バグを説明する
#2047に関連
2つの異なるサイトでsipnet用のNARRドライバーを生成しようとしていますが、BDコマンドの出力が空のファイルまたはぎこちないものであるという問題が発生しています。 例えば:
PK^C^D^T^@^B^@^H^@EU^QM æµ3)Â^G^@uù^S^@^_^@^@^@NARR.2002-01-01.2004-12-31.clim<8c><9d>W<96>39<96>¤<9f>9{)^^h±ÿ<8d><8d>}^F<92>^N^G<83>ù÷<88>îªÌ<88> è^N\\a"<R^Hé^Q^_á^Q<9e>1ÕÇÿús<86>YÒ<9c>9¶^RÚã^?éYJ<8e>uÎ<96>ci1ùGC^H#<94>ÖR^O¥´Þ{~ÄÐø^K©Ï^Z©í¡ÿôÔ_^_#<8e><9a>r}¤^\<9f><8e>YF CÿãQ<9f>9<8e><94>CÏú´Ôµ<88>gû^?á½¢ü^Ñ|æ<94>¦Ö^Põg<8a>þ<90><96><94>õ!±gý¥<92>*«ÿ<9f>ÖTb<8a>c<94>^^rË-öG¯Ï¨^_¬eÖ<99>û<88><8f>4ôOô<9f>ËHC<9f>8^^)õgÕW+=<85>^TfÓ<92>Zèe<86><94>Û졵û<92>Ú{I1<k<8e>iè^AÄ ¿í%åYZ®9è/ègÖ<92>R)Akh5¦©§ð¨Z<80><9e>ML9<87>^XSzè<8b>=G^^úÅ^VJMSK
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[I^[CiòëTdrA^UT<98>x<9d>
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これは、AFサイトのSusquehanna Shale Hills Critical Zone Observatory(US-SSH)で実行していたWFhttps : //modex.bnl.gov/pecan_dev/05-running.php = 2000000991のサンプルファイルです。
再現するには
動作を再現する手順:
予想される行動
適切なNARRドライバーが作成され、モデルアンサンブルが正常に実行されます
スクリーンショット
なし
機械(以下の情報を記入してください):
追加のコンテキスト
なし
興味深いことに、同じサイト/モデルの組み合わせに戻ると、作成されたドライバーがオプションとして表示されます
また、これが発生するはずであるかどうかはわかりませんが、sipnet.climフォルダーがpecanワークフローフォルダーのトップレベルに作成されました。
[sserbin<strong i="6">@modex</strong> PEcAn_2000000991]$ ll
total 932
-rw-r--r--. 1 apache test 100 Aug 17 11:44 ensemble.output.2000001031.NPP.2002.2004.Rdata
-rw-r--r--. 1 apache test 785 Aug 17 11:43 ensemble.samples.2000001031.Rdata
drwxr-sr-x. 3 apache test 31 Aug 17 11:43 out
-rw-r--r--. 1 apache test 2957 Aug 17 11:41 pecan.CHECKED.xml
-rw-r--r--. 1 apache test 3195 Aug 17 11:43 pecan.CONFIGS.xml
-rw-r--r--. 1 apache test 3114 Aug 17 11:42 pecan.METProcess.xml
-rw-r--r--. 1 apache test 3155 Aug 17 11:42 pecan.TRAIT.xml
-rw-rw-r--. 1 apache test 2151 Aug 17 11:41 pecan.xml
drwxr-sr-x. 3 apache test 51 Aug 17 11:41 pft
drwxr-sr-x. 3 apache test 50 Aug 17 11:43 run
-rw-r--r--. 1 apache test 871702 Aug 17 11:43 samples.Rdata
drwxr-sr-x. 2 apache test 10 Aug 17 11:41 sipnet.clim
-rw-r--r--. 1 apache test 371 Aug 17 11:44 STATUS
-rw-rw-r--. 1 apache test 6320 Aug 17 11:41 workflow.R
-rw-r--r--. 1 apache test 39635 Aug 17 11:44 workflow.Rout
しかし、フォルダは空です
実行フォルダーは次のようになります。
[sserbin<strong i="6">@modex</strong> 2000075070]$ ll
total 20
-rwxr-xr-x. 1 apache test 1767 Aug 17 11:43 job.sh
-rw-r--r--. 1 apache test 664 Aug 17 11:43 README.txt
lrwxrwxrwx. 1 apache test 67 Aug 17 11:43 sipnet.clim -> /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-10704043b8b7/sipnet.clim
