Shapeworks: خطأ في طريقة الانعكاس عند تشغيل حالة استخدام عظم الفخذ وقص عظم الفخذ

تم إنشاؤها على ١٨ فبراير ٢٠٢١  ·  12تعليقات  ·  مصدر: SCIInstitute/ShapeWorks

حاولت تشغيل حالة استخدام عظم الفخذ وعظم الفخذ:

  1. اختبار صغير يعمل بشكل جيد python RunUseCase.py --use_case femur --tiny_test
  2. تعمل حالة الاستخدام بشكل جيد إذا كنت تستخدم --skip_grooming
  3. فشل حالة الاستخدام عند تشغيل python RunUseCase.py --use_case femur و python RunUseCase.py --use_case femur_cut مع ظهور الخطأ:
Step 2. Groom - Data Pre-processingInput filename: Output/femur/femur-v0/meshes/m09_R_femur.ply
Output filename: Output/femur/groomed/reflected/segmentations/m09_R_femur.reflect.ply
Traceback (most recent call last):
  File "RunUseCase.py", line 79, in <module>
    module.Run_Pipeline(args)
  File "/home/sci/iyerkrithika/ShapeWorks/Examples/Python/femur.py", line 219, in Run_Pipeline
    reflectedFiles_mesh = reflectMeshes(groomDir + 'reflected', files_mesh, reference_side)
  File "/home/sci/iyerkrithika/ShapeWorks/Examples/Python/GroomUtils.py", line 344, in reflectMeshes
    mesh.reflect(X, mesh.center()).write(seg_out)
ValueError: vector::reserve
QA bug
مصدر
picture iyerkrithika21

التعليق الأكثر فائدة

@ iyerkrithika21 أعتقد أن وظيفة المحاصيل تعمل بشكل جيد. زيادة المساحة المتروكة.

picture archanasri في ١٩ فبراير ٢٠٢١
👍2

ال 12 كومينتر

تشغيل هذا على الأحدث من هذا الفرع ، أحصل على:

Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m12_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m12_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd
Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m13_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m13_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd
ERROR: In ../Common/DataModel/vtkIterativeClosestPointTransform.cxx, line 270
vtkIterativeClosestPointTransform (0x7ff2ceeb98c0): Can't execute with nullptr or empty input

Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m14_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m14_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd
Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m15_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m15_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd

هذا هو مشكلة؟

akenmorris picture akenmorris في ١٩ فبراير ٢٠٢١

جريت:

python RunUseCase.py --use_case femur

أجبت بـ "نعم" عندما يسأل عن تنقيط الخواص.

انتهى بـ:


Input filename: Output/femur/groomed/clipped_segmentations/m03_L_femur.isores.pad.com.center.aligned.clipped.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/cropped/segmentations/m03_L_femur.isores.pad.com.center.aligned.clipped.cropped.nrrd
Traceback (most recent call last):
  File "RunUseCase.py", line 79, in <module>
    module.Run_Pipeline(args)
  File "/Users/amorris/sci/data/Examples/Python/femur.py", line 299, in Run_Pipeline
    croppedFiles_segmentations = applyCropping(groomDir + "cropped/segmentations", clippedFiles_segmentations, groomDir + "clipped_segmentations/*.nrrd")
  File "/Users/amorris/sci/data/Examples/Python/GroomUtils.py", line 225, in applyCropping
    img.crop(region).write(outname)
RuntimeError: /Users/amorris/sci/shapeworks/dependencies/build/ITK/Modules/Core/Common/src/itkDataObject.cxx:385:
Requested region is (at least partially) outside the largest possible region.
akenmorris picture akenmorris في ١٩ فبراير ٢٠٢١

جريت:

python RunUseCase.py --use_case femur

أجبت بـ "نعم" عندما يسأل عن تنقيط الخواص.

انتهى بـ:


Input filename: Output/femur/groomed/clipped_segmentations/m03_L_femur.isores.pad.com.center.aligned.clipped.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/cropped/segmentations/m03_L_femur.isores.pad.com.center.aligned.clipped.cropped.nrrd
Traceback (most recent call last):
  File "RunUseCase.py", line 79, in <module>
    module.Run_Pipeline(args)
  File "/Users/amorris/sci/data/Examples/Python/femur.py", line 299, in Run_Pipeline
    croppedFiles_segmentations = applyCropping(groomDir + "cropped/segmentations", clippedFiles_segmentations, groomDir + "clipped_segmentations/*.nrrd")
  File "/Users/amorris/sci/data/Examples/Python/GroomUtils.py", line 225, in applyCropping
    img.crop(region).write(outname)
RuntimeError: /Users/amorris/sci/shapeworks/dependencies/build/ITK/Modules/Core/Common/src/itkDataObject.cxx:385:
Requested region is (at least partially) outside the largest possible region.

