Pecan: ब्राउनडॉग/एनएआरआर सिपनेट.क्लिम फाइलें ठीक से उत्पन्न नहीं हो रही हैं

को निर्मित 17 अग॰ 2018  ·  39टिप्पणियाँ  ·  स्रोत: PecanProject/pecan

बग का वर्णन करें
#2047 . से संबंधित

मैं दो अलग-अलग साइटों पर सिपनेट के लिए एनएआरआर ड्राइवर उत्पन्न करने का प्रयास कर रहा हूं और एक ऐसे मुद्दे पर चल रहा हूं जहां बीडी कमांड का आउटपुट या तो एक खाली फ़ाइल या अस्पष्ट है। उदाहरण के लिए:

PK^C^D^T^@^B^@^H^@EU^QM æµ3)Â^G^@uù^S^@^_^@^@^@NARR.2002-01-01.2004-12-31.clim<8c><9d>W<96>39<96>¤<9f>9{)^^h±ÿ<8d><8d>}^F<92>^N^G<83>ù÷<88>îªÌ<88> è^N\\a"<R^Hé^Q^_á^Q<9e>1ÕÇÿús<86>YÒ<9c>9¶^RÚã^?éYJ<8e>uÎ<96>ci1ùGC^H#<94>ÖR^O¥´Þ{~ÄÐø^K©Ï^Z©í¡ÿôÔ_^_#<8e><9a>r}¤^\<9f>­<8e>YF        CÿãQ<9f>9<8e><94>CÏú´Ôµ<88>gû^?á½¢ü^Ñ|æ<94>¦Ö^Põg<8a>þ<90><96><94>õ!±gý¥<92>*«ÿ<9f>ÖTb<8a>c<94>^^rË-öG¯Ï¨^_¬eÖ<99>û<88><8f>4ôOô<9f>ËHC<9f>8^^)õgÕW+=<85>^TfÓ<92>Zèe<86><94>Û졵û<92>Ú{I1<k<8e>iè^AÄ ¿í%åYZ®9è/ègÖ<92>R)Akh5¦©§ð¨Z<80><9e>ML9<87>^XSzè<8b>=G^^úÅ^VJMSK
zjC_%éñO<9e>R^HZqÔWo5§cI󳤨^U4}±^VõÍô<9a>´$½<9d>^Ysä¯M¾Ë<9f>KÊõ9k<9e>5ÄÔõ<90>µ"½<97><92>J.³<84>ÜõÞ<92>¶<80>¾V×Od=^ZVÔõ7k͹ë«^\+b<87>¼<96>¤ß^K¡·4õhô¼XRÔ^GéËè<81>^OÞxK#ÏñL¹gm§1ØZÚ^[=ö9zͼáG<9c>Ï<9e><8a><9e>´Þ<99>¶Wyä<90>õ^AÚ9þ^_¥<RìϦo¨^G¦Í¦<9f>(Oýਲ਼v=^Q½<95>c<85>õ½Â¡^Eòꣶcîex<85>Ú^G¥F½Cm<95>þ<88>M<9b>¤<96>g<8f>qF^NÄ<9f><9b>¿õg^Ni^Dý<8e>þLÍ<8f>Ôx¬¼6-2ê0Ô®o¡%¥ÖºöÖ£éÏô<9a>Æè¹²îc<89>ã½Äª<9d>6rkmN=^A}<94><96>^Xª6FÓ<9f>LAK}D<96>><8f>%ê§s^^]O%jké/<86>ù^\S?ßÓ<8c>½j£åð,­ê<97>ôV»_{¨#^Gý^N^[Y^KÔË×rbg+<8c>ãt¦ø^`ÑÁ^[C;FßN^_åõéák^W<86>^X´<87>â£<8e>¡ØP^T^V8+<|ýQ=Ö¨<9f>ÑO<96>¢?<98>µ[ÙtyhO^F-'Ôg×óÕ©<9a>zÞí¡?§<83>¢½¬7Î<9e>yðïËhAÏT¡*§}}é<8a>gõ©w¥è<92>§<9e>×ð^^Ôºô7§^^<99>>a¼âÙù¼ÚP¨¨)Õ²<86><9e>²öiã^Oi§ö>XÑxö@d"\ÔJðP L
(yê(Öû<8a>>ñL<8f>BÏ+vír<9e><87>Þh|Î>µsBÔ£×¹ø^Ubµ<87>´»9Q£êqê-è¥ö®= =<9c><92>þ<81>^Bês<94>HP^\úç:^Hzê<8a>^B-kÍqäû<92>Úu^N´î<96>´íc_<9b>LKâÏäÖ^U­ô2_Á<83>{ µ®_RôÐ[Ò/êiêÿè ^VþAjú|-Y¯D[gú¬j{iw)Rêß<<88>Éz<80><83>h<9d><8f>m<95>®p¦ ¯Ð¥g^]ôÒ^R'3><87>Þ<98>¾vÐÛÖ+]^OI_²q<83><94>©^]ÃÎT@×^[k<9d>gÂ^WÖï><89>^DSK^LÚ©ZsæGØ5<8a>^[­ë^YÍZ<8b><9e>¾^JÎuÜW´<85>3^E}}«1Fã!U/<89>ãL@^K<8a>üMa *®>õ<82>Úä<82>`<85>©^E^]*=<9f>¡^?<94>ØGº^Eµ^W31¾èÉê^Hèaëqש^@¢ <98>ª<82><83>¾T<8b>QGO¡¡( k7èN<8a>z!áx<8b>W8kO<85>;^]ºâP±^^Z'¶·^X^TEô¿ô<82>¦<9e>ý'âο^BîhO]#<ì»Jÿ@·úSqMïµk?f-yèÖÒ<81>R4<89>5ÎÄ>KMA<80>ó©¿s>ÃO4ËOös]/uεB]<±)6(úÌ©<80>«<8f>ÌÛ
ÿº´bÑÆ^O-Ný-ö«<82>      <97>Rm<84>Bö<81>Î<97>V¨¼¢7<9e>><87><93><93>JxStÊ©ÜWx<85>³DØÖ^]µ®¬ä£ÀÝ2µF}´ö¸6s^H^?¾Ù^R<9f>\Ò<93>7©ÿ ï­m¬<8c>D^OS[¤wݵºÜuíWÝæ£^N?· OÒ<83>Õ߯㶪¼^G±>µ|­<9f>Lf½Ø¦<9b>^k*½VVõw
