Pecan: Los archivos BrownDog / NARR sipnet.clim no se generan correctamente

Curiosamente, el controlador creado aparece como una opción si regresa al mismo combo de sitio / modelo

Además, no estoy seguro de si esto es lo que se supone que debe suceder, pero se creó una carpeta sipnet.clim en el nivel superior de la carpeta de flujo de trabajo de nueces como se ve aquí:

[sserbin<strong i="6">@modex</strong> PEcAn_2000000991]$ ll
total 932
-rw-r--r--. 1 apache test    100 Aug 17 11:44 ensemble.output.2000001031.NPP.2002.2004.Rdata
-rw-r--r--. 1 apache test    785 Aug 17 11:43 ensemble.samples.2000001031.Rdata
drwxr-sr-x. 3 apache test     31 Aug 17 11:43 out
-rw-r--r--. 1 apache test   2957 Aug 17 11:41 pecan.CHECKED.xml
-rw-r--r--. 1 apache test   3195 Aug 17 11:43 pecan.CONFIGS.xml
-rw-r--r--. 1 apache test   3114 Aug 17 11:42 pecan.METProcess.xml
-rw-r--r--. 1 apache test   3155 Aug 17 11:42 pecan.TRAIT.xml
-rw-rw-r--. 1 apache test   2151 Aug 17 11:41 pecan.xml
drwxr-sr-x. 3 apache test     51 Aug 17 11:41 pft
drwxr-sr-x. 3 apache test     50 Aug 17 11:43 run
-rw-r--r--. 1 apache test 871702 Aug 17 11:43 samples.Rdata
drwxr-sr-x. 2 apache test     10 Aug 17 11:41 sipnet.clim
-rw-r--r--. 1 apache test    371 Aug 17 11:44 STATUS
-rw-rw-r--. 1 apache test   6320 Aug 17 11:41 workflow.R
-rw-r--r--. 1 apache test  39635 Aug 17 11:44 workflow.Rout

Pero la carpeta esta vacia

Así es como se ve una carpeta de ejecución:

[sserbin<strong i="6">@modex</strong> 2000075070]$ ll
total 20
-rwxr-xr-x. 1 apache test 1767 Aug 17 11:43 job.sh
-rw-r--r--. 1 apache test  664 Aug 17 11:43 README.txt
lrwxrwxrwx. 1 apache test   67 Aug 17 11:43 sipnet.clim -> /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-10704043b8b7/sipnet.clim
-rw-r--r--. 1 apache test 2750 Aug 17 11:43 sipnet.in
-rw-r--r--. 1 apache test 2767 Aug 17 11:43 sipnet.param
-rw-r--r--. 1 apache test    1 Aug 17 11:43 sipnet.param-spatial

Según un comentario de @robkooper en Slack, parece que el archivo devuelto es un archivo .zip sin la extensión correcta. Si cambio el nombre del archivo, puedo extraer con éxito el archivo de datos, que es un archivo sipnet.clim con el formato adecuado.

[sserbin<strong i="7">@modex</strong> BD-10704043b8b7]$ sudo mv sipnet.clim sipnet.clim.zip
[sudo] password for sserbin:
[sserbin<strong i="8">@modex</strong> BD-10704043b8b7]$ ll
total 500
-rw-r--r--. 1 apache test 508617 Aug 17 11:42 sipnet.clim.zip

[sserbin<strong i="9">@modex</strong> BD-10704043b8b7]$ sudo unzip sipnet.clim.zip
Archive:  sipnet.clim.zip
  inflating: NARR.2002-01-01.2004-12-31.clim
[sserbin<strong i="10">@modex</strong> BD-10704043b8b7]$ ll
total 1780
-rw-r--r--. 1 root   test 1309045 Aug 17 10:42 NARR.2002-01-01.2004-12-31.clim
-rw-r--r--. 1 apache test  508617 Aug 17 11:42 sipnet.clim.zip

