Shapeworks: рдлреАрдорд░ рдФрд░ рдлреАрдорд░_рдХрдЯ рдпреВрдЬ рдХреЗрд╕ рдЪрд▓рд╛рддреЗ рд╕рдордп рд░рд┐рдлреНрд▓реЗрдХреНрдЯ рдореЗрд╢ рдореЗрдВ рддреНрд░реБрдЯрд┐
рдлреАрдорд░ рдФрд░ рдлреАрдорд░_рдХрдЯ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХреЗрд╕ рдЪрд▓рд╛рдиреЗ рдХреА рдХреЛрд╢рд┐рд╢ рдХреА:
- рдЫреЛрдЯрд╛ рдкрд░реАрдХреНрд╖рдг рдареАрдХ рдХрд╛рдо рдХрд░рддрд╛ рд╣реИ
python RunUseCase.py --use_case femur --tiny_test - рдпрджрд┐ рдЖрдк
--skip_groomingрдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХрд░рддреЗ рд╣реИрдВ рддреЛ рдХреЗрд╕ рдХрд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдЕрдЪреНрдЫрд╛ рдЪрд▓рддрд╛ рд╣реИ - рдЬрдм рдЖрдк
python RunUseCase.py --use_case femurрдФрд░python RunUseCase.py --use_case femur_cutрддреНрд░реБрдЯрд┐ рдХреЗ рд╕рд╛рде рдЪрд▓рд╛рддреЗ рд╣реИрдВ рддреЛ рдХреЗрд╕ рдХрд╛ рдЙрдкрдпреЛрдЧ рд╡рд┐рдлрд▓ рд╣реЛ рдЬрд╛рддрд╛ рд╣реИ:
Step 2. Groom - Data Pre-processingInput filename: Output/femur/femur-v0/meshes/m09_R_femur.ply
Output filename: Output/femur/groomed/reflected/segmentations/m09_R_femur.reflect.ply
Traceback (most recent call last):
File "RunUseCase.py", line 79, in <module>
module.Run_Pipeline(args)
File "/home/sci/iyerkrithika/ShapeWorks/Examples/Python/femur.py", line 219, in Run_Pipeline
reflectedFiles_mesh = reflectMeshes(groomDir + 'reflected', files_mesh, reference_side)
File "/home/sci/iyerkrithika/ShapeWorks/Examples/Python/GroomUtils.py", line 344, in reflectMeshes
mesh.reflect(X, mesh.center()).write(seg_out)
ValueError: vector::reserve
iyerkrithika21
рд╕рднреА 12 рдЯрд┐рдкреНрдкрдгрд┐рдпрд╛рдБ
рдЗрд╕ рд╢рд╛рдЦрд╛ рд╕реЗ рдирд╡реАрдирддрдо рдкрд░ рдЗрд╕реЗ рдЪрд▓рд╛рдирд╛, рдореБрдЭреЗ рдорд┐рд▓рддрд╛ рд╣реИ:
Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m12_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m12_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd
Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m13_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m13_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd
ERROR: In ../Common/DataModel/vtkIterativeClosestPointTransform.cxx, line 270
vtkIterativeClosestPointTransform (0x7ff2ceeb98c0): Can't execute with nullptr or empty input
Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m14_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m14_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd
Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m15_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m15_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd
рдХреНрдпрд╛ рдпреЗ рдПрдХ рджрд┐рдХреНрдХрдд рд╣реИ?