-rw-r--r--. 1 apache test 2750 Aug 17 11:43 sipnet.in
-rw-r--r--. 1 apache test 2767 Aug 17 11:43 sipnet.param
-rw-r--r--. 1 apache test 1 Aug 17 11:43 sipnet.param-spatial
Slackに関する@robkooperのコメントによると、返されたファイルは正しい拡張子のない.zipファイルのようです。 ファイルの名前を変更すると、適切にフォーマットされたsipnet.climファイルであるデータファイルを正常に抽出できます。
[sserbin<strong i="7">@modex</strong> BD-10704043b8b7]$ sudo mv sipnet.clim sipnet.clim.zip
[sudo] password for sserbin:
[sserbin<strong i="8">@modex</strong> BD-10704043b8b7]$ ll
total 500
-rw-r--r--. 1 apache test 508617 Aug 17 11:42 sipnet.clim.zip
[sserbin<strong i="9">@modex</strong> BD-10704043b8b7]$ sudo unzip sipnet.clim.zip
Archive: sipnet.clim.zip
inflating: NARR.2002-01-01.2004-12-31.clim
[sserbin<strong i="10">@modex</strong> BD-10704043b8b7]$ ll
total 1780
-rw-r--r--. 1 root test 1309045 Aug 17 10:42 NARR.2002-01-01.2004-12-31.clim
-rw-r--r--. 1 apache test 508617 Aug 17 11:42 sipnet.clim.zip
0 2002 1 0 0.125 -7.9094299316406 -2.44315996314612 0 0.000804662704467773 106.125279746456 279.20088185235 231.658948408484 5.31823073993271 0.6
0 2002 1 3 0.125 -9.32294311523435 -2.39741738404251 0 -0.0412188470363617 75.1397549593781 285.159348289328 227.559947202096 5.60749023697066 0.6
0 2002 1 6 0.125 -10.5312866210937 -2.33946353060725 0 -0.0244013965129852 55.1456123301122 294.838635604529 220.208121240694 5.00348134365326 0.6
0 2002 1 9 0.125 -11.3368286132812 -2.27091310812966 0 -0.0244013965129852 35.953950127431 295.342434940375 222.430670123902 5.07081553376126 0.6
0 2002 1 12 0.125 -12.4007629394531 -2.19504814728271 628398.237304688 0.0848717987537384 19.7246218935274 303.128231282344 217.696640681874 4.52785957682463 0.6
0 2002 1 15 0.125 -8.40720214843748 -2.10964517251597 1622754.71191406 0.000804662704467773 67.3028051574853 265.95481312816 257.728592667697 6.00752887354068 0.6
0 2002 1 18 0.125 -5.53836669921873 -2.05694625720645 1374894.71191406 0.00921338796615601 109.890647291759 230.4657112397 295.058308799463 6.37520017434981 0.6
0 2002 1 21 0.125 -4.0488342285156 -2.02781320104941 58806.474609375 0.0176221132278442 132.242433885207 205.770433990006 320.831082348398 5.77486085931632 0.6
0 2002 2 0 0.125 -5.8043273925781 -2.01090098947708 0 0.00921338796615601 68.1552254424385 198.632733047786 328.702943023655 5.63152559393685 0.6
0 2002 2 3 0.125 -6.48831787109373 -1.97915701994827 0 0.000804662704467773 57.8740762854741 209.776452022241 318.84142518764 4.74670963477183 0.6 ...