0       2002    1       0       0.125   -7.9094299316406        -2.44315996314612       0       0.000804662704467773    106.125279746456        279.20088185235 231.658948408484        5.31823073993271        0.6
0       2002    1       3       0.125   -9.32294311523435       -2.39741738404251       0       -0.0412188470363617     75.1397549593781        285.159348289328        227.559947202096        5.60749023697066        0.6
0       2002    1       6       0.125   -10.5312866210937       -2.33946353060725       0       -0.0244013965129852     55.1456123301122        294.838635604529        220.208121240694        5.00348134365326        0.6
0       2002    1       9       0.125   -11.3368286132812       -2.27091310812966       0       -0.0244013965129852     35.953950127431 295.342434940375        222.430670123902        5.07081553376126        0.6
0       2002    1       12      0.125   -12.4007629394531       -2.19504814728271       628398.237304688        0.0848717987537384      19.7246218935274        303.128231282344        217.696640681874        4.52785957682463        0.6
0       2002    1       15      0.125   -8.40720214843748       -2.10964517251597       1622754.71191406        0.000804662704467773    67.3028051574853        265.95481312816 257.728592667697        6.00752887354068        0.6
0       2002    1       18      0.125   -5.53836669921873       -2.05694625720645       1374894.71191406        0.00921338796615601     109.890647291759        230.4657112397  295.058308799463        6.37520017434981        0.6
0       2002    1       21      0.125   -4.0488342285156        -2.02781320104941       58806.474609375 0.0176221132278442      132.242433885207        205.770433990006        320.831082348398        5.77486085931632        0.6
0       2002    2       0       0.125   -5.8043273925781        -2.01090098947708       0       0.00921338796615601     68.1552254424385        198.632733047786        328.702943023655        5.63152559393685        0.6
0       2002    2       3       0.125   -6.48831787109373       -1.97915701994827       0       0.000804662704467773    57.8740762854741        209.776452022241        318.84142518764 4.74670963477183        0.6 ...

Ejecútelo de nuevo y vea que ahora hay dos archivos BD clim diferentes en el archivo .zip con un nombre incorrecto

[sserbin<strong i="6">@modex</strong> BD-650a29c32afa]$ ll
total 3556
-rw-r--r--. 1 root   test 2191869 Aug 17 11:37 NARR.2000-01-01.2004-12-31.clim
-rw-r--r--. 1 root   test  439523 Aug 17 09:57 NARR.2004-01-01.2004-12-31.clim
-rw-r--r--. 1 apache test 1003128 Aug 17 12:37 sipnet.clim.zip

Otro problema es que el enlace simbólico utilizado en job.sh no coincide con los nombres de archivo:

[sserbin<strong i="10">@modex</strong> 2000075302]$ ll
total 20
-rwxr-xr-x. 1 apache test 1768 Aug 17 12:37 job.sh
-rw-r--r--. 1 apache test  673 Aug 17 12:37 README.txt
lrwxrwxrwx. 1 apache test   67 Aug 17 12:37 sipnet.clim -> /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-650a29c32afa/sipnet.clim
-rw-r--r--. 1 apache test 2750 Aug 17 12:37 sipnet.in
-rw-r--r--. 1 apache test 2771 Aug 17 12:37 sipnet.param
-rw-r--r--. 1 apache test    1 Aug 17 12:37 sipnet.param-spatial

# see if application needs running
if [ ! -e "/data/Model_Output/pecan.output/PEcAn_2000000994/out/2000075302/sipnet.out" ]; then
  cd "/data/Model_Output/pecan.output/PEcAn_2000000994/run/2000075302"
  ln -s "/data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-650a29c32afa/sipnet.clim" sipnet.clim
...

Una revisión rápida de lo que creo que debería ser la forma en que está configurado:

[sserbin<strong i="6">@modex</strong> 2000075302]$ sudo ln -s /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-650a29c32afa/NARR.2000-01-01.2004-12-31.clim sipnet.clim
[sserbin<strong i="7">@modex</strong> 2000075302]$ ll
total 20
-rwxr-xr-x. 1 apache test 1768 Aug 17 12:37 job.sh
-rw-r--r--. 1 apache test  673 Aug 17 12:37 README.txt
lrwxrwxrwx. 1 root   test   87 Aug 17 12:42 sipnet.clim -> /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-650a29c32afa/NARR.2000-01-01.2004-12-31.clim
-rw-r--r--. 1 apache test 2750 Aug 17 12:37 sipnet.in
-rw-r--r--. 1 apache test 2771 Aug 17 12:37 sipnet.param
-rw-r--r--. 1 apache test    1 Aug 17 12:37 sipnet.param-spatial

[sserbin<strong i="8">@modex</strong> 2000075302]$ sudo ./job.sh

[sserbin<strong i="9">@modex</strong> out]$ cd 2000075302
[sserbin<strong i="10">@modex</strong> 2000075302]$ ll
total 3456
-rw-r--r--. 1 apache test      1293 Aug 17 12:43 logfile.txt
-rw-r--r--. 1 root   test       673 Aug 17 12:43 README.txt
-rw-r--r--. 1 root   test   3523496 Aug 17 12:43 sipnet.out
-rw-------. 1 apache apache       0 Aug 17 12:37 stderr.log
-rw-------. 1 apache apache     119 Aug 17 12:37 stdout.log

