Pecan: File sipnet.clim BrownDog/NARR tidak dibuat dengan benar

Menariknya driver yang dibuat muncul sebagai opsi jika Anda kembali ke kombo situs/model yang sama

Juga, tidak yakin apakah ini yang seharusnya terjadi tetapi folder sipnet.clim dibuat di tingkat atas folder alur kerja kemiri seperti yang terlihat di sini:

[sserbin<strong i="6">@modex</strong> PEcAn_2000000991]$ ll
total 932
-rw-r--r--. 1 apache test    100 Aug 17 11:44 ensemble.output.2000001031.NPP.2002.2004.Rdata
-rw-r--r--. 1 apache test    785 Aug 17 11:43 ensemble.samples.2000001031.Rdata
drwxr-sr-x. 3 apache test     31 Aug 17 11:43 out
-rw-r--r--. 1 apache test   2957 Aug 17 11:41 pecan.CHECKED.xml
-rw-r--r--. 1 apache test   3195 Aug 17 11:43 pecan.CONFIGS.xml
-rw-r--r--. 1 apache test   3114 Aug 17 11:42 pecan.METProcess.xml
-rw-r--r--. 1 apache test   3155 Aug 17 11:42 pecan.TRAIT.xml
-rw-rw-r--. 1 apache test   2151 Aug 17 11:41 pecan.xml
drwxr-sr-x. 3 apache test     51 Aug 17 11:41 pft
drwxr-sr-x. 3 apache test     50 Aug 17 11:43 run
-rw-r--r--. 1 apache test 871702 Aug 17 11:43 samples.Rdata
drwxr-sr-x. 2 apache test     10 Aug 17 11:41 sipnet.clim
-rw-r--r--. 1 apache test    371 Aug 17 11:44 STATUS
-rw-rw-r--. 1 apache test   6320 Aug 17 11:41 workflow.R
-rw-r--r--. 1 apache test  39635 Aug 17 11:44 workflow.Rout

Tapi foldernya kosong

Berikut adalah tampilan folder run:

[sserbin<strong i="6">@modex</strong> 2000075070]$ ll
total 20
-rwxr-xr-x. 1 apache test 1767 Aug 17 11:43 job.sh
-rw-r--r--. 1 apache test  664 Aug 17 11:43 README.txt
lrwxrwxrwx. 1 apache test   67 Aug 17 11:43 sipnet.clim -> /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-10704043b8b7/sipnet.clim
-rw-r--r--. 1 apache test 2750 Aug 17 11:43 sipnet.in
-rw-r--r--. 1 apache test 2767 Aug 17 11:43 sipnet.param
-rw-r--r--. 1 apache test    1 Aug 17 11:43 sipnet.param-spatial

Berdasarkan komentar oleh @robkooper di Slack, sepertinya file yang dikembalikan adalah file .zip tanpa ekstensi yang benar. Jika saya mengganti nama file, saya berhasil mengekstrak file data yang merupakan file sipnet.clim yang diformat dengan benar.

[sserbin<strong i="7">@modex</strong> BD-10704043b8b7]$ sudo mv sipnet.clim sipnet.clim.zip
[sudo] password for sserbin:
[sserbin<strong i="8">@modex</strong> BD-10704043b8b7]$ ll
total 500
-rw-r--r--. 1 apache test 508617 Aug 17 11:42 sipnet.clim.zip

[sserbin<strong i="9">@modex</strong> BD-10704043b8b7]$ sudo unzip sipnet.clim.zip
Archive:  sipnet.clim.zip
  inflating: NARR.2002-01-01.2004-12-31.clim
[sserbin<strong i="10">@modex</strong> BD-10704043b8b7]$ ll
total 1780
-rw-r--r--. 1 root   test 1309045 Aug 17 10:42 NARR.2002-01-01.2004-12-31.clim
-rw-r--r--. 1 apache test  508617 Aug 17 11:42 sipnet.clim.zip

