Shapeworks: Ошибка в ReflectMeshes при выполнении сценария использования femur и femur_cut

Созданный на 18 февр. 2021 · 12Комментарии · Источник: SCIInstitute/ShapeWorks

Пытался запустить вариант использования femur и femur_cut:

Крошечный тест отлично работает python RunUseCase.py --use_case femur --tiny_test
Вариант использования работает хорошо, если вы используете --skip_grooming
Сбой варианта использования при запуске python RunUseCase.py --use_case femur и python RunUseCase.py --use_case femur_cut с ошибкой:

Step 2. Groom - Data Pre-processingInput filename: Output/femur/femur-v0/meshes/m09_R_femur.ply
Output filename: Output/femur/groomed/reflected/segmentations/m09_R_femur.reflect.ply
Traceback (most recent call last):
  File "RunUseCase.py", line 79, in <module>
    module.Run_Pipeline(args)
  File "/home/sci/iyerkrithika/ShapeWorks/Examples/Python/femur.py", line 219, in Run_Pipeline
    reflectedFiles_mesh = reflectMeshes(groomDir + 'reflected', files_mesh, reference_side)
  File "/home/sci/iyerkrithika/ShapeWorks/Examples/Python/GroomUtils.py", line 344, in reflectMeshes
    mesh.reflect(X, mesh.center()).write(seg_out)
ValueError: vector::reserve

QA bug

Источник

iyerkrithika21

Самый полезный комментарий

@ iyerkrithika21 Я думаю, что функция кадрирования работает нормально. Увеличьте отступ.

archanasri 19 февр. 2021

👍2

Все 12 Комментарий

Запустив это в последнюю очередь из этой ветки, я получаю:

Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m12_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m12_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd
Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m13_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m13_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd
ERROR: In ../Common/DataModel/vtkIterativeClosestPointTransform.cxx, line 270
vtkIterativeClosestPointTransform (0x7ff2ceeb98c0): Can't execute with nullptr or empty input

Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m14_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m14_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd
Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m15_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m15_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd

Это проблема?

akenmorris 19 февр. 2021

Я побежал:

python RunUseCase.py --use_case femur

Я ответил «да», когда он спросил об изотропной растеризации.

Это закончилось:


Input filename: Output/femur/groomed/clipped_segmentations/m03_L_femur.isores.pad.com.center.aligned.clipped.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/cropped/segmentations/m03_L_femur.isores.pad.com.center.aligned.clipped.cropped.nrrd
Traceback (most recent call last):
  File "RunUseCase.py", line 79, in <module>
    module.Run_Pipeline(args)
  File "/Users/amorris/sci/data/Examples/Python/femur.py", line 299, in Run_Pipeline
    croppedFiles_segmentations = applyCropping(groomDir + "cropped/segmentations", clippedFiles_segmentations, groomDir + "clipped_segmentations/*.nrrd")
  File "/Users/amorris/sci/data/Examples/Python/GroomUtils.py", line 225, in applyCropping
    img.crop(region).write(outname)
RuntimeError: /Users/amorris/sci/shapeworks/dependencies/build/ITK/Modules/Core/Common/src/itkDataObject.cxx:385:
Requested region is (at least partially) outside the largest possible region.

akenmorris 19 февр. 2021

Я побежал:

python RunUseCase.py --use_case femur

Я ответил «да», когда он спросил об изотропной растеризации.

Это закончилось:


Input filename: Output/femur/groomed/clipped_segmentations/m03_L_femur.isores.pad.com.center.aligned.clipped.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/cropped/segmentations/m03_L_femur.isores.pad.com.center.aligned.clipped.cropped.nrrd
Traceback (most recent call last):
  File "RunUseCase.py", line 79, in <module>
    module.Run_Pipeline(args)
  File "/Users/amorris/sci/data/Examples/Python/femur.py", line 299, in Run_Pipeline
    croppedFiles_segmentations = applyCropping(groomDir + "cropped/segmentations", clippedFiles_segmentations, groomDir + "clipped_segmentations/*.nrrd")
  File "/Users/amorris/sci/data/Examples/Python/GroomUtils.py", line 225, in applyCropping
    img.crop(region).write(outname)
RuntimeError: /Users/amorris/sci/shapeworks/dependencies/build/ITK/Modules/Core/Common/src/itkDataObject.cxx:385:
Requested region is (at least partially) outside the largest possible region.