[sserbin<strong i="11">@modex</strong> 2000075302]$ ll
total 5956
-rw-rw-r--. 1 sserbin test    507576 Aug 17 12:48 2000.nc
-rw-rw-r--. 1 sserbin test       743 Aug 17 12:48 2000.nc.var
-rw-rw-r--. 1 sserbin test    506200 Aug 17 12:48 2001.nc
-rw-rw-r--. 1 sserbin test       743 Aug 17 12:48 2001.nc.var
-rw-rw-r--. 1 sserbin test    506200 Aug 17 12:48 2002.nc
-rw-rw-r--. 1 sserbin test       743 Aug 17 12:48 2002.nc.var
-rw-rw-r--. 1 sserbin test    506200 Aug 17 12:48 2003.nc
-rw-rw-r--. 1 sserbin test       743 Aug 17 12:48 2003.nc.var
-rw-rw-r--. 1 sserbin test    507576 Aug 17 12:48 2004.nc
-rw-rw-r--. 1 sserbin test       743 Aug 17 12:48 2004.nc.var
-rwxrwxrwx. 1 apache  test        16 Aug 17 12:46 logfile.txt
-rwxrwxrwx. 1 root    test       673 Aug 17 12:46 README.txt
-rwxrwxrwx. 1 root    test   3523496 Aug 17 12:43 sipnet.out
-rwxrwxrwx. 1 apache  apache       0 Aug 17 12:37 stderr.log
-rwxrwxrwx. 1 apache  apache     119 Aug 17 12:37 stdout.log

@robkooper, ¿ alguna posibilidad de que haya tenido tiempo de investigar los problemas de BD con NARR?

Creo que esto podría haberse solucionado con el n. ° 2039. Tendré que probarlo.

¿Qué año estás seleccionando?
un año o múltiples?

@robkooper acaba de intentarlo de nuevo y obtuve esto:

prerun
Error: no climate data in sipnet.clim
mv: cannot stat `/data/Model_Output/pecan.output/PEcAn_2000001054/run/2000079623/sipnet.out': No such file or directory

Aquí está el directorio, que en realidad se ve mejor esta vez:

[sserbin<strong i="10">@modex</strong> run]$ cd 2000079623/
[sserbin<strong i="11">@modex</strong> 2000079623]$ ll
total 20
-rwxr-xr-x. 1 apache test 1767 Sep 14 08:09 job.sh
-rw-r--r--. 1 apache test  663 Sep 14 08:09 README.txt
lrwxrwxrwx. 1 apache test   67 Sep 14 08:10 sipnet.clim -> /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-9ac83554512c/sipnet.clim
-rw-r--r--. 1 apache test 2750 Sep 14 08:09 sipnet.in
-rw-r--r--. 1 apache test 2757 Sep 14 08:09 sipnet.param
-rw-r--r--. 1 apache test    1 Sep 14 08:09 sipnet.param-spatial

¿Pero nada en el archivo?

[sserbin<strong i="15">@modex</strong> 2000079623]$ cd /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-9ac83554512c/
[sserbin<strong i="16">@modex</strong> BD-9ac83554512c]$ ll
total 0
-rw-r--r--. 1 apache test 0 Sep 14 08:08 sipnet.clim
[sserbin<strong i="17">@modex</strong> BD-9ac83554512c]$

Desde el workflow.log

> 
> # Do conversions
> settings <- PEcAn.utils::do_conversions(settings)
2018-09-14 08:06:24 DEBUG  [PEcAn.utils::do_conversions] : 
   do.conversion outdir /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles 
2018-09-14 08:06:24 INFO   [PEcAn.utils::do_conversions] : PROCESSING:  met 
2018-09-14 08:06:24 INFO   [PEcAn.utils::do_conversions] : 
   calling met.process: 
2018-09-14 08:06:28 INFO   [browndog.met] : 
   browndog download url : 
   http://dap.ncsa.illinois.edu:8184/file/20285355_pecan.clim 
2018-09-14 08:08:29 WARN   [PEcAn.DB::db.close] : 
   Connection created outside of PEcAn.DB package 
2018-09-14 08:08:29 DEBUG  [PEcAn.utils::do_conversions] : 
   updated met path: 
   /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-9ac83554512c/sipnet.clim 
> 
> # Query the trait database for data and priors
> if (PEcAn.utils::status.check("TRAIT") == 0){
+   PEcAn.utils::status.start("TRAIT")
+   settings <- PEcAn.workflow::runModule.get.trait.data(settings)
+   PEcAn.settings::write.settings(settings, outputfile='pecan.TRAIT.xml')
+   PEcAn.utils::status.end()
+ } else if (file.exists(file.path(settings$outdir, 'pecan.TRAIT.xml'))) {
+   settings <- PEcAn.settings::read.settings(file.path(settings$outdir, 'pecan.TRAIT.xml'))
+ }
2018-09-14 08:08:31 INFO   [query.trait.data] : 
   --------------------------------------------------------- 