0       2002    1       0       0.125   -7.9094299316406        -2.44315996314612       0       0.000804662704467773    106.125279746456        279.20088185235 231.658948408484        5.31823073993271        0.6
0       2002    1       3       0.125   -9.32294311523435       -2.39741738404251       0       -0.0412188470363617     75.1397549593781        285.159348289328        227.559947202096        5.60749023697066        0.6
0       2002    1       6       0.125   -10.5312866210937       -2.33946353060725       0       -0.0244013965129852     55.1456123301122        294.838635604529        220.208121240694        5.00348134365326        0.6
0       2002    1       9       0.125   -11.3368286132812       -2.27091310812966       0       -0.0244013965129852     35.953950127431 295.342434940375        222.430670123902        5.07081553376126        0.6
0       2002    1       12      0.125   -12.4007629394531       -2.19504814728271       628398.237304688        0.0848717987537384      19.7246218935274        303.128231282344        217.696640681874        4.52785957682463        0.6
0       2002    1       15      0.125   -8.40720214843748       -2.10964517251597       1622754.71191406        0.000804662704467773    67.3028051574853        265.95481312816 257.728592667697        6.00752887354068        0.6
0       2002    1       18      0.125   -5.53836669921873       -2.05694625720645       1374894.71191406        0.00921338796615601     109.890647291759        230.4657112397  295.058308799463        6.37520017434981        0.6
0       2002    1       21      0.125   -4.0488342285156        -2.02781320104941       58806.474609375 0.0176221132278442      132.242433885207        205.770433990006        320.831082348398        5.77486085931632        0.6
0       2002    2       0       0.125   -5.8043273925781        -2.01090098947708       0       0.00921338796615601     68.1552254424385        198.632733047786        328.702943023655        5.63152559393685        0.6
0       2002    2       3       0.125   -6.48831787109373       -1.97915701994827       0       0.000804662704467773    57.8740762854741        209.776452022241        318.84142518764 4.74670963477183        0.6 ...

Jalankan lagi dan lihat bahwa sekarang ada dua file clim BD yang berbeda dalam file .zip yang tidak diberi nama

[sserbin<strong i="6">@modex</strong> BD-650a29c32afa]$ ll
total 3556
-rw-r--r--. 1 root   test 2191869 Aug 17 11:37 NARR.2000-01-01.2004-12-31.clim
-rw-r--r--. 1 root   test  439523 Aug 17 09:57 NARR.2004-01-01.2004-12-31.clim
-rw-r--r--. 1 apache test 1003128 Aug 17 12:37 sipnet.clim.zip

Masalah lain adalah bahwa tautan sym yang digunakan di job.sh tidak cocok dengan nama file:

[sserbin<strong i="10">@modex</strong> 2000075302]$ ll
total 20
-rwxr-xr-x. 1 apache test 1768 Aug 17 12:37 job.sh
-rw-r--r--. 1 apache test  673 Aug 17 12:37 README.txt
lrwxrwxrwx. 1 apache test   67 Aug 17 12:37 sipnet.clim -> /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-650a29c32afa/sipnet.clim
-rw-r--r--. 1 apache test 2750 Aug 17 12:37 sipnet.in
-rw-r--r--. 1 apache test 2771 Aug 17 12:37 sipnet.param
-rw-r--r--. 1 apache test    1 Aug 17 12:37 sipnet.param-spatial

# see if application needs running
if [ ! -e "/data/Model_Output/pecan.output/PEcAn_2000000994/out/2000075302/sipnet.out" ]; then
  cd "/data/Model_Output/pecan.output/PEcAn_2000000994/run/2000075302"
  ln -s "/data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-650a29c32afa/sipnet.clim" sipnet.clim
...

