Shapeworks: Kesalahan dalam reflectMeshes saat menjalankan kasus penggunaan femur dan femur_cut

Dibuat pada 18 Feb 2021 · 12Komentar · Sumber: SCIInstitute/ShapeWorks

Mencoba menjalankan kasus penggunaan femur dan femur_cut:

Tes kecil berfungsi dengan baik python RunUseCase.py --use_case femur --tiny_test
Kasus penggunaan berjalan dengan baik jika Anda menggunakan --skip_grooming
Kasus penggunaan gagal saat Anda menjalankan python RunUseCase.py --use_case femur dan python RunUseCase.py --use_case femur_cut dengan kesalahan:

Step 2. Groom - Data Pre-processingInput filename: Output/femur/femur-v0/meshes/m09_R_femur.ply
Output filename: Output/femur/groomed/reflected/segmentations/m09_R_femur.reflect.ply
Traceback (most recent call last):
  File "RunUseCase.py", line 79, in <module>
    module.Run_Pipeline(args)
  File "/home/sci/iyerkrithika/ShapeWorks/Examples/Python/femur.py", line 219, in Run_Pipeline
    reflectedFiles_mesh = reflectMeshes(groomDir + 'reflected', files_mesh, reference_side)
  File "/home/sci/iyerkrithika/ShapeWorks/Examples/Python/GroomUtils.py", line 344, in reflectMeshes
    mesh.reflect(X, mesh.center()).write(seg_out)
ValueError: vector::reserve

QA bug

Sumber

iyerkrithika21

Komentar yang paling membantu

@ iyerkrithika21 Saya rasa fungsi crop berfungsi dengan baik. Tingkatkan bantalan.

archanasri pada 19 Feb 2021

👍2

Semua 12 komentar

Menjalankan ini pada yang terbaru dari cabang ini, saya mendapatkan:

Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m12_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m12_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd
Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m13_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m13_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd
ERROR: In ../Common/DataModel/vtkIterativeClosestPointTransform.cxx, line 270
vtkIterativeClosestPointTransform (0x7ff2ceeb98c0): Can't execute with nullptr or empty input

Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m14_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m14_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd
Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m15_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m15_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd

Apakah ini masalah?

akenmorris pada 19 Feb 2021

Saya berlari:

python RunUseCase.py --use_case femur

Saya menjawab 'ya' ketika ditanya tentang rasterisasi isotropik.

Itu diakhiri dengan:


Input filename: Output/femur/groomed/clipped_segmentations/m03_L_femur.isores.pad.com.center.aligned.clipped.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/cropped/segmentations/m03_L_femur.isores.pad.com.center.aligned.clipped.cropped.nrrd
Traceback (most recent call last):
  File "RunUseCase.py", line 79, in <module>
    module.Run_Pipeline(args)
  File "/Users/amorris/sci/data/Examples/Python/femur.py", line 299, in Run_Pipeline
    croppedFiles_segmentations = applyCropping(groomDir + "cropped/segmentations", clippedFiles_segmentations, groomDir + "clipped_segmentations/*.nrrd")
  File "/Users/amorris/sci/data/Examples/Python/GroomUtils.py", line 225, in applyCropping
    img.crop(region).write(outname)
RuntimeError: /Users/amorris/sci/shapeworks/dependencies/build/ITK/Modules/Core/Common/src/itkDataObject.cxx:385:
Requested region is (at least partially) outside the largest possible region.

akenmorris pada 19 Feb 2021

Saya berlari:

python RunUseCase.py --use_case femur

Saya menjawab 'ya' ketika ditanya tentang rasterisasi isotropik.

Itu diakhiri dengan:


Input filename: Output/femur/groomed/clipped_segmentations/m03_L_femur.isores.pad.com.center.aligned.clipped.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/cropped/segmentations/m03_L_femur.isores.pad.com.center.aligned.clipped.cropped.nrrd
Traceback (most recent call last):
  File "RunUseCase.py", line 79, in <module>
    module.Run_Pipeline(args)
  File "/Users/amorris/sci/data/Examples/Python/femur.py", line 299, in Run_Pipeline
    croppedFiles_segmentations = applyCropping(groomDir + "cropped/segmentations", clippedFiles_segmentations, groomDir + "clipped_segmentations/*.nrrd")
  File "/Users/amorris/sci/data/Examples/Python/GroomUtils.py", line 225, in applyCropping
    img.crop(region).write(outname)
RuntimeError: /Users/amorris/sci/shapeworks/dependencies/build/ITK/Modules/Core/Common/src/itkDataObject.cxx:385:
Requested region is (at least partially) outside the largest possible region.