akenmorris
19 рдлрд╝рд░ре░ 2021
рдореИрдВ рднрд╛рдЧрд╛:
python RunUseCase.py --use_case femur
рдЬрдм рдореИрдВрдиреЗ рдЖрдЗрд╕реЛрдЯреНрд░реЛрдкрд┐рдХ рдХреЛ рд░рд╛рд╕реНрдЯрд░рд╛рдЗрдЬрд╝ рдХрд░рдиреЗ рдХреЗ рдмрд╛рд░реЗ рдореЗрдВ рдкреВрдЫрд╛ рддреЛ рдореИрдВрдиреЗ 'рд╣рд╛рдВ' рдореЗрдВ рдЙрддреНрддрд░ рджрд┐рдпрд╛ред
рдЗрд╕рдХреЗ рд╕рд╛рде рд╕рдорд╛рдкреНрдд рд╣реБрдЖ:
Input filename: Output/femur/groomed/clipped_segmentations/m03_L_femur.isores.pad.com.center.aligned.clipped.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/cropped/segmentations/m03_L_femur.isores.pad.com.center.aligned.clipped.cropped.nrrd
Traceback (most recent call last):
File "RunUseCase.py", line 79, in <module>
module.Run_Pipeline(args)
File "/Users/amorris/sci/data/Examples/Python/femur.py", line 299, in Run_Pipeline
croppedFiles_segmentations = applyCropping(groomDir + "cropped/segmentations", clippedFiles_segmentations, groomDir + "clipped_segmentations/*.nrrd")
File "/Users/amorris/sci/data/Examples/Python/GroomUtils.py", line 225, in applyCropping
img.crop(region).write(outname)
RuntimeError: /Users/amorris/sci/shapeworks/dependencies/build/ITK/Modules/Core/Common/src/itkDataObject.cxx:385:
Requested region is (at least partially) outside the largest possible region.
рдореИрдВ рднрд╛рдЧрд╛:
python RunUseCase.py --use_case femurрдЬрдм рдореИрдВрдиреЗ рдЖрдЗрд╕реЛрдЯреНрд░реЛрдкрд┐рдХ рдХреЛ рд░рд╛рд╕реНрдЯрд░рд╛рдЗрдЬрд╝ рдХрд░рдиреЗ рдХреЗ рдмрд╛рд░реЗ рдореЗрдВ рдкреВрдЫрд╛ рддреЛ рдореИрдВрдиреЗ 'рд╣рд╛рдВ' рдореЗрдВ рдЙрддреНрддрд░ рджрд┐рдпрд╛ред
рдЗрд╕рдХреЗ рд╕рд╛рде рд╕рдорд╛рдкреНрдд рд╣реБрдЖ:
Input filename: Output/femur/groomed/clipped_segmentations/m03_L_femur.isores.pad.com.center.aligned.clipped.nrrd Output filename: Output/femur/groomed/cropped/segmentations/m03_L_femur.isores.pad.com.center.aligned.clipped.cropped.nrrd Traceback (most recent call last): File "RunUseCase.py", line 79, in <module> module.Run_Pipeline(args) File "/Users/amorris/sci/data/Examples/Python/femur.py", line 299, in Run_Pipeline croppedFiles_segmentations = applyCropping(groomDir + "cropped/segmentations", clippedFiles_segmentations, groomDir + "clipped_segmentations/*.nrrd") File "/Users/amorris/sci/data/Examples/Python/GroomUtils.py", line 225, in applyCropping img.crop(region).write(outname) RuntimeError: /Users/amorris/sci/shapeworks/dependencies/build/ITK/Modules/Core/Common/src/itkDataObject.cxx:385: Requested region is (at least partially) outside the largest possible region.
femur.py рдореЗрдВ рдкреИрдбрд┐рдВрдЧ рдХреЛ рд▓рд╛рдЗрди 259 рдкрд░ 30 рддрдХ рдмрдврд╝рд╛рдиреЗ рд╕реЗ рдпрд╣ рддреНрд░реБрдЯрд┐ рдЙрддреНрдкрдиреНрди рдирд╣реАрдВ рд╣реЛрддреА рд╣реИред
рдлрд╕рд▓ рд╕рдорд╛рд░реЛрд╣ рдореЗрдВ рдХреНрдпрд╛ рдЧрд▓рдд рд╣реЛ рд░рд╣рд╛ рд╣реИ, рдпрд╣ рдЬрд╛рдирдиреЗ рдХреЗ рд▓рд┐рдП рдореИрдВ рдХрд░реВрдВрдЧрд╛ ред
iyerkrithika21
19 рдлрд╝рд░ре░ 2021
@ iyerkritika21 рдореБрдЭреЗ рд▓рдЧрддрд╛ рд╣реИ рдХрд┐ рдлрд╕рд▓ рдХрд╛ рдХрд╛рд░реНрдп рдареАрдХ рдХрд╛рдо рдХрд░рддрд╛ рд╣реИред рдкреИрдбрд┐рдВрдЧ рдмрдврд╝рд╛рдПрдБред
archanasri
19 рдлрд╝рд░ре░ 2021
рдЗрд╕ рд╢рд╛рдЦрд╛ рд╕реЗ рдирд╡реАрдирддрдо рдкрд░ рдЗрд╕реЗ рдЪрд▓рд╛рдирд╛, рдореБрдЭреЗ рдорд┐рд▓рддрд╛ рд╣реИ:
Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m12_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m12_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m13_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m13_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd ERROR: In ../Common/DataModel/vtkIterativeClosestPointTransform.cxx, line 270 vtkIterativeClosestPointTransform (0x7ff2ceeb98c0): Can't execute with nullptr or empty input Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m14_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m14_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m15_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m15_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrdрдХреНрдпрд╛ рдпреЗ рдПрдХ рджрд┐рдХреНрдХрдд рд╣реИ?
