Necessita de suporte da API Python para executar todas as operações PCA para o modelo de correspondência atualmente presente no Studio.
A API deve calcular o seguinte:
- Autovalores
- Autovetores
- Carregando PCA
- Pontuação / variação do componente PCA
Todas essas quantidades devem ser salvas como matrizes numpy.
iyerkrithika21
Todos 7 comentários
Relacionado a # 995
iyerkrithika21
em 23 fev. 2021
@akenmorris : Atualmente, qual biblioteca o Studio usa para realizar a análise do componente principal?
@sheryjoe Devemos usar a mesma biblioteca para a API ou usar bibliotecas Python como sklearn para realizar a análise PCA?
Se quisermos usar bibliotecas python, seguindo o mesmo conjunto de ShapeCohortGenPackage / DataAugmentationsPackage , posso começar a trabalhar em PCAPackage na biblioteca python.
iyerkrithika21
em 2 mar. 2021
O Studio usa a classe ParticleShapeStatistics:
https://github.com/SCIInstitute/ShapeWorks/blob/master/Libs/Particles/ParticleShapeStatistics.h
Em geral, minha recomendação é usar uma única biblioteca para ambos. Isso mantém os resultados e o comportamento consistentes nas ferramentas. Preocupo-me com o fato de que ter várias implementações é um retrocesso em um conjunto de ferramentas desconexas que temos tentado consolidar ao longo do tempo.
Para sua informação, existem alguns planos diferentes para o futuro da análise estatística, incluindo o uso de R.
akenmorris
em 2 mar. 2021
Estamos planejando criar um invólucro pybind de ParticleShapeStatistics?
archanasri
em 2 mar. 2021
Estamos planejando criar um invólucro pybind de ParticleShapeStatistics?
Sim, como parte da biblioteca python do shapeworks.
sheryjoe
em 3 mar. 2021
830 # 1172
cchriste
em 30 mar. 2021
Será 1000x mais fácil obter esse recurso simplesmente exportando Eigen :: Matrix que já tem todas essas funções.
cchriste
em 30 mar. 2021
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jadie1
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iyerkrithika21
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akenmorris
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Comentários muito úteis
O Studio usa a classe ParticleShapeStatistics:
https://github.com/SCIInstitute/ShapeWorks/blob/master/Libs/Particles/ParticleShapeStatistics.h
Em geral, minha recomendação é usar uma única biblioteca para ambos. Isso mantém os resultados e o comportamento consistentes nas ferramentas. Preocupo-me com o fato de que ter várias implementações é um retrocesso em um conjunto de ferramentas desconexas que temos tentado consolidar ao longo do tempo.
Para sua informação, existem alguns planos diferentes para o futuro da análise estatística, incluindo o uso de R.