Aquí está mi información de carrera

  <run>
    <site>
      <id>1000025731</id>
      <met.start>1990/01/01</met.start>
      <met.end>1991/12/31</met.end>
    </site>
    <inputs>
      <met>
        <source>NARR</source>
        <output>SIPNET</output>
      </met>
    </inputs>
    <start.date>1990/01/01</start.date>
    <end.date>1991/12/31</end.date>
  </run>

Creo que esto está arreglado en la rama de desarrollo, pero aún no se ha implementado. Trabajaré con @ yan130 para probar y ver si funciona en el servidor de desarrollo con ese archivo específico.

@robkooper OK, gracias. Estoy usando la rama de desarrollo para estas ejecuciones, ¿pero aún no he introducido los cambios para una rama local?

no tenemos la rama de desarrollo implementada aquí. esta instancia en particular sigue la rama maestra. Esperaba implementar la nueva versión allí. Verificaré con @tonygardella cuándo

@robkooper No estoy seguro de seguir ... Tampoco estoy seguro de en qué extremo se encuentra este error. Supongo que nos aseguraremos de que funcione tanto para el maestro como para el desarrollador.

¿Tenemos alguna solución para esto todavía? @ para2x en algún momento de su SDA de sitios múltiples, creo que vamos a querer ejecutar con controladores NARR en todos los sitios, o al menos ese era el plan original. Pero hemos estado esperando una solución.

Protuberancia. ¿Alguien más ha podido usar BrownDog NARR con sipnet últimamente? Si es así, avíseme, tal vez se haya abordado y esté funcionando nuevamente ... no está claro.

Si hay problemas con BrownDog NARR, usaría el NARR_site basado en THREDDS en el ínterin

@robkooper Probé ese caso en prod y el error es un enlace ftp incorrecto:

<input> <type>NARR</type> <site>US-SSH</site> <lat>40.6658</lat> <lon>-77.9041</lon> <start_date>1990-01-01 00:00:00</start_date> <end_date>1991-12-31 23:59:59</end_date> </input>

remotefunc <- function () {PEcAn.data.atmosphere :: download.NARR (site_id = '1135', lat.in = 40.6658, lon.in = -77.9041, model = NULL, escenario = NULL, ensemble_member = NULL, sobrescribir = FALSE, outfolder = '/ home / polyglot / cache / PEcAn / NARR_site_1-25731 /', start_date = '1990-01-01', end_date = '2014-12-31')}
salida remota <- función remota ()

Adjuntando paquete: 'PEcAn.utils'

El siguiente objeto está enmascarado del ' paquete: utils ':
descargar archivo

2019-01-23 11:18:33 DEBUG [PEcAn.data.atmosphere :: download.NARR]:
Archivo '/home/polyglot/cache/PEcAn/NARR_site_1-25731//pres.sfc.2014.nc'
ya existe, saltando al siguiente archivo.
2019-01-23 11:18:33 DEBUG [PEcAn.data.atmosphere :: download.NARR]:
Archivo '/home/polyglot/cache/PEcAn/NARR_site_1-25731//pres.sfc.2013.nc'
ya existe, saltando al siguiente archivo.
2019-01-23 11:18:33 DEBUG [PEcAn.data.atmosphere :: download.NARR]:
Descargando desde:
ftp://ftp.cdc.noaa.gov/Datasets/NARR/monolevel/pres.sfc.2012.nc para:
/home/polyglot/cache/PEcAn/NARR_site_1-25731//pres.sfc.2012.nc
probando URL 'ftp://ftp.cdc.noaa.gov/Datasets/NARR/monolevel/pres.sfc.2012.nc'
Error en utils :: download.file (url, nombre de archivo, método):
no se puede abrir la URL 'ftp://ftp.cdc.noaa.gov/Datasets/NARR/monolevel/pres.sfc.2012.nc'
Llamadas: remotefunc ->->->
Además: Mensaje de advertencia:
En utils :: download.file (url, nombre de archivo, método):
URL 'ftp://ftp.cdc.noaa.gov/Datasets/NARR/monolevel/pres.sfc.2012.nc': el estado era 'No se pudo conectar al servidor'
Ejecución detenida
[1] 1
2019-01-23 11:20:41 INFO [PEcAn.utils :: convert.input]:
RESULTADOS: Convert.Input
2019-01-23 11:20:41 INFO [PEcAn.utils :: convert.input]: 1
2019-01-23 11:20:41 INFO [PEcAn.utils :: convert.input]:
¡Error en el archivo! = "":La comparación (2) solo es posible para tipos atómicos y de lista.
Llamadas: met.process ... .download.raw.met.module ->-> subconjunto -> subconjunto.default
2019-01-23 11:20:41 ADVERTENCIA [db.close]:
Conexión creada fuera del paquete PEcAn.DB
Ejecución detenida

