Terpikir oleh saya bahwa kumpulan data ellipsoid telah berubah. Adakah yang bisa menjelaskan perbedaan antara "v0" dan "v1"? ShapeWorks 5.5 tidak berkinerja lebih baik pada set data/parameter ellipsoid saat ini. @sheryjoe @jadie1 @iyerkrithika21

@akenmorris "v1" adalah kumpulan data ellipsoid yang tidak terawat yang dihasilkan menggunakan ShapeCohortGenPackage. Ini mencakup semua mode variasi dan opsi berikut untuk generasi:

1. jari-jari acak
2. orientasi acak
3. beberapa segmentasi yang menyentuh batas
4. pusat acak
5. mengacak ukuran gambar untuk memasukkan lebih banyak latar belakang

Sedangkan dataset lama hanya memiliki satu mode variasi, saya kira. @jadie1 , koreksi saya jika saya salah tentang v0.

@jadie1 Kami sepakat sebelumnya bahwa kami akan menyediakan dua set data ellipsoid, satu selaras (mirip dengan v0) dan satu tidak selaras (untuk mendemonstrasikan perawatan). Saya pikir v1 adalah yang terakhir.

Ya ellipsoid-v1 seperti yang dijelaskan @iyerkrithika21 , jadi harus memiliki lebih dari satu mode variasi. ellipsoid-v0 adalah data asli yang versi ungroomednya sama dengan yang di-groomed.
Kami juga menambahkan ellipsoid_aligned-v1 yang dihasilkan menggunakan kode generasi kohort seperti ellipsoid-v1 tetapi sudah disejajarkan (pusat, orientasi, dan ukuran gambar sama). Perbedaan antara ellipsoid-v0 dan ellipsoid_aligned-v1 adalah ellipsoid-v0 hanya memiliki satu mode variasi sedangkan ellipsoid_aligned-v1 bervariasi di semua jari-jari.

Ya ellipsoid-v1 seperti yang dijelaskan @iyerkrithika21 , jadi harus memiliki lebih dari satu mode variasi. ellipsoid-v0 adalah data asli yang versi ungroomednya sama dengan yang di-groomed.

Mengapa v1 harus memiliki lebih banyak mode? Kasus penggunaan untuk data ini harus memperhitungkan mode yang terkait dengan ketidaksejajaran.

Kami juga menambahkan ellipsoid_aligned-v1 yang dihasilkan menggunakan kode generasi kohort seperti ellipsoid-v1 tetapi sudah disejajarkan (pusat, orientasi, dan ukuran gambar sama). Perbedaan antara ellipsoid-v0 dan ellipsoid_aligned-v1 adalah ellipsoid-v0 hanya memiliki satu mode variasi sedangkan ellipsoid_aligned-v1 bervariasi di semua jari-jari.

Ini menjadi sedikit membingungkan. Apakah kita perlu menyimpan dua data ellispoids yang selaras, satu dengan satu mode dan yang lainnya dengan tiga mode? Saya pikir selaras seharusnya hanya memiliki satu mode (pilih satu radius untuk variasi) karena ini seharusnya menjadi contoh mainan paling sederhana untuk pengoptimalan.

Terlepas dari keselarasan atau jumlah mode variasi, rangkaian parameter ini menunjukkan korespondensi dan pengambilan sampel yang buruk:

Ya ellipsoid-v1 seperti yang dijelaskan @iyerkrithika21 , jadi harus memiliki lebih dari satu mode variasi. ellipsoid-v0 adalah data asli yang versi ungroomednya sama dengan yang di-groomed.

Mengapa v1 harus memiliki lebih banyak mode? Kasus penggunaan untuk data ini harus memperhitungkan mode yang terkait dengan ketidaksejajaran.

Karena radius bervariasi di ketiga sumbu, seharusnya ada lebih banyak mode variasi bukan?

Kami juga menambahkan ellipsoid_aligned-v1 yang dihasilkan menggunakan kode generasi kohort seperti ellipsoid-v1 tetapi sudah disejajarkan (pusat, orientasi, dan ukuran gambar sama). Perbedaan antara ellipsoid-v0 dan ellipsoid_aligned-v1 adalah ellipsoid-v0 hanya memiliki satu mode variasi sedangkan ellipsoid_aligned-v1 bervariasi di semua jari-jari.