Pemeriksaan cepat tentang apa yang menurut saya seharusnya menjadi cara pengaturannya:

[sserbin<strong i="6">@modex</strong> 2000075302]$ sudo ln -s /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-650a29c32afa/NARR.2000-01-01.2004-12-31.clim sipnet.clim
[sserbin<strong i="7">@modex</strong> 2000075302]$ ll
total 20
-rwxr-xr-x. 1 apache test 1768 Aug 17 12:37 job.sh
-rw-r--r--. 1 apache test  673 Aug 17 12:37 README.txt
lrwxrwxrwx. 1 root   test   87 Aug 17 12:42 sipnet.clim -> /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-650a29c32afa/NARR.2000-01-01.2004-12-31.clim
-rw-r--r--. 1 apache test 2750 Aug 17 12:37 sipnet.in
-rw-r--r--. 1 apache test 2771 Aug 17 12:37 sipnet.param
-rw-r--r--. 1 apache test    1 Aug 17 12:37 sipnet.param-spatial

[sserbin<strong i="8">@modex</strong> 2000075302]$ sudo ./job.sh

[sserbin<strong i="9">@modex</strong> out]$ cd 2000075302
[sserbin<strong i="10">@modex</strong> 2000075302]$ ll
total 3456
-rw-r--r--. 1 apache test      1293 Aug 17 12:43 logfile.txt
-rw-r--r--. 1 root   test       673 Aug 17 12:43 README.txt
-rw-r--r--. 1 root   test   3523496 Aug 17 12:43 sipnet.out
-rw-------. 1 apache apache       0 Aug 17 12:37 stderr.log
-rw-------. 1 apache apache     119 Aug 17 12:37 stdout.log

[sserbin<strong i="11">@modex</strong> 2000075302]$ ll
total 5956
-rw-rw-r--. 1 sserbin test    507576 Aug 17 12:48 2000.nc
-rw-rw-r--. 1 sserbin test       743 Aug 17 12:48 2000.nc.var
-rw-rw-r--. 1 sserbin test    506200 Aug 17 12:48 2001.nc
-rw-rw-r--. 1 sserbin test       743 Aug 17 12:48 2001.nc.var
-rw-rw-r--. 1 sserbin test    506200 Aug 17 12:48 2002.nc
-rw-rw-r--. 1 sserbin test       743 Aug 17 12:48 2002.nc.var
-rw-rw-r--. 1 sserbin test    506200 Aug 17 12:48 2003.nc
-rw-rw-r--. 1 sserbin test       743 Aug 17 12:48 2003.nc.var
-rw-rw-r--. 1 sserbin test    507576 Aug 17 12:48 2004.nc
-rw-rw-r--. 1 sserbin test       743 Aug 17 12:48 2004.nc.var
-rwxrwxrwx. 1 apache  test        16 Aug 17 12:46 logfile.txt
-rwxrwxrwx. 1 root    test       673 Aug 17 12:46 README.txt
-rwxrwxrwx. 1 root    test   3523496 Aug 17 12:43 sipnet.out
-rwxrwxrwx. 1 apache  apache       0 Aug 17 12:37 stderr.log
-rwxrwxrwx. 1 apache  apache     119 Aug 17 12:37 stdout.log

@robkooper apakah Anda punya waktu untuk melihat masalah BD dengan NARR?

Saya pikir ini mungkin telah diperbaiki dengan # 2039 Saya perlu menguji ini.

kamu pilih tahun berapa?
satu tahun atau beberapa?

@robkooper baru saja mencoba lagi, dan mendapatkan ini:

prerun
Error: no climate data in sipnet.clim
mv: cannot stat `/data/Model_Output/pecan.output/PEcAn_2000001054/run/2000079623/sipnet.out': No such file or directory

Inilah direktorinya, yang sebenarnya terlihat lebih baik kali ini:

[sserbin<strong i="10">@modex</strong> run]$ cd 2000079623/
[sserbin<strong i="11">@modex</strong> 2000079623]$ ll
total 20
-rwxr-xr-x. 1 apache test 1767 Sep 14 08:09 job.sh
-rw-r--r--. 1 apache test  663 Sep 14 08:09 README.txt
lrwxrwxrwx. 1 apache test   67 Sep 14 08:10 sipnet.clim -> /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-9ac83554512c/sipnet.clim
-rw-r--r--. 1 apache test 2750 Sep 14 08:09 sipnet.in
-rw-r--r--. 1 apache test 2757 Sep 14 08:09 sipnet.param
-rw-r--r--. 1 apache test    1 Sep 14 08:09 sipnet.param-spatial

Tapi tidak ada dalam file??