T§n¸DJ^P«<8f><9f>^B<85>².Å?^]^O^E)-)ëb<9a>^D$^]-<9d><8d><87>^<91>^V¤^Gª^KT¿<92>ïKÚ¢^XÁR7<84>^VÖ^!C¯G;X·<9e>BFx<87>^LÝr<83><87>©x«ÃÓu^UêÀé¥èí)CTpåO?'^_GR7^Tµ´Û<9f>:×üY.8^N<80>²2ý%­Pÿ!Æû<9a>¶0¦[R?^T×eé^SªÏÔ¡<9a>z^M<9c>õ^_<81>µé^Q(^^s^R<94>ôq7jÃ+bNíR}Ë¡í¤%ê©dý%¥>Zó3ë¯V<9d>+^Eί§´<85>±NÄ,+<99>^»©rÜôع<97>Þa¬<92>sèJÔgµ<9e><89>Iµ²ß¢þ».<84>ìüaê!é<92>t¼×^QÔ?Ð+ÐIU~«k,é;^T®Zí,ÂÏ}E·0<96>µoøZ+<86>é;ëÿp<90>µkÊC^AM<9f>ðI&^\Ã<94>d^QEtykóêvÖáÒç+Àª Ð^®^MÊ<8a>Ϻ<87>^F»H{N_To^?¡­í<9b>H^GX'º^P#ïùNÞbX^?êQµ®#å(á^E^F®T}U<82>K$qÑÍ}EÙ¿<8e>¢<82>pÖÏé^RR¬ÿ¤MGÖÊ^M¢0ª^_׍^Dg<90>þ´¦ï6}^M8ë×^]¬ÿ}.pì^ABëЯ<96>ô¾+µ^W^HÐ3(<91>×ÓÐ<9b>ÓÍòIyÆ<8f>^P<96> ½º^C¦^^<88>~(^E^EUe<90>º<85>ºÂ¸<96>¨«KW<99>ò5ý!<9d>rmÓ¤h®ï<98>ã$g»­p^Oaü8©Ûü<84>0½AÝ~E^ASgs>ÚTùqÝSÎÉ´0e-:?<81>@§o¡<83>^Z<89>ê*"¦<9e>£ÞúжìÃiRâ<9c>ªÂJìl¹^Re^EYý¢.^MmD}J»íÁr<85>3]o
[I^[CiòëTdrA^UT<98>x<9d>
Å#<97>j*<ôhçCÑ<93><8b>\¹<84>Þ<99>³Ä¨È<98>)%´^DÊ5¥pºat<92>õ§«"±^^<99>®-½o-H'<^_+Ê×®ë<^^=䶪ިëB<9b>mP    ët<96>^_Y¢^^<91><8e><8f>â^[{Jé¯6§*^A]¦<93>¼Z©ª3²>^Uº2oVµ*w»ò^E-Y;@Aú¾¢-<96>éùu6<86>3\<9f>T%L<91><9b>Eç@+ùQÏQ^KéV^H:5ä·Z<92>N³By#ãÑ¥£<9d>2<95>^Aõ^Züg´<9d>\<8b>^Lm}­Q¿<94><8f>%mÁL5÷q^K©:¨Jb<94>p^VöÕ<9f>÷¢~O^W.iIä­+áÑ^_T<86>¨ÿ¦ª²RrêöÎüKŤá}ÄÓS,Q¼Ó_è÷^EÝbYà^Oé\7<95>pÅ+
\<88>ú<93>UGT^[ Ô½6ú3<9c><91>¢^FjG<85>f¥<8a>ä<88>ª<8d><88>[<8a>ÈzûÉI£^N¢<82>Ç'×<8f>JÏ<94> éØèk<94>c<85>[J¦Å)Æ<94>+<9c>±`ý^?-Oq<98>ÒGWc:ò<9d>#ÏVþ5;5úäg<94>7hg)^B«dÐ<93>ϬXÇÇÕ<9c>Þ Þªo4mÕ®ïà¯u¼Ò+<9a>)µlÊ^Ztb<9c>úW><9d>k¥<90>µ<90>^Më~¦<86>Õ=ô<8f>p¦K\§·^Rþ«®!<97>^Bºf^T%õ^CÊ©^TÎèHh<9b>i_420^U^Oú_:ãú®Ú¯Ç[¾¥dôYh^QQ§¯5*Yà¿ëS<88>O^O}Óë^Y<8e>UdþÑ£jZ<82><82>³^^¯b!<99>­2^M}¼Þ£¶½ò]^Uu<93><92>FϹS)×Gw²Â<8b>W&^Qãí¢¯WH#^AVþ^WWó¥ø^YÑFS$ª´QâúÙï<9b><94>Ä<95>ÇA9^P¨^F<9a>>`êñò»´Hôõ<94>^LåZ8^\ªÉ´¢Nq]¦^^¥^oº¯(o9£¢ä^A<91>ei·^QEjT^NñJ<87>è<84>)^]Ôëä3^ZU¦ÞIhzùú)¢lö<9e> `<9d>$<98>ÎÏzrñêdAKÒþÐÿSH^_:ä徤v-I5¿²Üò<89>ûªé;í2ý<8e>ª<8f>Xúß<81>_·=W<9e>jj<85><96>HÇG¯IÿQפv<93>jp-)Ó^OÐó¥^DgûGª^YmHíÿy_ϼ֣T±ëtT%áD}Z^L\<94><89>¿ÓéfüYöêj§ÍÖɱuÛp^\u<97>ë^AéÊQ ^],Gµ¡²)z}Z<9f>Ö£TR<81>@ÑBù]­÷^E]^A­òn^UT^T<8d>ÝÉÑ<87>ë²!(ëkè^_ë¤+ºÝîî¿<93>ìJ[<91>tºê^M^EnªÌï<8c>B³IÉ<89>V¨-«<9d>¡t<97>,F<97>ëSáEïEi ^E=<9e>Ù^UÑt^Z<89>ì<93>&iqûBk¬EW<9c>vö <81>ÄÙ¥êÜR´¿"<86><9e>¢^N<96>j^@Ý&ºt)d³Î<8c>¢¶<9e>6{ÿ¡âàÉ<87>èæ.:<91><99><8e>1­^CRc­°·c<8d><9f>¨^Vh{^L2<8a>Ê<8b>^M~HÚ¬I!R[Bé<9a>2<strong i="9">@½</strong> <9d><86>^?uö8 ô<9d>*<8f><86>M¢s«06tû^W<9a>}^O½b}O=f<85>^N½%¯QÕ¶²8<9d>^?mâû^Z¯¨Æ1ç{SÒë^Mèë®5ê<8f>Òx%<90>*úPÇü;¬Åô^\:<80><99>
<9c>BTû<83>¬a^NíG<95>^G^OýÜJ'<8a><8a>C²ßÊîT<8c>!^Aå<89>ï<8b>lWT#OP<92>¬^RãÕ<ó
<95>Èh^Oë5ä^þ._T÷<92>^Oºñ ^@=Ü<ëüuÕ'Õ}!Ý°<89>N<9f>b!ûîáÎ<80>â0Õ<8c><9e>n¾¯(_+REF×'ê^EÔu@TG<92>îhW<87>ò^Y^F^\GV)ÏÐ^Ta¡C¨^G§^U<91>&gEQ=^R<9a>u<99>^RFI<9f>6¬^N<8c>n^Y^]iå<9a>Q¯AA(<86>v_QÛ²mRòWwsÅY<9d>©Jº<90>I"[ý=2QÐRøÕæ<99><8e><87>Ú^GOî8î^Q<82>ýC^U<93><9e><9b>j*½*®9^]>½?^Z[Iïm¦û<9a>æõ<94>^H×Ê|3^UÓ

