<p>Teste do ShapeWorks 6.0</p>
Edite e adicione um ✅ indicando sucesso e ❌ indicando falha ou 🕒 para um teste em andamento com seu nome de usuário ao concluir uma tarefa para uma determinada plataforma. Quando um teste falhar, adicione um problema no github e vincule-o (* o problema quando estiver corrigido e pronto para testar novamente). Além disso, vá em frente e adicione novas tarefas que talvez ainda não estejam aqui.
Por favor, use o release candidate mais recente para todos os testes (tenha cuidado com shapeworks que está em seu $PATH ). O mais recente encontra-se aqui:
https://github.com/SCIInstitute/ShapeWorks/releases/tag/v6.0.0-rc10
Exemplo:
| | Janelas | Mac | Linux |
|------------------|-----------------------------| --------------|----------------|
| Cadernos | | 🕒 (@archanasri) | |
| Caso de uso: Elipsóide | ✅ ( @akenmorris ) | | |
| Caso de uso: Todos os testes minúsculos | ❌ (#1073) | ✅ (@cchriste) | |
Ok, agora a coisa real!
| | Janelas | Mac | Linux |
|------------------|-----------------------------| --------------|----------------|
| Instalação limpa | ✅ (@cchriste) (#1097, #1098) |✅ ( @akenmorris RC10) | |
| Notebooks: iniciando-com-notebooks-jupyter | ✅ (@cchriste) | ✅ ( @akenmorris RC10) | ✅ ( @jadie1 , @riddhishb) |
| Notebooks: setup-shapeworks-ambiente | ✅ (@cchriste) | ✅ ( @akenmorris RC10) | ✅ ( @jadie1 , @riddhishb)|
| Notebooks: iniciando-com-segmentações | ✅ (@cchriste) (#1113) | ✅ ( @akenmorris RC10) | ✅ ( @jadie1 RC10) |
| Notebooks: iniciando-com-explorando-segmentações | ✅ (@cchriste) (#1113)| ✅ ( @akenmorris RC10) | ✅ ( @jadie1 RC10) |
| Notebooks: iniciando-com-malhas | ✅ (@cchriste) (#1142) | ✅( @akenmorris RC10) | ✅ ( @jadie1 RC10) |
| Notebooks: introdução ao aumento de dados | ✅ (@cchriste) | ✅(@akenmorris) | ✅ (@jadie1) |
| Notebooks: iniciando-com-geração de coorte de formas | ✅ (@cchriste) (#1113) | ✅ (@akenmorris) | ✅ ( @jadie1 RC10) |
| Caso de uso: elipsóide | ✅ ( @akenmorris RC10) | ✅ (@akenmorris) |✅ ( @jadie1 RC10) |
| Caso de uso: elipsóide --tiny_test | ✅ (@akenmorris) | ✅ (@archanasri) | ✅ ( @jadie1 , @riddhishb)|
| Caso de uso: ellipsoid_cut | ✅ ( @akenmorris RC10) | ✅ (@akenmorris) | (✅ @jadie1 RC10) |
| Caso de uso: ellipsoid_cut --tiny_test |✅ (@akenmorris) | ✅ (@archanasri) | ✅ (@jadie1) |
| Caso de uso: elipsoid_evaluate | ✅ (@akenmorris) (RC6) | ✅ (@akenmorris) (RC6) | ✅ (@iyerkrithika21)|
| Caso de uso: elipsoid_fd | ✅ (@cchriste) | ✅ (@akenmorris) | ✅ ( @jadie1 RC10, @riddhishb)|
| Caso de uso: ellipsoid_mesh | ✅ ( @iyerkrithika21 , @cchriste) | ✅ (@archanasri) | ✅ (@medakk) ( @jadie1 RC10) |
| Caso de uso: ellipsoid_mesh --tiny-test | ✅ (@iyerkrithika21) | ✅ (@archanasri) | ✅ (@medakk) |
| Caso de uso: fêmur | ✅ (@cchriste) | ✅ ( @akenmorris RC10) | ✅ (@jadie1) |
| Caso de uso: fêmur --tiny-test | ✅ (@iyerkrithika21) | ✅ (@archanasri) | ✅ (@jadie1) |
| Caso de uso: fêmur --groom_images | ✅ (@cchriste) | ✅ (@akenmorris) | ✅ (@jadie1) |
| Caso de uso: fêmur --groom_images --tiny-test |✅ (@iyerkrithika21) | ✅ (@archanasri) | ✅ (@jadie1) |
| Caso de uso: femur_mesh | ✅ (@cchriste) | ✅ (@archanasri) | ✅ (@jadie1) |
| Caso de uso: femur_mesh --tiny-test | ✅ (@iyerkrithika21)| ✅ (@archanasri) | ✅ (@jadie1) |
| Caso de uso: femur_cut | ✅ (@cchriste) | ✅ (akenmorris) | ✅ (@jadie1) |
| Caso de uso: femur_cut --tiny-test | ✅ (@iyerkrithika21) | ✅ (@archanasri) | ✅ (@jadie1) |
| Caso de uso: femur_cut --tiny-test (anisotrópico)| ✅ (@akenmorris) | ✅ (@akenmorris) | ✅ (@jadie1) |
| Caso de uso: left_atrium |✅ ( @akenmorris , @cchriste) | ✅ (@akenmorris) | ✅ (@jadie1) |
| Caso de uso: left_atrium --tiny-test |✅ (@akenmorris) | ✅ (@archanasri) | ✅ (@jadie1) |
| Caso de uso: pedaços | ✅ ( @iyerkrithika21 , @cchriste) | ✅ (@akenmorris) | ✅ (@jadie1) |
| Caso de uso: caroços --tiny-test |✅ (@iyerkrithika21) | ✅ (@archanasri) | ✅ (@jadie1) |
| Caso de uso: deep_ssm --tiny-test | ✅ (@cchriste) | ✅ ( @akenmorris RC10) | ✅ (@jadie1) |
| Caso de uso: deep_ssm | ✅ (@cchriste) | ✅ ( @akenmorris RC10) | ✅ (@jadie1) |
| Studio: Exemplo de elipsóide | ✅ (@akenmorris) | ✅ (@akenmorris) | ✅ (@medakk) |
| Studio: Exemplo de mapa de recursos | ✅ (@akenmorris) | ✅ (@akenmorris) | ✅ (@medakk) |
| ... | | | |
Por favor, mantenha os comentários sobre este problema no mínimo. Vamos tentar manter o status na tabela e não nos comentários.
