Mimic-code: MIMIC-IIIの概要

作成日 2020年01月27日  ·  4コメント  ·  ソース: MIT-LCP/mimic-code

私は精神病患者(特に統合失調症の患者)からのEHRデータを扱うことに興味があります。 MIMIC-IIIデータベースは私には非常に有望に思えますが、このデータセットの大まかな概要を取得する方法と、それが私のニーズに合っているかどうかはわかりません。 これを行う「概要」機能はありますか? 精神科のICD-10診断の頻度チャートのようなものが恋しいので、精神科の患者の数を直感的に知ることができます。

最も参考になるコメント

私の知る限り、MIMICには精神医学的ICD(-9)診断の公に利用可能な頻度チャートはありません。 MIMIC-IIIデモを調べて、興味のある情報が見つかるかどうかを確認することもできます(https://physionet.org/content/mimiciii-demo/1.4/)が、患者数が少ないと洞察が制限される可能性があります。 。 ここにいくつかのICD-9コードをリストすると、問題を読んでいる誰かが調べる時間を見つけるかもしれません。

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私の知る限り、MIMICには精神医学的ICD(-9)診断の公に利用可能な頻度チャートはありません。 MIMIC-IIIデモを調べて、興味のある情報が見つかるかどうかを確認することもできます(https://physionet.org/content/mimiciii-demo/1.4/)が、患者数が少ないと洞察が制限される可能性があります。 。 ここにいくつかのICD-9コードをリストすると、問題を読んでいる誰かが調べる時間を見つけるかもしれません。

デモデータセットには、_「100人の患者のすべての集中治療室(ICU)滞在」_のデータのみが含まれています。 したがって、私の場合は役に立ちません(つまり、精神病患者の数とそのICD-9コードの概要を取得します:290-319 )。 私にとっては、ICD診断の概要を把握しておくと、登録コースを受講する意味があるかどうかを事前に判断できるので非常に役立ちます。

たとえば、署名データバンクはそのような概要を提供します。

まず、この範囲のICD-9コード(個別の患者の数順に並べられた)を持つ患者を引き出すための簡単なクエリを次に示します。

SELECT a.icd9_code, b.long_title, count(distinct a.subject_id) as n_patient, 
FROM `physionet-data.mimiciii_clinical.diagnoses_icd` a
LEFT JOIN `physionet-data.mimiciii_clinical.d_icd_diagnoses` b
ON a.icd9_code = b.icd9_code
WHERE a.ICD9_CODE BETWEEN '290%' and '319%'
GROUP BY a.icd9_code, b.long_title
ORDER BY count(distinct a.subject_id) DESC
LIMIT 40;

icd9_code | long_title | n_patient
-| -| -
3051 | たばこ使用障害| 3001
311 | 他に分類されていないうつ病性障害| 2926
30000 | 不安状態、詳細不明| 1452
2930 | 他の場所に分類された状態によるせん妄| 1398
2948 | 他の場所に分類された状態による他の持続的な精神障害| 1026
30500 | アルコール乱用、詳細不明| 954
3004 | 気分変調性障害| 928
29181 | アルコール離脱| 675
30391 | その他の不特定のアルコール依存性、継続的| 653
30390 | その他の不特定のアルコール依存症、不特定| 568
29410 | 行動障害のない他の場所に分類された状態の認知症| 551
29680 | 双極性障害、詳細不明| 507
30501 | アルコール乱用、継続的| 388
30560 | コカイン乱用、詳細不明| 368
29281 | 薬物誘発性せん妄| 361
30301 | アルコール依存症における急性アルコール中毒、継続的| 301
2910 | アルコール離脱せん妄| 292
30393 | その他の不特定のアルコール依存症、寛解中| 281
30401 | オピオイドタイプ依存性、連続| 251
30981 | 心的外傷後ストレス障害| 229
2967 | 双極I型障害、最新のエピソード(または現在)は特定されていません| 187
29590 | 不特定の統合失調症、不特定| 182
30590 | その他、混合、または不特定の薬物乱用、不特定| 177
30550 | オピオイド乱用、詳細不明| 174
2920 | 薬物離脱| 167
29570 | 統合失調感情障害、詳細不明| 163
29620 | 大うつ病性情動障害、単一エピソード、詳細不明| 158
29420 | 認知症、詳細不明、行動障害なし| 158
3079 | 他に分類されていない、その他の不特定の特別な症状または症候群| 153
29040 | 血管性痴呆、合併症なし| 136
2939 | 他の場所に分類された状態での不特定の一過性精神障害| 130
319 | 不特定の知的障害| 129
31401 | 多動性障害を伴う注意欠陥障害| 121
30503 | 寛解中のアルコール乱用| 112
2989 | 不特定の精神病| 107
30001 | 広場恐怖症のないパニック障害| 104
30400 | オピオイドタイプ依存性、詳細不明| 102
30520 | 大麻乱用、詳細不明| 95
29650 | 双極I障害、最新のエピソード(または現在)のうつ病、詳細不明| 77
30300 | アルコール依存症における急性アルコール中毒、詳細不明| 77

おかげで、それは良いスタートであり、まさに私が望んでいたことです。 もちろん、この概要が将来機能として実装される可能性がある場合は、それでも実用的です。

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