楕円体データセットが変更されたことがわかりました。 誰かが「v0」と「v1」の違いを説明できますか？ ShapeWorks 5.5は、現在の楕円体データセット/パラメーターでこれ以上のパフォーマンスを発揮しません。 @sheryjoe @ jadie1 @ iyerkrithika21

@akenmorris "v1"は、ShapeCohortGenPackageを使用して生成された手入れされていない楕円体データセットです。 これには、次の世代向けのバリエーションとオプションがすべて含まれています。

1. ランダム半径
2. ランダムな向き
3. 境界に触れるいくつかのセグメンテーション
4. ランダム化されたセンター
5. より多くの背景を含めるために画像のサイズをランダム化する

古いデータセットにはバリエーションのモードが1つしかありませんでしたが、私は推測します。 @ jadie1 、v0に関して間違っている場合は、私を訂正してください。

@ jadie1以前、2つの楕円体データセットを提供することに同意しました。1つは整列（v0と同様）、もう1つは整列なし（グルーミングを示すため）です。 v1は後者だと思います。

はい、ellipsoid-v1は@ iyerkrithika21で説明されている
また、ellipsoid-v1と同じようにコホート生成コードを使用して生成されたellipsoid_aligned-v1を追加しましたが、すでに位置合わせされています（中心、方向、および画像サイズは同じです）。 ellipsoid-v0とellipsoid_aligned-v1の違いは、ellipsoid-v0には1つの変化モードしかないのに対し、ellipsoid_aligned-v1はすべての半径に沿って変化することです。

はい、ellipsoid-v1は@ iyerkrithika21で説明されている

v1にもっと多くのモードが必要なのはなぜですか？ このデータの使用例では、ミスアライメントに関連するモードを除外する必要があります。

また、ellipsoid-v1と同じようにコホート生成コードを使用して生成されたellipsoid_aligned-v1を追加しましたが、すでに位置合わせされています（中心、方向、および画像サイズは同じです）。 ellipsoid-v0とellipsoid_aligned-v1の違いは、ellipsoid-v0には1つの変化モードしかないのに対し、ellipsoid_aligned-v1はすべての半径に沿って変化することです。

これは少し混乱しつつあります。 1つは1つのモードで、もう1つは3つのモードで、2つの整列されたエリスポイドデータを保持する必要がありますか？ これは最適化の最も簡単なおもちゃの例であると考えられているため、整列には1つのモード（バリエーションとして1つの半径を選択）のみが必要だと思います。

アラインメントや変動モードの数に関係なく、このパラメーターのセットは、対応とサンプリングが不十分であることを示しています。

はい、ellipsoid-v1は@ iyerkrithika21で説明されている

v1にもっと多くのモードが必要なのはなぜですか？ このデータの使用例では、ミスアライメントに関連するモードを除外する必要があります。

半径は3つの軸すべてに沿って変化するため、変化のモードはもっとあるはずですよね？

また、ellipsoid-v1と同じようにコホート生成コードを使用して生成されたellipsoid_aligned-v1を追加しましたが、すでに位置合わせされています（中心、方向、および画像サイズは同じです）。 ellipsoid-v0とellipsoid_aligned-v1の違いは、ellipsoid-v0には1つの変化モードしかないのに対し、ellipsoid_aligned-v1はすべての半径に沿って変化することです。

これは少し混乱しつつあります。 1つは1つのモードで、もう1つは3つのモードで、2つの整列されたエリスポイドデータを保持する必要がありますか？ これは最適化の最も簡単なおもちゃの例であると考えられているため、整列には1つのモード（バリエーションとして1つの半径を選択）のみが必要だと思います。

ellipsoid_aligned-v1またはellipsoid-v0を削除できます。 両方を使用するユースケースはありません。古いバージョンのShapeWorksを使用しているユーザーのためにellpsoid-v0を残しました。 これは、ellpsoid_aligned-v1を作成するための最初のリクエストでした。「すべての変換を無効にすることで、v1と同じコードを使用してv0を再生成できますか？このようにして、一貫性を維持し、固定ドメインと切断面の両方をテストするためのセグメンテーションと適切なメッシュの両方を用意します。」

モデルの対応が悪い理由がわかりません。 パラメータを再調整する必要があると思いますか？ 1つの半径に沿ってのみ変化する新しい楕円体を試してみる必要がありますか？

グルーミングにも問題があります。

楕円体9が他の楕円体の中心にさえないことに注意してください。

これは楕円体の例または画像ライブラリの問題ですか？ @cchriste @archanasri @ jadie1 @ iyerkrithika21

これは、手入れされた楕円体がWindowsとLinuxで私を探す方法です。
Ellipsoid9は私にとって中心にあるようです。

私にとっても中心に見えます-release_v6.0ブランチでもう一度実行しました

対応点は私にとっても見栄えがよくありませんが、もっとスムーズにする必要があるのではないでしょうか。 私には、4つのバリエーションモードがあるように見えます。最初はサイズで、次の3つはx、y、z方向の半径です。