[sserbin<strong i="15">@modex</strong> 2000079623]$ cd /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-9ac83554512c/
[sserbin<strong i="16">@modex</strong> BD-9ac83554512c]$ ll
total 0
-rw-r--r--. 1 apache test 0 Sep 14 08:08 sipnet.clim
[sserbin<strong i="17">@modex</strong> BD-9ac83554512c]$

Dari alur kerja.log

> 
> # Do conversions
> settings <- PEcAn.utils::do_conversions(settings)
2018-09-14 08:06:24 DEBUG  [PEcAn.utils::do_conversions] : 
   do.conversion outdir /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles 
2018-09-14 08:06:24 INFO   [PEcAn.utils::do_conversions] : PROCESSING:  met 
2018-09-14 08:06:24 INFO   [PEcAn.utils::do_conversions] : 
   calling met.process: 
2018-09-14 08:06:28 INFO   [browndog.met] : 
   browndog download url : 
   http://dap.ncsa.illinois.edu:8184/file/20285355_pecan.clim 
2018-09-14 08:08:29 WARN   [PEcAn.DB::db.close] : 
   Connection created outside of PEcAn.DB package 
2018-09-14 08:08:29 DEBUG  [PEcAn.utils::do_conversions] : 
   updated met path: 
   /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-9ac83554512c/sipnet.clim 
> 
> # Query the trait database for data and priors
> if (PEcAn.utils::status.check("TRAIT") == 0){
+   PEcAn.utils::status.start("TRAIT")
+   settings <- PEcAn.workflow::runModule.get.trait.data(settings)
+   PEcAn.settings::write.settings(settings, outputfile='pecan.TRAIT.xml')
+   PEcAn.utils::status.end()
+ } else if (file.exists(file.path(settings$outdir, 'pecan.TRAIT.xml'))) {
+   settings <- PEcAn.settings::read.settings(file.path(settings$outdir, 'pecan.TRAIT.xml'))
+ }
2018-09-14 08:08:31 INFO   [query.trait.data] : 
   --------------------------------------------------------- 

Ini info lari saya

  <run>
    <site>
      <id>1000025731</id>
      <met.start>1990/01/01</met.start>
      <met.end>1991/12/31</met.end>
    </site>
    <inputs>
      <met>
        <source>NARR</source>
        <output>SIPNET</output>
      </met>
    </inputs>
    <start.date>1990/01/01</start.date>
    <end.date>1991/12/31</end.date>
  </run>

Saya percaya ini sudah diperbaiki pada cabang pengembangan tetapi belum digunakan. Saya akan bekerja dengan @ yan130 untuk menguji dan melihat apakah itu berfungsi di server dev dengan file spesifik itu.

@robkooper Oke terima kasih. Saya menggunakan cabang pengembangan untuk menjalankan ini, hanya belum mendorong perubahan untuk cabang lokal?

kami tidak memiliki cabang pengembangan yang digunakan di sini. contoh khusus ini mengikuti cabang master. Saya berharap untuk menyebarkan rilis baru di sana. Saya akan memeriksa dengan @tonygardella ketika rilis baru akan terjadi.

@robkooper Saya tidak yakin saya mengikuti ...... Saya juga masih tidak yakin di mana akhir bug ini. Saya berasumsi kita akan memastikan itu bisa bekerja untuk master dan dev?

Apakah kita memiliki perbaikan untuk ini belum? @ para2x di beberapa titik di SDA multi-situs Anda, saya pikir kami akan ingin menjalankan dengan driver NARR di seluruh situs, atau setidaknya itu adalah rencana awal. Tapi kami menunggu perbaikan.

Menabrak. Adakah orang lain yang bisa menggunakan BrownDog NARR dengan sipnet belakangan ini? Jika demikian tolong beri tahu saya, mungkin sudah ditangani dan berfungsi kembali .... tidak jelas.

