Pecan: Файлы BrownDog / NARR sipnet.clim генерируются некорректно

Интересно, что созданный драйвер появляется в качестве опции, если вы вернетесь к той же комбинации сайт / модель.

Кроме того, не уверен, что это должно произойти, но папка sipnet.clim была создана на верхнем уровне папки рабочего процесса пекана, как показано здесь:

[sserbin<strong i="6">@modex</strong> PEcAn_2000000991]$ ll
total 932
-rw-r--r--. 1 apache test    100 Aug 17 11:44 ensemble.output.2000001031.NPP.2002.2004.Rdata
-rw-r--r--. 1 apache test    785 Aug 17 11:43 ensemble.samples.2000001031.Rdata
drwxr-sr-x. 3 apache test     31 Aug 17 11:43 out
-rw-r--r--. 1 apache test   2957 Aug 17 11:41 pecan.CHECKED.xml
-rw-r--r--. 1 apache test   3195 Aug 17 11:43 pecan.CONFIGS.xml
-rw-r--r--. 1 apache test   3114 Aug 17 11:42 pecan.METProcess.xml
-rw-r--r--. 1 apache test   3155 Aug 17 11:42 pecan.TRAIT.xml
-rw-rw-r--. 1 apache test   2151 Aug 17 11:41 pecan.xml
drwxr-sr-x. 3 apache test     51 Aug 17 11:41 pft
drwxr-sr-x. 3 apache test     50 Aug 17 11:43 run
-rw-r--r--. 1 apache test 871702 Aug 17 11:43 samples.Rdata
drwxr-sr-x. 2 apache test     10 Aug 17 11:41 sipnet.clim
-rw-r--r--. 1 apache test    371 Aug 17 11:44 STATUS
-rw-rw-r--. 1 apache test   6320 Aug 17 11:41 workflow.R
-rw-r--r--. 1 apache test  39635 Aug 17 11:44 workflow.Rout

Но папка пуста

Вот как выглядит папка запуска:

[sserbin<strong i="6">@modex</strong> 2000075070]$ ll
total 20
-rwxr-xr-x. 1 apache test 1767 Aug 17 11:43 job.sh
-rw-r--r--. 1 apache test  664 Aug 17 11:43 README.txt
lrwxrwxrwx. 1 apache test   67 Aug 17 11:43 sipnet.clim -> /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-10704043b8b7/sipnet.clim
-rw-r--r--. 1 apache test 2750 Aug 17 11:43 sipnet.in
-rw-r--r--. 1 apache test 2767 Aug 17 11:43 sipnet.param
-rw-r--r--. 1 apache test    1 Aug 17 11:43 sipnet.param-spatial

Судя по комментарию @robkooper к Slack, похоже, что возвращенный файл представляет собой файл .zip без правильного расширения. Если я переименую файл, я смогу успешно извлечь файл данных, который является правильно отформатированным файлом sipnet.clim.

[sserbin<strong i="7">@modex</strong> BD-10704043b8b7]$ sudo mv sipnet.clim sipnet.clim.zip
[sudo] password for sserbin:
[sserbin<strong i="8">@modex</strong> BD-10704043b8b7]$ ll
total 500
-rw-r--r--. 1 apache test 508617 Aug 17 11:42 sipnet.clim.zip

[sserbin<strong i="9">@modex</strong> BD-10704043b8b7]$ sudo unzip sipnet.clim.zip
Archive:  sipnet.clim.zip
  inflating: NARR.2002-01-01.2004-12-31.clim
[sserbin<strong i="10">@modex</strong> BD-10704043b8b7]$ ll
total 1780
-rw-r--r--. 1 root   test 1309045 Aug 17 10:42 NARR.2002-01-01.2004-12-31.clim
-rw-r--r--. 1 apache test  508617 Aug 17 11:42 sipnet.clim.zip