यह WF की एक उदाहरण फ़ाइल है https://modex.bnl.gov/pecan_dev/05-running.php?workflowid=2000000991 जहां मैं AF साइट Susquehanna Shale Hills Critical Zone Observatory (US-SSH) पर चल रहा था।

प्रजनन करना
व्यवहार को पुन: पेश करने के लिए कदम:

  1. https://modex.bnl.gov/pecan_dev/ पर
  2. साइट पर क्लिक करें Susquehanna Shale Hills क्रिटिकल जोन ऑब्जर्वेटरी (US-SSH)
    , हम
  3. SIPNET मॉडल तक नीचे स्क्रॉल करें (r136)
  4. NARR और BrownDog का उपयोग करके किसी भी PFT के साथ SIPNET चलाएं
  5. नोट BD कमांड पूरा करता है लेकिन clim फ़ाइल खाली है या गलत है।
  6. ध्यान दें कि सभी पहनावा आउटपुट उत्पन्न करने में विफल होते हैं

अपेक्षित् व्यवहार
उपयुक्त NARR ड्राइवर बनाया जाता है और मॉडल पहनावा सफलतापूर्वक पूरा होता है

स्क्रीनशॉट
कोई नहीं

मशीन (कृपया निम्नलिखित जानकारी को पूरा करें):

  • सर्वर बीएनएल/मोडेक्स
  • ओएस: लिनक्स
  • ब्राउज़र (यदि लागू हो) क्रोम
  • संस्करण NA

अतिरिक्त संदर्भ
कोई नहीं

Bug 03 - High models - SIPNET Stale
स्रोत
picture serbinsh

सभी 39 टिप्पणियाँ

दिलचस्प रूप से बनाया गया ड्राइवर एक विकल्प के रूप में दिखाई देता है यदि आप उसी साइट/मॉडल कॉम्बो पर वापस जाते हैं

screen shot 2018-08-17 at 11 50 36 am

serbinsh picture serbinsh 17 अग॰ 2018

इसके अलावा, यह सुनिश्चित नहीं है कि क्या ऐसा होना चाहिए था, लेकिन पेकन वर्कफ़्लो फ़ोल्डर के शीर्ष-स्तर में एक सिपनेट.क्लिम फ़ोल्डर बनाया गया था जैसा कि यहां देखा गया है:

[sserbin<strong i="6">@modex</strong> PEcAn_2000000991]$ ll
total 932
-rw-r--r--. 1 apache test    100 Aug 17 11:44 ensemble.output.2000001031.NPP.2002.2004.Rdata
-rw-r--r--. 1 apache test    785 Aug 17 11:43 ensemble.samples.2000001031.Rdata
drwxr-sr-x. 3 apache test     31 Aug 17 11:43 out
-rw-r--r--. 1 apache test   2957 Aug 17 11:41 pecan.CHECKED.xml
-rw-r--r--. 1 apache test   3195 Aug 17 11:43 pecan.CONFIGS.xml
-rw-r--r--. 1 apache test   3114 Aug 17 11:42 pecan.METProcess.xml
-rw-r--r--. 1 apache test   3155 Aug 17 11:42 pecan.TRAIT.xml
-rw-rw-r--. 1 apache test   2151 Aug 17 11:41 pecan.xml
drwxr-sr-x. 3 apache test     51 Aug 17 11:41 pft
drwxr-sr-x. 3 apache test     50 Aug 17 11:43 run
-rw-r--r--. 1 apache test 871702 Aug 17 11:43 samples.Rdata
drwxr-sr-x. 2 apache test     10 Aug 17 11:41 sipnet.clim
-rw-r--r--. 1 apache test    371 Aug 17 11:44 STATUS
-rw-rw-r--. 1 apache test   6320 Aug 17 11:41 workflow.R
-rw-r--r--. 1 apache test  39635 Aug 17 11:44 workflow.Rout

लेकिन फोल्डर खाली है

serbinsh picture serbinsh 17 अग॰ 2018

यहाँ एक रन फ़ोल्डर कैसा दिखता है:

[sserbin<strong i="6">@modex</strong> 2000075070]$ ll
total 20
-rwxr-xr-x. 1 apache test 1767 Aug 17 11:43 job.sh
-rw-r--r--. 1 apache test  664 Aug 17 11:43 README.txt
lrwxrwxrwx. 1 apache test   67 Aug 17 11:43 sipnet.clim -> /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-10704043b8b7/sipnet.clim
-rw-r--r--. 1 apache test 2750 Aug 17 11:43 sipnet.in
-rw-r--r--. 1 apache test 2767 Aug 17 11:43 sipnet.param
-rw-r--r--. 1 apache test    1 Aug 17 11:43 sipnet.param-spatial
serbinsh picture serbinsh 17 अग॰ 2018