Ini menjadi sedikit membingungkan. Apakah kita perlu menyimpan dua data ellispoids yang selaras, satu dengan satu mode dan yang lainnya dengan tiga mode? Saya pikir selaras seharusnya hanya memiliki satu mode (pilih satu radius untuk variasi) karena ini seharusnya menjadi contoh mainan paling sederhana untuk pengoptimalan.

Saya dapat menghapus ellipsoid_aligned-v1 atau ellipsoid-v0. Kami tidak memiliki kasus penggunaan yang menggunakan keduanya, saya hanya meninggalkan ellpsoid-v0 untuk pengguna yang menggunakan versi ShapeWorks yang lebih lama. Ini adalah permintaan awal untuk membuat ellpsoid_aligned-v1: "Bisakah kita membuat ulang v0 menggunakan kode yang sama seperti v1 dengan menonaktifkan semua transformasi? Dengan cara ini kita menjaga konsistensi dan memiliki segmentasi dan mesh yang bagus untuk menguji domain tetap dan bidang potong."

Saya tidak yakin mengapa model memiliki korespondensi yang buruk. Saya kira parameternya perlu disetel ulang? Haruskah saya mencoba dengan ellipsoid baru yang hanya bervariasi sepanjang satu radius?

Perawatan juga memiliki masalah:

Perhatikan ellipsoid 9 bahkan tidak terpusat dengan yang lain.

Apakah ini masalah dalam contoh ellipsoid atau di perpustakaan Gambar? @cchriste @archanasri @jadie1 @iyerkrithika21

Ini adalah bagaimana ellipsoids rapi mencari saya di windows dan Linux.
Ellipsoid 9 tampaknya terpusat untuk saya.

Tampak terpusat untuk saya juga - jalankan lagi di cabang release_v6.0

Poin korespondensi juga tidak terlihat bagus untuk saya, mungkin perlu lebih dihaluskan? Bagi saya sepertinya ada empat mode variasi - yang pertama adalah ukuran, dan tiga berikutnya adalah jari-jari dalam arah x, y, dan z.

@jadie1 , @iyerkrithika21 , saya baru saja mencoba di Mac yang berbeda, instal bentuk baru berfungsi 6.0 RC5, instal conda baru, semuanya. Lihat keselarasan untuk sampel (bahkan tidak perlu melihat DT):

https://user-images.githubusercontent.com/1693349/110035220-9c3e6300-7cf8-11eb-9cd0-9162212dd61c.mp4

Oh, hah, @ jadie1, @ iyerkrithika21, Anda harus mematikan center checkbox di Studio atau akan pusat auto mereka untuk Anda untuk tujuan tampilan. Harap periksa lagi dengan pemusatan.

Oh ya saya lihat sekarang. Saya baru saja menjalankan get-started-with-grooming-segmentations.ipynb yang menggunakan data yang sama dan menurut saya itu memiliki masalah yang sama tetapi tidak seburuk itu. Lihat video terakhir di sini: http://sciinstitute.github.io/ShapeWorks/notebooks/getting-started-with-grooming-segmentations.html (video ini cocok dengan apa yang baru saja saya jalankan di cabang rilis).

Saya kira kita bisa memeriksa use case dan notebook baris demi baris dan melihat di mana perawatannya berbeda ...

Gores bahwa notebook dan transformasi jarak kasus penggunaan memiliki masalah tengah/penyelarasan yang sama. Jarak yang berubah dari notebook menjadi lebih mulus.
@akenmorris apakah menurut Anda

Mereka disejajarkan dengan ICP?

Ya, referensinya adalah ellipsoid_14

Jadi menurut Anda apakah itu berakhir dengan menyelaraskan ellipsoid 9 hanya di satu sisi?

Saya tidak yakin bagaimana kita harus mengatasi ini. Setelah ICP, harus menerapkan pusat operasi massal?