0       2002    1       0       0.125   -7.9094299316406        -2.44315996314612       0       0.000804662704467773    106.125279746456        279.20088185235 231.658948408484        5.31823073993271        0.6
0       2002    1       3       0.125   -9.32294311523435       -2.39741738404251       0       -0.0412188470363617     75.1397549593781        285.159348289328        227.559947202096        5.60749023697066        0.6
0       2002    1       6       0.125   -10.5312866210937       -2.33946353060725       0       -0.0244013965129852     55.1456123301122        294.838635604529        220.208121240694        5.00348134365326        0.6
0       2002    1       9       0.125   -11.3368286132812       -2.27091310812966       0       -0.0244013965129852     35.953950127431 295.342434940375        222.430670123902        5.07081553376126        0.6
0       2002    1       12      0.125   -12.4007629394531       -2.19504814728271       628398.237304688        0.0848717987537384      19.7246218935274        303.128231282344        217.696640681874        4.52785957682463        0.6
0       2002    1       15      0.125   -8.40720214843748       -2.10964517251597       1622754.71191406        0.000804662704467773    67.3028051574853        265.95481312816 257.728592667697        6.00752887354068        0.6
0       2002    1       18      0.125   -5.53836669921873       -2.05694625720645       1374894.71191406        0.00921338796615601     109.890647291759        230.4657112397  295.058308799463        6.37520017434981        0.6
0       2002    1       21      0.125   -4.0488342285156        -2.02781320104941       58806.474609375 0.0176221132278442      132.242433885207        205.770433990006        320.831082348398        5.77486085931632        0.6
0       2002    2       0       0.125   -5.8043273925781        -2.01090098947708       0       0.00921338796615601     68.1552254424385        198.632733047786        328.702943023655        5.63152559393685        0.6
0       2002    2       3       0.125   -6.48831787109373       -1.97915701994827       0       0.000804662704467773    57.8740762854741        209.776452022241        318.84142518764 4.74670963477183        0.6 ...

Запустите его еще раз и увидите, что теперь есть два разных файла BD clim в неправильно названном .zip файле.

[sserbin<strong i="6">@modex</strong> BD-650a29c32afa]$ ll
total 3556
-rw-r--r--. 1 root   test 2191869 Aug 17 11:37 NARR.2000-01-01.2004-12-31.clim
-rw-r--r--. 1 root   test  439523 Aug 17 09:57 NARR.2004-01-01.2004-12-31.clim
-rw-r--r--. 1 apache test 1003128 Aug 17 12:37 sipnet.clim.zip

Другая проблема заключается в том, что символическая ссылка, используемая в job.sh, не соответствует именам файлов:

[sserbin<strong i="10">@modex</strong> 2000075302]$ ll
total 20
-rwxr-xr-x. 1 apache test 1768 Aug 17 12:37 job.sh
-rw-r--r--. 1 apache test  673 Aug 17 12:37 README.txt
lrwxrwxrwx. 1 apache test   67 Aug 17 12:37 sipnet.clim -> /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-650a29c32afa/sipnet.clim
-rw-r--r--. 1 apache test 2750 Aug 17 12:37 sipnet.in
-rw-r--r--. 1 apache test 2771 Aug 17 12:37 sipnet.param
-rw-r--r--. 1 apache test    1 Aug 17 12:37 sipnet.param-spatial

# see if application needs running
if [ ! -e "/data/Model_Output/pecan.output/PEcAn_2000000994/out/2000075302/sipnet.out" ]; then
  cd "/data/Model_Output/pecan.output/PEcAn_2000000994/run/2000075302"
  ln -s "/data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-650a29c32afa/sipnet.clim" sipnet.clim
...

Быстрая проверка того, что, по моему мнению, должно быть таким, как оно настроено:

[sserbin<strong i="6">@modex</strong> 2000075302]$ sudo ln -s /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-650a29c32afa/NARR.2000-01-01.2004-12-31.clim sipnet.clim
[sserbin<strong i="7">@modex</strong> 2000075302]$ ll
total 20
-rwxr-xr-x. 1 apache test 1768 Aug 17 12:37 job.sh
-rw-r--r--. 1 apache test  673 Aug 17 12:37 README.txt
lrwxrwxrwx. 1 root   test   87 Aug 17 12:42 sipnet.clim -> /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-650a29c32afa/NARR.2000-01-01.2004-12-31.clim
-rw-r--r--. 1 apache test 2750 Aug 17 12:37 sipnet.in
-rw-r--r--. 1 apache test 2771 Aug 17 12:37 sipnet.param
-rw-r--r--. 1 apache test    1 Aug 17 12:37 sipnet.param-spatial

[sserbin<strong i="8">@modex</strong> 2000075302]$ sudo ./job.sh

[sserbin<strong i="9">@modex</strong> out]$ cd 2000075302
[sserbin<strong i="10">@modex</strong> 2000075302]$ ll
total 3456
-rw-r--r--. 1 apache test      1293 Aug 17 12:43 logfile.txt
-rw-r--r--. 1 root   test       673 Aug 17 12:43 README.txt
-rw-r--r--. 1 root   test   3523496 Aug 17 12:43 sipnet.out
-rw-------. 1 apache apache       0 Aug 17 12:37 stderr.log
-rw-------. 1 apache apache     119 Aug 17 12:37 stdout.log