@akenmorris рдЖрдкрдиреЗ рдХрдорд╛рдВрдб рд▓рд╛рдЗрди рд╕реЗ рдХреНрдпрд╛ рдЪрд▓рд╛рдпрд╛?
archanasri
19 рдлрд╝рд░ре░ 2021
рдЗрд╕ рд╢рд╛рдЦрд╛ рд╕реЗ рдирд╡реАрдирддрдо рдкрд░ рдЗрд╕реЗ рдЪрд▓рд╛рдирд╛, рдореБрдЭреЗ рдорд┐рд▓рддрд╛ рд╣реИ:
Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m12_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m12_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m13_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m13_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd ERROR: In ../Common/DataModel/vtkIterativeClosestPointTransform.cxx, line 270 vtkIterativeClosestPointTransform (0x7ff2ceeb98c0): Can't execute with nullptr or empty input Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m14_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m14_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m15_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m15_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrdрдХреНрдпрд╛ рдпреЗ рдПрдХ рджрд┐рдХреНрдХрдд рд╣реИ?
@akenmorris рдЖрдкрдиреЗ рдХрдорд╛рдВрдб рд▓рд╛рдЗрди рд╕реЗ рдХреНрдпрд╛ рдЪрд▓рд╛рдпрд╛?
@archanasri рдореБрдЭреЗ рдпрд╣ рддрдм рдорд┐рд▓рддрд╛ рд╣реИ рдЬрдм рдореИрдВ python RunUseCase.py --use_case femur --groom_images рдЪрд▓рд╛рддрд╛ рд╣реВрдВ
рдореИрдВ рдЗрд╕ рддреНрд░реБрдЯрд┐ рдХреЛ рдХрдареЛрд░ рд╕рдВрд░реЗрдЦрдг рдЪрд░рдг рдореЗрдВ рджреЗрдЦрддрд╛ рд╣реВрдВред
iyerkrithika21
19 рдлрд╝рд░ре░ 2021
рдореБрдЭреЗ рд╡рд┐рд╢реНрд╡рд╛рд╕ рд╣реИ рдХрд┐ рдореИрдВ рдЕрднреА рднрд╛рдЧрд╛:
python RunUseCase.py --use_case femur
akenmorris
19 рдлрд╝рд░ре░ 2021
рдЫрд╡рд┐рдпреЛрдВ рдХреЛ рд╕рдВрд╡рд╛рд░рдиреЗ рдХреЗ рдмрд┐рдирд╛ рдкреВрд░реНрдг рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХрд╛ рдорд╛рдорд▓рд╛ рдЕрдм femur_reflect_fix рд╢рд╛рдЦрд╛ рдкрд░ рддрдп рдХрд┐рдпрд╛ рдЧрдпрд╛ рд╣реИред
рдЬрдм рдЖрдк --groom_images рдЯреИрдЧ рдХреЗ рд╕рд╛рде рдкреВрд░реНрдг рдЙрдкрдпреЛрдЧ рдХреЗрд╕ рдЪрд▓рд╛рддреЗ рд╣реИрдВ, рддреЛ рдпрд╣ рдКрдкрд░ рдЙрд▓реНрд▓рд┐рдЦрд┐рдд рд╕рдВрд░реЗрдЦрдг рддреНрд░реБрдЯрд┐ рджреЗрддрд╛ рд╣реИ рдХреНрдпреЛрдВрдХрд┐ рдкреНрд░рддрд┐рдмрд┐рдВрдмрд┐рдд рд╡рд┐рднрд╛рдЬрди рд╕рднреА рд╢реВрдиреНрдп рд╣реЛрддреЗ рд╣реИрдВред рддреЛ GroomUtils.py рдореЗрдВ anatomyPairsToSingles() рдХрд╛рдо рдирд╣реАрдВ рдХрд░ рд░рд╣рд╛ рд╣реИ... @archanasri рдХреНрдпрд╛ рдЖрдк рдЗрд╕реЗ рджреЗрдЦрдиреЗ рдореЗрдВ рд╣рдорд╛рд░реА рдорджрдж рдХрд░ рд╕рдХрддреЗ рд╣реИрдВ?