Jika ada masalah dengan BrownDog NARR, saya akan menggunakan NARR_site berbasis THREDDS untuk sementara

@robkooper Saya menguji kasus itu pada prod dan kesalahannya adalah tautan ftp yang salah:

<input> <type>NARR</type> <site>US-SSH</site> <lat>40.6658</lat> <lon>-77.9041</lon> <start_date>1990-01-01 00:00:00</start_date> <end_date>1991-12-31 23:59:59</end_date> </input>

remotefunc <- function() {PEcAn.data.atmosphere::download.NARR(site_id='1135', lat.in=40.6658, lon.in=-77.9041, model=NULL, scenario=NULL, ensemble_member=NULL, timpa =FALSE, outfolder='/home/polyglot/cache/PEcAn/NARR_site_1-25731/', start_date='1990-01-01', end_date='2014-12-31')}
remoteout <- remotefunc()

Melampirkan paket: 'PEcAn.utils'

Objek berikut ditutupi dari ' package:utils ':
Unduh berkas

23-01-2019 11:18:33 DEBUG [PEcAn.data.atmosphere::download.NARR] :
Berkas ' /home/polyglot/cache/PEcAn/NARR_site_1-25731//pres.sfc.2014.nc '
sudah ada, lompat ke file berikutnya.
23-01-2019 11:18:33 DEBUG [PEcAn.data.atmosphere::download.NARR] :
Berkas ' /home/polyglot/cache/PEcAn/NARR_site_1-25731//pres.sfc.2013.nc '
sudah ada, lompat ke file berikutnya.
23-01-2019 11:18:33 DEBUG [PEcAn.data.atmosphere::download.NARR] :
Mengunduh dari:
ftp://ftp.cdc.noaa.gov/Datasets/NARR/monolevel/pres.sfc.2012.nc ke:
/home/polyglot/cache/PEcAn/NARR_site_1-25731//pres.sfc.2012.nc
mencoba URL 'ftp://ftp.cdc.noaa.gov/Datasets/NARR/monolevel/pres.sfc.2012.nc'
Kesalahan dalam utils::download.file(url, nama file, metode):
tidak dapat membuka URL 'ftp://ftp.cdc.noaa.gov/Datasets/NARR/monolevel/pres.sfc.2012.nc'
Panggilan: remotefunc ->->->
Sebagai tambahan: Pesan peringatan:
Di utils::download.file(url, nama file, metode):
URL 'ftp://ftp.cdc.noaa.gov/Datasets/NARR/monolevel/pres.sfc.2012.nc': statusnya adalah 'Tidak dapat terhubung ke server'
Eksekusi dihentikan
[1] 1
23-01-2019 11:20:41 INFO [PEcAn.utils::convert.input] :
HASIL: Konversi.Input
23-01-2019 11:20:41 INFO [PEcAn.utils::convert.input] : 1
23-01-2019 11:20:41 INFO [PEcAn.utils::convert.input] :
Kesalahan dalam file != "" :perbandingan (2) hanya mungkin untuk tipe atom dan daftar
Panggilan: met.process ... .download.raw.met.module ->-> subset -> subset.default
23-01-2019 11:20:41 PERINGATAN [db.close] :
Koneksi dibuat di luar paket PEcAn.DB
Eksekusi dihentikan

PS: Saya tidak tahu mengapa mengunduh dari 2014, saya hanya menetapkan mulai 1990 dan berakhir 1991.

Selamat datang di shutdown pemerintah mungkin?

@yan130 Saya baru saja menguji tautan FTP itu dan tampaknya dapat dicadangkan

Saya baru saja menjalankan ini dan sepertinya menarik data

remotefunc <- function() {PEcAn.data.atmosphere::download.NARR(site_id='1135', lat.in=40.6658, lon.in=-77.9041, model=NULL, scenario=NULL, 
                                                               ensemble_member=NULL, overwrite=FALSE, outfolder='~/scratch', 
                                                               start_date='1990-01-01', end_date='2014-12-31')}
remoteout <- remotefunc()

@serbinsh Saya menjalankannya, membutuhkan waktu (mungkin sehari), saya akan memperbarui Anda ketika selesai atau mendapatkan kesalahan.