akenmorris
Todos 16 comentários
Temos instruções em algum lugar sobre como testar (digamos) notebooks? Basta abrir e executá-los?
Eu penso que sim. Há instruções neles para a maior parte. Eles normalmente exigem que você baixe os dados e os coloque no lugar certo. Você não pode simplesmente abrir e executar tudo às cegas.
akenmorris
em 2 mar. 2021
Em relação ao #1102, a resposta deve ser sim ou não?
O teste atualmente em execução foi respondido sim (use espaçamento isotrópico para rasterização de malha).
Para testar? Deve funcionar de qualquer maneira, testar com sim e não apenas no teste minúsculo deve ser suficiente. Não há necessidade de testar todo o caso de uso com ambos.
jadie1
em 4 mar. 2021
Eu desabilitei isso agora, mas existe alguma maneira de dizer ao Windows para ficar acordado quando o shapeworks estiver em execução?
Eu recomendaria desabilitar a suspensão nas opções de energia até que você termine de testar as formas.
Você está perguntando se existe uma API do Windows para desabilitar o sono, que um programa de usuário pode alterar? Mesmo se houver, eu recomendaria não perseguir isso.
akenmorris
em 4 mar. 2021
Eu executei o caso de uso deep_ssm com RC8 no Windows. Foi com isso que acabou. É isso que se espera? @jadie1
Veja o que estava no terminal:
akenmorris
em 8 mar. 2021
@jadie1 não adicionamos os gráficos de violino para visualização de aumento de dados?
sheryjoe
em 8 mar. 2021
@jadie1 não adicionamos os gráficos de violino para visualização de aumento de dados?
Sim e é usado no notebook de aumento de dados. Eu não mudei o caso de uso do DeepSSM para usá-lo, posso, se você quiser.
jadie1
em 8 mar. 2021
@jadie1 , isso deve ser considerado sucesso? Podemos fechar o problema e marcá-lo como bem-sucedido acima?
akenmorris
em 8 mar. 2021
@jadie1 , isso deve ser considerado sucesso? Podemos fechar o problema e marcá-lo como bem-sucedido acima?
Sim, se estiver no Windows ou sem GPU, essa é a saída esperada.
jadie1
em 8 mar. 2021
@jadie1 não adicionamos os gráficos de violino para visualização de aumento de dados?
Sim e é usado no notebook de aumento de dados. Eu não mudei o caso de uso do DeepSSM para usá-lo, posso, se você quiser.
@jadie1 para consistência, vamos adicionar os gráficos de violino ao caso de uso deep ssm. também é uma visualização melhor para transmitir os resultados do aumento.
sheryjoe
em 8 mar. 2021
Só queria verificar se esse resultado fica bom para o femur_cut completo. A corrida durou 2-3 dias. Marquei como bem-sucedido acima, mas queria ter certeza. Obrigado!
cchriste
em 10 mar. 2021
@cchriste , parece bom para mim.
akenmorris
em 10 mar. 2021
@jadie1 , isso deve ser considerado sucesso? Podemos fechar o problema e marcá-lo como bem-sucedido acima?
Sim, se estiver no Windows ou sem GPU, essa é a saída esperada.
Existe um problema do github para habilitar a utilização da(s) GPU(s) no Windows? Esta caixa tem dois deles e eles estão _realmente_ entediados.
Ele funcionará no Windows se o usuário instalar a versão correta do Pytorch no ambiente ShapeWorks seguindo este documento: PyTorch GPU Support for ShapeWorks . Parece que não há uma maneira confiável de detectar automaticamente a versão CUDA no Windows, e é por isso que não temos conda_installs.bat instalá-lo com suporte a GPU. Podemos fazer um problema, mas não tenho certeza se existe uma solução no momento.
Infelizmente, essas instruções não fornecem nenhum método para determinar a versão do CUDA disponível no Windows (algo precisará ser instalado, portanto, é um processo que provavelmente começa aqui . Analisarei mais quando tiver uma chance.
cchriste
em 10 mar. 2021
Acho que estamos reduzidos a apenas dois casos de uso de elipsóides para esta versão. Alguém pode ter ideias para coisas que ainda não pensamos em testar? Alguma coisa em particular que devemos ter certeza de executar novamente em qualquer plataforma específica?
cchriste
em 11 mar. 2021
O caso de uso e o notebook elipsoid estão trabalhando na ramificação one_mode_ellipsoid (problema nº 1133). A única coisa que estamos esperando é que os parâmetros precisem ser ajustados para o caso de uso ellipsoid_cut porque a correspondência ainda não é grande (questão #1104). @HeavenlyBerserker e @akenmorris Devo fazer um PR agora para o ramo one_mode_ellipsoid? Ou esperar caso os parâmetros ellipsoid_cut sejam atualizados?
jadie1
em 11 mar. 2021
Não encontrei nenhum problema com o RC10 no Linux!
jadie1
em 22 mar. 2021
Feito!
akenmorris
em 31 mar. 2021
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