jadie1
19 рдлрд╝рд░ре░ 2021
@ jadie1 @ iyerkritika21 рдХреНрдпрд╛ рдЖрдк рдЗрд╕реЗ
img1.reflect(Axis.X).write(img_out) GroomUtils рдХреА рд▓рд╛рдЗрди рейрезреи рдкрд░ рдФрд░
mesh.reflect(Axis.X, center).write(seg_out) GroomUtils . рдХреА рд▓рд╛рдЗрди рейрезрел рдкрд░
archanasri
20 рдлрд╝рд░ре░ 2021
@ jadie1 @ iyerkritika21 рдХреНрдпрд╛ рдЖрдк рдЗрд╕реЗ
img1.reflect(Axis.X).write(img_out)GroomUtils рдХреА рд▓рд╛рдЗрди рейрезреи рдкрд░ рдФрд░
mesh.reflect(Axis.X, center).write(seg_out)GroomUtils . рдХреА рд▓рд╛рдЗрди рейрезрел рдкрд░
рдкрд░рд┐рд▓рдХреНрд╖рд┐рдд рд╡рд┐рднрд╛рдЬрди рдЕрднреА рднреА рд╕рднреА рд╢реВрдиреНрдп рд╣реИрдВред
рд╕рдВрд░реЗрдЦрдг рдореЗрдВ рдПрдХ рд╣реА рддреНрд░реБрдЯрд┐ рджреЗрдЦреАред
iyerkrithika21
20 рдлрд╝рд░ре░ 2021
рдкреАрдЖрд░ #1030 . рдХреЗ рд░реВрдк рдореЗрдВ рдЫрд╡рд┐рдпреЛрдВ рдХреЗ рдмрд┐рдирд╛ рддреИрдпрд╛рд░ рдХрд░рддреЗ рд╕рдордп рдХрд╛рдо рдХрд░рдирд╛
рдЕрдм рд╢рд╛рдЦрд╛ рдкрд░ рдЫрд╡рд┐рдпреЛрдВ рдХреЗ рд╕рд╛рде рддреИрдпрд╛рд░ рдХрд░рддреЗ рд╕рдордп рдлрд┐рдХреНрд╕рд┐рдВрдЧ рдкреНрд░рддрд┐рдмрд┐рдВрдмрд┐рдд_рдлрд┐рдХреНрд╕
jadie1
22 рдлрд╝рд░ре░ 2021
рдкреАрдЖрд░ #1040 . рдореЗрдВ рдлрд┐рдХреНрд╕реНрдб
jadie1
23 рдлрд╝рд░ре░ 2021
рд╕рдВрдмрдВрдзрд┐рдд рдореБрджреНрджреЛрдВ
iyerkrithika21
┬╖
7рдЯрд┐рдкреНрдкрдгрд┐рдпрд╛рдБ
jadie1
┬╖
8рдЯрд┐рдкреНрдкрдгрд┐рдпрд╛рдБ
sheryjoe
┬╖
13рдЯрд┐рдкреНрдкрдгрд┐рдпрд╛рдБ
akenmorris
┬╖
22рдЯрд┐рдкреНрдкрдгрд┐рдпрд╛рдБ
akenmorris
┬╖
23рдЯрд┐рдкреНрдкрдгрд┐рдпрд╛рдБ
рд╕рдмрд╕реЗ рдЙрдкрдпреЛрдЧреА рдЯрд┐рдкреНрдкрдгреА
@ iyerkritika21 рдореБрдЭреЗ рд▓рдЧрддрд╛ рд╣реИ рдХрд┐ рдлрд╕рд▓ рдХрд╛ рдХрд╛рд░реНрдп рдареАрдХ рдХрд╛рдо рдХрд░рддрд╛ рд╣реИред рдкреИрдбрд┐рдВрдЧ рдмрдврд╝рд╛рдПрдБред