<p>ShapeWorks6.0のテスト</p>

作成日 2021年03月02日  ·  16コメント  ·  ソース: SCIInstitute/ShapeWorks

特定のプラットフォームのタスクを完了したときに、ユーザー名を使用して進行中のテストの場合は、✅成功を示し、❌失敗を示すか🕒を編集して追加してください。 テストが失敗した場合は、githubの問題を追加してリンクしてください(*修正されて再度テストする準備ができた場合の問題)。 また、先に進んで、まだここにない可能性のある新しいタスクを追加します。

すべてのテストに最新のリリース候補を使用してください( shapeworks$PATHに含まれていることに注意してください)。 最新のものはここにあります:

https://github.com/SCIInstitute/ShapeWorks/releases/tag/v6.0.0-rc10

例:

| | Windows | Mac | Linux |
| ------------------ | ----------------------------- | -------------- | ---------------- |
| ノートブック| | 🕒(@archanasri)| |
| ユースケース:楕円体| ✅( @akenmorris )| | |
| ユースケース:すべての小さなテスト| ❌(#1073)| ✅(@cchriste)| |

さて、本物です!

| | Windows | Mac | Linux |
| ------------------ | ----------------------------- | -------------- | ---------------- |
| クリーンインストール| ✅(@cchriste)(#1097、#1098)|✅( @akenmorris RC10)| |
| ノートブック:jupyter-notebooksの使用を開始する| ✅(@cchriste)| ✅( @akenmorris RC10)| ✅( @ jadie1 、@ riddhishb)|
| ノートブック:setup-up-shapeworks-environment | ✅(@cchriste)| ✅( @akenmorris RC10)| ✅( @ jadie1 、@ riddhishb)|
| ノートブック:セグメンテーションの開始| ✅(@cchriste)(#1113)| ✅( @akenmorris RC10)| ✅( @ jadie1 RC10)|
| ノートブック:セグメンテーションの開始| ✅(@cchriste)(#1113)| ✅( @akenmorris RC10)| ✅( @ jadie1 RC10)|
| ノートブック:メッシュ入門| ✅(@cchriste)(#1142)| ✅( @akenmorris RC10)| ✅( @ jadie1 RC10)|
| ノートブック:データ拡張の開始| ✅(@cchriste)| ✅(@akenmorris)| ✅(@ jadie1)|
| ノートブック:形状コホート生成の開始| ✅(@cchriste)(#1113)| ✅(@akenmorris)| ✅( @ jadie1 RC10)|
| ユースケース:楕円体| ✅( @akenmorris RC10)| ✅(@akenmorris)|✅( @ jadie1 RC10)|
| ユースケース:ellipsoid --tiny_test | ✅(@akenmorris)| ✅(@archanasri)| ✅( @ jadie1 、@ riddhishb)|
| ユースケース:ellipsoid_cut | ✅( @akenmorris RC10)| ✅(@akenmorris)| (✅ @ jadie1 RC10)|
| ユースケース:ellipsoid_cut --tiny_test |✅(@akenmorris)| ✅(@archanasri)| ✅(@ jadie1)|
| ユースケース:ellipsoid_evaluate | ✅(@akenmorris)(RC6)| ✅(@akenmorris)(RC6)| ✅(@ iyerkrithika21)|
| ユースケース:ellipsoid_fd | ✅(@cchriste)| ✅(@akenmorris)| ✅( @ jadie1 RC10、@ riddhishb)|
| ユースケース:ellipsoid_mesh | ✅( @ iyerkrithika21 、@ cchriste)| ✅(@archanasri)| ✅(@medakk)( @ jadie1 RC10)|
| ユースケース:ellipsoid_mesh --tiny-test | ✅(@ iyerkrithika21)| ✅(@archanasri)| ✅(@medakk)|
| ユースケース:大腿骨| ✅(@cchriste)| ✅( @akenmorris RC10)| ✅(@ jadie1)|
| ユースケース:femur --tiny-test | ✅(@ iyerkrithika21)| ✅(@archanasri)| ✅(@ jadie1)|
| ユースケース:femur --groom_images | ✅(@cchriste)| ✅(@akenmorris)| ✅(@ jadie1)|
| ユースケース:femur --groom_images --tiny-test |✅(@ iyerkrithika21)| ✅(@archanasri)| ✅(@ jadie1)|
| ユースケース:femur_mesh | ✅(@cchriste)| ✅(@archanasri)| ✅(@ jadie1)|
| ユースケース:femur_mesh --tiny-test | ✅(@ iyerkrithika21)| ✅(@archanasri)| ✅(@ jadie1)|
| ユースケース:femur_cut | ✅(@cchriste)| ✅(akenmorris)| ✅(@ jadie1)|
| ユースケース:femur_cut --tiny-test | ✅(@ iyerkrithika21)| ✅(@archanasri)| ✅(@ jadie1)|
| ユースケース:femur_cut --tiny-test(異方性)| ✅(@akenmorris)| ✅(@akenmorris)| ✅(@ jadie1)|
| ユースケース:left_atrium |✅( @ akenmorris 、@ cchriste)| ✅(@akenmorris)| ✅(@ jadie1)|
| ユースケース:left_atrium --tiny-test |✅(@akenmorris)| ✅(@archanasri)| ✅(@ jadie1)|
| ユースケース:しこり| ✅( @ iyerkrithika21 、@ cchriste)| ✅(@akenmorris)| ✅(@ jadie1)|
| ユースケース:lumps --tiny-test |✅(@ iyerkrithika21)| ✅(@archanasri)| ✅(@ jadie1)|
| ユースケース:deep_ssm --tiny-test | ✅(@cchriste)| ✅( @akenmorris RC10)| ✅(@ jadie1)|
| ユースケース:deep_ssm | ✅(@cchriste)| ✅( @akenmorris RC10)| ✅(@ jadie1)|
| スタジオ:楕円体の例| ✅(@akenmorris)| ✅(@akenmorris)| ✅(@medakk)|
| スタジオ:機能マップの例| ✅(@akenmorris)| ✅(@akenmorris)| ✅(@medakk)|
| ... | | | |