もう一度実行して、不適切な名前の.zipファイルに2つの異なるBDclimファイルがあることを確認します。
[sserbin<strong i="6">@modex</strong> BD-650a29c32afa]$ ll
total 3556
-rw-r--r--. 1 root test 2191869 Aug 17 11:37 NARR.2000-01-01.2004-12-31.clim
-rw-r--r--. 1 root test 439523 Aug 17 09:57 NARR.2004-01-01.2004-12-31.clim
-rw-r--r--. 1 apache test 1003128 Aug 17 12:37 sipnet.clim.zip
もう1つの問題は、job.shで使用されているシンボリックリンクがファイル名と一致しないことです。
[sserbin<strong i="10">@modex</strong> 2000075302]$ ll
total 20
-rwxr-xr-x. 1 apache test 1768 Aug 17 12:37 job.sh
-rw-r--r--. 1 apache test 673 Aug 17 12:37 README.txt
lrwxrwxrwx. 1 apache test 67 Aug 17 12:37 sipnet.clim -> /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-650a29c32afa/sipnet.clim
-rw-r--r--. 1 apache test 2750 Aug 17 12:37 sipnet.in
-rw-r--r--. 1 apache test 2771 Aug 17 12:37 sipnet.param
-rw-r--r--. 1 apache test 1 Aug 17 12:37 sipnet.param-spatial
# see if application needs running
if [ ! -e "/data/Model_Output/pecan.output/PEcAn_2000000994/out/2000075302/sipnet.out" ]; then
cd "/data/Model_Output/pecan.output/PEcAn_2000000994/run/2000075302"
ln -s "/data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-650a29c32afa/sipnet.clim" sipnet.clim
...
セットアップ方法を簡単に確認します。
[sserbin<strong i="6">@modex</strong> 2000075302]$ sudo ln -s /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-650a29c32afa/NARR.2000-01-01.2004-12-31.clim sipnet.clim
[sserbin<strong i="7">@modex</strong> 2000075302]$ ll
total 20
-rwxr-xr-x. 1 apache test 1768 Aug 17 12:37 job.sh
-rw-r--r--. 1 apache test 673 Aug 17 12:37 README.txt
lrwxrwxrwx. 1 root test 87 Aug 17 12:42 sipnet.clim -> /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-650a29c32afa/NARR.2000-01-01.2004-12-31.clim
-rw-r--r--. 1 apache test 2750 Aug 17 12:37 sipnet.in
-rw-r--r--. 1 apache test 2771 Aug 17 12:37 sipnet.param
-rw-r--r--. 1 apache test 1 Aug 17 12:37 sipnet.param-spatial
[sserbin<strong i="8">@modex</strong> 2000075302]$ sudo ./job.sh
[sserbin<strong i="9">@modex</strong> out]$ cd 2000075302
[sserbin<strong i="10">@modex</strong> 2000075302]$ ll
total 3456
-rw-r--r--. 1 apache test 1293 Aug 17 12:43 logfile.txt
-rw-r--r--. 1 root test 673 Aug 17 12:43 README.txt
-rw-r--r--. 1 root test 3523496 Aug 17 12:43 sipnet.out
-rw-------. 1 apache apache 0 Aug 17 12:37 stderr.log
-rw-------. 1 apache apache 119 Aug 17 12:37 stdout.log
[sserbin<strong i="11">@modex</strong> 2000075302]$ ll
total 5956
-rw-rw-r--. 1 sserbin test 507576 Aug 17 12:48 2000.nc
-rw-rw-r--. 1 sserbin test 743 Aug 17 12:48 2000.nc.var
-rw-rw-r--. 1 sserbin test 506200 Aug 17 12:48 2001.nc
-rw-rw-r--. 1 sserbin test 743 Aug 17 12:48 2001.nc.var
-rw-rw-r--. 1 sserbin test 506200 Aug 17 12:48 2002.nc
-rw-rw-r--. 1 sserbin test 743 Aug 17 12:48 2002.nc.var
-rw-rw-r--. 1 sserbin test 506200 Aug 17 12:48 2003.nc
-rw-rw-r--. 1 sserbin test 743 Aug 17 12:48 2003.nc.var
-rw-rw-r--. 1 sserbin test 507576 Aug 17 12:48 2004.nc
-rw-rw-r--. 1 sserbin test 743 Aug 17 12:48 2004.nc.var
-rwxrwxrwx. 1 apache test 16 Aug 17 12:46 logfile.txt
-rwxrwxrwx. 1 root test 673 Aug 17 12:46 README.txt
-rwxrwxrwx. 1 root test 3523496 Aug 17 12:43 sipnet.out
-rwxrwxrwx. 1 apache apache 0 Aug 17 12:37 stderr.log
-rwxrwxrwx. 1 apache apache 119 Aug 17 12:37 stdout.log
@robkooper NARRのBDの問題を調査する時間があった可能性はありますか?