زيادة الحشوة إلى 30 في السطر 259 في عظم الفخذ لا ينتج عنها هذا الخطأ.
سأناقش هذا الأمر مع archanasri للعثور على الخطأ الذي يحدث في وظيفة الاقتصاص.

iyerkrithika21 picture iyerkrithika21 في ١٩ فبراير ٢٠٢١

@ iyerkrithika21 أعتقد أن وظيفة المحاصيل تعمل بشكل جيد. زيادة المساحة المتروكة.

archanasri picture archanasri في ١٩ فبراير ٢٠٢١
👍2

تشغيل هذا على الأحدث من هذا الفرع ، أحصل على:

Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m12_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m12_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd
Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m13_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m13_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd
ERROR: In ../Common/DataModel/vtkIterativeClosestPointTransform.cxx, line 270
vtkIterativeClosestPointTransform (0x7ff2ceeb98c0): Can't execute with nullptr or empty input

Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m14_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m14_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd
Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m15_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m15_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd

هذا هو مشكلة؟

akenmorris ما الذي قمت بتشغيله من سطر الأوامر؟

archanasri picture archanasri في ١٩ فبراير ٢٠٢١

تشغيل هذا على الأحدث من هذا الفرع ، أحصل على:

Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m12_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m12_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd
Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m13_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m13_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd
ERROR: In ../Common/DataModel/vtkIterativeClosestPointTransform.cxx, line 270
vtkIterativeClosestPointTransform (0x7ff2ceeb98c0): Can't execute with nullptr or empty input

Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m14_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m14_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd
Input filename: Output/femur/groomed/centered/segmentations/m15_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.nrrd
Output filename: Output/femur/groomed/aligned/m15_R_femur.reflect.isores.pad.com.center.aligned.nrrd

هذا هو مشكلة؟

akenmorris ما الذي قمت بتشغيله من سطر الأوامر؟

archanasri أحصل على هذا عند تشغيل python RunUseCase.py --use_case femur --groom_images
أرى هذا الخطأ في خطوة المحاذاة الصارمة.

iyerkrithika21 picture iyerkrithika21 في ١٩ فبراير ٢٠٢١

أعتقد أنني ركضت للتو:

python RunUseCase.py --use_case femur

akenmorris picture akenmorris في ١٩ فبراير ٢٠٢١

تم الآن إصلاح حالة الاستخدام الكامل بدون العناية بالصور في فرع femur_reflect_fix.
عندما تقوم بتشغيل حالة الاستخدام الكاملة مع العلامة --groom_images ، فإنها تعطي خطأ المحاذاة Alan المذكور أعلاه لأن الشرائح المنعكسة كلها صفرية. إذن anatomyPairsToSingles () في GroomUtils.py لا يعمل ... archanasri هل يمكنك مساعدتنا في النظر إلى هذا؟

jadie1 picture jadie1 في ١٩ فبراير ٢٠٢١

@ jadie1 @ iyerkrithika21 هل يمكنك تجربة هذا:
img1.reflect(Axis.X).write(img_out) على السطر 312 من GroomUtils و
mesh.reflect(Axis.X, center).write(seg_out) على السطر 315 من GroomUtils

archanasri picture archanasri في ٢٠ فبراير ٢٠٢١

@ jadie1 @ iyerkrithika21 هل يمكنك تجربة هذا:
img1.reflect(Axis.X).write(img_out) على السطر 312 من GroomUtils و
mesh.reflect(Axis.X, center).write(seg_out) على السطر 315 من GroomUtils

المقاطع المنعكسة لا تزال كلها أصفار.
رأى نفس الخطأ في المحاذاة.

iyerkrithika21 picture iyerkrithika21 في ٢٠ فبراير ٢٠٢١

العمل عند الاستمالة بدون صور اعتبارًا من PR # 1030
الإصلاح الآن عند الاستمالة بالصور على الفرع reflect_fix

jadie1 picture jadie1 في ٢٢ فبراير ٢٠٢١

ثابت في PR # 1040

jadie1 picture jadie1 في ٢٣ فبراير ٢٠٢١
هل كانت هذه الصفحة مفيدة؟
5 / 5 - 1 التقييمات

القضايا ذات الصلة

akenmorris picture akenmorris  ·  32تعليقات
akenmorris picture akenmorris  ·  23تعليقات
iyerkrithika21 picture iyerkrithika21  ·  7تعليقات
akenmorris picture akenmorris  ·  16تعليقات
akenmorris picture akenmorris  ·  22تعليقات