この問題についてのコメントは最小限にとどめてください。 コメントではなく、テーブルにステータスを保持してみましょう。

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全てのコメント16件

ノートブックをテストする方法(たとえば)の説明はどこにありますか? それらを開いて実行するだけですか?

そう思います。 ほとんどの場合、それらには指示があります。 通常、データをダウンロードして適切な場所に配置する必要があります。 盲目的に開いてすべてを実行することはできません。

#1102に関して、答えはイエスかノーか?
現在実行中のテストは「はい」と回答されました(メッシュのラスタライズには等方性の間隔を使用してください)。

テスト用? どちらの方法でも機能するはずですが、小さなテストでyesとnoの両方を使用してテストするだけで十分です。 両方でユースケース全体をテストする必要はありません。

これを無効にしましたが、shapeworksの実行中にWindowsにスリープ状態を維持するように指示する方法はありますか?

シェイプワークのテストが終了するまで、電源オプションでスリープを無効にすることをお勧めします。

スリープを無効にするためのWindowsAPIがあり、ユーザープログラムが変更できるかどうかを尋ねていますか? あるとしても、それを追求することはお勧めしません。

WindowsでRC8を使用してdeep_ssmユースケースを実行しました。 これで終わりました。 これは何が期待されているのですか? @ jadie1

Screenshot (28)

ターミナルには次のようなものがありました。

Screenshot (29)

@ jadie1は、データ拡張用のバイオリン図を追加しませんでしたか?

@ jadie1は、データ拡張用のバイオリン図を追加しませんでしたか?

はい、データ拡張ノートブックで使用されています。 DeepSSMのユースケースを使用するように変更しませんでした。必要に応じて変更できます。

@ jadie1 、これは成功と見なされるべきですか? 問題を閉じて、上記で成功としてマークできますか?

@ jadie1 、これは成功と見なされるべきですか? 問題を閉じて、上記で成功としてマークできますか?

はい、Windowsの場合、または期待される出力であるGPUがない場合。

@ jadie1は、データ拡張用のバイオリン図を追加しませんでしたか?

はい、データ拡張ノートブックで使用されています。 DeepSSMのユースケースを使用するように変更しませんでした。必要に応じて変更できます。

@ jadie1一貫性を保つために、バイオリン図を深いssmユースケースに追加しましょう。 また、増強の結果を伝えることもより良い方法です。

この結果が完全なfemur_cutに適していることを確認したかっただけです。 実行には2〜3日かかりました。 上記で成功としてマークしましたが、確認したかったのです。 ありがとう!

Screen Shot 2021-03-10 at 8 05 05 AM

@cchriste 、私には似合います。

@ jadie1 、これは成功と見なされるべきですか? 問題を閉じて、上記で成功としてマークできますか?

はい、Windowsの場合、または期待される出力であるGPUがない場合。

WindowsでGPUを利用できるようにするためのgithubの問題はありますか? このボックスには2つあり、退屈しています。

ユーザーが次のドキュメントに従って正しいバージョンのPytorchをShapeWorks環境にインストールすると、Windowsで機能します: ShapeWorksのPyTorchGPUサポート。 WindowsでCUDAバージョンを自動的に検出する信頼できる方法はないようです。そのため、GPUサポート付きのconda_installs.batをインストールしていません。 問題を起こすことはできますが、現在解決策があるかどうかはわかりません。

残念ながら、これらの手順では、Windowsで使用可能なCUDAバージョンを判別する方法が提供されていません(何かをインストールする必要があるため、ここから開始する可能性が高いプロセスです。機会があれば、さらに詳しく調べます。

このリリースでは、2つの楕円体のユースケースに絞っていると思います。 まだテストしようとは思っていなかったものについて、誰かがアイデアを持っているでしょうか。 特に、特定のプラットフォームで必ず実行する必要があるものはありますか?

ellipsoidのユースケースとノートブックはone_mode_ellipsoidブランチで動作しています(問題#1133)。 私たちが待っているのは、対応がまだ大きくないため、ellipsoid_cutユースケースに合わせてパラメーターを調整する必要があることだけです(問題#1104)。 @HeavenlyBerserker @akenmorris one_mode_ellipsoidブランチのPRを今すぐ作成する必要がありますか? または、ellipsoid_cutパラメータが更新されるのを待ちますか?

Linux上のRC10で問題は見つかりませんでした!

終わり!

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