Numpy: Le nombre d'échantillons dans l'histgramme est négatif avec bins = "auto"
Obtenir Number of samples, -20, must be non-negative. en essayant de créer un histogramme de mon ensemble de données.
Exemple de code de reproduction:
import numpy as np
my_data = np.loadtxt("my_data.csv", delimiter=',', dtype=np.int16)
n_base, bins_base = np.histogram(my_data, bins="auto")
Voici my_data.csv
Message d'erreur:
Le nombre d'échantillons, -20, doit être non négatif.
Informations sur la version Numpy / Python:
1.16.4 3.7.4 (par défaut, 13 août 2019, 20:35:49)
[GCC 7.3.0]
alexsmartens
Tous les 4 commentaires
Il est intéressant de noter que lorsque je convertis cet ensemble de données en flottant, l'histogramme est en cours de construction sans problème
alexsmartens
le 27 août 2019
Merci pour le rapport de bogue. Je peux confirmer que ce bogue existe également dans la branche principale.
NumPy devs: Le problème est qu'il existe une fonction interne, _hist_bin_sturges in histograms.py , qui utilise la méthode ptp pour calculer la différence entre le maximum et le minimum d'un tableau avec dtype int16 . Dans ce cas, le maximum est 32767 et le minimum est -16, donc la différence doit être 32783. Mais ptp renvoie une valeur du même type que le tableau, donc il renvoie -32753, ce qui entraîne le calcul incorrect.
Nous pourrions corriger cela en remplaçant x.ptp() par quelque chose comme x.max().item() - x.min().item() .
WarrenWeckesser
le 27 août 2019
La plupart des autres estimateurs bin ont le même problème avec x.ptp() .
WarrenWeckesser
le 27 août 2019
Un correctif possible est dans https://github.com/numpy/numpy/pull/14381.
WarrenWeckesser
le 27 août 2019
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Commentaire le plus utile
Merci pour le rapport de bogue. Je peux confirmer que ce bogue existe également dans la branche principale.
NumPy devs: Le problème est qu'il existe une fonction interne,
_hist_bin_sturgesinhistograms.py, qui utilise la méthodeptppour calculer la différence entre le maximum et le minimum d'un tableau avec dtypeint16. Dans ce cas, le maximum est 32767 et le minimum est -16, donc la différence doit être 32783. Maisptprenvoie une valeur du même type que le tableau, donc il renvoie -32753, ce qui entraîne le calcul incorrect.Nous pourrions corriger cela en remplaçant
x.ptp()par quelque chose commex.max().item() - x.min().item().