Shapeworks: PCA-Python-API

Erstellt am 23. Feb. 2021 · 7Kommentare · Quelle: SCIInstitute/ShapeWorks

Benötigen Sie Python-API-Unterstützung, um alle PCA-Vorgänge für das derzeit in Studio vorhandene Korrespondenzmodell auszuführen.
Die API sollte Folgendes berechnen:

Eigenwerte
Eigenvektoren
PCA-Laden
PCA-Komponentenwerte / Varianz

Alle diese Größen sollten als numpy-Arrays gespeichert werden.

Feature Request

Quelle

iyerkrithika21

Hilfreichster Kommentar

Studio verwendet die ParticleShapeStatistics-Klasse:

https://github.com/SCIInstitute/ShapeWorks/blob/master/Libs/Particles/ParticleShapeStatistics.h

Im Allgemeinen empfehle ich, eine einzige Bibliothek für beides zu verwenden. Dadurch bleiben Ergebnisse und Verhalten über alle Tools hinweg konsistent. Ich befürchte, dass mehrere Implementierungen ein Rückschritt in eine unzusammenhängende Reihe von Tools sind, die wir im Laufe der Zeit zu konsolidieren versucht haben.

Zu Ihrer Information, es gibt einige unterschiedliche Pläne für die Zukunft der statistischen Analyse, einschließlich der Verwendung von R.

akenmorris am 2. März 2021

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Alle 7 Kommentare

Im Zusammenhang mit #995

iyerkrithika21 am 23. Feb. 2021

@akenmorris :
@sheryjoe Sollten wir dieselbe Bibliothek für die API verwenden oder Python-Bibliotheken wie sklearn verwenden, um die PCA-Analyse durchzuführen?
Wenn wir Python-Bibliotheken verwenden möchten, kann ich nach der gleichen Suite von ShapeCohortGenPackage / DataAugmentationsPackage mit der Arbeit an PCAPackage in der Python-Bibliothek beginnen.

iyerkrithika21 am 2. März 2021

Studio verwendet die ParticleShapeStatistics-Klasse:

https://github.com/SCIInstitute/ShapeWorks/blob/master/Libs/Particles/ParticleShapeStatistics.h

Zu Ihrer Information, es gibt einige unterschiedliche Pläne für die Zukunft der statistischen Analyse, einschließlich der Verwendung von R.

akenmorris am 2. März 2021

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Planen wir, einen Pybind-Wrapper von ParticleShapeStatistics zu erstellen?