@ jadie1 、 @ iyerkrithika21 、私は別のMacで試してみました、shape Works 6.0 RC5の新規インストール、新しいcondaインストール、すべて。 サンプルの配置を確認します（DTを確認する必要はありません）。

https://user-images.githubusercontent.com/1693349/110035220-9c3e6300-7cf8-11eb-9cd0-9162212dd61c.mp4

ああ、ハァッ、 @ iyerkrithika21 、Studioのcenterチェックボックスをオフにする必要があります。

そうそう、今見えます。 同じデータを使用するgetting-started-with-grooming-segmentations.ipynbを実行したところ、同じ問題が発生しているように見えますが、それほど悪くはありません。 ここで最後のビデオを参照してください： //sciinstitute.github.io/ShapeWorks/notebooks/getting-started-with-grooming-segmentations.html （このビデオは、リリースブランチで実行したばかりのものと一致します）。

ユースケースとノートブックを1行ずつ見ていき、グルーミングの違いを確認できると思います...

ノートブックとユースケースの距離変換に同じ中心/配置の問題があることをスクラッチします。 ノートブックからの距離変換はよりスムーズです。
@akenmorrisデータセットに膨大な量の変動（サイズ、方向、半径など）があるため、中心がずれている可能性があると思いますか？

彼らはICPと連携していますか？

はい、参照はellipsoid_14です

では、楕円体9を片側だけに揃えてしまうと思いますか？

これにどのように対処すべきかわかりません。 ICPの後、重心操作を適用する必要がありますか？

@sheryjoe何か考えはありますか？ この変換を形状モデルの一部としてキャプチャするのは間違っているようです。

@akenmorrisどの翻訳？ 私はこれをビデオで見ることができません。 重心アラインメネットステップをQCしましたか？ また、ICPの反復回数が問題になる場合もあります。

楕円体は中央に配置されていないため、必然的に形状モデルが平行移動をキャプチャします。

楕円体は中央に配置されていないため、必然的に形状モデルが平行移動をキャプチャします。

COMはそれらを中央に配置する必要があります。

COMはそれらを中央に配置する必要があります。

同意しますが、ICPは片側に一致するようにそれらを偏心させていますか？

COMはそれらを中央に配置する必要があります。

同意しますが、ICPは片側に一致するようにそれらを偏心させていますか？

ICPの影響は、参照が実際には中央値の形状でない限り、COM後の変換で最小限に抑える必要があります。

ここの状況はどうですか？ 誰かがこれに取り組んでいますか？ グルーミングと最適化パラメータという2つの別々の問題があると思います。

@ jadie1 @ iyerkrithika21更新はありますか？

Studioでセグメンテーションをグルーミングすると、DTは次のようになります。

したがって、ICPがグルーミングでいくつかの問題を引き起こしている可能性があるようです。

正しい。 楕円体9は、前の中央に配置されます。

       """ Apply rigid alignment """
        ref = FindReferenceImage(comFiles)
        alignedFiles = applyRigidAlignment(groomDir + "aligned/segmentations", ref, comFiles)

そしてその後、それは偏心しています：

@akenmorris ICPを使用せずにStudioで楕円体を最適化しようとすると、このメッセージが表示されます。

私は3つの異なるレベルのパディングを試しました-10、30、50。 しかし、これらのどれも役に立ちませんでした。
また、Pythonのユースケースでは、rigidAlignmentステップをスキップしようとしましたが、このバウンディングボックスエラーが発生します。

############## Cropping ##############
Traceback (most recent call last):
  File "RunUseCase.py", line 94, in <module>
    module.Run_Pipeline(args)
  File "/home/sci/iyerkrithika/ShapeWorks/Examples/Python/ellipsoid.py", line 96, in Run_Pipeline
    croppedFiles = applyCropping(groomDir + "cropped/segmentations", comFiles, comFiles)
  File "/home/sci/iyerkrithika/ShapeWorks/Examples/Python/GroomUtils.py", line 216, in applyCropping
    region = ImageUtils.boundingBox(bbDataList)
ValueError: Image sizes do not match (Output/ellipsoid/groomed/com_aligned/segmentations/ellipsoid_01.isores.center.com.nrrd)

ImageUtils.boundingBox()は最大の境界ボックスを与えることができるはずなので、このエラーは意味がありません。
@ jadie1これは、大腿骨のユースケースで見られた問題に関連している可能性があると思いますか？

@ iyerkrithika21 、スタジオでこれらをどのように実行しているかについて詳しく教えてください。 隅のファイル名に基づいて推測する必要がある場合は、バイナリセグメンテーションをインポートし、グルーミングをスキップして[実行]をクリックした可能性がありますか？ それらは距離変換である必要があります。

@ iyerkrithika21 、スタジオでこれらをどのように実行しているかについて詳しく教えてください。 隅のファイル名に基づいて推測する必要がある場合は、バイナリセグメンテーションをインポートし、グルーミングをスキップして[実行]をクリックした可能性がありますか？ それらは距離変換である必要があります。

セグメンテーションをインポートし、スタジオで新郎を実行しました。 次に、[最適化]をクリックします。

問題＃1133を介してリリースするために修正されます

@ iyerkrithika21 、私はあなたが見たものの問題を追加しました：

1134