:
/data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/NARR_site_1135//pres.sfc.2014.nc
Error in if (method == "ncftpget") { : argument is of length zero
> traceback()
3: PEcAn.utils::download.file(url, new.file, method)
2: PEcAn.data.atmosphere::download.NARR(site_id = "1135", lat.in = 40.6658,
lon.in = -77.9041, model = NULL, scenario = NULL, ensemble_member = NULL,
method = NULL, overwrite = FALSE, outfolder = "/data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/NARR_site_1135/",
start_date = "1990-01-01", end_date = "2014-12-31") at #1
1: remotefunc()
然而上面类似的命令仍然有效,需要弄清楚为什么现在有区别
啊哈,PEcAn 中较新命令的问题在于它默认将“方法”设置为 NULL,这对我来说是错误的。 但如果我运行为:
remotefunc <- function() {PEcAn.data.atmosphere::download.NARR(site_id='1135', lat.in=40.6658, lon.in=-77.9041, model=NULL, scenario=NULL, ensemble_member=NULL, overwrite=FALSE,
outfolder='~/scratch', start_date='1990-01-01', end_date='1990-02-01')}
remoteout <- remotefunc()
它运行良好。
我在这里找不到: https :
或在这里: https :
默认情况下,“方法”在哪里设置为 NULL? 据我所知,它也不会在这里发生? https://github.com/PecanProject/pecan/blob/develop/web/03a-narr.php 。 但是“method=NULL,”在modex 上为我打破了NARR,因为这需要从我们的R 配置文件中获取。
当前错误日志:
开始特定于模型的转换
[1]“转换为模型格式”
没有 geonamesUsername 设置。 请参阅 http://geonames.wordpress.com/2010/03/16/ddos-part-ii/ 并设置一个选项(geonamesUsername="foo") 以使某些服务工作
url(url, open = "r") 中的错误:
无法打开与“http://ws.geonames.org/timezoneJSON?lat=40.6658&lng=-77.9041&radius=0&username=carya”的连接
调用:met.process ... site.lst -> GNtimezone -> as.data.frame -> getJson -> url
另外: 警告信息:
在 url(url, open = "r") 中:
URL ' http://ws.geonames.org/timezoneJSON?lat=40.6658&lng=-77.9041&radius=0&username=carya ':状态是'无法解析主机名'
2019-01-31 15:28:05 警告 [db.close] :
在 PEcAn.DB 包之外创建的连接
执行停止
@yan130我收到这条错误消息:
```> # 做转换
设置 <- PEcAn.workflow::do_conversions(settings)
2019-02-01 08:33:22 调试 [PEcAn.workflow::do_conversions]:
do.conversion outdir /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles
2019-02-01 08:33:22 信息 [PEcAn.workflow::do_conversions]:处理:满足
2019-02-01 08:33:22 信息 [PEcAn.workflow::do_conversions] :
调用met.process:
2019-02-01 08:33:25 信息 [browndog.met] :
browndog 下载地址:
http://dap.ncsa.illinois.edu :8184/file/20318176_pecan.clim
basename(downloadedfile) 中的错误:应为字符向量参数
调用:-> -> browndog.met -> basename
过程时间()
用户系统已过期
11.513 1.215 662.677
```。
也许你拉下所有 NARR 的工作失败了? 这个错误是在漫长的等待后出现的,所以我认为它正在处理提取并且传输失败? @robkooper你们是否有日志可以说明这个问题?
当前错误日志:
开始特定于模型的转换
[1]“转换为模型格式”
没有 geonamesUsername 设置。 请参阅 http://geonames.wordpress.com/2010/03/16/ddos-part-ii/ 并设置一个选项(geonamesUsername="foo") 以使某些服务工作
url(url, open = "r") 中的错误:
无法打开与“http://ws.geonames.org/timezoneJSON?lat=40.6658&lng=-77.9041&radius=0&username=carya”的连接
调用:met.process ... site.lst -> GNtimezone -> as.data.frame -> getJson -> url
另外: 警告信息:
在 url(url, open = "r") 中:
URL ' http://ws.geonames.org/timezoneJSON?lat=40.6658&lng=-77.9041&radius=0&username=carya ':状态是'无法解析主机名'
2019-01-31 15:28:05 警告 [db.close] :
在 PEcAn.DB 包之外创建的连接
执行停止
这可以通过添加新的 api url 来解决:
选项(geonamesHost =“api.geonames.org”)
到所有 geonames::GNtimezone 调用。
@robkooper
我可以将此行添加到 browndog 中的 PEcAn_convert.R,
或 pecanproject 中的 modules/data.atmosphere/R/site.lst.R。
你更喜欢哪种方式?
@serbinsh现在应该可以工作了,如果您仍有问题,请发表评论。
检查安装了哪个版本的 geonames。 这可能会在更新中修复。
最新的,自 2014 年以来没有更新。
https://cran.r-project.org/web/packages/geonames/index.html
你能试试Rscript -e "devtools::install_github('ropensci/geonames')"
看看是否能解决问题。 这是目前在 PEcAn 中使用的内容。
不工作。 在“ropensci/geonames”的源代码中没有找到主机名
只是跟进一下,通过 BD 再次运行 NARR 进程有什么进展吗?
我刚刚在上午再次尝试,发现它确实创建了一个 sipnet.clim 文件,但它是空的
这个问题是陈旧的,因为它已经开放 365 天了,没有任何活动。