Meningkatkan padding menjadi 30 pada baris 259 di femur.py tidak menghasilkan kesalahan ini.
Saya akan membahas hal ini dengan @archanasri untuk mengetahui apa yang salah dengan fungsi crop.

iyerkrithika21 pada 19 Feb 2021

@ iyerkrithika21 Saya rasa fungsi crop berfungsi dengan baik. Tingkatkan bantalan.

archanasri pada 19 Feb 2021

👍2

Menjalankan ini pada yang terbaru dari cabang ini, saya mendapatkan:

Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m12_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m12_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd
Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m13_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m13_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd
ERROR: In ../Common/DataModel/vtkIterativeClosestPointTransform.cxx, line 270
vtkIterativeClosestPointTransform (0x7ff2ceeb98c0): Can't execute with nullptr or empty input

Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m14_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m14_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd
Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m15_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m15_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd

Apakah ini masalah?

@akenmorris apa yang Anda jalankan dari baris perintah?

archanasri pada 19 Feb 2021

Menjalankan ini pada yang terbaru dari cabang ini, saya mendapatkan:

Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m12_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m12_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd
Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m13_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m13_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd
ERROR: In ../Common/DataModel/vtkIterativeClosestPointTransform.cxx, line 270
vtkIterativeClosestPointTransform (0x7ff2ceeb98c0): Can't execute with nullptr or empty input

Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m14_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m14_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd
Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m15_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m15_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd

Apakah ini masalah?

@akenmorris apa yang Anda jalankan dari baris perintah?

@archanasri Saya mendapatkan ini ketika saya menjalankan python RunUseCase.py --use_case femur --groom_images
Saya melihat kesalahan ini pada langkah penyelarasan yang kaku.

iyerkrithika21 pada 19 Feb 2021

Saya yakin saya baru saja berlari:

python RunUseCase.py --use_case femur

akenmorris pada 19 Feb 2021

Kasus penggunaan penuh tanpa gambar perawatan sekarang diperbaiki di cabang femur_reflect_fix.
Ketika Anda menjalankan kasus penggunaan penuh dengan tag --groom_images, maka Alan memberikan kesalahan penyelarasan yang disebutkan di atas karena semua segmentasi yang tercermin adalah nol. Jadi anatomyPairsToSingles () di GroomUtils.py tidak berfungsi ... @archanasri dapatkah Anda membantu kami melihat ini?

jadie1 pada 19 Feb 2021

@ jadie1 @ iyerkrithika21 bisakah anda mencoba ini:
img1.reflect(Axis.X).write(img_out) pada baris 312 dari GroomUtils dan
mesh.reflect(Axis.X, center).write(seg_out) pada baris 315 dari GroomUtils

archanasri pada 20 Feb 2021

@ jadie1 @ iyerkrithika21 bisakah anda mencoba ini:
img1.reflect(Axis.X).write(img_out) pada baris 312 dari GroomUtils dan
mesh.reflect(Axis.X, center).write(seg_out) pada baris 315 dari GroomUtils

Segmentasi yang direfleksikan masih semuanya nol.
Melihat kesalahan yang sama dalam pelurusan.

iyerkrithika21 pada 20 Feb 2021

Bekerja saat dandan tanpa gambar pada PR # 1030
Sekarang memperbaiki saat dandan dengan gambar di cabang reflect_fix

jadie1 pada 22 Feb 2021

Diperbaiki dalam PR # 1040

jadie1 pada 23 Feb 2021

Apakah halaman ini membantu?

5 / 5 - 1 peringkat

Masalah terkait

Pengujian ShapeWorks 6.0

akenmorris · 16Komentar

Tabrakan dengan "femur --groom_images" di MacOS

akenmorris · 23Komentar

Model yang dihasilkan ellipsoid buruk

akenmorris · 32Komentar

Pengemasan shapworkspy dan restrukturisasi use case

sheryjoe · 13Komentar

volume rendering dari beberapa resolusi mengalami error saat menggunakan itkwidgets.view setelah menggunakan shapework di notebook

akenmorris · 22Komentar