[sserbin<strong i="11">@modex</strong> 2000075302]$ ll
total 5956
-rw-rw-r--. 1 sserbin test    507576 Aug 17 12:48 2000.nc
-rw-rw-r--. 1 sserbin test       743 Aug 17 12:48 2000.nc.var
-rw-rw-r--. 1 sserbin test    506200 Aug 17 12:48 2001.nc
-rw-rw-r--. 1 sserbin test       743 Aug 17 12:48 2001.nc.var
-rw-rw-r--. 1 sserbin test    506200 Aug 17 12:48 2002.nc
-rw-rw-r--. 1 sserbin test       743 Aug 17 12:48 2002.nc.var
-rw-rw-r--. 1 sserbin test    506200 Aug 17 12:48 2003.nc
-rw-rw-r--. 1 sserbin test       743 Aug 17 12:48 2003.nc.var
-rw-rw-r--. 1 sserbin test    507576 Aug 17 12:48 2004.nc
-rw-rw-r--. 1 sserbin test       743 Aug 17 12:48 2004.nc.var
-rwxrwxrwx. 1 apache  test        16 Aug 17 12:46 logfile.txt
-rwxrwxrwx. 1 root    test       673 Aug 17 12:46 README.txt
-rwxrwxrwx. 1 root    test   3523496 Aug 17 12:43 sipnet.out
-rwxrwxrwx. 1 apache  apache       0 Aug 17 12:37 stderr.log
-rwxrwxrwx. 1 apache  apache     119 Aug 17 12:37 stdout.log

@robkooper. Есть ли шанс, что у вас было время изучить проблемы BD с NARR?

Я думаю, что это могло быть исправлено с помощью # 2039, мне нужно будет это проверить.

какой год вы выбираете?
один год или несколько?

@robkooper просто попробовал еще раз и получил следующее:

prerun
Error: no climate data in sipnet.clim
mv: cannot stat `/data/Model_Output/pecan.output/PEcAn_2000001054/run/2000079623/sipnet.out': No such file or directory

Вот каталог, который на этот раз выглядит лучше:

[sserbin<strong i="10">@modex</strong> run]$ cd 2000079623/
[sserbin<strong i="11">@modex</strong> 2000079623]$ ll
total 20
-rwxr-xr-x. 1 apache test 1767 Sep 14 08:09 job.sh
-rw-r--r--. 1 apache test  663 Sep 14 08:09 README.txt
lrwxrwxrwx. 1 apache test   67 Sep 14 08:10 sipnet.clim -> /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-9ac83554512c/sipnet.clim
-rw-r--r--. 1 apache test 2750 Sep 14 08:09 sipnet.in
-rw-r--r--. 1 apache test 2757 Sep 14 08:09 sipnet.param
-rw-r--r--. 1 apache test    1 Sep 14 08:09 sipnet.param-spatial

А в файле ничего ??

[sserbin<strong i="15">@modex</strong> 2000079623]$ cd /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-9ac83554512c/
[sserbin<strong i="16">@modex</strong> BD-9ac83554512c]$ ll
total 0
-rw-r--r--. 1 apache test 0 Sep 14 08:08 sipnet.clim
[sserbin<strong i="17">@modex</strong> BD-9ac83554512c]$

Из журнала workflow.log

> 
> # Do conversions
> settings <- PEcAn.utils::do_conversions(settings)
2018-09-14 08:06:24 DEBUG  [PEcAn.utils::do_conversions] : 
   do.conversion outdir /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles 
2018-09-14 08:06:24 INFO   [PEcAn.utils::do_conversions] : PROCESSING:  met 
2018-09-14 08:06:24 INFO   [PEcAn.utils::do_conversions] : 
   calling met.process: 
2018-09-14 08:06:28 INFO   [browndog.met] : 
   browndog download url : 
   http://dap.ncsa.illinois.edu:8184/file/20285355_pecan.clim 
2018-09-14 08:08:29 WARN   [PEcAn.DB::db.close] : 
   Connection created outside of PEcAn.DB package 
2018-09-14 08:08:29 DEBUG  [PEcAn.utils::do_conversions] : 
   updated met path: 
   /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-9ac83554512c/sipnet.clim 
> 
> # Query the trait database for data and priors
> if (PEcAn.utils::status.check("TRAIT") == 0){
+   PEcAn.utils::status.start("TRAIT")
+   settings <- PEcAn.workflow::runModule.get.trait.data(settings)
+   PEcAn.settings::write.settings(settings, outputfile='pecan.TRAIT.xml')
+   PEcAn.utils::status.end()
+ } else if (file.exists(file.path(settings$outdir, 'pecan.TRAIT.xml'))) {
+   settings <- PEcAn.settings::read.settings(file.path(settings$outdir, 'pecan.TRAIT.xml'))
+ }
2018-09-14 08:08:31 INFO   [query.trait.data] : 
   --------------------------------------------------------- 