PD: No sé por qué se descarga desde 2014, solo configuré el inicio como 1990 y el final como 1991.

¿Bienvenidos al cierre del gobierno, tal vez?

@ yan130 Acabo de probar ese enlace FTP y parece que está respaldado

Acabo de ejecutar esto y parece estar bajando datos.

remotefunc <- function() {PEcAn.data.atmosphere::download.NARR(site_id='1135', lat.in=40.6658, lon.in=-77.9041, model=NULL, scenario=NULL, 
                                                               ensemble_member=NULL, overwrite=FALSE, outfolder='~/scratch', 
                                                               start_date='1990-01-01', end_date='2014-12-31')}
remoteout <- remotefunc()

@serbinsh Lo

Gracias @ yan130 ¿Está probando el código NARR básico o la versión BrownDog?

Primero necesito ejecutar el código NARR básico en el servidor BrownDog.
cuando lo que ejecuto termine, entonces puede ejecutar la versión BrownDog desde su máquina.

Ah de acuerdo, eso tiene sentido. ¡gracias!

Extraño, actualicé pecan al último desarrollador y ahora aparece este error:

> remotefunc <- function() {PEcAn.data.atmosphere::download.NARR(site_id='1135', lat.in=40.6658, lon.in=-77.9041, model=NULL, scenario=NULL, ensemble_member=NULL, method=NULL, overwrite=FALSE, outfolder='/data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/NARR_site_1135/', start_date='1990-01-01', end_date='2014-12-31')}

> remoteout <- remotefunc()

2019-01-28 15:10:40 DEBUG  [#1: PEcAn.data.atmosphere::download.NARR] :
   Downloading from:
   ftp://ftp.cdc.noaa.gov/Datasets/NARR/monolevel/pres.sfc.2014.nc to:
   /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/NARR_site_1135//pres.sfc.2014.nc
Error in if (method == "ncftpget") { : argument is of length zero
> traceback()
3: PEcAn.utils::download.file(url, new.file, method)
2: PEcAn.data.atmosphere::download.NARR(site_id = "1135", lat.in = 40.6658,
       lon.in = -77.9041, model = NULL, scenario = NULL, ensemble_member = NULL,
       method = NULL, overwrite = FALSE, outfolder = "/data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/NARR_site_1135/",
       start_date = "1990-01-01", end_date = "2014-12-31") at #1
1: remotefunc()

Sin embargo, el comando similar anterior todavía funciona, es necesario aclarar por qué hay una diferencia ahora

Ajá, el problema con el comando más nuevo en PEcAn es que establece "método" en NULL de forma predeterminada, lo que me falla. Pero si corro como:

remotefunc <- function() {PEcAn.data.atmosphere::download.NARR(site_id='1135', lat.in=40.6658, lon.in=-77.9041, model=NULL, scenario=NULL, ensemble_member=NULL, overwrite=FALSE, 
                                                               outfolder='~/scratch', start_date='1990-01-01', end_date='1990-02-01')}
remoteout <- remotefunc()

funciona bien.