これは#2039で修正された可能性があると思います。これをテストする必要があります。
何年を選びますか?
1年または複数?
@robkooperが再試行したところ、次のようになりました。
prerun
Error: no climate data in sipnet.clim
mv: cannot stat `/data/Model_Output/pecan.output/PEcAn_2000001054/run/2000079623/sipnet.out': No such file or directory
今回は実際に見栄えのするディレクトリを次に示します。
[sserbin<strong i="10">@modex</strong> run]$ cd 2000079623/
[sserbin<strong i="11">@modex</strong> 2000079623]$ ll
total 20
-rwxr-xr-x. 1 apache test 1767 Sep 14 08:09 job.sh
-rw-r--r--. 1 apache test 663 Sep 14 08:09 README.txt
lrwxrwxrwx. 1 apache test 67 Sep 14 08:10 sipnet.clim -> /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-9ac83554512c/sipnet.clim
-rw-r--r--. 1 apache test 2750 Sep 14 08:09 sipnet.in
-rw-r--r--. 1 apache test 2757 Sep 14 08:09 sipnet.param
-rw-r--r--. 1 apache test 1 Sep 14 08:09 sipnet.param-spatial
しかし、ファイルには何もありませんか?
[sserbin<strong i="15">@modex</strong> 2000079623]$ cd /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-9ac83554512c/
[sserbin<strong i="16">@modex</strong> BD-9ac83554512c]$ ll
total 0
-rw-r--r--. 1 apache test 0 Sep 14 08:08 sipnet.clim
[sserbin<strong i="17">@modex</strong> BD-9ac83554512c]$
Workflow.logから
>
> # Do conversions
> settings <- PEcAn.utils::do_conversions(settings)
2018-09-14 08:06:24 DEBUG [PEcAn.utils::do_conversions] :
do.conversion outdir /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles
2018-09-14 08:06:24 INFO [PEcAn.utils::do_conversions] : PROCESSING: met
2018-09-14 08:06:24 INFO [PEcAn.utils::do_conversions] :
calling met.process:
2018-09-14 08:06:28 INFO [browndog.met] :
browndog download url :
http://dap.ncsa.illinois.edu:8184/file/20285355_pecan.clim
2018-09-14 08:08:29 WARN [PEcAn.DB::db.close] :
Connection created outside of PEcAn.DB package
2018-09-14 08:08:29 DEBUG [PEcAn.utils::do_conversions] :
updated met path:
/data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-9ac83554512c/sipnet.clim
>
> # Query the trait database for data and priors
> if (PEcAn.utils::status.check("TRAIT") == 0){
+ PEcAn.utils::status.start("TRAIT")
+ settings <- PEcAn.workflow::runModule.get.trait.data(settings)
+ PEcAn.settings::write.settings(settings, outputfile='pecan.TRAIT.xml')
+ PEcAn.utils::status.end()
+ } else if (file.exists(file.path(settings$outdir, 'pecan.TRAIT.xml'))) {
+ settings <- PEcAn.settings::read.settings(file.path(settings$outdir, 'pecan.TRAIT.xml'))
+ }
2018-09-14 08:08:31 INFO [query.trait.data] :
---------------------------------------------------------
これが私のランニング情報です
<run>
<site>
<id>1000025731</id>
<met.start>1990/01/01</met.start>
<met.end>1991/12/31</met.end>
</site>
<inputs>
<met>
<source>NARR</source>
<output>SIPNET</output>
</met>
</inputs>
<start.date>1990/01/01</start.date>
<end.date>1991/12/31</end.date>
</run>
これは開発ブランチで修正されていると思いますが、まだ展開されていません。 @ yan130を使用してテストし、その特定のファイルを使用して
@robkooperOKありがとう。 これらの実行に開発ブランチを使用していますが、ローカルブランチの変更をまだプッシュしていませんか?