Terima kasih @yan130 Apakah Anda menguji kode NARR dasar atau versi BrownDog?

Saya perlu menjalankan kode NARR dasar di server BrownDog terlebih dahulu.
ketika apa yang saya jalankan selesai, maka Anda dapat menjalankan versi BrownDog dari mesin Anda.

Ah, oke itu masuk akal. Terima kasih!

Aneh, saya memperbarui pecan ke dev terbaru dan sekarang mendapatkan kesalahan ini:

> remotefunc <- function() {PEcAn.data.atmosphere::download.NARR(site_id='1135', lat.in=40.6658, lon.in=-77.9041, model=NULL, scenario=NULL, ensemble_member=NULL, method=NULL, overwrite=FALSE, outfolder='/data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/NARR_site_1135/', start_date='1990-01-01', end_date='2014-12-31')}

> remoteout <- remotefunc()

2019-01-28 15:10:40 DEBUG  [#1: PEcAn.data.atmosphere::download.NARR] :
   Downloading from:
   ftp://ftp.cdc.noaa.gov/Datasets/NARR/monolevel/pres.sfc.2014.nc to:
   /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/NARR_site_1135//pres.sfc.2014.nc
Error in if (method == "ncftpget") { : argument is of length zero
> traceback()
3: PEcAn.utils::download.file(url, new.file, method)
2: PEcAn.data.atmosphere::download.NARR(site_id = "1135", lat.in = 40.6658,
       lon.in = -77.9041, model = NULL, scenario = NULL, ensemble_member = NULL,
       method = NULL, overwrite = FALSE, outfolder = "/data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/NARR_site_1135/",
       start_date = "1990-01-01", end_date = "2014-12-31") at #1
1: remotefunc()

Namun perintah serupa di atas masih berfungsi, perlu dipilah mengapa ada perbedaan sekarang

Aha, masalah dengan perintah yang lebih baru di PEcAn adalah ia menetapkan "metode" ke NULL secara default, yang salah untuk saya. Tetapi jika saya menjalankan sebagai:

remotefunc <- function() {PEcAn.data.atmosphere::download.NARR(site_id='1135', lat.in=40.6658, lon.in=-77.9041, model=NULL, scenario=NULL, ensemble_member=NULL, overwrite=FALSE, 
                                                               outfolder='~/scratch', start_date='1990-01-01', end_date='1990-02-01')}
remoteout <- remotefunc()

itu berjalan dengan baik.

Saya tidak dapat menemukan di sini: https://github.com/PecanProject/pecan/blob/develop/modules/data.atmosphere/R/download.NARR.R

ATAU di sini: https://github.com/PecanProject/pecan/blob/develop/modules/data.atmosphere/R/download.NARR_site.R

di mana "metode" disetel ke NULL secara default? Itu juga tidak terjadi di sini, sejauh yang saya tahu? https://github.com/PecanProject/pecan/blob/develop/web/03a-narr.php . Tetapi "metode = NULL," itu melanggar NARR untuk saya di modex karena itu perlu diambil dari profil R kami.

log kesalahan saat ini:

Mulai Konversi Khusus Model
[1] "Konversi ke format model"
Tidak ada geonamesUsername yang disetel. Lihat http://geonames.wordpress.com/2010/03/16/ddos-part-ii/ dan atur satu dengan opsi(geonamesUsername="foo") agar beberapa layanan berfungsi
Kesalahan dalam url(url, open = "r") :
tidak dapat membuka koneksi ke 'http://ws.geonames.org/timezoneJSON?lat=40.6658&lng=-77.9041&radius=0&username=carya'
Panggilan: met.process ... site.lst -> GNtimezone -> as.data.frame -> getJson -> url
Sebagai tambahan: Pesan peringatan:
Di url(url, buka = ​​"r") :
URL ' http://ws.geonames.org/timezoneJSON?lat=40.6658&lng=-77.9041&radius=0&username=carya ': statusnya adalah 'Tidak dapat menyelesaikan nama host'
31-01-2019 15:28:05 PERINGATAN [db.close] :
Koneksi dibuat di luar paket PEcAn.DB
Eksekusi dihentikan

