Shapeworks: Fehler in ReflectMeshes beim Ausführen des Anwendungsfalls femur und femur_cut

Erstellt am 18. Feb. 2021  ·  12Kommentare  ·  Quelle: SCIInstitute/ShapeWorks

Versucht, Femur und femur_cut Anwendungsfall auszuführen:

  1. Winziger Test funktioniert gut python RunUseCase.py --use_case femur --tiny_test
  2. Der Anwendungsfall funktioniert gut, wenn Sie --skip_grooming
  3. Der Anwendungsfall schlägt fehl, wenn Sie python RunUseCase.py --use_case femur und python RunUseCase.py --use_case femur_cut mit dem Fehler ausführen:
Step 2. Groom - Data Pre-processingInput filename: Output/femur/femur-v0/meshes/m09_R_femur.ply
Output filename: Output/femur/groomed/reflected/segmentations/m09_R_femur.reflect.ply
Traceback (most recent call last):
  File "RunUseCase.py", line 79, in <module>
    module.Run_Pipeline(args)
  File "/home/sci/iyerkrithika/ShapeWorks/Examples/Python/femur.py", line 219, in Run_Pipeline
    reflectedFiles_mesh = reflectMeshes(groomDir + 'reflected', files_mesh, reference_side)
  File "/home/sci/iyerkrithika/ShapeWorks/Examples/Python/GroomUtils.py", line 344, in reflectMeshes
    mesh.reflect(X, mesh.center()).write(seg_out)
ValueError: vector::reserve
QA bug
Quelle
picture iyerkrithika21

Hilfreichster Kommentar

@ iyerkrithika21 Ich denke, die Crop-Funktion funktioniert gut. Erhöhen Sie die Polsterung.

picture archanasri am 19. Feb. 2021
👍2

Alle 12 Kommentare

Wenn ich dies spätestens in diesem Zweig ausführe, bekomme ich:

Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m12_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m12_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd
Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m13_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m13_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd
ERROR: In ../Common/DataModel/vtkIterativeClosestPointTransform.cxx, line 270
vtkIterativeClosestPointTransform (0x7ff2ceeb98c0): Can't execute with nullptr or empty input

Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m14_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m14_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd
Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m15_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m15_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd

Ist das ein Problem?

akenmorris picture akenmorris am 19. Feb. 2021

Ich rannte:

python RunUseCase.py --use_case femur

Ich antwortete mit "Ja", wenn es darum ging, isotrop zu rasteren.

Es endete mit:


Input filename: Output/femur/groomed/clipped_segmentations/m03_L_femur.isores.pad.com.center.aligned.clipped.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/cropped/segmentations/m03_L_femur.isores.pad.com.center.aligned.clipped.cropped.nrrd
Traceback (most recent call last):
  File "RunUseCase.py", line 79, in <module>
    module.Run_Pipeline(args)
  File "/Users/amorris/sci/data/Examples/Python/femur.py", line 299, in Run_Pipeline
    croppedFiles_segmentations = applyCropping(groomDir + "cropped/segmentations", clippedFiles_segmentations, groomDir + "clipped_segmentations/*.nrrd")
  File "/Users/amorris/sci/data/Examples/Python/GroomUtils.py", line 225, in applyCropping
    img.crop(region).write(outname)
RuntimeError: /Users/amorris/sci/shapeworks/dependencies/build/ITK/Modules/Core/Common/src/itkDataObject.cxx:385:
Requested region is (at least partially) outside the largest possible region.
akenmorris picture akenmorris am 19. Feb. 2021

Ich rannte:

python RunUseCase.py --use_case femur

Ich antwortete mit "Ja", wenn es darum ging, isotrop zu rasteren.