ここには開発ブランチがデプロイされていません。 この特定のインスタンスは、マスターブランチをフォローしています。 私はそこに新しいリリースを展開したいと思っていました。 新しいリリースがいつ行われるかは@tonygardellaに確認します。
@robkooper私がフォローしているのかわかりません。 マスターと開発者の両方で機能することを確認すると思いますか?
これに対する修正はまだありますか? @ para2xは、マルチサイトSDAのある時点で、サイト間でNARRドライバーを使用して実行する予定であるか、少なくとも当初の計画でした。 しかし、私たちは修正を待っていました。
バンプ。 最近、他の誰かがsipnetでBrownDog NARRを使用できましたか? もしそうなら、私に知らせてください、おそらくそれは対処されて、再び働いています....不明です。
BrownDog NARRに問題がある場合は、暫定的にTHREDDSベースのNARR_siteを使用します
@robkooper私はprodでそのケースをテストしましたが、エラーは間違ったftpリンクです:
<input>
<type>NARR</type>
<site>US-SSH</site>
<lat>40.6658</lat>
<lon>-77.9041</lon>
<start_date>1990-01-01 00:00:00</start_date>
<end_date>1991-12-31 23:59:59</end_date>
</input>
remotefunc <-function(){PEcAn.data.atmosphere :: download.NARR(site_id = '1135'、lat.in = 40.6658、lon.in = -77.9041、model = NULL、scenario = NULL、ensemble_member = NULL、overwrite = FALSE、outfolder = '/ home / polyglot / cache / PEcAn / NARR_site_1-25713 /'、start_date = '1990-01-01'、end_date = '2014-12-31')}
remoteout <-remotefunc()
パッケージの添付: 'PEcAn.utils'
次のオブジェクトは ' package:utils 'からマスクされてい
ダウンロードファイル
2019-01-23 11:18:33 DEBUG [PEcAn.data.atmosphere :: download.NARR]:
ファイル '/home/polyglot/cache/PEcAn/NARR_site_1-25731//pres.sfc.2014.nc'
すでに存在し、次のファイルにスキップします。
2019-01-23 11:18:33 DEBUG [PEcAn.data.atmosphere :: download.NARR]:
ファイル '/home/polyglot/cache/PEcAn/NARR_site_1-25731//pres.sfc.2013.nc'
すでに存在し、次のファイルにスキップします。
2019-01-23 11:18:33 DEBUG [PEcAn.data.atmosphere :: download.NARR]:
ダウンロード元:
ftp://ftp.cdc.noaa.gov/Datasets/NARR/monolevel/pres.sfc.2012.nc to:
/home/polyglot/cache/PEcAn/NARR_site_1-25731//pres.sfc.2012.nc
URLを試しています 'ftp://ftp.cdc.noaa.gov/Datasets/NARR/monolevel/pres.sfc.2012.nc'
utils :: download.file(url、filename、method)のエラー:
URLを開くことができません 'ftp://ftp.cdc.noaa.gov/Datasets/NARR/monolevel/pres.sfc.2012.nc'
呼び出し:remotefunc->
さらに:警告メッセージ:
utils :: download.file(url、filename、method)の場合:
URL'ftp://ftp.cdc.noaa.gov/Datasets/NARR/monolevel/pres.sfc.2012.nc ':ステータスは'サーバーに接続できませんでした '
実行が停止しました
[1] 1
2019-01-2311:20:41情報[PEcAn.utils :: convert.input]:
結果:Convert.Input
2019-01-2311:20:41情報[PEcAn.utils :: convert.input]:1
2019-01-2311:20:41情報[PEcAn.utils :: convert.input]:
ファイルのエラー!= "":比較(2)は、アトミックタイプとリストタイプでのみ可能です。
呼び出し:met.process ... .download.raw.met.module->
2019-01-23 11:20:41警告[db.close]:
PEcAn.DBパッケージの外部で作成された接続
実行が停止しました
PS:なぜ2014年からダウンロードするのかわかりません。開始を1990に設定し、終了を1991に設定しました。
多分政府の閉鎖へようこそ?