Вот информация о моем пробеге

  <run>
    <site>
      <id>1000025731</id>
      <met.start>1990/01/01</met.start>
      <met.end>1991/12/31</met.end>
    </site>
    <inputs>
      <met>
        <source>NARR</source>
        <output>SIPNET</output>
      </met>
    </inputs>
    <start.date>1990/01/01</start.date>
    <end.date>1991/12/31</end.date>
  </run>

Я считаю, что это исправлено в ветке разработки, но еще не развернуто. Я буду работать с @ yan130, чтобы проверить, работает ли он на сервере разработки с этим конкретным файлом.

@robkooper ОК, спасибо. Я использую ветку разработки для этих прогонов, но еще не внес изменения в локальную ветку?

у нас нет развернутой ветки разработки. этот конкретный экземпляр следует за основной веткой. Я надеялся разместить там новую версию. Я уточню у выйдет новый релиз.

@robkooper Я не уверен, что слежу за ним ...... Я также до сих пор не уверен, в каком конце находится эта ошибка. Полагаю, мы позаботимся о том, чтобы это работало как для мастера, так и для разработчика?

Есть ли у нас какие-нибудь исправления для этого? @ para2x в какой-то момент вашего

Удар. Кто-нибудь еще мог использовать BrownDog NARR с sipnet в последнее время? Если да, дайте мне знать, возможно, проблема была устранена и снова работает .... неясно.

Если есть проблемы с BrownDog NARR, я бы временно использовал NARR_site на основе THREDDS.

@robkooper Я тестирую этот случай на продукте, и ошибка - неправильная ссылка ftp:

<input> <type>NARR</type> <site>US-SSH</site> <lat>40.6658</lat> <lon>-77.9041</lon> <start_date>1990-01-01 00:00:00</start_date> <end_date>1991-12-31 23:59:59</end_date> </input>

remotefunc <- function () {PEcAn.data.atmosphere :: download.NARR (site_id = '1135', lat.in = 40.6658, lon.in = -77.9041, model = NULL, сценарий = NULL, ensemble_member = NULL, перезаписать = FALSE, outfolder = '/ home / polyglot / cache / PEcAn / NARR_site_1-25731 /', start_date = '1990-01-01', end_date = '2014-12-31')}
удаленный выход <- удаленная функция ()

Прикрепление пакета: 'PEcAn.utils'

Следующий объект замаскирован из package: utils :
Загрузка файла

2019-01-23 11:18:33 ОТЛАДКА [PEcAn.data.atmosphere :: download.NARR]:
Файл '/home/polyglot/cache/PEcAn/NARR_site_1-25731//pres.sfc.2014.nc'
уже существует, переход к следующему файлу.
2019-01-23 11:18:33 ОТЛАДКА [PEcAn.data.atmosphere :: download.NARR]:
Файл '/home/polyglot/cache/PEcAn/NARR_site_1-25731//pres.sfc.2013.nc'
уже существует, переход к следующему файлу.
2019-01-23 11:18:33 ОТЛАДКА [PEcAn.data.atmosphere :: download.NARR]:
Скачивание с:
ftp://ftp.cdc.noaa.gov/Datasets/NARR/monolevel/pres.sfc.2012.nc в:
/home/polyglot/cache/PEcAn/NARR_site_1-25731//pres.sfc.2012.nc
пробуя URL 'ftp://ftp.cdc.noaa.gov/Datasets/NARR/monolevel/pres.sfc.2012.nc'
Ошибка в utils :: download.file (url, filename, method):
не удается открыть URL 'ftp://ftp.cdc.noaa.gov/Datasets/NARR/monolevel/pres.sfc.2012.nc'
Звонки: remotefunc ->->->
Дополнительно: Предупреждающее сообщение:
В utils :: download.file (URL, имя файла, метод):
URL 'ftp://ftp.cdc.noaa.gov/Datasets/NARR/monolevel/pres.sfc.2012.nc': статус был 'Не удалось подключиться к серверу'
Выполнение остановлено
[1] 1
2019-01-23 11:20:41 ИНФОРМАЦИЯ [PEcAn.utils :: convert.input]:
РЕЗУЛЬТАТЫ: Convert.Input
2019-01-23 11:20:41 ИНФОРМАЦИЯ [PEcAn.utils :: convert.input]: 1
2019-01-23 11:20:41 ИНФОРМАЦИЯ [PEcAn.utils :: convert.input]:
Ошибка в файле! = "":сравнение (2) возможно только для атомарных и списковых типов
Вызовы: met.process ... .download.raw.met.module ->-> подмножество -> subset.default
2019-01-23 11:20:41 ПРЕДУПРЕЖДЕНИЕ [db.close]:
Подключение создано вне пакета PEcAn.DB
Выполнение остановлено

