Mimic-code: Dockerイメージエラー：ログ：起動パケットの長さが無効です

作成日 2020年02月04日 · 23コメント · ソース: MIT-LCP/mimic-code

前提条件

[X]次のすべてを実行した場合は、この行の括弧の間にXを入れます。
- オンラインドキュメントを確認しました： https ：//mimic.physionet.org/about/mimic/
- 問題がまだ解決されていないことを確認しました： https ：//github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues？utf8 =％E2％9C％93＆q =

説明

ご挨拶、

Dockerイメージの設定に少し問題があります。私はここのガイドに従いました： https ：//github.com/MIT-LCP/mimic-code/tree/master/buildmimic/docker

私のシステム：

System Information
------------------
Operating System: Windows 10 Pro 64-bit (10.0, Build 18363) (18362.19h1_release.190318-1202)
    Language: English (Regional Setting: English)
Processor: Intel(R) Core(TM) i7-3520M CPU @ 2.90GHz (4 CPUs), ~2.9GHz
Memory: 16384MB RAM
Available OS Memory: 16080MB RAM
Page File: 14726MB used, 10058MB available
Windows Dir: C:\WINDOWS

（D :)にある私の現在のフォルダツリー：

.
|-- mimic_code
|   |-- benchmark
|   |-- buildmimic
|   |-- concepts
|   |-- notebooks
|   |-- tests
|   `-- tutorials
|-- mimic_data
|   `-- csv
`-- mimic_pgdata

\mimic-data\csvのフォルダーには、MIMIC-III .csv.gzデータファイルが含まれています。コンテナーの実行時に、フォルダーmimic_pgdataは空です。コンテナを実行した後でも空です。これは、コンテナの作成後にコマンドを実行しないためだと思います。

私が使用したコマンド（Git Bashターミナルを使用）：

docker run \
--name mimic \
-p 5433:5432 \
-e BUILD_MIMIC=1 \
-e POSTGRES_PASSWORD=postgres \
-e MIMIC_PASSWORD=mimic \
-v //d/mimic_data/csv:/mimic_data \
-v //d/mimic_pgdata:/var/lib/postgresql/data \
-d postgres/mimic

Dockerダッシュボードからの私の結果：

PostgreSQL Database directory appears to contain a database; Skipping initialization
2020-02-04 15:23:25.966 UTC [1] LOG:  starting PostgreSQL 12.1 (Debian 12.1-1.pgdg100+1) on x86_64-pc-linux-gnu, compiled by gcc (Debian 8.3.0-6) 8.3.0, 64-bit
2020-02-04 15:23:25.974 UTC [1] LOG:  listening on IPv4 address "0.0.0.0", port 5432
2020-02-04 15:23:25.974 UTC [1] LOG:  listening on IPv6 address "::", port 5432
2020-02-04 15:23:25.995 UTC [1] LOG:  listening on Unix socket "/var/run/postgresql/.s.PGSQL.5432"
2020-02-04 15:23:26.014 UTC [25] LOG:  database system was shut down at 2020-02-04 15:20:26 UTC
2020-02-04 15:23:26.020 UTC [1] LOG:  database system is ready to accept connections
2020-02-04 15:23:26.034 UTC [32] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:26.086 UTC [33] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:27.219 UTC [34] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:27.219 UTC [35] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:28.257 UTC [36] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:28.259 UTC [37] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:29.264 UTC [38] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:29.269 UTC [39] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:29.795 UTC [40] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:30.278 UTC [42] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:30.278 UTC [41] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:30.824 UTC [43] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:31.287 UTC [44] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:31.292 UTC [45] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:31.834 UTC [46] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:32.854 UTC [47] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:33.863 UTC [48] LOG:  invalid length of startup packet
2020-02-04 15:23:34.875 UTC [49] LOG:  invalid length of startup packet

docker imagesの出力：

REPOSITORY                           TAG                 IMAGE ID            CREATED             SIZE
postgres/mimic                       latest              10d900d346ac        19 minutes ago      440MB
postgres                             latest              cf879a45faaa        2 days ago          394MB
k8s.gcr.io/kube-apiserver            v1.15.5             e534b1952a0d        3 months ago        207MB
k8s.gcr.io/kube-controller-manager   v1.15.5             1399a72fa1a9        3 months ago        159MB
k8s.gcr.io/kube-proxy                v1.15.5             cbd7f21fec99        3 months ago        82.4MB
k8s.gcr.io/kube-scheduler            v1.15.5             fab2dded59dd        3 months ago        81.1MB
golang                               1.11-alpine         e116d2efa2ab        5 months ago        312MB
docker/kube-compose-controller       v0.4.23             a8c3d87a58e7        8 months ago        35.3MB
docker/kube-compose-api-server       v0.4.23             f3591b2cb223        8 months ago        49.9MB
alpine                               3.5                 f80194ae2e0c        12 months ago       4MB
k8s.gcr.io/coredns                   1.3.1               eb516548c180        12 months ago       40.3MB
k8s.gcr.io/etcd                      3.3.10              2c4adeb21b4f        14 months ago       258MB
k8s.gcr.io/pause                     3.1                 da86e6ba6ca1        2 years ago         742kB