Es endete mit:


Input filename: Output/femur/groomed/clipped_segmentations/m03_L_femur.isores.pad.com.center.aligned.clipped.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/cropped/segmentations/m03_L_femur.isores.pad.com.center.aligned.clipped.cropped.nrrd
Traceback (most recent call last):
  File "RunUseCase.py", line 79, in <module>
    module.Run_Pipeline(args)
  File "/Users/amorris/sci/data/Examples/Python/femur.py", line 299, in Run_Pipeline
    croppedFiles_segmentations = applyCropping(groomDir + "cropped/segmentations", clippedFiles_segmentations, groomDir + "clipped_segmentations/*.nrrd")
  File "/Users/amorris/sci/data/Examples/Python/GroomUtils.py", line 225, in applyCropping
    img.crop(region).write(outname)
RuntimeError: /Users/amorris/sci/shapeworks/dependencies/build/ITK/Modules/Core/Common/src/itkDataObject.cxx:385:
Requested region is (at least partially) outside the largest possible region.

Das Erhöhen der Polsterung auf 30 in Zeile 259 in femur.py führt nicht zu diesem Fehler.
Ich werde dies mit @archanasri besprechen, um herauszufinden, was mit der

iyerkrithika21 picture iyerkrithika21 am 19. Feb. 2021

@ iyerkrithika21 Ich denke, die Crop-Funktion funktioniert gut. Erhöhen Sie die Polsterung.

archanasri picture archanasri am 19. Feb. 2021
👍2

Wenn ich dies spätestens in diesem Zweig ausführe, bekomme ich:

Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m12_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m12_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd
Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m13_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m13_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd
ERROR: In ../Common/DataModel/vtkIterativeClosestPointTransform.cxx, line 270
vtkIterativeClosestPointTransform (0x7ff2ceeb98c0): Can't execute with nullptr or empty input

Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m14_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m14_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd
Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m15_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m15_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd

Ist das ein Problem?

@akenmorris was hast du von der Kommandozeile ausgeführt?

archanasri picture archanasri am 19. Feb. 2021

Wenn ich dies spätestens in diesem Zweig ausführe, bekomme ich:

Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m12_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m12_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd
Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m13_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m13_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd
ERROR: In ../Common/DataModel/vtkIterativeClosestPointTransform.cxx, line 270
vtkIterativeClosestPointTransform (0x7ff2ceeb98c0): Can't execute with nullptr or empty input

Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m14_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m14_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd
Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m15_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m15_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd

Ist das ein Problem?

@akenmorris was hast du von der Kommandozeile ausgeführt?

@archanasri Ich bekomme das, wenn ich python RunUseCase.py --use_case femur --groom_images laufen lasse
Ich sehe diesen Fehler im starren Ausrichtungsschritt.

iyerkrithika21 picture iyerkrithika21 am 19. Feb. 2021

Ich glaube, ich bin gerade gelaufen:

python RunUseCase.py --use_case femur

akenmorris picture akenmorris am 19. Feb. 2021

Der vollständige Anwendungsfall ohne Pflege von Bildern ist jetzt im Zweig femur_reflect_fix festgelegt.
Wenn Sie den vollständigen Anwendungsfall mit dem Tag --groom_images ausführen, wird der oben erwähnte Ausrichtungsfehler Alan angezeigt, da die reflektierten Segmentierungen alle Null sind. AnatomyPairsToSingles () in GroomUtils.py funktioniert also nicht ... @archanasri, können Sie uns dabei helfen, dies zu

jadie1 picture jadie1 am 19. Feb. 2021

@ jadie1 @ iyerkrithika21 könntest du das versuchen:
img1.reflect(Axis.X).write(img_out) in Zeile 312 von GroomUtils und
mesh.reflect(Axis.X, center).write(seg_out) in Zeile 315 von GroomUtils

archanasri picture archanasri am 20. Feb. 2021

@ jadie1 @ iyerkrithika21 könntest du das versuchen:
img1.reflect(Axis.X).write(img_out) in Zeile 312 von GroomUtils und
mesh.reflect(Axis.X, center).write(seg_out) in Zeile 315 von GroomUtils

Die reflektierten Segmentierungen sind immer noch alle Nullen.
Sah den gleichen Fehler in der Ausrichtung.

iyerkrithika21 picture iyerkrithika21 am 20. Feb. 2021

Arbeiten bei der Pflege ohne Bilder ab PR # 1030
Jetzt korrigieren, wenn mit Bildern auf Zweig reflect_fix gepflegt wird

jadie1 picture jadie1 am 22. Feb. 2021

In PR # 1040 behoben

jadie1 picture jadie1 am 23. Feb. 2021
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