No puedo encontrar aquí: https://github.com/PecanProject/pecan/blob/develop/modules/data.atmosphere/R/download.NARR.R

O aquí: https://github.com/PecanProject/pecan/blob/develop/modules/data.atmosphere/R/download.NARR_site.R

donde "método" se establece en NULL por defecto? ¿Tampoco está sucediendo aquí, por lo que puedo decir? https://github.com/PecanProject/pecan/blob/develop/web/03a-narr.php . Pero ese "método = NULO" está rompiendo NARR para mí en modex porque eso debe ser tomado de nuestro perfil R.

registro de errores actual:

Comenzar la conversión específica del modelo
[1] "Convertir a formato de modelo"
No hay geonamesUsername establecido. Consulte http://geonames.wordpress.com/2010/03/16/ddos-part-ii/ y configure una con opciones (geonamesUsername = "foo") para que funcionen algunos servicios
Error en la URL (url, open = "r"):
no se puede abrir la conexión a 'http://ws.geonames.org/timezoneJSON?lat=40.6658&lng=-77.9041&radius=0&username=carya'
Llamadas: met.process ... site.lst -> GNtimezone -> as.data.frame -> getJson -> url
Además: Mensaje de advertencia:
En url (url, open = "r"):
URL ' http://ws.geonames.org/timezoneJSON?lat=40.6658&lng=-77.9041&radius=0&username=carya ': el estado era 'No se pudo resolver el nombre de host'
2019-01-31 15:28:05 WARN [db.close]:
Conexión creada fuera del paquete PEcAn.DB
Ejecución detenida

@ yan130 recibo este mensaje de error por mi parte:

`` `> # Hacer conversiones

configuración <- PEcAn.workflow :: do_conversions (configuración)
2019-02-01 08:33:22 DEBUG [PEcAn.workflow :: do_conversions]:
do.conversion outdir /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles
2019-02-01 08:33:22 INFO [PEcAn.workflow :: do_conversions]: PROCESAMIENTO: cumplido
2019-02-01 08:33:22 INFO [PEcAn.workflow :: do_conversions]:
llamando a met.process:
2019-02-01 08:33:25 INFO [browndog.met]:
URL de descarga de browndog:
http://dap.ncsa.illinois.edu : 8184 / file / 20318176_pecan.clim
Error en el nombre base (archivo descargado): se esperaba un argumento de vector de caracteres
Llamadas:->-> browndog.met -> nombre base
proc.time ()
transcurrido el sistema de usuario
11.513 1.215 662.677
``.

tal vez su trabajo para derribar todas las NARR fracasó? Este error se produjo después de una larga espera, así que supongo que estaba funcionando en la extracción y falló en la transferencia. @robkooper , ¿tienen registros en ese extremo que puedan aclarar este problema?

registro de errores actual:

Comenzar la conversión específica del modelo
[1] "Convertir a formato de modelo"
No hay geonamesUsername establecido. Consulte http://geonames.wordpress.com/2010/03/16/ddos-part-ii/ y configure una con opciones (geonamesUsername = "foo") para que funcionen algunos servicios
Error en la URL (url, open = "r"):
no se puede abrir la conexión a 'http://ws.geonames.org/timezoneJSON?lat=40.6658&lng=-77.9041&radius=0&username=carya'
Llamadas: met.process ... site.lst -> GNtimezone -> as.data.frame -> getJson -> url
Además: Mensaje de advertencia:
En url (url, open = "r"):
URL ' http://ws.geonames.org/timezoneJSON?lat=40.6658&lng=-77.9041&radius=0&username=carya ': el estado era 'No se pudo resolver el nombre de host'
2019-01-31 15:28:05 WARN [db.close]:
Conexión creada fuera del paquete PEcAn.DB
Ejecución detenida

esto se puede solucionar agregando una nueva URL de API:
opciones (geonamesHost = "api.geonames.org")

a todas las llamadas geonames :: GNtimezone.

@robkooper
Puedo agregar esta línea a PEcAn_convert.R en browndog,
o módulos / data.atmosphere / R / site.lst.R en pecanproject.
de que manera prefieres?

@serbinsh debería estar funcionando ahora, deje un comentario si aún tiene problemas.

Compruebe qué versión de geonames está instalada. Esto podría solucionarse en una actualización.

más reciente, sin actualización desde 2014.
https://cran.r-project.org/web/packages/geonames/index.html

¿Puedes probar Rscript -e "devtools::install_github('ropensci/geonames')" y ver si eso resuelve el problema? Esto es lo que se usa actualmente en PEcan.

no funciona. no encontré el nombre de host en el código fuente de 'ropensci / geonames'

Simplemente siguiendo esto, ¿hay algún progreso para que el proceso NARR se ejecute nuevamente a través de BD?

Intenté nuevamente este AM y descubrí que crea un archivo sipnet.clim, PERO está vacío

Este problema está obsoleto porque ha estado abierto los 365 días sin actividad.