स्लैक पर @robkooper की एक टिप्पणी के आधार पर, ऐसा लगता है कि लौटाई गई फ़ाइल सही एक्सटेंशन के बिना एक .zip फ़ाइल है। अगर मैं फ़ाइल का नाम बदलता हूं तो मैं डेटा फ़ाइल को सफलतापूर्वक निकाल सकता हूं जो एक उचित रूप से स्वरूपित सिपनेट.क्लिम फ़ाइल है।

[sserbin<strong i="7">@modex</strong> BD-10704043b8b7]$ sudo mv sipnet.clim sipnet.clim.zip
[sudo] password for sserbin:
[sserbin<strong i="8">@modex</strong> BD-10704043b8b7]$ ll
total 500
-rw-r--r--. 1 apache test 508617 Aug 17 11:42 sipnet.clim.zip

[sserbin<strong i="9">@modex</strong> BD-10704043b8b7]$ sudo unzip sipnet.clim.zip
Archive:  sipnet.clim.zip
  inflating: NARR.2002-01-01.2004-12-31.clim
[sserbin<strong i="10">@modex</strong> BD-10704043b8b7]$ ll
total 1780
-rw-r--r--. 1 root   test 1309045 Aug 17 10:42 NARR.2002-01-01.2004-12-31.clim
-rw-r--r--. 1 apache test  508617 Aug 17 11:42 sipnet.clim.zip

0       2002    1       0       0.125   -7.9094299316406        -2.44315996314612       0       0.000804662704467773    106.125279746456        279.20088185235 231.658948408484        5.31823073993271        0.6
0       2002    1       3       0.125   -9.32294311523435       -2.39741738404251       0       -0.0412188470363617     75.1397549593781        285.159348289328        227.559947202096        5.60749023697066        0.6
0       2002    1       6       0.125   -10.5312866210937       -2.33946353060725       0       -0.0244013965129852     55.1456123301122        294.838635604529        220.208121240694        5.00348134365326        0.6
0       2002    1       9       0.125   -11.3368286132812       -2.27091310812966       0       -0.0244013965129852     35.953950127431 295.342434940375        222.430670123902        5.07081553376126        0.6
0       2002    1       12      0.125   -12.4007629394531       -2.19504814728271       628398.237304688        0.0848717987537384      19.7246218935274        303.128231282344        217.696640681874        4.52785957682463        0.6
0       2002    1       15      0.125   -8.40720214843748       -2.10964517251597       1622754.71191406        0.000804662704467773    67.3028051574853        265.95481312816 257.728592667697        6.00752887354068        0.6
0       2002    1       18      0.125   -5.53836669921873       -2.05694625720645       1374894.71191406        0.00921338796615601     109.890647291759        230.4657112397  295.058308799463        6.37520017434981        0.6
0       2002    1       21      0.125   -4.0488342285156        -2.02781320104941       58806.474609375 0.0176221132278442      132.242433885207        205.770433990006        320.831082348398        5.77486085931632        0.6
0       2002    2       0       0.125   -5.8043273925781        -2.01090098947708       0       0.00921338796615601     68.1552254424385        198.632733047786        328.702943023655        5.63152559393685        0.6
0       2002    2       3       0.125   -6.48831787109373       -1.97915701994827       0       0.000804662704467773    57.8740762854741        209.776452022241        318.84142518764 4.74670963477183        0.6 ...
serbinsh picture serbinsh 17 अग॰ 2018

इसे फिर से चलाएं और देखें कि अब गलत नाम वाली .zip फाइल में दो अलग-अलग BD क्लाइम फाइलें हैं

[sserbin<strong i="6">@modex</strong> BD-650a29c32afa]$ ll
total 3556
-rw-r--r--. 1 root   test 2191869 Aug 17 11:37 NARR.2000-01-01.2004-12-31.clim
-rw-r--r--. 1 root   test  439523 Aug 17 09:57 NARR.2004-01-01.2004-12-31.clim
-rw-r--r--. 1 apache test 1003128 Aug 17 12:37 sipnet.clim.zip

एक और मुद्दा यह है कि जॉब.श में प्रयुक्त सिम लिंक फ़ाइल नामों से मेल नहीं खाता है:

[sserbin<strong i="10">@modex</strong> 2000075302]$ ll
total 20
-rwxr-xr-x. 1 apache test 1768 Aug 17 12:37 job.sh
-rw-r--r--. 1 apache test  673 Aug 17 12:37 README.txt
lrwxrwxrwx. 1 apache test   67 Aug 17 12:37 sipnet.clim -> /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-650a29c32afa/sipnet.clim
-rw-r--r--. 1 apache test 2750 Aug 17 12:37 sipnet.in
-rw-r--r--. 1 apache test 2771 Aug 17 12:37 sipnet.param
-rw-r--r--. 1 apache test    1 Aug 17 12:37 sipnet.param-spatial

# see if application needs running
if [ ! -e "/data/Model_Output/pecan.output/PEcAn_2000000994/out/2000075302/sipnet.out" ]; then
  cd "/data/Model_Output/pecan.output/PEcAn_2000000994/run/2000075302"
  ln -s "/data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-650a29c32afa/sipnet.clim" sipnet.clim
...
serbinsh picture serbinsh 17 अग॰ 2018

मुझे लगता है कि जिस तरह से इसे सेटअप किया जाना चाहिए उसकी एक त्वरित जांच:

[sserbin<strong i="6">@modex</strong> 2000075302]$ sudo ln -s /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-650a29c32afa/NARR.2000-01-01.2004-12-31.clim sipnet.clim
[sserbin<strong i="7">@modex</strong> 2000075302]$ ll
total 20
-rwxr-xr-x. 1 apache test 1768 Aug 17 12:37 job.sh
-rw-r--r--. 1 apache test  673 Aug 17 12:37 README.txt
lrwxrwxrwx. 1 root   test   87 Aug 17 12:42 sipnet.clim -> /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-650a29c32afa/NARR.2000-01-01.2004-12-31.clim
-rw-r--r--. 1 apache test 2750 Aug 17 12:37 sipnet.in
-rw-r--r--. 1 apache test 2771 Aug 17 12:37 sipnet.param
-rw-r--r--. 1 apache test    1 Aug 17 12:37 sipnet.param-spatial