PS: Я не знаю, почему он загружается с 2014 года, я просто установил начало 1990 года и конец 1991 года.

Может быть, добро пожаловать на закрытие правительства?

@ yan130 Я только что проверил эту FTP-ссылку, и похоже, что

Я только что запустил это, и похоже, что данные выгружаются

remotefunc <- function() {PEcAn.data.atmosphere::download.NARR(site_id='1135', lat.in=40.6658, lon.in=-77.9041, model=NULL, scenario=NULL, 
                                                               ensemble_member=NULL, overwrite=FALSE, outfolder='~/scratch', 
                                                               start_date='1990-01-01', end_date='2014-12-31')}
remoteout <- remotefunc()

@serbinsh Я запустил его, это займет некоторое время (возможно, день), я

Спасибо @ yan130 Вы тестируете базовый код NARR или версию BrownDog?

Сначала мне нужно запустить базовый код NARR на сервере BrownDog.
когда то, что я запускаю, будет завершено, вы можете запустить версию BrownDog со своего компьютера.

О'кей, в этом есть смысл. благодарю вас!

Странно, я обновил пекан до последней версии и теперь получаю эту ошибку:

> remotefunc <- function() {PEcAn.data.atmosphere::download.NARR(site_id='1135', lat.in=40.6658, lon.in=-77.9041, model=NULL, scenario=NULL, ensemble_member=NULL, method=NULL, overwrite=FALSE, outfolder='/data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/NARR_site_1135/', start_date='1990-01-01', end_date='2014-12-31')}

> remoteout <- remotefunc()

2019-01-28 15:10:40 DEBUG  [#1: PEcAn.data.atmosphere::download.NARR] :
   Downloading from:
   ftp://ftp.cdc.noaa.gov/Datasets/NARR/monolevel/pres.sfc.2014.nc to:
   /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/NARR_site_1135//pres.sfc.2014.nc
Error in if (method == "ncftpget") { : argument is of length zero
> traceback()
3: PEcAn.utils::download.file(url, new.file, method)
2: PEcAn.data.atmosphere::download.NARR(site_id = "1135", lat.in = 40.6658,
       lon.in = -77.9041, model = NULL, scenario = NULL, ensemble_member = NULL,
       method = NULL, overwrite = FALSE, outfolder = "/data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/NARR_site_1135/",
       start_date = "1990-01-01", end_date = "2014-12-31") at #1
1: remotefunc()

Тем не менее, аналогичная команда выше все еще работает, нужно разобраться, почему сейчас есть разница

Ага, проблема с новой командой в PEcAn заключается в том, что она по умолчанию устанавливает для параметра "method" значение NULL, что для меня является ошибкой. Но если я бегу как:

remotefunc <- function() {PEcAn.data.atmosphere::download.NARR(site_id='1135', lat.in=40.6658, lon.in=-77.9041, model=NULL, scenario=NULL, ensemble_member=NULL, overwrite=FALSE, 
                                                               outfolder='~/scratch', start_date='1990-01-01', end_date='1990-02-01')}
remoteout <- remotefunc()

он работает нормально.

Я не могу найти здесь: https://github.com/PecanProject/pecan/blob/develop/modules/data.atmosphere/R/download.NARR.R

ИЛИ здесь: https://github.com/PecanProject/pecan/blob/develop/modules/data.atmosphere/R/download.NARR_site.R

где "method" по умолчанию устанавливается в NULL? Насколько я могу судить, здесь этого тоже не происходит? https://github.com/PecanProject/pecan/blob/develop/web/03a-narr.php . Но этот "method = NULL" нарушает NARR для меня в modex, потому что его нужно получить из нашего профиля R.