@sheryjoe ada pendapat? Tampaknya salah untuk menangkap terjemahan ini sebagai bagian dari model bentuk.

@akenmorris terjemahan yang mana? Saya tidak bisa melihat ini di video. Apakah Anda QC pusat langkah alignmenet massa? Juga, jumlah iterasi ICP dapat menjadi masalah dalam beberapa kasus.

Ellipsoid tidak berada di tengah, jadi model bentuk harus menangkap terjemahannya.

Ellipsoid tidak berada di tengah, jadi model bentuk harus menangkap terjemahannya.

COM harus memusatkan mereka.

COM harus memusatkan mereka.

Saya setuju, tetapi apakah ICP tidak memusatkan mereka untuk mencocokkan satu sisi?

COM harus memusatkan mereka.

Saya setuju, tetapi apakah ICP tidak memusatkan mereka untuk mencocokkan satu sisi?

Dampak ICP harus minimal terjemahan wrt setelah COM, kecuali referensi tidak benar-benar bentuk median.

Apa statusnya di sini? Apakah ada yang mengerjakan ini? Saya pikir ada dua masalah terpisah, perawatan dan parameter pengoptimalan.

@jadie1 @iyerkrithika21 ada pembaruan?

Ketika saya mengatur segmentasi di Studio, DT terlihat seperti ini:

Jadi sepertinya ICP bisa menyebabkan beberapa masalah dalam perawatan.

Benar. Ellipsoid 9 berpusat di depan:

       """ Apply rigid alignment """
        ref = FindReferenceImage(comFiles)
        alignedFiles = applyRigidAlignment(groomDir + "aligned/segmentations", ref, comFiles)

Dan setelah itu, itu tidak terpusat:

@akenmorris ketika saya mencoba untuk mengoptimalkan ellipsoids di Studio tanpa ICP, saya mendapatkan pesan ini.

Saya mencoba 3 level padding yang berbeda - 10,30,50. Tapi tak satu pun dari ini membantu.
Dan juga dalam kasus penggunaan python, saya mencoba melewatkan langkah rigidAlignment, dan saya mendapatkan kesalahan kotak pembatas ini.

############## Cropping ##############
Traceback (most recent call last):
  File "RunUseCase.py", line 94, in <module>
    module.Run_Pipeline(args)
  File "/home/sci/iyerkrithika/ShapeWorks/Examples/Python/ellipsoid.py", line 96, in Run_Pipeline
    croppedFiles = applyCropping(groomDir + "cropped/segmentations", comFiles, comFiles)
  File "/home/sci/iyerkrithika/ShapeWorks/Examples/Python/GroomUtils.py", line 216, in applyCropping
    region = ImageUtils.boundingBox(bbDataList)
ValueError: Image sizes do not match (Output/ellipsoid/groomed/com_aligned/segmentations/ellipsoid_01.isores.center.com.nrrd)

Kesalahan ini tidak masuk akal karena ImageUtils.boundingBox() seharusnya dapat memberikan kotak pembatas terbesar.
@ jadie1 apakah menurut Anda ini terkait dengan masalah yang kami lihat dalam kasus penggunaan tulang paha?

@iyerkrithika21 , dapatkah Anda memberi tahu saya lebih banyak tentang bagaimana Anda menjalankan ini di studio? Jika saya harus menebak berdasarkan nama file di sudut, Anda mungkin mengimpor segmentasi biner, melewatkan perawatan dan mengklik jalankan? Mereka harus menjadi transformasi jarak.

@iyerkrithika21 , dapatkah Anda memberi tahu saya lebih banyak tentang bagaimana Anda menjalankan ini di studio? Jika saya harus menebak berdasarkan nama file di sudut, Anda mungkin mengimpor segmentasi biner, melewatkan perawatan dan mengklik jalankan? Mereka harus menjadi transformasi jarak.

Saya mengimpor segmentasi, menjalankan pengantin pria di studio. lalu klik optimalkan.

Akan diperbaiki untuk rilis melalui masalah #1133

@iyerkrithika21 , saya telah menambahkan masalah untuk apa yang Anda lihat:

1134