Увеличение заполнения до 30 в строке 259 в femur.py не вызывает этой ошибки.
Я обсудю это с

iyerkrithika21 19 февр. 2021

@ iyerkrithika21 Я думаю, что функция кадрирования работает нормально. Увеличьте отступ.

archanasri 19 февр. 2021

👍2

Запустив это в последнюю очередь из этой ветки, я получаю:

Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m12_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m12_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd
Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m13_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m13_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd
ERROR: In ../Common/DataModel/vtkIterativeClosestPointTransform.cxx, line 270
vtkIterativeClosestPointTransform (0x7ff2ceeb98c0): Can't execute with nullptr or empty input

Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m14_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m14_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd
Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m15_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m15_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd

Это проблема?

@akenmorris что вы запускали из командной строки?

archanasri 19 февр. 2021

Запустив это в последнюю очередь из этой ветки, я получаю:

Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m12_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m12_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd
Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m13_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m13_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd
ERROR: In ../Common/DataModel/vtkIterativeClosestPointTransform.cxx, line 270
vtkIterativeClosestPointTransform (0x7ff2ceeb98c0): Can't execute with nullptr or empty input

Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m14_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m14_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd
Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m15_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m15_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd

Это проблема?

@akenmorris что вы запускали из командной строки?

@archanasri Я получаю это, когда запускаю python RunUseCase.py --use_case femur --groom_images
Я вижу эту ошибку на этапе жесткого выравнивания.

iyerkrithika21 19 февр. 2021

Кажется, я только что сбежал:

python RunUseCase.py --use_case femur

akenmorris 19 февр. 2021

Полный вариант использования без обработки изображений теперь исправлен в ветви femur_reflect_fix.
Когда вы запускаете полный вариант использования с тегом --groom_images, он дает ошибку выравнивания Alan, упомянутую выше, потому что все отраженные сегменты равны нулю. Итак, anatomyPairsToSingles () в GroomUtils.py не работает ... @archanasri, вы можете помочь нам посмотреть на это?

jadie1 19 февр. 2021

@ jadie1 @ iyerkrithika21 не могли бы вы попробовать это:
img1.reflect(Axis.X).write(img_out) в строке 312 GroomUtils и
mesh.reflect(Axis.X, center).write(seg_out) в строке 315 GroomUtils

archanasri 20 февр. 2021

@ jadie1 @ iyerkrithika21 не могли бы вы попробовать это:
img1.reflect(Axis.X).write(img_out) в строке 312 GroomUtils и
mesh.reflect(Axis.X, center).write(seg_out) в строке 315 GroomUtils

Все отраженные сегменты по-прежнему равны нулю.
Увидел такую же ошибку в юстировке.

iyerkrithika21 20 февр. 2021

Работа при стрижке без изображений по PR # 1030
Исправлена ошибка при обработке изображений на ветке Reflective_fix.

jadie1 22 февр. 2021

Исправлено в PR # 1040

jadie1 23 февр. 2021

Была ли эта страница полезной?

5 / 5 - 1 рейтинги

Смежные вопросы

рендеринг объемов некоторых разрешений вылетает при использовании itkwidgets.view после использования shapeworks в записной книжке

akenmorris · 22Комментарии

Сбой при использовании "femur --groom_images" на MacOS

akenmorris · 23Комментарии

Упаковка shapworkspy и реструктуризация сценариев использования

sheryjoe · 13Комментарии

Модель эллипсоида плохая

akenmorris · 32Комментарии

Оптимизация на сетках с секущими плоскостями

jadie1 · 8Комментарии