текущий журнал ошибок:

Начать преобразование конкретной модели
[1] «Преобразовать в формат модели»
Не задано geonamesUsername. См. Http://geonames.wordpress.com/2010/03/16/ddos-part-ii/ и установите его с параметрами (geonamesUsername = "foo") для работы некоторых служб.
Ошибка в URL (url, open = "r"):
не удается открыть соединение с http://ws.geonames.org/timezoneJSON?lat=40.6658&lng=-77.9041&radius=0&username=carya
Вызовы: met.process ... site.lst -> GNtimezone -> as.data.frame -> getJson -> url
Дополнительно: Предупреждающее сообщение:
В url (url, open = "r"):
URL ' http://ws.geonames.org/timezoneJSON?lat=40.6658&lng=-77.9041&radius=0&username=carya ': статус был 'Не удалось определить имя хоста'
2019-01-31 15:28:05 ПРЕДУПРЕЖДЕНИЕ [db.close]:
Подключение создано вне пакета PEcAn.DB
Выполнение остановлено

@ yan130 Я получаю это сообщение об ошибке на своей

``> # Сделать конверсии

settings <- PEcAn.workflow :: do_conversions (настройки)
2019-02-01 08:33:22 ОТЛАДКА [PEcAn.workflow :: do_conversions]:
do.conversion outdir /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles
2019-02-01 08:33:22 ИНФОРМАЦИЯ [PEcAn.workflow :: do_conversions]: ОБРАБОТКА: выполнено
2019-02-01 08:33:22 ИНФОРМАЦИЯ [PEcAn.workflow :: do_conversions]:
вызов met.process:
2019-02-01 08:33:25 ИНФОРМАЦИЯ [browndog.met]:
url загрузки browndog:
http://dap.ncsa.illinois.edu : 8184 / file / 20318176_pecan.clim
Ошибка в базовом имени (загруженный файл): ожидается аргумент вектора символов
Звонки:->-> browndog.met -> базовое имя
proc.time ()
пользовательская система истекла
11,513 1,215 662,677
``.

возможно, ваша работа по уничтожению всех NARR провалилась? Эта ошибка возникла после долгого ожидания, поэтому я предполагаю, что она работала при извлечении и не удалась при передаче? @robkooper , ребята, у вас есть журналы с этой стороны, которые могут

текущий журнал ошибок:

Начать преобразование конкретной модели
[1] «Преобразовать в формат модели»
Не задано geonamesUsername. См. Http://geonames.wordpress.com/2010/03/16/ddos-part-ii/ и установите его с параметрами (geonamesUsername = "foo") для работы некоторых служб.
Ошибка в URL (url, open = "r"):
не удается открыть соединение с http://ws.geonames.org/timezoneJSON?lat=40.6658&lng=-77.9041&radius=0&username=carya
Вызовы: met.process ... site.lst -> GNtimezone -> as.data.frame -> getJson -> url
Дополнительно: Предупреждающее сообщение:
В url (url, open = "r"):
URL ' http://ws.geonames.org/timezoneJSON?lat=40.6658&lng=-77.9041&radius=0&username=carya ': статус был 'Не удалось определить имя хоста'
2019-01-31 15:28:05 ПРЕДУПРЕЖДЕНИЕ [db.close]:
Подключение создано вне пакета PEcAn.DB
Выполнение остановлено

это можно исправить, добавив новый URL-адрес API:
параметры (geonamesHost = "api.geonames.org")

ко всем вызовам geonames :: GNtimezone.

@robkooper
Я могу добавить эту строку в PEcAn_convert.R в браузере,
или модули / data.atmosphere / R / site.lst.R в pecanproject.
какой путь ты предпочитаешь?

@serbinsh, теперь он должен работать, оставьте комментарий, если у вас все еще есть проблемы.

Проверьте, какая версия geonames установлена. Это может быть исправлено в обновлении.

последняя, ​​без обновлений с 2014 года.
https://cran.r-project.org/web/packages/geonames/index.html

Можете ли вы попробовать Rscript -e "devtools::install_github('ropensci/geonames')" и посмотреть, решит ли это проблему. Это то, что в настоящее время используется в PEcAn.

не работает. не нашел имя хоста в исходном коде 'ropensci / geonames'

Просто следите за этим, есть ли прогресс в том, чтобы снова запустить процесс NARR через BD?

Я просто попробовал еще раз этот AM и обнаружил, что он создает файл sipnet.clim, НО его пустой

Эта проблема устарела, потому что она открыта 365 дней без активности.