[sserbin<strong i="8">@modex</strong> 2000075302]$ sudo ./job.sh

[sserbin<strong i="9">@modex</strong> out]$ cd 2000075302
[sserbin<strong i="10">@modex</strong> 2000075302]$ ll
total 3456
-rw-r--r--. 1 apache test      1293 Aug 17 12:43 logfile.txt
-rw-r--r--. 1 root   test       673 Aug 17 12:43 README.txt
-rw-r--r--. 1 root   test   3523496 Aug 17 12:43 sipnet.out
-rw-------. 1 apache apache       0 Aug 17 12:37 stderr.log
-rw-------. 1 apache apache     119 Aug 17 12:37 stdout.log

[sserbin<strong i="11">@modex</strong> 2000075302]$ ll
total 5956
-rw-rw-r--. 1 sserbin test    507576 Aug 17 12:48 2000.nc
-rw-rw-r--. 1 sserbin test       743 Aug 17 12:48 2000.nc.var
-rw-rw-r--. 1 sserbin test    506200 Aug 17 12:48 2001.nc
-rw-rw-r--. 1 sserbin test       743 Aug 17 12:48 2001.nc.var
-rw-rw-r--. 1 sserbin test    506200 Aug 17 12:48 2002.nc
-rw-rw-r--. 1 sserbin test       743 Aug 17 12:48 2002.nc.var
-rw-rw-r--. 1 sserbin test    506200 Aug 17 12:48 2003.nc
-rw-rw-r--. 1 sserbin test       743 Aug 17 12:48 2003.nc.var
-rw-rw-r--. 1 sserbin test    507576 Aug 17 12:48 2004.nc
-rw-rw-r--. 1 sserbin test       743 Aug 17 12:48 2004.nc.var
-rwxrwxrwx. 1 apache  test        16 Aug 17 12:46 logfile.txt
-rwxrwxrwx. 1 root    test       673 Aug 17 12:46 README.txt
-rwxrwxrwx. 1 root    test   3523496 Aug 17 12:43 sipnet.out
-rwxrwxrwx. 1 apache  apache       0 Aug 17 12:37 stderr.log
-rwxrwxrwx. 1 apache  apache     119 Aug 17 12:37 stdout.log
serbinsh picture serbinsh 17 अग॰ 2018

@robkooper एनएआरआर के साथ बीडी मुद्दों को देखने के लिए आपके पास कोई मौका है?

serbinsh picture serbinsh 29 अग॰ 2018

मुझे लगता है कि इसे #2039 के साथ ठीक किया जा सकता है, मुझे इसका परीक्षण करने की आवश्यकता होगी।

robkooper picture robkooper 29 अग॰ 2018

आप किस वर्ष का चयन कर रहे हैं?
एक वर्ष या एकाधिक?

yan130 picture yan130 31 अग॰ 2018

@robkooper बस फिर से कोशिश की, और यह मिला:

prerun
Error: no climate data in sipnet.clim
mv: cannot stat `/data/Model_Output/pecan.output/PEcAn_2000001054/run/2000079623/sipnet.out': No such file or directory

यहाँ निर्देशिका है, जो वास्तव में इस बार बेहतर दिखती है:

[sserbin<strong i="10">@modex</strong> run]$ cd 2000079623/
[sserbin<strong i="11">@modex</strong> 2000079623]$ ll
total 20
-rwxr-xr-x. 1 apache test 1767 Sep 14 08:09 job.sh
-rw-r--r--. 1 apache test  663 Sep 14 08:09 README.txt
lrwxrwxrwx. 1 apache test   67 Sep 14 08:10 sipnet.clim -> /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-9ac83554512c/sipnet.clim
-rw-r--r--. 1 apache test 2750 Sep 14 08:09 sipnet.in
-rw-r--r--. 1 apache test 2757 Sep 14 08:09 sipnet.param
-rw-r--r--. 1 apache test    1 Sep 14 08:09 sipnet.param-spatial

लेकिन फाइल में कुछ नहीं ??

[sserbin<strong i="15">@modex</strong> 2000079623]$ cd /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-9ac83554512c/
[sserbin<strong i="16">@modex</strong> BD-9ac83554512c]$ ll
total 0
-rw-r--r--. 1 apache test 0 Sep 14 08:08 sipnet.clim
[sserbin<strong i="17">@modex</strong> BD-9ac83554512c]$

कार्यप्रवाह से.लॉग

> 
> # Do conversions
> settings <- PEcAn.utils::do_conversions(settings)
2018-09-14 08:06:24 DEBUG  [PEcAn.utils::do_conversions] : 
   do.conversion outdir /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles 
2018-09-14 08:06:24 INFO   [PEcAn.utils::do_conversions] : PROCESSING:  met 
2018-09-14 08:06:24 INFO   [PEcAn.utils::do_conversions] : 
   calling met.process: 
2018-09-14 08:06:28 INFO   [browndog.met] : 
   browndog download url : 
   http://dap.ncsa.illinois.edu:8184/file/20285355_pecan.clim 
2018-09-14 08:08:29 WARN   [PEcAn.DB::db.close] : 
   Connection created outside of PEcAn.DB package 
2018-09-14 08:08:29 DEBUG  [PEcAn.utils::do_conversions] : 
   updated met path: 
   /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/BD-9ac83554512c/sipnet.clim 
> 
> # Query the trait database for data and priors
> if (PEcAn.utils::status.check("TRAIT") == 0){
+   PEcAn.utils::status.start("TRAIT")
+   settings <- PEcAn.workflow::runModule.get.trait.data(settings)
+   PEcAn.settings::write.settings(settings, outputfile='pecan.TRAIT.xml')
+   PEcAn.utils::status.end()
+ } else if (file.exists(file.path(settings$outdir, 'pecan.TRAIT.xml'))) {
+   settings <- PEcAn.settings::read.settings(file.path(settings$outdir, 'pecan.TRAIT.xml'))
+ }
2018-09-14 08:08:31 INFO   [query.trait.data] : 
   ---------------------------------------------------------
serbinsh picture serbinsh 14 सित॰ 2018