私はもう試した：

画像を削除して再作成しますが、役に立ちません。
異なるHOSTポート番号ですが、それでも同じ出力が得られます。
コンテナーの実行時にアドレスに単一のスラッシュを使用しましたが、GitBashターミナルを使用しているにもかかわらず失敗しました。

ソース

khalid-hussain

最も参考になるコメント

更新：私はまだ同じ問題を抱えています。 setup.shとDockerfileも更新しましたが、それでも同じ出力が得られます。

khalid-hussain 2020年02月26日

👍7 👀3

全てのコメント23件

正直なところ、Dockerについてはそれほど詳しくありませんが、 @ xiaosongzまたは@haobiboはどちらも最近ビルドに取り組んでいるため、コメントすることができます。

alistairewj 2020年02月10日

こんにちは@ khalid-hussain、@ xiaosongzは、Dockerイメージビルドファイルsetup.shにバグを発見しました。
そして、それを修正しようとするPRhttps：//github.com/MIT-LCP/mimic-code/pull/693を作成しました。

更新されたsetup.shをフォローして（またはhttps://github.com/haobibo/mimic-codeから直接クローンを作成して）、更新されたコードが機能するかどうかを確認してください。

haobibo 2020年02月11日

申し訳ありませんが、他の問題に夢中になりました。明日やってみます。迅速な返信ありがとうございます。

khalid-hussain 2020年02月12日

更新：私はまだ同じ問題を抱えています。 setup.shとDockerfileも更新しましたが、それでも同じ出力が得られます。

khalid-hussain 2020年02月26日

👍7 👀3

こんにちは、私もこの問題を発見しました。今解決策はありますか？

caiqing0204 2020年08月06日

👍1

gimpiron 2020年08月09日

👍1

ここで同じ問題。

Yuqi92 2020年09月03日

👍1

Jonas-360ty 2020年10月26日

👍1

誰かが解決策を持っていましたか？私たちのシステムでも同じ問題があります。

Jonas-360ty 2020年10月26日

👍1

bipin-num 2020年11月04日

👍1

teohrt 2020年11月05日

alistairewj 2020年11月05日

😄2 👍1

nateloker 2020年11月19日

Zonalds 2020年12月02日

bringmetheaugust 2020年12月07日

👍1

SerbanG 2020年12月30日

解決策はありますか？

HamedJP 2021年01月16日

神は助けてください、私はここで何時間も立ち往生しています

PedroMontesinos 2021年01月21日

ラボの誰かが、ある時点でDockerイメージの修正を検討するかもしれませんが、リソースが限られており、これは優先事項の1つではありません。コミュニティからのプルリクエストを確認させていただきます。

tompollard 2021年01月21日

ここで同じ問題

samuel-matthews 2021年02月09日

ここに同じ問題

AhHa45 2021年02月19日

私は同じ問題に直面していますか？

-03-11 08：31：31.885 UTC [1]ログ：gcc（Debian 8.3.0-6）8.3によってコンパイルされたx86_64-pc-linux-gnuでPostgreSQL 13.2（Debian 13.2-1.pgdg100 + 1）を起動します。 0、64ビット
2021-03-11 08：31：31.885 UTC [1]ログ：IPv4アドレス "0.0.0.0"、ポート5432でリッスンしています
2021-03-11 08：31：31.885 UTC [1]ログ：IPv6アドレス "::"、ポート5432でリッスンしています
2021-03-11 08：31：31.899 UTC [1]ログ：Unixソケット「/var/run/postgresql/.s.PGSQL.5432」でリッスンしています
2021-03-11 08：31：31.914 UTC [66]ログ：データベースシステムは2021-03-11 08：31：31UTCにシャットダウンされました
2021-03-11 08：31：31.924 UTC [1]ログ：データベースシステムは接続を受け入れる準備ができています
2021-03-11 08：31：51.485 UTC [73]致命的：ユーザー「pgadmin」のパスワード認証に失敗しました
2021-03-11 08：31：51.485 UTC [73]詳細：ロール「pgadmin」は存在しません。
接続が一致したpg_hba.conf行99： "host all all all md5"
2021-03-11 08：32：00.969 UTC [74]致命的：ユーザー「pgadmin」のパスワード認証に失敗しました
2021-03-11 08：32：00.969 UTC [74]詳細：ロール「pgadmin」は存在しません。
接続が一致したpg_hba.conf行99： "host all all all md5"
2021-03-11 08：32：06.826 UTC [75]致命的：ユーザー「pgadmin」のパスワード認証に失敗しました
2021-03-11 08：32：06.826 UTC [75]詳細：ロール「pgadmin」は存在しません。
接続が一致したpg_hba.conf行99： "host all all all md5"
2021-03-11 08：33：38.128 UTC [78]致命的：ユーザー「pgadmin」のパスワード認証に失敗しました
2021-03-11 08：33：38.128 UTC [78]詳細：ロール「pgadmin」は存在しません。
接続が一致したpg_hba.conf行99： "host all all all md5"
2021-03-11 08：33：52.780 UTC [79]ログ：起動パケットの長さが無効です
2021-03-11 08：33：52.783 UTC [80]ログ：起動パケットの長さが無効です............................。 ............。

yogeshk04 2021年03月11日

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Qichenye 2021年03月24日

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