@ yan130 FTPリンクをテストしたところ、バックアップされているようです
これを実行したところ、データがプルダウンされているようです
remotefunc <- function() {PEcAn.data.atmosphere::download.NARR(site_id='1135', lat.in=40.6658, lon.in=-77.9041, model=NULL, scenario=NULL,
ensemble_member=NULL, overwrite=FALSE, outfolder='~/scratch',
start_date='1990-01-01', end_date='2014-12-31')}
remoteout <- remotefunc()
@serbinsh実行していますが、時間がかかります(おそらく1日かかります)。完了したら更新するか、エラーが発生します。
ありがとう@ yan130基本的なNARRコードまたはBrownDogバージョンをテストしていますか?
最初にBrownDogサーバーで基本的なNARRコードを実行する必要があります。
私が実行するものが終了したら、あなたはあなたのマシンからBrownDogバージョンを実行することができます。
ああ、それは理にかなっています。 ありがとう!
奇妙なことに、私はpecanを最新の開発者に更新しましたが、次のエラーが発生します。
> remotefunc <- function() {PEcAn.data.atmosphere::download.NARR(site_id='1135', lat.in=40.6658, lon.in=-77.9041, model=NULL, scenario=NULL, ensemble_member=NULL, method=NULL, overwrite=FALSE, outfolder='/data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/NARR_site_1135/', start_date='1990-01-01', end_date='2014-12-31')}
> remoteout <- remotefunc()
2019-01-28 15:10:40 DEBUG [#1: PEcAn.data.atmosphere::download.NARR] :
Downloading from:
ftp://ftp.cdc.noaa.gov/Datasets/NARR/monolevel/pres.sfc.2014.nc to:
/data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/NARR_site_1135//pres.sfc.2014.nc
Error in if (method == "ncftpget") { : argument is of length zero
> traceback()
3: PEcAn.utils::download.file(url, new.file, method)
2: PEcAn.data.atmosphere::download.NARR(site_id = "1135", lat.in = 40.6658,
lon.in = -77.9041, model = NULL, scenario = NULL, ensemble_member = NULL,
method = NULL, overwrite = FALSE, outfolder = "/data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/NARR_site_1135/",
start_date = "1990-01-01", end_date = "2014-12-31") at #1
1: remotefunc()
それでも、上記の同様のコマンドはまだ機能しています。なぜ今違いがあるのかを整理する必要があります
ああ、PEcAnの新しいコマンドの問題は、デフォルトで「メソッド」がNULLに設定されていることです。これは、私にとってはエラーです。 しかし、私が次のように実行した場合:
remotefunc <- function() {PEcAn.data.atmosphere::download.NARR(site_id='1135', lat.in=40.6658, lon.in=-77.9041, model=NULL, scenario=NULL, ensemble_member=NULL, overwrite=FALSE,
outfolder='~/scratch', start_date='1990-01-01', end_date='1990-02-01')}
remoteout <- remotefunc()
正常に動作します。
ここでは見つかりません: https :
またはここ: https :
「メソッド」はデフォルトでNULLに設定されていますか? 私が知る限り、それはここでも起こっていませんか? https://github.com/PecanProject/pecan/blob/develop/web/03a-narr.php 。 しかし、その「method = NULL」は、Rプロファイルから取得する必要があるため、modexでNARRを破っています。
現在のエラーログ:
モデル固有の変換を開始します
[1]「モデル形式に変換する」
geonamesUsernameが設定されていません。 一部のサービスが機能するようにするには、http://geonames.wordpress.com/2010/03/16/ddos-part-ii/を参照し、options(geonamesUsername = "foo")を設定してください。