यहाँ मेरी रन जानकारी है

  <run>
    <site>
      <id>1000025731</id>
      <met.start>1990/01/01</met.start>
      <met.end>1991/12/31</met.end>
    </site>
    <inputs>
      <met>
        <source>NARR</source>
        <output>SIPNET</output>
      </met>
    </inputs>
    <start.date>1990/01/01</start.date>
    <end.date>1991/12/31</end.date>
  </run>
serbinsh picture serbinsh 14 सित॰ 2018

मेरा मानना ​​​​है कि यह विकास शाखा पर तय है लेकिन अभी तक तैनात नहीं है। मैं परीक्षण करने के लिए @ yan130 के साथ काम

robkooper picture robkooper 14 सित॰ 2018

@robkooper ठीक है धन्यवाद। मैं इन रनों के लिए विकास शाखा का उपयोग कर रहा हूं, अभी तक स्थानीय शाखा के लिए परिवर्तनों को धक्का नहीं दिया है?

serbinsh picture serbinsh 17 सित॰ 2018

हमारे यहां विकास शाखा तैनात नहीं है। यह विशेष उदाहरण मास्टर शाखा का अनुसरण कर रहा है। मैं वहां नई रिलीज को तैनात करने की उम्मीद कर रहा था। जब नई रिलीज़ होगी, तो मैं @tonygardella से जाँच करूँगा।

robkooper picture robkooper 17 सित॰ 2018

@robkooper मुझे यकीन नहीं है कि मैं अनुसरण करता हूं ...... मैं अभी भी निश्चित नहीं हूं कि यह बग किस छोर पर है। मुझे लगता है कि हम यह सुनिश्चित करेंगे कि यह मास्टर और देव दोनों के लिए काम कर सके?

serbinsh picture serbinsh 18 सित॰ 2018

क्या हमारे पास इसके लिए अभी तक कोई सुधार है? @ para2x आपके बहु-साइट एसडीए में किसी बिंदु पर, मुझे लगता है कि हम साइटों पर एनएआरआर ड्राइवरों के साथ चलना चाहते हैं, या कम से कम यह मूल योजना थी। लेकिन हम सुधार का इंतजार कर रहे हैं।

serbinsh picture serbinsh 21 जन॰ 2019
👍1

टक्कर। क्या कोई और हाल ही में ब्राउनडॉग एनएआरआर का उपयोग सिपनेट के साथ करने में सक्षम है? यदि ऐसा है तो कृपया मुझे बताएं, शायद इसे संबोधित किया गया है और फिर से काम कर रहा है .... अस्पष्ट।

serbinsh picture serbinsh 23 जन॰ 2019

यदि ब्राउनडॉग एनएआरआर के साथ कोई समस्या है, तो मैं अंतरिम में THREDDS-आधारित NARR_site का उपयोग करूंगा

mdietze picture mdietze 23 जन॰ 2019

@robkooper मैं उस मामले को ठेस पर परीक्षण करता हूं और त्रुटि एक गलत ftp लिंक है:

<input> <type>NARR</type> <site>US-SSH</site> <lat>40.6658</lat> <lon>-77.9041</lon> <start_date>1990-01-01 00:00:00</start_date> <end_date>1991-12-31 23:59:59</end_date> </input>

Remotefunc <- function() {PEcAn.data.atmosphere::download.NARR(site_id='1135', lat.in=40.6658, lon.in=-77.9041, model=NULL, सिनेरियो=नल, एनसेम्बल_मेम्बर=नल, ओवरराइट करें =FALSE, आउटफ़ोल्डर='/होम/पॉलीग्लॉट/कैश/PEcAn/NARR_site_1-25731/', start_date='1990-01-01', end_date='2014-12-31')}
रिमोटआउट <- रिमोटफंक ()

पैकेज संलग्न करना: 'PEcAn.utils'

निम्नलिखित वस्तु ' पैकेज: बर्तन ' से नकाबपोश है:
फ़ाइल डाउनलोड करें

2019-01-23 11:18:33 डीबग [PEcAn.data.atmosphere::download.NARR] :
फ़ाइल ' /home/polyglot/cache/PEcAn/NARR_site_1-25731//pres.sfc.2014.nc'
पहले से मौजूद है, अगली फ़ाइल पर जा रहा है।
2019-01-23 11:18:33 डीबग [PEcAn.data.atmosphere::download.NARR] :
फ़ाइल ' /home/polyglot/cache/PEcAn/NARR_site_1-25731//pres.sfc.2013.nc'
पहले से मौजूद है, अगली फ़ाइल पर जा रहा है।
2019-01-23 11:18:33 डीबग [PEcAn.data.atmosphere::download.NARR] :
से डाउनलोड किया जा रहा है:
ftp://ftp.cdc.noaa.gov/Datasets/NARR/monolevel/pres.sfc.2012.nc से:
/home/polyglot/cache/PEcAn/NARR_site_1-25731//pres.sfc.2012.nc
यूआरएल 'ftp://ftp.cdc.noaa.gov/Datasets/NARR/monolevel/pres.sfc.2012.nc' का प्रयास कर रहा है
बर्तनों में त्रुटि :: download.file(url, filename, method) :
यूआरएल 'ftp://ftp.cdc.noaa.gov/Datasets/NARR/monolevel/pres.sfc.2012.nc' नहीं खोल सकता
कॉल: रिमोटफंक ->->->
इसके अलावा: चेतावनी संदेश:
Uts::download.file(url, filename, method) में:
यूआरएल 'ftp://ftp.cdc.noaa.gov/Datasets/NARR/monolevel/pres.sfc.2012.nc': स्थिति थी 'सर्वर से कनेक्ट नहीं हो सका'
निष्पादन रुक गया
[1 1
2019-01-23 11:20:41 जानकारी [PEcAn.utils::convert.input] :
परिणाम: कनवर्ट करें। इनपुट
2019-01-23 11:20:41 जानकारी [PEcAn.utils::convert.input] : 1
2019-01-23 11:20:41 जानकारी [PEcAn.utils::convert.input] :
फ़ाइल में त्रुटि != "" :तुलना (2) केवल परमाणु और सूची प्रकारों के लिए संभव है
कॉल: met.process ... .download.raw.met.module ->-> सबसेट -> सबसेट। डिफ़ॉल्ट
2019-01-23 11:20:41 चेतावनी [db.close] :
PEcAn.DB पैकेज के बाहर बनाया गया कनेक्शन
निष्पादन रुक गया