@ yan130 Saya mendapatkan pesan kesalahan ini di pihak saya:

```> # Lakukan konversi

pengaturan <- PEcAn.workflow::do_conversions(pengaturan)
02-01-2019 08:33:22 DEBUG [PEcAn.workflow::do_conversions] :
do.conversion outdir /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles
02-01-2019 08:33:22 INFO [PEcAn.workflow::do_conversions] : PROCESSING: bertemu
01-02-2019 08:33:22 INFO [PEcAn.workflow::do_conversions] :
memanggil met.proses:
01-02-2019 08:33:25 INFO [browndog.met] :
url unduhan browndog:
http://dap.ncsa.illinois.edu :8184/file/20318176_pecan.clim
Kesalahan dalam nama dasar (file yang diunduh): argumen vektor karakter diharapkan
Panggilan:->-> browndog.met -> nama dasar
proc.waktu()
sistem pengguna telah berlalu
11.513 1.215 662.677
``` .

mungkin pekerjaan Anda untuk merobohkan semua NARR gagal? Kesalahan ini muncul setelah menunggu lama, jadi saya menganggap itu berfungsi pada ekstraksi dan gagal saat transfer? @robkooper apakah kalian memiliki log di ujung itu yang dapat menjelaskan masalah ini?

log kesalahan saat ini:

Mulai Konversi Khusus Model
[1] "Konversi ke format model"
Tidak ada geonamesUsername yang disetel. Lihat http://geonames.wordpress.com/2010/03/16/ddos-part-ii/ dan atur satu dengan opsi(geonamesUsername="foo") agar beberapa layanan berfungsi
Kesalahan dalam url(url, open = "r") :
tidak dapat membuka koneksi ke 'http://ws.geonames.org/timezoneJSON?lat=40.6658&lng=-77.9041&radius=0&username=carya'
Panggilan: met.process ... site.lst -> GNtimezone -> as.data.frame -> getJson -> url
Sebagai tambahan: Pesan peringatan:
Di url(url, buka = ​​"r") :
URL ' http://ws.geonames.org/timezoneJSON?lat=40.6658&lng=-77.9041&radius=0&username=carya ': statusnya adalah 'Tidak dapat menyelesaikan nama host'
31-01-2019 15:28:05 PERINGATAN [db.close] :
Koneksi dibuat di luar paket PEcAn.DB
Eksekusi dihentikan

ini dapat diperbaiki dengan menambahkan url api baru:
pilihan(geonamesHost = "api.geonames.org")

untuk semua panggilan geonames::GNtimezone.

@robkooper
Saya dapat menambahkan baris ini ke PEcAn_convert.R di browndog,
atau modules/data.atmosphere/R/site.lst.R di pecanproject.
lebih suka cara yang mana?

@serbinsh seharusnya berfungsi sekarang, silakan tinggalkan komentar jika Anda masih memiliki masalah.

Periksa versi geoname yang diinstal. Ini mungkin diperbaiki dalam pembaruan.

yang terbaru, tidak ada pembaruan sejak 2014.
https://cran.r-project.org/web/packages/geonames/index.html

Bisakah Anda mencoba Rscript -e "devtools::install_github('ropensci/geonames')" dan melihat apakah itu menyelesaikan masalah. Inilah yang saat ini digunakan di PEcAn.

tidak bekerja. tidak menemukan nama host dalam kode sumber 'ropensci/geonames'

Hanya menindaklanjuti ini, apakah ada kemajuan untuk menjalankan kembali proses NARR melalui BD?

Saya baru saja mencoba lagi AM ini dan menemukan bahwa itu membuat file sipnet.clim, TAPI kosong

Masalah ini sudah basi karena telah dibuka selama 365 hari tanpa aktivitas.