url(url、open = "r")のエラー:
'http://ws.geonames.org/timezoneJSON?lat=40.6658&lng=-77.9041&radius=0&username=carya'への接続を開くことができません
呼び出し:met.process ... site.lst-> GNtimezone-> as.data.frame-> getJson-> url
さらに:警告メッセージ:
url(url、open = "r"):
URL'http://ws.geonames.org/timezoneJSON ?lat = 40.6658&lng = -77.9041&radius = 0&username
2019-01-3115:28:05警告[db.close]:
PEcAn.DBパッケージの外部で作成された接続
実行が停止しました
@ yan130私の側でこのエラーメッセージが表示されます:
`` `>#変換を行う
設定<-PEcAn.workflow :: do_conversions(settings)
2019-02-0108:33:22デバッグ[PEcAn.workflow :: do_conversions]:
do.conversion outdir /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles
2019-02-01 08:33:22 INFO [PEcAn.workflow :: do_conversions]:処理中:会った
2019-02-0108:33:22情報[PEcAn.workflow :: do_conversions]:
met.processの呼び出し:
2019-02-01 08:33:25情報[browndog.met]:
ブラウンドッグダウンロードURL:
http://dap.ncsa.illinois.edu:8184 / file / 20318176_pecan.clim
basename(downloadedfile)のエラー:文字ベクトル引数が必要です
呼び出し:-> -> browndog.met-> basename
proc.time()
ユーザーシステムが経過しました
11.513 1.215 662.677
`` `。
おそらく、すべてのNARRをプルダウンする作業が失敗しましたか? このエラーは長い間待った後に発生したので、抽出に取り組んでいて転送に失敗したと思いますか? @robkooper皆さんは、この問題を明らかにする可能性のあるログをその端に持っていますか?
現在のエラーログ:
モデル固有の変換を開始します
[1]「モデル形式に変換する」
geonamesUsernameが設定されていません。 一部のサービスが機能するようにするには、http://geonames.wordpress.com/2010/03/16/ddos-part-ii/を参照し、options(geonamesUsername = "foo")を設定してください。
url(url、open = "r")のエラー:
'http://ws.geonames.org/timezoneJSON?lat=40.6658&lng=-77.9041&radius=0&username=carya'への接続を開くことができません
呼び出し:met.process ... site.lst-> GNtimezone-> as.data.frame-> getJson-> url
さらに:警告メッセージ:
url(url、open = "r"):
URL'http://ws.geonames.org/timezoneJSON ?lat = 40.6658&lng = -77.9041&radius = 0&username
2019-01-3115:28:05警告[db.close]:
PEcAn.DBパッケージの外部で作成された接続
実行が停止しました
これは、新しいapiurlを追加することで修正できます。
options(geonamesHost = "api.geonames.org")
すべてのgeonames :: GNtimezone呼び出しに。
@robkooper
この行をbrowndogのPEcAn_convert.Rに追加できます。
またはpecanprojectのmodules / data.atmosphere / R /site.lst.R。
どちらが好きですか?
@serbinshは現在
インストールされているgeonamesのバージョンを確認してください。 これはアップデートで修正される可能性があります。
最新のもの、2014年以降の更新はありません。
https://cran.r-project.org/web/packages/geonames/index.html
Rscript -e "devtools::install_github('ropensci/geonames')"
を試して、問題が解決するかどうかを確認できますか。 これは、現在PEcAnで使用されているものです。
動作していません。 'ropensci / geonames'のソースコードでホスト名が見つかりませんでした
これをフォローアップするだけで、BDを介してNARRプロセスを再度実行するための進捗状況はありますか?
このAMをもう一度試してみたところ、sipnet.climファイルが作成されていることがわかりましたが、空です。
この問題は365日間開いており、アクティビティがないため、古くなっています。