पुनश्च: मुझे नहीं पता कि यह 2014 से क्यों डाउनलोड होता है, मैंने अभी 1990 के रूप में शुरू किया और 1991 के रूप में समाप्त किया।

yan130 picture yan130 23 जन॰ 2019

शायद सरकारी बंद में आपका स्वागत है?

robkooper picture robkooper 23 जन॰ 2019

@ yan130 मैंने अभी उस एफ़टीपी लिंक का परीक्षण किया है और यह बैक अप लग रहा है

serbinsh picture serbinsh 28 जन॰ 2019

मैंने अभी इसे चलाया है और ऐसा लगता है कि यह डेटा खींच रहा है

remotefunc <- function() {PEcAn.data.atmosphere::download.NARR(site_id='1135', lat.in=40.6658, lon.in=-77.9041, model=NULL, scenario=NULL, 
                                                               ensemble_member=NULL, overwrite=FALSE, outfolder='~/scratch', 
                                                               start_date='1990-01-01', end_date='2014-12-31')}
remoteout <- remotefunc()
serbinsh picture serbinsh 28 जन॰ 2019

@serbinsh मैं इसे चला रहा हूं, इसमें कुछ समय लगता है (शायद एक दिन), जब यह किया जाता है या त्रुटि मिलती है तो मैं आपको अपडेट कर दूंगा।

yan130 picture yan130 28 जन॰ 2019
👍1

धन्यवाद @ yan130 क्या आप मूल एनएआरआर कोड या ब्राउनडॉग संस्करण का परीक्षण कर रहे हैं?

serbinsh picture serbinsh 28 जन॰ 2019

मुझे पहले ब्राउनडॉग सर्वर पर मूल एनएआरआर कोड चलाने की आवश्यकता है।
जब मैं जो चलाता हूं वह खत्म हो जाता है, तो आप ब्राउनडॉग संस्करण को अपनी मशीन से चला सकते हैं।

yan130 picture yan130 28 जन॰ 2019

आह, ठीक है यह समझ में आता है। धन्यवाद!

serbinsh picture serbinsh 28 जन॰ 2019

अजीब, मैंने पेकान को नवीनतम देव में अपडेट किया और अब यह त्रुटि प्राप्त करें:

> remotefunc <- function() {PEcAn.data.atmosphere::download.NARR(site_id='1135', lat.in=40.6658, lon.in=-77.9041, model=NULL, scenario=NULL, ensemble_member=NULL, method=NULL, overwrite=FALSE, outfolder='/data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/NARR_site_1135/', start_date='1990-01-01', end_date='2014-12-31')}

> remoteout <- remotefunc()

2019-01-28 15:10:40 DEBUG  [#1: PEcAn.data.atmosphere::download.NARR] :
   Downloading from:
   ftp://ftp.cdc.noaa.gov/Datasets/NARR/monolevel/pres.sfc.2014.nc to:
   /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/NARR_site_1135//pres.sfc.2014.nc
Error in if (method == "ncftpget") { : argument is of length zero
> traceback()
3: PEcAn.utils::download.file(url, new.file, method)
2: PEcAn.data.atmosphere::download.NARR(site_id = "1135", lat.in = 40.6658,
       lon.in = -77.9041, model = NULL, scenario = NULL, ensemble_member = NULL,
       method = NULL, overwrite = FALSE, outfolder = "/data/Model_Output/pecan.output/dbfiles/NARR_site_1135/",
       start_date = "1990-01-01", end_date = "2014-12-31") at #1
1: remotefunc()

फिर भी उपरोक्त समान आदेश अभी भी काम कर रहा है, यह पता लगाने की आवश्यकता है कि अब अंतर क्यों है

serbinsh picture serbinsh 28 जन॰ 2019

आह, PEcAn में नए कमांड के साथ समस्या यह है कि यह डिफ़ॉल्ट रूप से NULL को "विधि" सेट करता है, जो मेरे लिए त्रुटिपूर्ण है। लेकिन अगर मैं इस प्रकार दौड़ता हूं:

remotefunc <- function() {PEcAn.data.atmosphere::download.NARR(site_id='1135', lat.in=40.6658, lon.in=-77.9041, model=NULL, scenario=NULL, ensemble_member=NULL, overwrite=FALSE, 
                                                               outfolder='~/scratch', start_date='1990-01-01', end_date='1990-02-01')}
remoteout <- remotefunc()

यह ठीक चलता है।

serbinsh picture serbinsh 28 जन॰ 2019

मुझे यहां नहीं मिल रहा है: https://github.com/PecanProject/pecan/blob/develop/modules/data.atmosphere/R/download.NARR.R

या यहाँ: https://github.com/PecanProject/pecan/blob/develop/modules/data.atmosphere/R/download.NARR_site.R

जहां "विधि" डिफ़ॉल्ट रूप से NULL पर सेट हो रही है? यह यहाँ भी नहीं हो रहा है, जहाँ तक मैं बता सकता हूँ? https://github.com/PecanProject/pecan/blob/develop/web/03a-narr.php । लेकिन वह "विधि = नल," मेरे लिए NARR को मोडेक्स पर तोड़ रहा है क्योंकि इसे हमारे R प्रोफ़ाइल से हथियाने की आवश्यकता है।

serbinsh picture serbinsh 28 जन॰ 2019

वर्तमान त्रुटि लॉग:

मॉडल विशिष्ट रूपांतरण शुरू करें
[१] "मॉडल प्रारूप में बदलें"
कोई geonamesउपयोगकर्ता नाम सेट नहीं है। कुछ सेवाओं के काम करने के लिए http://geonames.wordpress.com/2010/03/16/ddos-part-ii/ देखें और विकल्पों के साथ एक सेट करें (geonamesUsername="foo")
यूआरएल में त्रुटि (यूआरएल, खुला = "आर"):
'http://ws.geonames.org/timezoneJSON?lat=40.6658&lng=-77.9041&radius=0&username=carya' से कनेक्शन नहीं खोल सकता
कॉल: met.process ... site.lst -> GNtimezone -> as.data.frame -> getJson -> url
इसके अलावा: चेतावनी संदेश:
यूआरएल में (यूआरएल, ओपन = "आर"):
यूआरएल ' http://ws.geonames.org/timezoneJSON?lat=40.6658&lng=-77.9041&radius=0&username=carya ': स्थिति थी 'होस्ट नाम का समाधान नहीं कर सका'
2019-01-31 15:28:05 चेतावनी [db.close] :
PEcAn.DB पैकेज के बाहर बनाया गया कनेक्शन
निष्पादन रुक गया

yan130 picture yan130 31 जन॰ 2019

@ yan130 मुझे यह त्रुटि संदेश मेरे अंत में मिलता है:

```> # रूपांतरण करें

सेटिंग्स <- PEcAn.workflow::do_conversions(सेटिंग्स)
2019-02-01 08:33:22 डीबग [PEcAn.workflow::do_conversions] :
do.conversion outdir /data/Model_Output/pecan.output/dbfiles
2019-02-01 08:33:22 जानकारी [PEcAn.workflow::do_conversions] : प्रसंस्करण: मिले
2019-02-01 08:33:22 जानकारी [PEcAn.workflow::do_conversions] :
कॉलिंग मेट.प्रोसेस:
2019-02-01 08:33:25 जानकारी [browndog.met] :
ब्राउनडॉग डाउनलोड यूआरएल:
http://dap.ncsa.illinois.edu :8184/file/20318176_pecan.clim
बेसनाम में त्रुटि (डाउनलोड की गई फ़ाइल): एक वर्ण वेक्टर तर्क अपेक्षित
कॉल:->-> ब्राउनडॉग.मेट -> बेसनाम
खरीद समय ()
उपयोगकर्ता प्रणाली समाप्त हो गई
11.513 1.215 662.677
```।

शायद सभी एनएआरआर को नीचे खींचने का आपका काम विफल हो गया? यह त्रुटि लंबे इंतजार के बाद आई है, इसलिए मुझे लगता है कि यह निष्कर्षण पर काम कर रहा था और स्थानांतरण पर विफल रहा? @robkooper क्या आप लोगों के पास उस छोर पर लॉग हैं जो इस मुद्दे को उजागर कर सकते हैं?

serbinsh picture serbinsh 1 फ़र॰ 2019

वर्तमान त्रुटि लॉग:

मॉडल विशिष्ट रूपांतरण शुरू करें
[१] "मॉडल प्रारूप में बदलें"
कोई geonamesउपयोगकर्ता नाम सेट नहीं है। कुछ सेवाओं के काम करने के लिए http://geonames.wordpress.com/2010/03/16/ddos-part-ii/ देखें और विकल्पों के साथ एक सेट करें (geonamesUsername="foo")
यूआरएल में त्रुटि (यूआरएल, खुला = "आर"):
'http://ws.geonames.org/timezoneJSON?lat=40.6658&lng=-77.9041&radius=0&username=carya' से कनेक्शन नहीं खोल सकता
कॉल: met.process ... site.lst -> GNtimezone -> as.data.frame -> getJson -> url
इसके अलावा: चेतावनी संदेश:
यूआरएल में (यूआरएल, ओपन = "आर"):
यूआरएल ' http://ws.geonames.org/timezoneJSON?lat=40.6658&lng=-77.9041&radius=0&username=carya ': स्थिति थी 'होस्ट नाम का समाधान नहीं कर सका'
2019-01-31 15:28:05 चेतावनी [db.close] :
PEcAn.DB पैकेज के बाहर बनाया गया कनेक्शन
निष्पादन रुक गया

यह नया एपीआई यूआरएल जोड़कर तय किया जा सकता है:
विकल्प (geonamesHost = "api.geonames.org")

सभी geonames::GNtimezone कॉल के लिए।

@robkooper
मैं इस लाइन को ब्राउनडॉग में PEcAn_convert.R में जोड़ सकता हूं,
या मॉड्यूल/data.atmosphere/R/site.lst.R pecanproject में।
आप किस तरह से पसंद करते हैं?

@serbinsh यह अभी काम करना चाहिए, अगर आपको अभी भी समस्या है तो कृपया एक टिप्पणी छोड़ दें।

yan130 picture yan130 7 फ़र॰ 2019

जांचें कि जियोनाम का कौन सा संस्करण स्थापित है। यह एक अद्यतन में तय किया जा सकता है।

robkooper picture robkooper 7 फ़र॰ 2019

नवीनतम एक, 2014 के बाद से कोई अपडेट नहीं।
https://cran.r-project.org/web/packages/geonames/index.html

yan130 picture yan130 8 फ़र॰ 2019

क्या आप Rscript -e "devtools::install_github('ropensci/geonames')" आज़मा सकते हैं और देख सकते हैं कि क्या इससे समस्या हल हो जाती है। यह वही है जो वर्तमान में PEcAn में उपयोग किया जाता है।

robkooper picture robkooper 8 फ़र॰ 2019

काम नहीं कर। 'ropensci/geonames' के स्रोत कोड में होस्टनाम नहीं मिला

yan130 picture yan130 8 फ़र॰ 2019

बस इसके बाद, बीडी के माध्यम से एनएआरआर प्रक्रिया को फिर से चलाने के लिए कोई प्रगति?

serbinsh picture serbinsh 25 जून 2019

मैंने अभी इस एएम को फिर से कोशिश की और पाया कि यह एक सिपनेट.क्लिम फ़ाइल बनाता है, लेकिन यह खाली है

serbinsh picture serbinsh 25 जून 2019

यह समस्या पुरानी है क्योंकि यह बिना किसी गतिविधि के 365 दिनों से खुला है।

github-actions[bot] picture github-actions[bot] 25 जून 2020
क्या यह पृष्ठ उपयोगी था?
0 / 5 - 0 रेटिंग्स

संबंधित मुद्दों

serbinsh picture serbinsh  ·  38टिप्पणियाँ
para2x picture para2x  ·  5टिप्पणियाँ
serbinsh picture serbinsh  ·  27टिप्पणियाँ
ashiklom picture ashiklom  ·  4टिप्पणियाँ
ashiklom picture ashiklom  ·  7टिप्पणियाँ